陈立夫在主掌教育部时，虽然有所成绩，但他在教育界势力的膨胀也引起蒋介石的不安和国民党其他派系的不满，特别是在学校实行的思想强化政策和特务政治，激起广大师生的反对。于是，在抗战即将胜利的1944年底，蒋介石重调朱家骅任教育部长，陈立夫只好将教育大权归还于朱，黯然离开了教育界，此后，再也没有涉足。
对于在抗日战争非常时期担任教育部长的这段经历，陈立夫是十分留恋的，他认为自己在主掌教育部时，还是做了不少的工作，也颇有一番政绩。1984年，已经84岁高龄的陈立夫写了一篇《回忆抗战期间的教育》，追思往事，他不无得意地总结道：“从民国二十六年七月七日卢沟桥事变起到三十四年八月日本投降的八年抗战期间，我整整地担任了六年十一个月的教育部长（二十七年一月至三十三年十二月），主持战时教育行政。在这几年中，抚辑流亡学生，重振后方弦歌，扩展各级教育，改进并创建教育制度、厘定课程标准，收回‘文化租界’，创设训育规范、发扬民族文化，发起建教合作制度，征调及训练10万学生为青年军直接参加抗战工作，确实做了不少的事”。
机构虽小，地位确高
陈果夫与陈立夫虽然控制了国民党的党务，但并非在国民党内具有可以处置一切的大权，每有大事，须呈报蒋介石批准，而在蒋介石与二陈之间，还隔着一个十分特殊的机构——侍从室。所有一切面呈蒋介石的报告、公文须先送侍从室，再由侍从室分门别类、分轻重缓急先后转呈蒋，并对有些文件，还可自行处理，机构虽小，地位极高。二陈对这个凌驾于国民党各部门之上的侍从室位置一直十分觊觎。另外，二陈当时只是控制了国民党党务，而对政务和军务，特别是对其人事权无法过问。蒋介石对人事权一直控制很严，凡属中央和地方各行政单位的高级军、政主管人员的任免、升降，他都亲自核定，再交主管部门发布命令。对人事主管权限，有个大概的分工，一般行政人员的考核、选拔由考试院主管，而高级行政人员的储备、考核、挑选、任用，蒋介石则责成侍从室二处第五组主管，这是一个相当重要而又权力很大的部门。这自然会引起二陈的无限兴趣。
正是基于以上两方面的原因，二陈一直处心积虑，寻找时机，想尽各种办法以进入侍从室。
二陈通过一段时间的考虑后，终于有了办法。1939年下半年，陈果夫专程晋见蒋介石，在谈到随着中日战争的发展，国民党党政军各方面需要很多新干部这个问题时，陈果夫不失时机地向蒋介石提出了“由党（国民党）培植掌握新干部”的计划，并提出建议，成立一个独立单位，专门办理高级行政人员的人事调查、登记、考核的业务。正好，蒋介石也考虑到高级行政人员的选用、考核需要进行广泛调查研究，工作量大，且业务范围涉及面广，情况也比较复杂，单靠侍从室二处第五组主管，已经是难于应付了，而这种工作又是十分重要的，成立一个独立单位，扩大人员编制，使之严格规范化，势在必行。所以，蒋介石听了陈果夫的建议后，没加什么考虑，便同意了，而且很快批准了他的“由党培植掌握新干部”的计划。当然，蒋介石并不希望这个独立单位独立性太大，为了便于他直接掌握和控制，也为了业务的保密起见，于是，蒋介石将这个独立单位列为侍从室系统之下，编为第三处，其任务为主管全国高级行政人员的人事调查、登记、考核、分配与通讯指导等。第三处的主任理所当然地由陈果夫担任，同时，蒋介石还任命萧赞育为副主任。这样，陈果夫顺利地进入侍从室，成为蒋介石的最高人事幕僚。
第三处成立后，陈果夫插手人事权，引起国民党元老戴季陶等人的不满，戴季陶时任考试院长，而人事的储备、考核、任用本是属于考试院的，现在第三处成立，说的是主管高级行政人员的人事权，实际上所有行政人员的人事权，陈果夫都有权插手。这样一来，考试院将无事可干、无权可行。于是，戴季陶等人便开始以十分强硬的态度攻击陈果夫，说考试权的独立行使、铨叙部主管全国人事行政是孙中山有关行政制度的一个特点，也是孙中山政治思想的一个特点，而陈果夫单独搞第三处，是违背国父遗教的。戴季陶与蒋介石称兄道弟、又是党国元老，陈果夫自然不敢公开与之争锋，只好采取妥协态度。他声称第三处并非专管人事，也不是独立单位，只是侍从室下一个人事参谋单位，所做的工作也是幕僚性质的，而且不对外行文。如此云云，才将戴季陶等人敷衍过去。
陈果夫到第三处走马上任后，按侍从室一、二处各组的顺序，在第三处下成立了第七、八、九三个组，并将自己的亲信都收罗到该处工作。同时，还到有关党、政、军各机关中遴选人员，使文职、武职人员各占半数。他要求文职人员没有书生气，而武职人员则是文质彬彬、恂恂儒雅，当然最重要的是政治立场，即绝对忠于蒋陈。
通过不长时间的筹备，侍三处便在陈果夫的指挥下开始工作。首先，他们派出人员，向国民政府有关机关收集人事资料。国民党军事委员会铨叙厅提供了全国军事机关科长以上人员简历册，考试院铨叙部提供了全国荐任以上主管人员名册及全国各机关的概况、隶属和相互关系。资料收回后，陈果夫指示他们将这些资料和各种统计图表进行分门别类的整理、登记，以此作为侍三处今后开展工作的基础。通过陈果夫细致的工作，侍三处逐步建立了一套比较完整的人事登记制度和方法，他们将人事资料经过分析、研究，制成各种卡片，同各种原始资料构成人事登记卷，再按指定姓名和指定范围制成各类索引片，依照运用程序很快可以找到需要的资料。
