陈果夫与陈立夫兄弟俩的婚姻情调虽各不同，但都是幸福的。他们在婚后，各自组织了自己的家庭，在家庭生活中，夫妻之间能相亲相爱，并始终如一，白头偕老。二陈在私生活方面都十分严谨，既不寻花问柳，也不移情他恋，这在国民党高层官僚中是不多见的。而朱明与孙禄卿都能很好地操持家务，照顾丈夫，教养子女，并从不干预丈夫的政务。他们的丈夫都是国民党的高官显贵，而她们却都默默无闻，这在国民党高层官僚家庭中也是不多见的。
红的发紫的人物
陈立夫到达广州的时候，正值国民党第二次全国代表大会召开，蒋介石以东征英雄的面目出现，当选为中央执行委员、常委，成为国民党的重要领袖人物，为各方所注目。但也就在蒋介石权力不断上升的时候，他开始日益处于各种矛盾的包围之中。首先，蒋介石压制工农运动，排斥共产党人，与共产党的矛盾日益尖锐；其次，蒋介石独断专行，与苏联顾问的矛盾也日益显露；另外，蒋介石争权夺利，与汪精卫的矛盾不断加深，与其他各军的矛盾也日益不可调合。这些，都使蒋介石感到进退维谷，惶惶不可终日，他处心积虑，寻找摆脱困境的办法。
对于蒋介石的焦急心情，陈立夫深深理解，作为机要秘书，他也在想办法，希望为他的主子分忧解难。但一时又拿不出好的主意，只能说些劝解的话，以宽慰蒋介石的心。
1926年初，在军费分配和出师北伐等重大问题上，蒋介石与苏联顾问季山嘉发生分歧，各不相让，而汪精卫则在旁幸灾乐祸，流露出明显偏袒季山嘉的倾向，使得蒋介石心中十分不高兴，暗恨汪精卫。
孙先生一故去，蒋介石立即背叛了三民主义。不久，汪精卫、季山嘉以主持第七军作为诱饵，拉拢蒋介石第一军中第二师师长王懋功，使蒋介石生疑。于是，蒋介石一纸命令，将王懋功职务解除，并限时要他离开广州。汪精卫则针锋相对，以贩卖私盐的罪证，将蒋介石的把兄、虎门要塞司令陈肇英撤除职务。蒋汪一时剑拔弩张，双方之间气氛颇为紧张。
当时，广州地区也传出一些谣言，说中共已与季山嘉、汪精卫商量好，要从蒋介石第一军中撤出共产党员，另与汪精卫合组国共军队，以孤立蒋介石；还有说蒋介石要到苏联去休养等。那时，国民党内一般政治人物要下台，常以出国考察、休养的方式被放逐，多疑的蒋介石认为自己已经处于危险的境地，必须采取办法，脱离险境。
面对各种矛盾，蒋介石陷入无可奈何花落去的境地，但他又不愿就此甘休，他要战胜各种对手，以窃取国民革命的最高权力。经过一番考虑，蒋介石决定重施以前那种以退为进的伎俩，想以辞职、出国相威胁，来达到自己的目的。1926年2月1日，国民党军事委员会任命蒋介石为“国民革命军总监”，蒋则于8日表示不就职，9日，更呈请辞去“军事委员会委员”及“广州卫戍司令”两职，要求赴俄休养，企图以此要挟汪精卫，使汪不好下台。汪精卫十分清楚蒋介石的用心，对他的辞职，不予明确答复，只是例行公事式地劝他“不宜辞职”，并不坚持挽留，这样一来，倒使蒋介石去之不可，留也无益，陷入十分尴尬的境地，回来后，蒋介石在日记里写道：“顷聆季新（指汪精卫）言，有讽余离粤语，其受谗已深，无法自解，可奈何！”至此，蒋介石确信，汪精卫在共产党和苏联顾问支持下，要除掉自己。经过再三考虑，他决定还是离开广州。
蒋介石即命陈立夫购买了日轮庐山丸的船票，并携带现款3万元，坐汽车到天字码头，准备乘船离开广州，先到香港，再由香港搭船去海参崴。
3月19日，蒋介石收拾行装，带着陈立夫，满心不快地乘车前往广州长堤码头。一路上，蒋介石沉闷着脸，默不作声，陈立夫也不好说什么，当时的心情，按陈立夫后来的回忆说，刚开始，他想到放弃工程师的职业，到广州帮蒋介石，实践总理计划，是间接达到自己的志愿，但几个月的政治实践，“使我大失所望，政治原来是这样污秽”，后来又想，既然搞了政治，再污秽也不能放弃，要坚持干。因此，当车快要到码头时，陈立夫忍不住问蒋介石：“校长，为什么我们一定得走？军事权在校长掌握之中，为什么我们不干一下？”
蒋介石听后，似有所悟，即命司机掉转车头，开回寓所。但当车往回开了一会的时候，蒋介石又变了卦，吩咐司机再转头，重新开往码头。陈立夫没有蒋介石考虑的那么复杂，他只觉得干政治，就不蒋介石一副万水千山胸中握的姿态，开采他的“革命之矿”，却是对内的派系斗争，对外的一致“反共”。能轻易放弃，于是又鼓足勇气，劝蒋介石道：“我们如果走了，总理所交给校长的任务将由谁来担负呢？”蒋介石听了沉吟不语，想了又想，最后下了决心，压低声音对司机说：“开回东山公馆。”对这件事，陈立夫本人后来在国民党上海市党部一次演说时也承认，当时，“在车上他劝蒋先生干，有兵为什么不干？汽车到了码头，蒋先生幡然下决心，重新回到家中发动三月二十日之变”。对于陈立夫这个说法，虽然蒋介石后来否认，说陈立夫是小孩子，不懂事，但这个事实是存在的。当时广州城内由国民党右派传出的一些谣言，也有所谓要将蒋介石和陈立夫劫往海参崴的内容，而且说已经为他们二人准备了前往苏联的护照，陈立夫早就将自己绑在了蒋介石的战车上，他开始仇视共产党，在这种心理的支配下，他的话便具有强烈的煽动性，因此，在蒋介石去留广州的关键时刻，陈立夫显然起了十分重要的作用。