其次，陈果夫便根据这些资料在全国开展调查，虽然陈果夫在向调查人员交待时说：“做人事调查工作首先要‘无我’，正心诚意为之”，而实际上，则是通过调查，对围民党各级党政军首先进行监督、控制，发现思想、政治态度、立场有问题的，即行处置。
然后，在此基础上，采取一切方式控制人事的考核、选用。陈果夫虽然声称他的第三处只是参谋单位，是幕僚性质等，但那是哄戴季陶的。他人主持三处后，极力抓组织人事权，他以国民党cc派为核心，采用种种手段，将国民党党、政、军从中央到地方的人事权逐步控制到自己手中，为了达到这一目的，他做了以下一些工作：
（一）成立所谓“实业计划学会”。为了在知识界形成他们的势力，陈果夫与陈立夫商量后，由陈立夫出面，拉拢一些高级知识分子和知名人士，如大学教授、工程师及科研工作者，成立了一个“实业计划学会”。由于陈立夫是学工程的，他在北洋大学读书时，在美留学时，都有一些关系，因此，他便以所谓同乡、同学、同专业、同留美等作为纽带，笼络了一些人，并将这些人的简历造成表册，通过侍从室第三处向蒋介石推荐。蒋介石在战争年代，自然十分需要知识人才，对这些人另眼相看，给予重用。而这些人被任用后，自然十分感激二陈，成为他们的力量。
（二）成立“党政训练班”受训结业学员通讯处。为了对党政训练班结业的学员进行控制，陈果夫指示成立了结业学员通讯处，并指派cc系骨干吴铸人为主任，梁子青为副主任。他们规定，凡在中央党政训练班及后来的中央训练团受训结业的学员，在回到工作单位后，必须按时和“通讯处”联系，汇报自己读书、工作和活动的情况，还要汇报周围人的思想状况，侍三处根据其汇报进行考核、登记，择优予以升迁。通过这一办法，二陈便能随时了解全国各地党政人员的基本情况，以加强对这些人的监督与控制。
（三）成立中央训练团高级班。高级班学员主要为国民党政府厅、司、局长及专员级的干部，受训期为半年，结业后，由侍三处登记，直接掌握，作为中央培养使用对象。所有参加高训班的人选都由侍三处提名，报蒋介石批准。陈果夫便以此作为笼络人心的筹码，到高训班受训的人都知道自己能参加受训，成为中央培养的对象，是陈果夫的提携，因此从内心感激他。陈果夫还命侍三处人员每月与高训班学员聚餐一次，以增进了解、融洽感情，使一期一期的高训班学员成为二陈的势力范围。二陈也通过这一形式加强了对国民党高级干部的控制。
陈果夫并非像他对戴季陶所说的那样，不干预考试院的工作，他早就想把这一工作揽于自己手中。他在侍三处工作有一定进展后，便开始染指考试院。
陈果夫利用侍三处的特殊权力，将大批cc派的骨干塞进各地考铨处当处长、科长，考铨处本是考试院铨叙部派在各地的分支机构，cc派的人当了处、科长后，便掌握了考铨处大权，表面上，考铨处还是考试院的下属机关，实际上，已经成为侍三处在各地的办事处。陈果夫就是利用这种偷梁换柱的办法，逐步地控制了地方人事权。
陈果夫主持的侍三处，除了进行各种人事的调查、考核、选用外，还常以到各地调查的其他情况进行分析研究，向蒋介石提出施政方案，以获得蒋介石更大程度的信任。如1939年，国民党军队从日寇手中收复了广西南宁、宾阳、九塘等地区，侍三处在人事调查时碰到了一系列社会问题，如汉奸问题、伪军问题、老百姓的耕牛问题、房屋问题等，陈果夫看了调查人员写的报告后，认为虽不属侍三处的工作范围，但又十分重要。他便亲自与第十一组（即通讯组）进行研究，又与内政部、中央政治学校等单位联合召开会议，邀请有关人员进行讨论，在其基础上，陈果夫拟定了“战后伪军处理办法”、“战后汉奸处理办法”、“战后社会问题办法”等20多个方案。交蒋介石审阅，蒋介石看后十分赞许，并指令有关部门执行。再如，陈果夫曾邀请中央政治学校财经教授及有关学者，一起讨论、研究，拟定了《三民主义经济制度与经济政策》；陈果夫还邀请社会学专家进行认真磋商，草拟了《工作竞赛办法》等。这些方案都呈交蒋介石参考，为蒋介石的统治出谋划策。陈果夫忠心耿耿，受到蒋介石的赞扬。
这样，陈果夫的侍三处完全超越了人事幕僚单位的职权范围，而成为蒋介石在政治、经济、军事等方面的参谋机构。
由于侍三处擅权越职，专横跋扈，引起了国民党、政、军各方人士的不满，所以，抗战胜利后，侍从室第三处便被撤销，陈果夫也从主任宝座上翻落在地。由于他的肺病日益严重，他也不太管事了，虽然还是国民党高层领导人，但已是今非昔比了。
总之，陈果夫、陈立夫两兄弟红得发紫的辉煌时期结束了，虽然他们并不服输，还在努力以保持自己的已有地位，但确确实实，他们开始步履蹒跚地迈入人生的下坡路。
组建中统
还在1937年初的时候，国民党在全国人民要求抗日的压力下，召开五届三中全会，提出了处理与共产党关系的“最低限度之办法”，其中有国家军队编制统一、政权统一等主张，要统一政权就必须对各种特务组织统一领导。正是基于此种目的，根据蒋介石的提议，国民党在三中全会后不久，即1937年4月便成立了“国民政府军事委员会调查统计局”这个总的特务机关。将原复兴社与cc派两大特务组织集合在一起，进行统一管理。
国民政府军事委员会调查统计局设局长一人，副局长一人，下设三个处，“局长是陈立夫，副局长是陈焯（首都警察厅厅长）；第一处处长是徐恩曾；第二处处长是戴笠；第三处成立在后，没有搞多久，处长先是少将秘书丁默邨兼，后来换的是金斌”。
对于蒋介石的这一安排，二陈自然是喜不自禁。本来，cc派与复兴社这两大特务系统从成立以来就是互相水火，明争暗斗，摩擦事件时常发生。二陈一直想插手复兴社事务，达到吞并复兴社的目的，但总不能遂意。现在成立“国民政府军事委员会调查统计局”，将两大特务系统集中起来，统一由陈立夫指挥，对陈立夫来说，实在是“天助我也”，他可以凭其职权，染指复兴社，逐步将其吃掉。
但蒋介石也有他自己的打算，他成立统一的特务机关，只是为了让他便于指挥，压根没想将整个特务组织全交给二陈，因此，局长虽然让陈立夫当了，而下面三个处却是各成系统。一处统原来的cc派，二处统原来的复兴社，三处开始两方面人都有，后来也拨归复兴社，cc派再也不能问津。三个处不但各自成一体，而且办公也不在一个地方，第一处设在南京道署街，第二处设在鸡鹅巷，第三处设在山西路，基本上是老死不相往来。
戴笠由于有蒋介石的宠信，对陈立夫的领导并不十分恭顺，他自成一体，二处俨然是一个独立王国，其编制、人事、活动形式与范围都由他一人主掌，cc派休想过问，对此，陈立夫虽然忌恨，却又奈何不得。
陈立夫也十分看不起戴笠，每当戴笠例行公事去见他时，他眼也不抬一下，鼻子也不哼一下，只是用手挥去挥来，极为藐视，这使戴笠怀恨在心，久久不忘，常在军统特务中讲陈立夫的坏话。
陈立夫在任局长期间，为了排挤戴笠特务系统，总是极力提高一处的地位，压低二处，许多政治上的便宜尽量让一处多占，当时局本部的工作人员也以cc派居多，在委派外任时，一处也总是压着二处。晚年后，在儿女簇拥下的陈立夫几多欢喜，几多感慨，风雨一生，终老异乡。如南京邮件检查所和南京电报检查所，是由特务机关直接控制的两个单位，其作用十分重要，邮检所的中校所长张志鹏是由第一处派任的，少校副所长童襄则由第二处委派；电检所所长叶定也是由第一处任命，副所长由第二处任命。这样一来，凡是由两所检获的材料，第一处总是首先看到，而第二处只能从经办人员那里偷看一点，不得全貌。为此，第二处一直耿耿于怀。两个特务组织虽然统一在一个局内，表面上也似乎风平浪静，暗地里却已是剑拔弩张了。
抗日战争爆发后，国民党军队连连败退，蒋介石放弃南京，国民党中央中机关大部分撤退到武汉，二陈所指挥的两大特务系统一片混乱，特务们如鸟兽散，原有的组织几乎全部停止活动。陈立夫尽管作了很大努力，也不能将其恢复起来。
1937年9月，蒋介石为适应战争需要，成立了“大本营第六部”，任命陈立夫为部长，主管“民众动员”事宜。陈立夫仍旧不忘他的特务组织，他担任部长后，利用其职务的方便，将原来特工总部的一大批星散的特务招集起来，全部安排在“大本营第六部”工作，编为第四组，以徐恩曾担任该组中将组长，cc派重要骨干王思减、王杰夫、刘桂等都挂少将、上校、中校等军衔，在该组任职。实际上，这个所谓的第四组，就是原特工总部的翻版，这批特务打着“动员民众”的幌子，继续进行迫害共产党、迫害进步人士、破坏民众运动的特务活动，而这些特务活动正是蒋介石、国民党所需要的。
国民党蒋介石在外敌侵略的情况下，在全国人民一致抗日的压力下，虽然实行了第二次国共合作，但蒋介石的内心深处并没有真正放弃反共政策。1938年3月9日至4月1日，由蒋介石主持的国民党临时全国代表大会在武汉召开，大会继续对共产党进行攻击，说：“共产党挟其不适合国情之主张，使国家人民在精神上与物质上遭受不可胜计之损害。”于是，在所谓“国家至上、民族至上”的名义下，强调“消灭政治斗争之意识”，为此，大会决定国民党实行领袖制，选举蒋介石为总裁，为全党最高领袖。
正是在这种要求独裁、反对民主的气氛下，大会藉口防止敌谍汉奸活动、提高工作效率、增强抗敌力量，决定将国民党两个御用的特务组织加以扩大，各自组建独立的组织。以原中央组织部调查处（即特工总部）为基础，成立国民党中央执行委员会调查统计局，其活动范围以党政机关、文化团体和大中学校为重点。以原复兴社特务处为基础，成立国民政府军事委员会调查统计局，其活动范围以各级部队、各军事学校、各军事机关为重点。这两个特务组织的任务均是对共产党员、进步人士、革命群众以及国民党内不满蒋介石独裁统治的人进行调查、监督，炮制黑名单，配合军警进行逮捕、关押、审讯、杀害等。中统局以中央执行委员会秘书长朱家骅任局长，徐恩曾为副局长；军统局则让蒋介石侍从室主任贺耀祖任局长，戴笠为副局长。