蒋介石与陈立夫回到黄埔后，即由陈立夫出面通知王伯龄、陈肇英、欧阳格、吴铁城等人来黄埔开会，进行秘密策划。这一期间，蒋介石多次召开秘密会议，陈立夫作为机要秘书是每会必与。通过反复密商后，他们一致决定采取反共的行动，并估计了驻广东的国民革命军第三、四、五军部分官兵对事变可能采取的态度。3月17日，陈立夫又随蒋介石由黄埔乘汽艇到广州市东堤八旗会馆——广州卫戍司令部，放出共产党有阴谋的空气，并将其在广州东山的寓所迁到有坚固工事的广州造币厂。
3月18日，欧阳格以黄埔军校驻省办事处的名义，传达一道命令给海军局代理局长李之龙（当时为共产党员），称：“转奉校长命令，着即通知海军局迅速派得力舰二艘，开赴黄埔，听候差遣。”李之龙即派中山、宝璧二舰前往。19日到达黄埔后，蒋介石声称无此命令，陈立夫、陈肇英等人即大造谣言，说李之龙“事前并备就蒋校长和陈立夫同志的出国赴俄护照。是日下午，该舰又开赴省城，并即升火，拟于翌晨强迫蒋、陈两同志上舰出海。”并倒打一耙，说中山舰“无故移动”，是“不法行动”，“显系共产党阴谋暴动”。
还在3月19日上午，蒋介石拜访汪精卫，摸清了汪的政治态度，回来后即召开紧急会议，“夕与干部密议至4时”，陈立夫参加了这个秘密会议，并在会上鼓动蒋介石采取行动，对共产党进行突然袭击，这就使蒋介石下定了反共决心。蒋认为“……今日若无决心，岂能挽救本党……”，有人提出怕舆论谴责，陈立夫当即驳斥，认为不必顾忌，蒋便说：“政治生活，全系权谋，至于道义，则不可复问矣。”于是，蒋介石便诬指“共产党阴谋暴动，要推翻政府”，并以此为借口，宣布戒严。
3月20日凌晨，李之龙在广州文德楼家中被绑架，第一军中的共产党员被扣留，蒋介石还派兵包围了苏联顾问团和省港罢工委员会，收缴了两处卫队的枪械。霎时间，广州城里，一片恐怖气氛，这就是蒋介石一手制造的中山舰事件。蒋介石通过这一事件，左右开弓，一石两鸟，一方面打击了中国共产党，另一方面也降低了他的政敌汪精卫的威信。陈立夫在这一事件的整个阴谋中，一直参与其事，充当了极不光彩的角色，正如周恩来所说：“张静江、陈立夫都于1926年一二月回到广州，同蒋介石进行勾结，挑拨国共关系。这就是3月20日中山舰事变的远因，也是3月20日事变以前的政治形势。”
陈立夫在中山舰事件中所表现出来的对蒋介石的忠心，顽固的反共态度，极端仇视共产党的心理及在复杂事变中的诡计多端，都深深获得了蒋介石的赞赏，蒋介石事后在日记中写道：“今日方知孤臣孽子操心之危，处境之苦，若非亲历其境者决非想象所能及其万一也。”可见，蒋介石是以孤臣孽子来称许陈立夫的。
北伐开始后，陈立夫被提拔为国民革命军总司令部秘书处秘书兼机要科长，当时秘书长为邵力子，处长为马文车。陈立夫对工作十分认真，凡是蒋介石签发的文件如布告、委任状、训令、指令、代电等，他总是逐字逐句地从头到尾阅读一遍，然后交监印员盖上大印。他对下属科员要求严格，管束严厉，监印员姜辅成因受不了军事约束，便以女儿要出嫁为由，向陈立夫提出辞职，陈立夫不予同意，并慷慨陈词，要姜辅成献身革命大事，舍其家庭小事，还许愿说：“我们不久就可以打下南京，到时你请假回去，不耽误你女儿的喜期。”以后，姜辅成再也不敢提辞职的事了。每到一地，陈立夫总要召集部下训话，要求机要科人员要精心保管好印章、文件等物品，以免战乱中受到损失。
陈立夫的工作态度和作风，令蒋介石刮目相看。不久，蒋介石让他主管整个秘书处的工作，这样一来，陈立夫便成为蒋介石高度信任的心腹而不离其左右了。这也为他今后的飞黄腾达铺平了道路。
陈立夫从实业救国、技术救国的迷梦中醒来，却又开始了另一场违背道德与良心的政治梦，他原来立下的做一个正直的知识分子的理想已发生异化，从此，他便长期跟随蒋介石，参与重大事情的策划谋略，成为国民党新右派的主要干将。后来，陈立夫写了《一个学非所用的采矿工程师之自述》的文章，文中，他对自己放弃工程技术而从事政治有所遗憾，但更多的却是溢于字里行间的得意之情。
1926年5月初，陈果夫因上海事务已告一段落，与三叔陈其采及曾养甫3人一行奉蒋介石之命到达广州，陈立夫与哥哥见面了。这次见面有十分特别的意义。兄弟俩多年来为自己的事业各奔东西，一个远走海外求学，一个从事职业政治，可谓兄弟殊途。现在陈立夫绕了一圈后，依旧与其兄走到了一起，同在一个地方，同在一个国民党内，同时都从事政治，可谓是异路同归。从此，兄弟俩携手从政，一起办党，成为国民党内红得发紫的人物。于是，国民党便从蒋家天下丁家党的年代跨入蒋家天下陈家党的时期。
理想发生异化
初夏的广州，满城青翠，满城骄阳，革命的热潮也同季节一样，日益高涨，日趋火热。而以蒋介石为代表的国民党右派十分仇视革命力量，也在暗中加紧策划，随时准备反扑，国共两党的合作面临严峻的考验。
5月15日至22日，国民党二届二中全会在蒋介石的主持下召开，刚到广州的陈果夫也参加了会议。这次会议通过了由蒋介石提出的旨在限制、打击共产党的所谓“整理党务案”，文件无耻地宣称“五人深信整理党务案必能得一切革命党员之承受”。根据此案，选举了蒋介石的盟兄张静江为中央常务委员会主席，蒋介石取代谭平山当上了中央组织部长并兼任新设的军人部长，邵元冲为青年部长，顾孟余取代毛泽东任宣传部长，甘乃光取代林伯渠任农民部长，叶楚伧取代刘伯垂任中央秘书处书记。这样，在国民党中央党部完全排挤了共产党人，蒋介石等新右派篡夺了国民党中央的重要领导权。