蒋介石所走的这着棋实际上是对陈立夫的分权，使他能对两个特务组织统而羁之、分而控之。同时，为了不让陈立夫因领导特务组织时间太长而基础盘根错节，甚至连新成立的中统局局长也没让他担任。对此，陈立夫心中颇为不满，却又不敢有所流露，当有人和他谈起新成立的两个特务组织时，他还装出一副满不在乎的样子说：“每个人有两只眼，两只耳。作为领袖的耳目，也应有两个，兼听则明嘛。”话虽如此说，在其内心深处，对蒋介石的分权行动，却藏着一股深深的哀怨之情。
当然，陈立夫也有高兴的一方面，他们兄弟俩多年苦心经营的特务组织如今也成了堂堂正正的国民党的正式机关了，这与当年的“私生子”特工总部显然是不可同日而语了。虽然局长的宝座由朱家骅登上，但副局长是他的亲信徐恩曾，整个班底基本上还是他们的人，中统还在他们的掌握之中，想到这些，心中又不禁多了几丝安慰。
朱家骅虽然当了中统局长，但他又是中央执行委员会秘书长，秘书处的事务繁多，再加中统局这边没有他的班底，所以，局内诸多事务都交由徐恩曾办理，而徐恩曾又惟二陈之命是从，这样，中统局内的人事安排完全在陈立夫的一手干预下进行。
在陈立夫的指挥下，中统局内的组织机构逐步建立起来，局下主要设有三组、三处、五室、四会。
三个组按番号排列，相当于其他机关的处。
第一组，主管情报、资料、档案、文牍及总务，特别是对共产党情报、资料的收集和研究。下设情报科、秘书科、资料室、档案室以及总务科。
第二组，主管党派（主要以反共为重点，其他进步党派、团体组织也为工作对象），另外，对反对帮会、宗教团体及盗匪扒窃集团，日伪汉奸的工作，也属其范围。下设四个科室分管。
第三组，主管特务组织的训练和对外工作。初设四个科，后缩减为三科。
三个处为：
经调处，即经济调查处，其任务主要是调查解放区经济和日伪经济。
交通处，主管全国“中统”的电台、电讯器材、通讯以及沦陷区的交通，特别是通往解放区的特务秘密交通。
统计处，主管中央党部各部处和中统局的各项统计。
当时考取北洋大学的陈立夫，是抱着要为国家的昌盛而奋斗的，可当他进入国民党与蒋介石为伍时，当年的雄心壮志抛至脑后了。五个室为秘书室、人事室、机要室、会计室、专员室。
四个会即训练委员会、纪律审查委员会、海外工作委员会、党网建立与运用委员会。
除此外，按国民党中央的规定，在各省、特别市及铁路党部内设立调查室，作为该省、市、路党部的一个组成部分，但陈立夫指使中统局将原来各地的特务室改为调查室。这样，就把各地调查室也置于中统局的领导与指挥下。另外，还有直辖于中统局的重庆实验区，直接指挥重庆地区的特务活动。
朱家骅原本也属cc派的人，但他与二陈不是隶属关系。他因与戴季陶的私人情谊而得宠于蒋介石，同时他也属于江浙地域圈圈里的官僚。他在任中统局长后，开始还不太管事，不久，便雄心勃勃地干起自己一套来。他以局长的权势，先后在局本部及各处室安插了一些他自己的人，以便逐步排斥二陈的cc派。如局本部秘书刘次箫、特经处长陈介生、统计处长郑尧柈、专员胡祥麟等。不久，中统局内职位较高的人员中，朱家骅派的人占了一半以上。1942年，朱家骅在担任了国民党中央组织部长以后，曾对各省市党部的cc分子加以清洗。
朱家骅自立门户的野心使二陈十分不安。二陈原先对朱还是比较信任的，陈立夫担任“大本营第六部”部长时，每逢召开重要会议，都邀请朱参加，并请他讲话，关系十分密切。现在，二陈看到朱家骅来者不善，也就不顾情面了。陈果夫曾对此大发脾气：“朱骝先太不像话，怎么单对我们的人开刀。而我们人中也有些失节之徒跑到朱家，真是人心大变。”二陈发动cc派对朱家骅进行全面攻击，并不予合作，同时，二陈还向蒋介石推荐cc重要骨干郭紫峻、顾建中担任中统局副局长，以架空朱家骅，后来，朱被迫离开中统局。二陈在朱离任后，即对中统局进行全面清理，将朱派人物全面调走，于是，中统局又成了cc派的纯种。
中统局在二陈的经营下，逐步发展，成为一个组织庞大，人数众多的特务系统。据当年中统的人事科长孙翼谋说：“我们局里，大概有13000多正式的调查工作人员。”陈果夫与陈立夫多年经营的特务组织逐步发展，在中统时期可以说达到了鼎盛，成为与军统势均力敌的国民党内两大特务系统。
争夺三青团
在改设中统局和军统局的同时，蒋介石借“团结抗战”的名义，企图将全国各党各派统一于自己的领导之下，特别是对青年人，他更感兴趣，千方百计想将全国青年笼络于国民党的旗帜下。从这一目的出发，蒋介石决定由国民党出面，组织“三民主义青年团”。最初，他把筹备、组织的任务交给了陈立夫、刘健群和康泽。