这时，国共两党之间的斗争十分激烈，为了应付复杂局面，蒋介石极需一个得力的反共人才，为此，谭延闿向蒋介石推荐了陈果夫。他说：“果夫有办法，”这正说出了蒋介石的心里话，他对陈果夫是了解的，过去同在上海办交易所时升降沉浮的经历，创建黄埔军校时陈果夫在上海为其网罗人才的功劳，都使蒋介石不能忘记，他深深信任陈果夫，很快，便任命其为国民党中央组织部秘书，实际上将组织部全权交授与他，由其接收组织部，具体实施“整理党务案”。
对于蒋介石反共的“整理党务案”，中国共产党的主要领导人陈独秀却推行右倾的投降主义，采取妥协退让的政策，致使国民党右派分子纷纷进入国民党中央领导机关，陈果夫也十分顺利地接收了组织部。
陈果夫能够十分顺利地进入国民党中央组织部，还有一个重要的原因，就是他的伪装还没有撕破，右派面目还没有完全暴露，据陈果夫自己说：“我能顺利接收，要追溯到过去两年的情形。当十三年本党改组以后，已呈分裂现象，那时我对党务，未加闻问。后来奉蒋先生之命，在沪担任招募及黄埔后方勤务工作，因为职务需要与各方面接触，纯粹本党同志与跨党分子，双方均来问我对于党务的意见。我除了答复‘党内不能有党’的主张外，其他什么也没有表示。同时双方面都要我登记，我都没有参加，因此，对双方面均无恶感而能完成在上海的重要任务。等到发表组织部秘书以后，多数共产党以为我没有直接办过党务，所以不甚注意。其知我者，也认为我没有参加过任何反共组织，是比较超然的人物。所以到中央党部接收组织部秘书职务，毫无阻碍。就是我以中央监察委员之资格任组织部重要职务，也无人批评。”
国民党中央组织部从国共第一次合作以来，一直由共产党员谭平山担任部长，杨匏安担任秘书，在他们的辛勤工作下，国民党的组织建设充满一片生机，组织工作曾有过相当大的发展。陈果夫进入组织部后，秉承蒋介石的意旨，首要任务就是从组织部机关中把共产党人排挤出去。他对部机关的29人，从工作态度、思想作风、举止言谈等方面进行了缜密的观察调查，结果，认为只有3位是真正的国民党人，其他的都是共产党人或受共产党影响的左派分子。于是，陈果夫在国民党右派人物萧铮、郑异等人协助下，开始绞尽脑汁，想办法将这些人清除掉，他主要采用了三种办法来达到自己的目的。
陈其采一生在国民政府任要职，协助蒋介石，成为他名副其实的教父。其一为强硬调出。这是陈果夫清除共产党的重要手段，他到组织部后不久，采取突然袭击的办法，不与任何人商议，在部机关会议上宣布，将共产党员杨某、骆某强行调出，且不由分辩，当即生效。同时，将国民党员段锡朋、王乐平、曾养甫、赖琏等人拉入组织部，顶替杨某与骆某的工作。这一明目张胆的反共行为，当即遭到国民党左派人士何香凝的反对，何香凝直接找到陈果夫，严词质问，陈果夫无言以对，但他仍一意孤行，坚持其反共的做法。
其二是软拉硬挤。陈果夫对有些共产党员开始采取拉拢的办法，希望这些人放弃共产党的立场，跟着他走，但这一着并不奏效，共产党人光明磊落，决不愿跟着他干损害人民和革命的事。于是，陈果夫变换了另一手法，寻找各种借口对这些共产党人进行批评和惩罚，同时对一些毫无成绩的国民党员则无休止地进行表扬和奖励，企图以此形成强烈反差，挤走共产党人。陈果夫这种恶劣的行为，当即受到共产党人杨匏安的强烈反对，杨义正词严地质问陈果夫：“你怎么随便破坏部里制订的章则，罚功赏罪呢？”陈果夫拒不接受，依然如此，果然，在事务组工作的两名共产党员被气走。杨匏安采取措施进行反击，将陈果夫经常表扬的一位姓莫的国民党员调出组织部，一时双方斗争十分激烈。但陈果夫有蒋介石做他的后台，继续采取软拉硬挤的办法，将共产党人排挤出组织部。
其三是迫其辞职。陈果夫对一些有能力又颇有影响的共产党员，采取了更毒辣的手段，就是不分配他们的工作，不让他们开会，使他们无所事事，最后自动辞职。如当时有位姓谭的共产党员，专司民众组织工作，他工作十分负责，成绩突出，在组织部内很有影响，陈果夫几次开会都不通知他，而将他的工作另外分配给别人，结果，这位共产党人只好辞职，陈果夫求之不得，马上安排其亲信曾养甫继任。
陈果夫在清除共产党人的同时，将右派国民党员大量安插到组织部来，如曾养甫、郑异、萧铮等，都给以重用，甚至连反孙中山的陈炯明的亲信吴倚沧，也被陈果夫拉到组织部担任秘书职务，负责秘密工作，并称赞他是个人才。这样，一批国民党右派人物集结在一起，陈果夫完全控制了组织部。他曾十分得意地说：“经过这样的几次事件，章则已有改动，用人也自然比以前自由。迁到南昌之时，部中仅留有共党三个，其余都是纯正的本党同志了。”
在国民党中央组织部机关中清党，是国民党新右派向中国共产党发动的一次重要进攻，也是陈果夫反共的第一步，这一步进行得十分顺利，由于陈独秀的再次退让，中国共产党对国民革命的领导权受到严重打击，周恩来在回忆这段历史时说：“右派的蒋介石占了极大的优势。他把张静江捧出来做中央执委会的主席，实际上这人是陈果夫的傀儡。蒋介石亲自做了组织部长，新设军人部长也是由他兼任。组织部实际上由陈果夫代理。原来我们好几个部长（宣传部长、农民部长等）的位置都让出来了。……陈果夫、陈立夫便利用他们的地位，在各省发展右派。”
陈果夫的顽固反共态度和彻底清共办法，使蒋介石对他刮目相看，想不到这位商业场上的老手，在政治上也如此干练，因此，对他更加重用。1926年7月13日，由蒋介石主持的国民党中央执行委员会常务会议作出决议，委任陈果夫为中央组织部代理部长。这次任命确实使陈果夫受到鼓舞，主管组织部，是国民党内多少人企望而不可得的肥缺，想不到蒋介石将如此大的权力授予他，因此，他更加卖力地为蒋介石工作。