1937年9月中旬，陈立夫突然接到蒋介石召见的秘密通知，他不知又有什么紧急任务，也不知是祸还是福，心里忐忑不安地来到了南京中山陵蒋介石的别墅。走进客厅，蒋介石早已等候在里面，客厅里还有刘健群和康泽两人，蒋介石见陈立夫来后，便招呼他坐下，态度虽然和蔼，但神情依然严肃，大家互相客套几句后，蒋介石便开始训示，他说：“现在抗战已经开始了，过去秘密的小组织形式不合需要，要来一个大组织，把党部的（指cc），同学的（指复兴社）和改组派（指汪精卫派）都团结起来，并以此为中心，再求各党各派的团结和全国的团结。”蒋介石说完，便要大家出主意，陈立夫等人不知蒋介石的本意是什么，都不敢提出自己的看法，一个个都不吭声，蒋介石见此，也不逼着大家发言，只是说：“你们去把这个问题研究一下。”这是蒋介石的特性，他要干什么，常常不直接说出来，让大家去揣摸。陈立夫等人对此十分清楚，便不再询问，诺诺退出。
陈立夫回来后，对蒋介石的训示进行了认真考虑，他想，蒋介石说要搞大组织，以什么形式才能把以前的小组织统一起来，以什么名义才能号召大家呢？对此，他始终不能酌定。第二天晚上，陈立夫便约集了cc派、同学派、改组派三方骨干人物张道藩、余井塘、萧铮、徐恩曾、周佛海、贺衷寒、酆悌、康泽、萧赞育等人聚餐。待大家到齐后，陈立夫便提出蒋介石的训示，要求对此进行议论。于是，大家便七嘴八舌地开始了讨论，一个个宏谈阔论，言语激昂，都表示对蒋的训示拥护、照办，但到底搞一个什么样的大组织呢，谈了几个小时，也没有提出任何具体方案来。
不久，陈立夫等三人又被蒋介石召去。蒋开口便问他们关于成立大组织的方案想出来没有。本来，三个人都还没有定见，但蒋介石冷峻的眼光一扫，三人不寒而栗，竟吓出了一身冷汗，主意也随之而来。康泽和刘健群主张大组织的名称用“三民主义青年团”，陈立夫则有不同看法。他说：“党里面有几个人的意见要加上‘中国国民党’几个字。如果用三民主义青年团，就是‘中国国民党三民主义青年团’。”陈立夫自有他的如意算盘，因为“国民党”是他陈家的，如果加上“党”这顶帽子，那么“团”这个大组织也就自然归于他二陈的领宋子文作为蒋家的至亲，在政治纷争中，却也过早地离开了这滩浑水而远走他乡了。导下了。但蒋介石比他更精明，蒋要成立大组织的目的就是要把各派的实力都集中于他的旗帜下，听他指挥，岂容陈立夫借此机会扩大势力呢，他几乎不等陈立夫说完，就插言道：“有你这‘中国国民党’几个字，人家就不来了。我看就用三民主义来号召的好，用我的名义来号召的好。”康泽与刘健群立即附合，陈立夫碰了一鼻子灰，再也不敢说什么。
陈立夫用国民党的名义组织三民主义青年团的主张虽然没有被蒋介石所采纳，但他并不灰心，对筹组三青团依然表现出极大的兴趣。他有他自己的考虑，他认为，蒋介石将筹组任务只交给了他们三人，三人中又是以他领衔，这说明蒋对他还是信任的，而且，这三人中，无论是在国民党内，还是在蒋介石心目中，他陈立夫的地位是最高的。将来，三民主义青年团成立后，蒋介石最多只是名义上的领导，实际领导权肯定会落入他手中，那时，不管是用“国民党”的名义也好，还是“三民主义”的名义也好，三青团这个大组织会慢慢演变成陈家团，他们兄弟俩的势力会更大。
因此，陈立夫丢下了其他一切工作，一心投入筹备活动中。为了加快筹组步伐，他开始进行紧张的幕后联络，他先后与青年党领导人曾琦、民社党领导人张君劢、中国共产党领导人周恩来、社会民主党领导人陈铭枢及其他一些党派的负责人进行了会谈。会谈中，陈立夫以“团结抗战”为借口，要求各党派自行解散，然后合于一起，组建一个大党。实际上，这是蒋介石的阴谋，企图吞并各党派，实际国民党的一党专政。
陈立夫的活动受到了中国共产党的抵抗，周恩来明确表示：中国共产党不能解散，处此抗战紧急关头，各党派只能团结一致，最好建立一个各党派共同参加的某种形式的民族解放同盟，使全国人民和各党派更加团结起来，以利抗战，而不能互相火并。大多数民主党派都赞成中国共产党的主张，不同意解散组织。只有少数党派跟着陈立夫的后面，表示支持陈的提议，曾琦、张君劢于1938年2月下旬先后发出通电，说他们青年党、民社党的主义与三民主义并无二致。陈铭枢也发表宣言，同意解散派的主张，并宣布解散社会民主党。尽管他们发通电、发宣言，好像很热闹，但应者寥寥。由于大多数党派不同意解散自己的组织，合并到国民党中来，所以蒋介石解散各党派，合并成一个大组织的初衷没有实现，但他还是指示陈立夫尽快把三民主义青年团建立起来。
1938年3月，蒋介石经过反复考虑后，拟定了一个“三民主义青年团筹备委员会”成员的名单，由于陈立夫的卖力工作，他被蒋介石定为筹备委员之一，但却列名于陈诚之后。这种安排使敏感的陈立夫想到，陈诚有可能捷足先登，取得“三青团”领导大权。因此他不能示弱，他与陈果夫商量后，觉得应该加紧活动，以与陈诚争夺“三青团”大权。
3月底，在武昌召开的国民党临时全国代表大会根据蒋介石的意旨，作出决定：“为健全党的组织，巩固党的基础，将预备党员制取消，设立青年团，在统一的组织之下，训练全国青年，使人人信仰三民主义。”紧接着，在4月6日举行的国民党五届四中全会上，经过国民党中央委员们认真讨论，通过了由陈诚、陈布雷、康泽三人起草的《三民主义青年团要旨案》。这个文件规定了三民主义青年团的政治纲领、组织形式等，该文件称：“为全国青年意志之统一，能力之集中，以充实国民革命之力量起见，依照本章第五条之规定，设立三民主义青年团”，并规定：“青年团设团长一人，以本党总裁兼任之”；“青年团之干部由团长指派之”。这样，蒋介石成了三青团的太上皇，他可以指挥三青团的一切活动。蒋介石成立三青团的本意，是为了解除国民党内各种小组织和派别，将各种势力统一在自己的指挥下，现在国民党通过了成立三青团的决议，实际上也就赋予了蒋介石大刀阔斧剪除各种派系的权力。五届四中全会后，蒋介石便以国民党总裁的名义，名正言顺地下令解散党内一切小组织，以尽快实现国民党内的统一。
蒋介石命令下达后，陈立夫确实感到为难，对于他与其兄陈果夫苦心经营的小组织，他实在难得割爱，但为了在三青团正式成立时，能捞取重要职务，特别是要压倒陈诚，他又不能不服从命令，解散组织，以获得蒋介石的信任。因此，他在与陈果夫经过密商后，决定尽快作出响应蒋介石命令的姿态，将过去的秘密小组织解散。
经过一系列紧张的善后安排后，二陈在汉口召集原国民党忠实同志会及青天白日团成员大约500人开会，由陈立夫主持会议，陈果夫作报告，陈果夫在对过去两组织的工作简单地回顾后，便以低沉的语调宣布：当初组织同志会及青白团有两个目的，一是“拥戴蒋总裁为国民党唯一领袖”，现在这个目的已经达到，使命已经完成；二是“反共”、“安内”，现在形势发生变化，抗日军兴，国共又开始合作，这项任务也算告一段落。现在中央决定成立三青团，蒋总裁也下令解散国民党内一切小组织，遵照中央决议和总裁命令，中国国民党忠实同志会即日予以解散，青白团因早就取消，所以勿须解散。同志会有关报刊停止出版，经费停止发出，现在出席会议的是同志会的骨干，望传达给所属成员。
陈果夫的话在会场上引起了极大的波澜，他的话还没讲完，当场就有一些cc派死硬分子起哄叫嚷，有的叫：“共产党不停止组织活动，我们却自己解散，这岂不是束手待毙！”有的喊：“复兴社新国民党不解散，我们却早早解散，太傻了。”有的干脆站到椅子上大叫：“我们不解散，我们就是不解散，我们解散了，找谁要饭吃。”吵吵嚷嚷，煞是热闹，一时不可开交。
其实，这些吵闹者怎知他们主子此刻的心情以及他葫芦里卖的是什么药呢？二陈解散同志会并非出于本心，他们只是做个样子给陈诚看、给蒋介石看的，其目的是想抓三青团更大的权。同志会的解散只是解散了表面的形式，而实际上，以二陈为首的cc派已成为一个政治思想的牢固结合体，这个结合体是二陈赖以与蒋介石讨价还价，赖以和国民党其他实力派相争夺的生存基础，岂能真正解体，二陈岂能真正放弃呢？整个抗日战争期间，cc派的特务活动一直没有停止过，而且其势力还在无限制地膨胀。
蒋介石对二陈这种装模作样的表演心中也是有数的，他也不去认真，因为他还不能没有二陈，也不能没有cc派。同时，二陈在国民党内权势日益增长的事实，蒋介石心中也是有数的，他必须对二陈有所限制，不能使他们权力太大而震主，这是蒋介石用人的一贯原则。因此蒋介石把三青团的大权交给了陈诚，而不是陈立夫。6月下旬，蒋介石拟定了三民主义青年团中央临时干事会的干事及常务干事名单，陈立夫虽然也列为24名干事之一，并成为常务干事，但在9名常务干事中排在陈诚之后列第二位，明眼人一看就知道，三青团是陈诚的而不是陈家兄弟的。果然，陈诚被蒋介石指定为三民主义青年团书记长，为三青团负各方全权责任。
陈立夫的心一下子凉透了，想不到他为筹组三民主义青年团东奔西跑，上蹿下跳，还忍痛割爱解散了自己的小组，谁知这些都不能取得蒋介石的欢心，大半年的辛苦竟为他人作了嫁衣裳，真是伤心之至。但陈立夫是不敢去得罪蒋介石的，更不敢与之作对，心中尽管有无限的怨恨，表面上却装得无事一样，兄弟俩私下谈起，也只好自认晦气。
1938年7月9日，三民主义青年团中央团部在武昌湖北省议会正式成立。这天，当上了书记长的陈诚好不得意，率领中央临时干事会的全体成员、各处的正副处长、工作人员及第一批入团者，十分庄重地来到会场，由团长蒋介石亲自监视，进行了宣誓仪式。陈立夫心中酸溜溜的，但脸上却是强装笑容，他有他的想法，他有他的主意，在与蒋介石一起宣誓时，他的心中却另外打起了自己的如意算盘：他虽然没有当上三青团的书记长，但自己所掌握的cc派力量是雄厚的，可以指挥cc分子千方百计向三青团渗透，与陈诚比高低、争输赢，一旦将陈诚架空，三青团还愁不是他陈立夫的。
以后，二陈的cc派与陈诚的三青团争夺十分厉害，三青团企图取代cc派，cc派则从各方面攻击三青团，与之争地盘、争地位，并且有大批cc分子向三青团渗透，这一切当然使陈诚伤透了脑筋。不久，随着保卫武汉战事的紧张，陈诚没有太多精力放在三青团上面，便由朱家骅代理执掌团务。1940年9月，陈诚正式辞去三青团中央干事会书记长一职，一切重大事务概由朱家骅处理，这使陈立夫着实高兴了一阵，以为三青团大权正逐渐向他倾斜。但蒋介石并没有遂二陈的心意，以后，书记长又换成张治中，最后，竟传给了儿子蒋经国。这样，二陈只好望洋兴叹，从此，对三青团这一诱人的权柄，二陈再也没有力量去角逐，再也没有胆量去问鼎了。