陈立夫背离自己做矿业工程师的理想越来越远，而在蒋的国民政府内则越攀越高。陈果夫出任组织部长后，开始具体地实施“整理党务案”，他反共的第二步是办理党员重新登记，整顿国民党各级党部，对各级党部负责人进行更换，逐步将所有在国民党中的共产党人统统清除出去。在对各级党部进行整顿时，陈果夫采取了重点整顿与一般指导的办法，在国民党内全面展开。
重点整顿，是对广东省党部进行改组，因为广东是国民党中央所在地，陈果夫表面上搞所谓民主选举，实际上在暗中操纵，将三倍于执监委员的候选名单“推荐”给大会，并私下收买选票。结果，新选出来的广东省党部仅只保留了刘尔崧、彭湃、杨匏安三名共产党员，其余均为清一色的国民党右派分子。
对其他地方，陈果夫则采取视察与指导的办法。他将一些极端反共的国民党右派人物陆续派到各地担任指导工作，整理党务。如将段锡朋、郑异派往江西，萧铮、王宇春、葛武綮派往浙江，陈希豪派往上海。有些地方如湖南、湖北、安徽、江苏等省，当时没有派人去，但陈果夫都分别电令这些地方的党部派人到广州来听候指示，然后回去照此行事。还有些省市，陈果夫认为共产党力量太大，怕派人指导无济于事，便干脆将这些地方的党部强行改组，换上忠于蒋陈的国民党员。如贵州省党部改组后，即派张道藩前去主持；北京执行部改组后，即派吴铸人、童冠贤等人前往主持；绥远省党部改组后，即派纪亮等人前去主持；福建省党部改组后，即派丁超五前去主持等。每当这些人员出发上任时，陈果夫都亲自接见，进行训话，要他们抵达任所后，尽快将共产党人从各级党部驱除，切实负起“救党”责任。这些人到地方后，与当地反动军官、民团，地主勾结起来，压迫民众，解散农民自卫军和工人纠察队，对各级党部人员进行考核，排挤共产党人，逐步改变地方国民党的领导成分。
在整顿各级党部的同时，陈果夫指令各地对国民党员办理重新登记，根据他的旨意，各地均按以下规定办理：
（一）全部党员应在中央命令组织之党部重新登记。
（二）登记机关指定省党部，特别市党部、县党部、市党部。
（三）登记时间为三个月，但海外登记时间由海外党部另行规定之。
（四）登记表格除原有之各项外，须特别声明愿遵守建国方略、建国大纲、三民主义，第一次、第二次全国代表大会宣言及决议案。
（五）曾经加入本党所否认之政治团体，登记时须特别声明与该政治团体脱离关系。
这些规定中，陈果夫特别强调最重要的是第四，第五两条，这两条中特别是第四条，从字面看来，堂而皇之，无可指责，但实际上，陈果夫是要求所有国民党员必须拥护以蒋介石为首的国民党新右派，遵守他们制定的一系列旨在维护蒋介石的独裁、控制党员的所谓纪律。第五条更是赤裸裸地要求国民党员反对共产党、排斥共产党、宣布与共产党脱离关系。1926年9月，在陈果夫的建议下，国民党中央还公布了《国民政府党员违背誓言罪条例》，规定“党员图谋反革命内乱者，不分既遂、未遂，一律处死刑”，“在职党员违背党义而犯罪者，永远除名党籍”，“知党员犯罪而不举发者，常人依违警法处罚，党员以从犯论”。
陈果夫所采取的这些措施，不但使共产党人在国民党中的地位受到限制，而且逐步孤立、打击了共产党，使共产党处于完全被动的地位。对陈果夫的反共行为，多数共产党员坚决反对，一些国民党左派人士也十分反感，甚至陈果夫派到各地的一些心腹大员也有人表示不满，如派到浙江的王宇春就参加了共产党，派到西北的郭春涛也随冯玉祥一去不返。共产党人和国民党左派还自下而上地发出了“打倒新军阀、提高党权”的号召，在上海、广州、武汉等地形成了普遍提高党权，反对独裁的运动。
但由于共产党主要领导人陈独秀执行右倾投降主义，又一次妥协，完全接受了这些限制，屈从国民党新右派的意志，使陈果夫的反共计划一步步得逞，并成为以后大规模清党运动的先导。
在陈果夫将在国民党各级党部任主要职务的共产党员驱走之后，国民党本身腐败、无能、缺乏人才等弊病就充分暴露出来，组织发展停滞了，在群众中的威望顿落千丈，官僚作风、军阀作风，贪污现象、腐化行为充斥于各级党部，原来那种生机勃勃的革命气象沉寂下去，这个问题十分严峻地提到了国民党当权者面前。
这时，蒋介石新右派还羽毛未丰，他们还不能完全控制国民党，而且，北洋军阀还没有搞掉，他们必须有自己的人才。陈果夫对这一问题考虑得比较深刻，他认为清除共产党后，必须充实国民党的力量，而要充实国民党的力量，必须花力气培养新的人才。基于这一想法，他提出了开办“党政训练所”，以培养国民党各级党政干部的建议，他不辞劳苦，昼思夜想，亲自拟定了《党政训练所设置办法》，提请国民党中央核准。陈果夫的建议得到蒋介石的嘉许，蒋从人力、物力、财力等各方面予以大力支持，并任命他为党政训练所所长。
陈家失势后，蒋介石总在责怪中。他不曾想就是陈立夫在这次下野中的一句话，为他扭转了乾坤。有了蒋介石的支持，陈果夫更是卖力地进行张罗，他对校址的选择、师资的配备、学生的招考等方面都亲自过问，十分仔细。经过一段时间的紧张筹备，“党政训练所”终于开学了。第一期招收学员100多人，大都是经过陈果夫精心挑选而来的。为了提高教学质量，陈果夫规定了极为严格的纪律，学生学习、生活全部实行军事化行动，所学课程也是陈果夫亲自选定，内容多为蒋介石等人的讲话、国民党的党义和章程等。陈果夫还嫌不够，时常亲临训练所给学生讲课，他踌躇满志，一心要把这100多人培养成国民党中的骨干。