孔祥熙，国民党的“财神爷”，贪婪无比，终于引起激愤，而远走美国。
特务政治
陈立夫插手三青团的企图落空后，便一心一意经营中统局，他虽然不是中统局长，但局内的整个班底都是他过去特工总部的一套人马，陈立夫便暗中进行操纵，指挥这帮cc派特务干下了大量反共反人民的勾当，为蒋介石的独裁统治立下了汗马功劳。
第二次国共合作是在中国共产党的积极促成下形成的。合作后，蒋介石并没有真正放弃反共政策，随着抗日战争相持阶段的到来，中国共产党领导的人民抗战力量的不断发展壮大，再加日本帝国主义对国民党采取了诱降政策，所以蒋介石的反共倾向也日益显露出来。在国民党五届五中全会上，蒋介石就提出：“对中共是要斗争的，不好怕它”。还说：“我们对中共不好像十五、十六年那样，而应采取不打它，但也不迁就它，现在对他们要严正——管束——教训——保育——现在要溶共——不是容共。它如能取消共产主义，我们就容纳它。”这实际上就是号召国民党反对共产党，与共产党斗争。
陈立夫对蒋介石的话心领神会，他觉得光在中央全会上讲反共，下面各级党部及一些国民党员不能领会精神，也不知怎样反共，必须制定一个反共的文件，拟定具体方法，发到国民党各基层组织，这样才能动员整个国民党一起反共。因此，陈立夫向蒋介石献计，搞一个“防制异党活动办法”，发到国民党基层党部，这个建议颇得蒋介石的赞许，他们通过商定后，将草拟文件的任务交给陈立夫的亲信徐恩曾办理。
徐恩曾接受任务后，闭门谢客，一人在家日夜思考、写作，不几天，便拟订了初稿，然后交陈立夫审阅，陈立夫看后，即带着徐恩曾一起送交蒋介石，蒋介石看后提出了修改意见，直接由陈立夫带回修改。陈立夫便根据蒋介石的旨意，对初稿一字一句进行斟酌、修改，完成后再呈蒋最后审定。这一次，蒋介石看后十分满意，当即指示发出，这样，反共文件《防制异党活动办法》便出笼了。国民党中央秘书处以绝密文件发至国民党各基层党部、行政系统和军事系统也转发，一直发到县级。
《防制异党活动办法》以反共为主要内容，该文件称：“查共产党在本党权利所及之区尤能猖獗活动长足发展，考其原因虽非一端，而本党组织工作不健全而予人以可乘之机实为主要因素”。为了扭转这种局面，文件规定，各地民众和人民团体均应接受国民党的领导，特别是对共产党活动的地区要严格防制，实行联保连坐法，“使人民不敢与异党分子接近而受其利用”，还要求：“各地党部及军政机关对于异党之非法活动应采取严格防制政策，不可放弃职守，纵因此而发生摩擦，设非出于本党之过分与不是，亦应无所避忌”。如果有以共产党或八路军与新四军等名义组织武装队伍者，“当地驻军得随时派兵解散，不得有误”，“如发现有宣传阶级斗争、鼓动抗租抗税、罢课罢工、破坏保甲、扰乱治安者，无论其假任何名义，应一律依法从严制裁”等等。
《防制异党活动办法》的制定与下发，实际上是国民党对党政军各级组织发出了号召，要他们从各个方面，采取各种手段，加紧防共、反共活动。
为了更好地发挥cc特务在反共中的作用。二陈经过商定，报蒋介石批准，开始在全国建立“党员调查网”，使之成为“中统”的外围组织。于是，中统特务在全国各地的党政机关、学校、工商界、军队中收罗了大批国民党员作为“调查网”成员，要他们在中统局的统一指挥下进行所谓调查，而且向他们交代，调查的首要对象是共产党。但经过一段时间的广泛调查后，结果令二陈兄弟大失所望，在所有调查材料中，告发国民党中贪污渎职的材料几乎占80％，揭露国民党中投降叛敌、汉奸嫌疑的占12％，而诬人为共产党或共产党嫌疑的不到10％。实指望通过调查搞到共产党的材料，为反共提供证据，谁知竟搞到了国民党自己的头上，这使二陈十分难堪，不好下台，他们一方面将涉及国民党的材料处理掉，另一方面则大骂特务们不中用，要他们重新再搞。但调查去调查来，总是不能使他们满意，以后，二陈对“调查网”再也不感兴趣，经过商量后，决定放弃“调查网”，于是向蒋介石建议，将最初准备对共产党使用的这张“网”移交给国民党中央监察委员会这个冷衙门。这样，一场调查共产党的闹剧刚刚开场便匆匆降下了帷幕。
为了以后不再发生类似的事情，二陈专门把徐恩曾找去授机宜，明确告诉他，中统的主要任务是反共，不要再去注意国民党内的贪污、投敌等问题。徐恩曾回来后也鹦鹉学舌地向特务们训示：“抗日是暂时的，次要的；反共是长期的、根本的，第一位的”，“反共，消灭共产党，是我们的历史任务”等。