但落花有意、流水无情，由于工农革命运动的影响，由于共产党人的细致工作，不到一个月，党政训练所学生内部就发生了分化，大部分学生开始趋向进步、趋向革命。一些学生白天听陈果夫的课，晚上就秘密传阅进步刊物，学习共产党人写的文章，学习马克思主义的小册子，暗中宣传共产党的主张，反对陈果夫的专制教育，甚至还有少数人秘密参加了共产党。
陈果夫发现这种情况后，气急败坏，他派出一些心腹暗中进行调查，结果，查出12名特别突出的学生，便认准他们是共产党分子，学生中的分化肯定是他们从中作祟。于是，陈果夫毫不犹豫地“以思想行为不检的理由公布开除”，他以为这样一来，学生害怕了，就会循规蹈矩，再也不敢越雷池一步。
但事与愿违，陈果夫越是压制，学生对共产党，对马克思主义的兴趣越是浓厚，他们照样看马克思主义的书，照样接近共产党，后来竟发展为学生风潮。事情闹大后，陈果夫干脆撕破脸皮，请广州公安局长李章达派军警前来镇压。李章达为陈果夫旧时的同学，辛亥革命时曾共过患难，开始碍于面子，尚能协助解决。后来，李章达在共产党人杨匏安的影响下，也对陈果夫的专制教育不满，转而同情学生。当第二次学生风潮再起时，无论陈果夫怎么求助，李章达根本不理睬了。陈果夫无奈，只好无限制地开除学生，“经过两次风潮以后，开除的学生竟达半数”。越是开除学生，越是激起学生的不满，他们再也不愿花精力去读蒋介石的讲话、国民党章程之类的东西，陈果夫没有任何办法，只好大大缩短了学习时间，草草结束了这期训练班，然后将这几十号人派往甘肃、福建、北京、南京等地工作。
这些学生到各地后，依然有很多人同情共产党，积极参加大革命运动，为国民革命作出了贡献。当然，也有一些人在陈果夫反共教育的熏陶下，成为顽固的反共分子，后来，在蒋介石背叛革命、反共清党的逆流中，成为国民党右派骨干。
这期学生毕业后，陈果夫的党政训练所也就无法继续开办下去了，只好在长吁短叹中黯然收场。
为谋叛变离武汉
1925至1926年上半年，国民革命的力量得到迅速发展，广大工农群众和爱国人民，迫切要求国民革命军出师北伐，以结束北洋军阀的黑暗统治。陈果夫、陈立夫也主张北伐，而且革命言词激烈，实际上他们抱有通过北伐，进一步扩大以蒋介石为首的国民党新右派权势的野心。1926年7月4日，国民党中央执行委员会发表《为国民革命军出师宣言》，揭示了北伐的目的、性质和意义，宣布“帝国主义者及卖国军阀实为和平统一之障碍，为革命势力之仇敌”，因此，北伐就是要打倒帝国主义及卖国军阀。7月9日，国民革命军在广州举行誓师大会，北伐战争正式开始。
北伐战争开始后，在广大人民的支持下，不到半年，国民革命军就消灭了数倍于己的吴佩孚、孙传芳的北洋军队，革命势力席卷大半个中国，震撼了帝国主义及封建军阀在中国的统治，使全国形势由原来的北洋军阀一统天下、革命势力偏居一隅的局面，转为国民党领导的南方势力与奉系军阀北方统治南北对峙的态势，军阀势力已是江河日下。
在大好的革命形势下，帝国主义加强了对中国革命的干涉，他们开始在革命势力内部寻找代理人，这就使革命统一战线发生分化，其内部的斗争也日趋激烈。矛盾首先在迁都问题上爆发出来。
当北伐军攻克武昌、南昌，占领长江流域的广大地区后，国民政府和国民党中央从广州迁往武汉就成为形势发展的必然，此时，蒋介石也力主迁都武汉。基于这种情况，1926年11月26日，国民党中央召开政治会议，决定迁都武汉。但后来，蒋介石看到两湖地区工农运动日益高涨，革命出现生机勃勃的局面，便考虑在国民党左派和共产党人共同掌握武汉革命政权的情况下，他的各种反革命阴谋是难以实现的。因此，蒋介石便一反前言，提出迁都南昌，反对迁都武汉的主张。
这时，陈果夫刚从上海秘密来到南昌，与其弟陈立夫一起，不离蒋介石的左右，他们与张群、张静江等右派抱成一团，积极为蒋介石反共出谋划策。他们极力赞成蒋介石迁都南昌的主张，并为其大造舆论。
为了帮助蒋介石扩充势力，二陈以各种办法，将一些拥护蒋介石的人拉进国民党内。如1927年2月，陈果夫介绍陈布雷加入国民党，陈布雷即为蒋介石起草了《告黄埔同学书》，为蒋的派系斗争服务。随后，陈果夫又介绍潘公展加入国民党，并将潘与陈布雷派往上海，为迁都南昌、反对共产党制造舆论。当时，共产党员蒋先云也在陈立夫手下的秘书处工作，蒋先云是黄埔一期学生，是一个十分优秀的人才，由于是共产党员，陈立夫总是千方百计排挤他。蒋先云也不肯让步，每天晚上，二人同睡一室，总是就三民主义、共产主义谁优谁劣进行争论。后来，陈立夫竟直接向蒋介石汇报，诬蒋先云偷窃文件，引起蒋介石注意。不久，蒋介石免掉蒋先云机要秘书的职务。
1912年，孙中山就任中华民国大总统，上海各界欢送孙先生赴南京就职。二陈兄弟还分析了全国的革命形势及南昌在全国政治经济中的地位，并为蒋介石描绘了一幅发动反革命政变、一统天下的“美好”前景。他们认为，南昌虽然地理位置较为中心，但经济并不发达，政治上也难以号召国人，将来发动政变应在经济发达的上海，而南昌只能是目前反对迁都武汉的一个筹码，迁都南昌也只是权宜之计。二陈描绘的蓝图果然吸引了蒋介石，他要二陈将注意力放在上海，为将来在上海发动政变作准备。有了蒋介石的旨意，二陈便加紧在上海进行政变的准备。他们代蒋密电上海，要陈布雷、潘公展、虞洽卿一起秘密到南昌见蒋，会商北伐军占领上海后的有关党政军和涉外事宜的部署，计议策划反共清党。
有了这些秘密的准备，蒋介石在迁都问题上的态度更加强硬，在陈果夫、陈立夫的帮助下，蒋介石违背中央决议，以阴谋手段截留了途经南昌准备去武汉的第二批国民党中央委员和国民政府委员，其中包括代理国民政府主席谭延闿、代理国民党中常会主席张静江等，并于1927年1月3日在南昌召开所谓政治会议第六次临时会议，非法决定“中央党部与国民政府暂驻南昌”。蒋介石的目的就是要凭借军事力量，把国民党中央和国民政府掌握在自己手中，造成在南昌发号施令，压制武汉的局面，进而发动政变，夺取革命的最高权力。
蒋介石的无理决定，受到了武汉国民党左派和共产党人的坚决抵制，他们一致要求“中央党部及国民政府，照既定策略来鄂”。同时，为了缓和南昌与武汉的矛盾，武汉方面于1月26日决定派何香凝、顾孟余、邓演达三人去南昌，敦促在赣的中央委员来汉。何香凝等到南昌后，分别找各位中央委员做工作，要求他们为了北伐的最后胜利，能顾全大局，迅速去汉。在形势的压力下，滞留在南昌的委员们也表示拥护中央的决定，迁都武汉，并表示克日赴汉。
代理国民政府主席谭延闿首先表示愿意尽快赴汉，他还主动做陈果夫的工作，他知道陈果夫与蒋介石的特殊关系，如果陈果夫的思想通了，对蒋介石的态度会发生重大影响。谭延闿认为，在武汉，共产党人和鲍罗廷并不能起很大的作用，是“蒋先生看得太严重了”，武汉还是国民党的天下，他希望陈果夫与他一起去武汉。
此时，陈果夫为专门对付共产党，为蒋介石在上海发动反革命政变做准备，已于2月10日辞去国民党中央代理组织部长一职，改任国民党中央政治设计局筹备委员、政治会议上海分会委员。为完成反共大业，他时刻注视着武汉方面的情况，也很想到武汉去走走，观望一下武汉的形势，但他不敢自作主张，即向蒋介石请示，并提出了去武汉的理由。他认为要与武汉方面作对，一定要摸清对方的虚实，掌握对方的情况，而在南昌隔岸观火，是弄不清楚的，应该到武汉去看一看。蒋介石十分赞成陈果夫的看法，同意了他去武汉的请求，派他随谭延闿等一起赴汉。
临行前，蒋介石特地宴请谭延闿、陈果夫一行。席间，蒋气恨恨地说：“鲍罗廷简直是我们的统监，而非顾问了。今天武汉成了共产党的天下，真是令人痛心！”他要陈果夫转告武汉方面，他不能出席定于3月1日召开的国民党二届三中全会，要求会议延期到3月12日召开，他霸道地说：“武汉方面能够延期，便说明武汉方面有诚意。”陈果夫明明知道蒋介石是无理取闹，却也跟着蒋介石攻击武汉方面排挤革命功勋，并表示一定把蒋的话转告武汉方面，压迫武汉方面将会议延期。
陈果夫一行从南昌先到九江，然后由九江坐轮船溯江而上。3月6日，谭延闿、陈果夫等抵达武汉，受到了中共和国民党左派人士及武汉人民的热烈欢迎。随后，国民党中央委员会举行预备会议，讨论召开二届三中全会的有关事宜。会上，陈果夫将蒋介石不能如期来汉参加会议的意见转告大会，并力主三中全会延期，等蒋到汉后再开会。他说，如蒋总司令不参加二届三中全会，则会议的重要性会大大减弱。陈果夫的话还没说完，便在会上引起了激烈地争论，李烈钧、谭延闿等附和陈果夫的意见，认为应该延期到蒋介石来汉开会为止。吴玉章、恽代英、彭泽民等则表示坚决反对，不同意会议延期，他们认为，召开二届三中全会的日期，是中央早就定下的，不能因个别人不参加会议便更改日期，如再延期，是十分错误的。他们义正词严地质问陈果夫：“现在口号打倒独裁、打倒个人专政，因蒋，朱之不能来，而再展期开会，岂不犯了个人独裁之嫌吗？”陈果夫理屈辞穷，不能作答，十分尴尬。李烈钧、谭延闿还要坚持己见，因看到多数人反对，只能作罢。会议经过表决，一致通过决议，二届三中全会如期在武汉举行，并希望蒋介石能按时到汉参加会议。
陈果夫的无理要求没有达到，他又气又恨，却又无回天之力扭转局势。会议后，也没有多少人来理睬他，他独自一人在旅馆里发呆，一种孤立感笼罩在他的心头。3月10日下午2时，国民党二届三中全会在汉口南洋大楼开幕，陈果夫称身体有病，拒绝参加。3月12日，是总理纪念会，他不好拒会，迫不得已，装出一副病态十足的样子参加了会议，会议中默不作声，然后，又向会议主席请了病假。3月15日，他听说全会决定取消由他主持的广州、广东、江西三处党部的选举，他原先所圈定的名单也被推翻，便气不打一处来，再也顾不得有“病”在身，一反常态，精神抖擞地参加了会议。在会上，他多次发言，申辩原办法不应推翻的种种理由，他说他的选举方案是经过常会决定的，全会不应否定。陈果夫的发言当即受到与会者的驳斥，一些国民党人士也不满陈果夫的专横，如彭泽民当即批评陈果夫圈定名单是独裁行为，会议主席顾孟余也认为，常会决议案，全会完全可以否决。陈果夫还想申辩，但已经没有人来理会他了，他只好气急败坏地退出了会场。
陈果夫并不甘心就此罢休，他回旅馆后，即向谭延闿写了一信，罗列一些子虚乌有的“事实”，告彭泽民贪污违法。第二天，谭延闿将陈果夫的信在大会上宣读，即在会场上引起了一片混乱。这样，一方面打击了彭泽民，另一方面也分散了会议的注意力。但由于共产党人和国民党左派人士的努力，二届三中全会还是取得了预期的效果，发扬了孙中山的三大革命政策，产生了有中国共产党人参加的武汉国民政府，取得了反对右派斗争的一次胜利。