特务们经过训示后，似乎开了窍，便想尽各种办法去反共，虽然在一个时期内，表面上他们不像抗战前那样公开逮捕、杀害共产党和进步人士了，但暗地里的反共活动却是始终存在。如共产党人车耀先，在抗日救亡运动中组织了“星芒社”，办起了《大声周刊》、《国难三日刊》等，鼓动群众参军参战。中统特务为了破坏该组织，伪装进步，打入“星芒社”，然后进行分化活动，并录制了参加这个组织的大批积极分子的黑名单，1939年以后，这些同志大部分被特务逮捕杀害。
1942年，中统特务还对中共中央南方局进行了一次大规模的破坏，南方局领导人之一廖承志及多数工作干部及电台工作人员均被逮捕，人数达300多，使共产党遭受很大损失。廖承志被关进集中营，受尽了折磨，到1945年才转解重庆。蒋介石对这一起破坏十分高兴，除表扬陈立夫外，还给直接指挥这一行动的徐恩曾一大笔奖金。
二陈对特务们的破坏行动十分欣赏，但对其破坏手法还不满意。陈果夫在中央政治学校所在地南温泉私宅养病时，就时常把中统特务万大铉叫去，进行训示。这样，由陈果夫口授、万大铉执笔，历时两个月，写出了《党员调查工作须知》，作为对特务进行训练的教材，里面所传授的，就是如何在调查的幌子下进行反共的各种办法。特务们按此受训后，都受“益”不浅。
陈立夫则认为，在进行反共的特务活动时，不能光靠硬性蛮干，还必须用软的办法，重要的是从思想宣传方面人手，通过舆论宣传，在潜移默化中破坏共产党在人民中的崇高威信，他认为这比抓几个共产党人、破坏几个共产党组织的效果更大，陈立夫经常对特务们说：“戴雨农（即戴笠）喜欢蛮干，情报工作人员摆出吃相难看的样子，还要情报工作技术有啥用场？”他要求特务们了解共产党的理论、研究共产党的理论，使用共产党的方法，达到以伪乱真的程度，然后以售其奸。
在陈立夫的指示下，一些中统特务采取捏造假事实的办法，写出了大量小册子，污蔑共产党，丑化解放区，以欺骗一些思想单纯的青年，使其迷失方向。当时发行最多的什么《延安归来》、《陕北见闻》等，就属这一类造谣污蔑的宣传物。为了加强这种宣传，陈果夫还命一些中统特务在重庆南温泉开设了一个书店，用“文化服务社南温泉门市部”的招牌做生意，专门兜售这类反共小册子，并对青年学生进行监督、迫害等特务活动。
为了进一步指导中统特务进行反共宣传活动，陈立夫还关在家里冥思苦想，写了一篇《宣传工作刍议》的文章，指定为特务们的必读材料，该文以和特务们谈心的形式，提出了做宣传工作的八条原则：第一，不能正面自吹自捧和正面骂人，如果这样，有时候恰好是帮对方做宣传；第二，拿出事实来，揭开对方的一角幕布给民众看，不要做大文章，少用形容词；第三，多研究心理学；第四，不要使用“小骂大帮忙”的手法，否则会弄巧成拙；第五，宣传者的语言和行动要符合本身情况；第六，就地物色助手，平时多做准备；第七，不要使花瓶空着，没有鲜花也得插假花；第八，宣传品不可滥发。
陈立夫说的冠冕堂皇，用心却极为险恶，但可惜的是特务们并不都能做到，如不能正面自吹自捧，国民党本身实行的是独裁专制，他们要把一切党派压下去，实行一个政党、一个主义、一个领袖的统治，在这种情况下，不自吹自捧能行吗？再如拿事实出来，揭开对方的一角幕布给民众看，特务们所进行的就是鼠窃狗偷的活动，国民党蒋介石在反共的时候，根据不管什么正义、良心和道德，这叫特务们到哪里去找什么“事实”来攻击光明磊落的中国共产党呢？他们只能采取捏造事实、造谣惑众的办法而得逞于一时，在人民揭开谎言后，一切大白于天下，倒是暴露了特务们自己丑恶的真面目。还有如宣传者的语言和行动要符合本身情况，这些特务们更是办不到，他们要造谣，只能是造谣的语言，他们要破坏，只能有破坏的行动，怎能去符合宣传者本身的情况呢？陈立夫也太难为特务们了。
中统特务搞宣传不行，盯梢、绑架、捕人，倒是他们的真本事，这种恐怖的特务政治，使共产党和广大人民群众深受其害。
国民政府迁到重庆后，中共领导人周恩来一直在这里领导八路军驻渝办事处的工作。陈立夫为了监视周恩来的行动，便在周的住宅曾家岩50号和八路军驻渝办事处化龙桥附近分别设立了特务监督哨。陈立夫交给特务的任务是：记录这两处出入人员的姓名、来去时间、所乘汽车及单车牌号等，如遇有陌生的人出入，便进行盯梢、跟踪，了解其姓名、住址、身份，必要时实行逮捕。陈果夫对这两处监督哨十分重视，他要求担任监视的特务一定勤手勤脚勤脑，随时记录，随时整理，逐日汇报到中统局，南局再送他本人过目，他如认为有重要价值的情报，再呈报蒋介石。这两处特务监督哨数年如一日，一直进行特务活动，到周恩来离开重庆，八路军驻渝办事处撤销为止，从未间断过监视。不光对中国共产党，对其他一些亲近中共的民主进步人士，二陈也采取过监视行动，如1943年，曾对沈雁冰、萨空了、陈此生等人实行过类似的监督。
在其他地方，中统特务常常是便衣便装，夹杂在人群中，对广大人民的言论、行动进行监督，发现有倾向共产党、不满当局、进行抗日的人，即行绑架、逮捕，直至暗杀，在这种情况下，很多人常常是不明不白地死去，莫名其妙地失踪。“万千逻卒列街衢，偶语宁辞杀不辜”，这就是当时恐怖的特务政治的真实写照。