陈果夫在二届三中全会上的表演，撕去了他原来所谓“中派”的假面具，将其真右派的面目暴露于共产党和国民党左派面前，也引起了武汉人民对他的不满。三中全会召开后，武汉街头出现了“打倒蒋介石、驱逐陈果夫”的标语。3月18日，武汉人民举行盛大集会游行。高呼“驱逐陈果夫”的口号，一时群情激愤，口号声响彻大街小巷。此时的陈果夫，确实成了过街之鼠，陷入人人喊打的境地。他后来回忆说：“当时，我正在人丛中，可是没有人认识我。但从此行止便格外秘密了。几乎每天要换一个旅馆，避免人家注意。”
不久，蒋介石派人秘密到汉口通知陈果夫，要他赶紧离汉返沪，以谋更大的反革命叛变。于是，陈果夫急忙收拾行装，于午夜2时，秘密登上一艘轮船，此时“钟打五更夜正浓”，陈果夫在茫茫的夜色中，匆匆逃离武汉，前往上海。
为蒋尽力
1927年3月19日，陈立夫随蒋介石到达安徽省安庆市，同行的还有杨虎，杨虎是安徽人。蒋介石的舰艇一到安庆，便有一些反共分子上船要求蒋对安徽的共产党下手，蒋介石先不说话，杨虎犹豫不决，陈立夫则极力主张打击安徽的共产党。他说：“必须立即采取行动，如有任何差错，一切由我协商负责。于是蒋介石派杨虎直接负责。
3月23日，蒋介石在出席安徽省党部的欢迎会并作完演讲离开后，杨虎便指挥国民党军队捣毁安徽省党部；安庆市党部、省农会筹备处，打死打伤10多人，造成安庆惨案。随后蒋介石等到南京、上海，并电陈果夫也来上海。
陈果夫到达上海的时候，蒋介石正紧锣密鼓地策划发动反革命政变。为了使反革命政变披上合法的外衣，蒋介石指使国民党中央监察委员蔡元培、吴稚晖、张静江、古应芬、李石曾于1927年3月28日在上海开会，会上，吴稚晖诬蔑加入国民党的共产党谋叛国民党，“为危害本党及中国”，提出“应行纠察”。会议决定由吴稚晖拟其草案交监察委员会全体会议讨论。
陈果夫到上海后，与已随蒋介石到达上海的陈立夫一起，积极参加各种秘密活动，策划于密室，点火于基层，为反革命政变进行最后的准备。
陈立夫到上海后不久，周恩来便来拜访。周恩来讲，现在国共合作，国民革命军应该保护工人的利益，上海的工人已经行动起来了，有组织的工人达60多万，工人也应该配合国民革命军。陈立夫满口答应，表示“应该”。于是，周恩来提出，国民革命军应该把宵禁的口令告诉工人组织，以免工人行动时，与国民革命军发生误会，引起冲突。但陈立夫坚决拒绝，因他知道，蒋介石已在暗中准备镇压工人运动，拿共产党开刀。所以，任周恩来反复要求，陈立夫就是不肯告诉。周恩来气愤地说：“你们口里说保护工人利益，实际上拿工人当异己，你真够厉害。”双方不欢而散。
4月2日下午，陈果夫、陈立夫随蒋介石神情诡谲地来到东路军前敌总指挥部，参加由蒋介石主持召开的秘密会议，他们到达的时候，何应钦、吴稚晖、李石曾、李济深、李宗仁、白崇禧，黄绍竑等人早已等候在那儿，见面后，互致简单的问候，蒋介石即宣布会议开始。
首先是蒋介石发言，他板着脸，煞有介事地说明清党反共，建都南京的原因。他说：北伐军到了武汉，国民党中央的某些机关和某些人受到共产党的分化或劫持，因此要把国民党中的共产党清除出去，否则，国民党就要被共产党所篡夺。这里，蒋介石把他蓄谋已久的反共叛变活动说成是为共产党逼迫所致，是不得已而为之，完全是一副贼喊捉贼的流氓嘴脸。蒋介石的发言刚完，何应钦、吴稚晖等便鼓噪起来，他们从反共的立场出发，罗列一些歪曲事实的所谓“亲身见闻”，加以渲染夸大，诬蔑中国共产党及其领导的工农群众革命运动，以此渲染“反共清党”的气氛。
陈果夫身穿长衫，长衫上又罩着一件小坎肩，活像一个钱庄的伙计，与何应钦、李宗仁、白崇禧等身着戎装的军人形成强烈的对比。他在会上发言很少，对其他人的讲话总是饶有兴趣地倾听，边听边在内心深深思考，怎样协助蒋介石发动的这场旨在屠杀共产党人和革命人民的反革命政变，不但使共产党在思想上、组织上、行动上毫无准备，而且在舆论上也必须先发制人，到时使共产党哑巴吃黄连——有苦说不出。想到这里，陈果夫嘴角边露出一丝别人不能轻易发觉的冷笑。至于陈立夫，虽然得到蒋介石的信任，主管秘书处的工作，但在吴稚晖等人的眼里，不过是个乳臭未干的青年娃娃，他还没有资格在会上高谈阔论。
会议在一片鼓噪声中，一致同意了蒋介石的意见，这样，“反共清党”的“大政方针”最后决定下来。
这次会议只是确立了进行反革命政变的大政方针，陈果夫还嫌不够，他建议蒋介石再召开一次会议，以商讨政变的具体步骤和方法，使其“合法化”。于是，蒋介石于4月5日上午在旧上海道尹公署楼上召开了秘密谈话会，陈果夫顾不得连日“辛劳”，再次参加会议，另外还有柏文蔚、宋子文、李济深、李宗仁、黄绍竑、白崇禧、古应芬、吴稚晖、张静江等人。会议开始，依旧是蒋介石讲话，他提出：为了使“反共清党”合法化，必须由中央监察委员会提出一个检举共产党谋叛的呈文，咨请国民党中央委员会、国民革命军总司令以及地方军事当局对共产党作“非常紧急处置”，这样，军事当局才可以对共产党实行武力解决。陈果夫即向蒋介石报告了3月28日监察委员会开会的情况，说明正由吴稚晖在拟定呈文草案，蒋介石认为现在是非常时刻，拟定草案的速度要加快，而吴稚晖年老体衰，不能尽快完成，必须另派人协助，陈果夫当即表示自己愿意参加进来，于是会议决定，由陈果夫协助吴稚晖，尽快拿出检举共产党谋叛的呈文。
会后，陈果夫便放下手中的一切事务，与吴稚晖一起躲进密室，炮制反共呈文。根据蒋介石的授意，陈果夫与吴稚晖冥思苦想，绞尽脑汁，终于制造出一个所谓“中国国民党中央监察委员吴敬恒呈中央监察委员会文”。该文盗用国民党中央监察委员会名义，伪造了所谓“中国国民党中央监察委员会在上海开会记录”，将4月2日的秘密会议冒称为中央监察委员会全体紧急会议”，公推“根本没有出席的蔡元培为会议主席，把到会的中监委人数仅占全体中监委的1／4说成是2／3。该呈文诬称：“现在汉口中央执行委员会，为共产党及附和共产党之各员奉俄国共产党鲍罗廷煽动而盘踞”，“今者共产党有谋逆之整备，遂喧腾其联共之口号，诬罔总理，挟制舆论以图大逞……”因此，“举凡执行委员会内叛逆有据之共产党员及附逆委员，应予查办。未便尚听其行使职权，恣为颠倒”。呈文后还附有包括戴笠充当蒋介石的鹰犬达15年之久。15年里，戴笠为维护、巩固蒋家王朝的独裁统治，立下了汗马功劳，自己亦从一个市井无赖升迁至蒋介石的心腹杀手。鲍罗廷、陈独秀、林祖涵、谭平山等在内的197人的名单，要求：“姑将所开各人及各地共产党首要危险分子，经党部举发者，就近知照公安局或军警，暂时分别看管监视，免致活动，致酿成不及阻止之叛乱行为……”
蒋介石接到咨文后，喜不自胜，即发出布告，称：“中国国民党中央监察委员会，举发共产党连同国民党内跨党之共产党员等有谋叛证据，……本总司令职司讨伐，以维护地方秩序为要，如有借端扰动，有碍治安者，定当执法。”此时的蒋介石已是磨刀霍霍，凶相毕露，只等时机一到，便向人民开刀。
陈果夫生怕蒋介石在反共决策时延误时间，他又与邓泽如、吴稚晖、张静江等人集结一起，进行密谋，决定通电全国，以敦促蒋介石把握时机，尽快反共。4月9日，陈果夫等人以国民党中央监察委员会名义发出所谓《护党救国》通电，该电文颠倒黑白地举出国共合作的武汉国民政府的所谓十一大罪状，认为这些“皆为武汉会议中所加于本党之根本之创伤，致使革命势力发皇张大之本党，有遍体创痍之观”，并耸人听闻地提出：“长此以往，不独北伐困难，而本党百万党员与朝夕以求中国的自由平等之民众，亦将何所寄托。”因此，要求国民党“全体同志念党国之危机，懔丧亡之无日，被发缨冠，共图匡济”，群起而一致反对共产党。陈果夫等的这个是非混淆的通电煽动性极强，在蒋介石叛变革命的关键时刻起了极为恶劣的作用。
这个通电发出后，以蒋介石为首的国民党反动派公开叛变革命的政治准备就完成了最后一道手续，他们武力镇压共产党的时机已完全成熟。
要将共产党斩尽杀绝，首先就要知道谁是共产党，因共产党从来没有将其党员的名单交给国民党。要分清谁是纯粹的共产党，谁是纯粹的国民党，是很困难的，蒋介石对此十分关心，要二陈想办法。
陈立夫脑袋一转，便想出一条诡计，他说：“惟一的办法便是打斗，因为一打起来，国民党的人和共产党的人自然就会分出鸿沟来，这个方法我们在安庆试过。”陈立夫还没说完，蒋介石便拍手叫好。于是，蒋介石命令浙江、江苏、安徽等省的亲信，组织打手，主动袭击各地工会、农会、国民党党部，以此发现共产党，然后一举清除，于是，这些地方相继出现反共逆流，白色恐怖从这些地方向全国蔓延。
为了试探武汉政府对其政变的反应，陈果夫建议，先向武汉中央军事委员会总政治部派驻上海的机构开刀。4月6日，蒋介石以总政治部人员“淆惑军心，背叛主义”等莫须有的罪名，手令白崇禧查封了总政治部上海办事处。而武汉方面漠然视之，这就使蒋介石更加肆无忌惮。这时，上海局势十分混乱，早在上海工人第三次武装起义后，在中国共产党领导下，便组成了上海特别市临时政府，蒋介石到上海后，即于3月29日下令解散了这个革命政权，临时政府解散后，上海便成无政府状态。为了控制上海的局势，陈果夫再次向蒋介石献计，他认为，要将上海掌握在自己手中，必须尽快成立一个市政府，以取代被解散了的上海市临时政府，这不仅可以消除共产党对上海的影响，而且有利于“反共清党”的进行。蒋介石听从了陈果夫的建议，于4月8日指派陈果夫、吴稚晖、白崇禧等人成立了上海临时政治委员会，陈果夫被任命为该委员会的主要负责人之一。获此要职后，陈果夫即春风得意地走马上任，在军方的支持下，临时政治委员会成为上海市最高权力机构，“得以会议方式决定上海市一切军事政治财政之权，并指导当地党务”。这就一举篡夺了上海人民的革命果实。蒋介石也就开始屠杀共产党和革命人民了。4月12日，由蒋介石、陈果夫等发动的反革命政变开始，随后向各地蔓延，中国共产党和革命势力遭到严重摧残，中国人民蒙受了巨大的灾难。
陈果夫在四一二反革命政变中助纣为虐，为蒋介石效尽犬马之力，他的所作所为受到共产党人和国民党左派的一致反对。4月14日，武汉国民党中央监察委员会开会，提出将蒋介石、张静江、陈果夫开除党籍。5月6日，武汉国民党中央第二届常委会第十次扩大会议讨论，通过《惩办反动分子案》，决定开除陈果夫等7人的国民党党籍。但由于共产党主要领导人陈独秀的右倾投降主义影响，再加之后来汪精卫的七一五分共，这些决议未能实现。而陈氏兄弟却在蒋家王朝中受到重用，一步一步爬上高位。