于1912年1月1日出任中华民国临时大总统之后，孙中山的看法其实也变了。就像史扶邻所描述的：“在此后数月里，他主持一个软弱无力、财政拮据的临时政府。省一级以下自发地背弃清王朝的军队根本不听他的指挥。地方上的军事首领及权贵，不仅拒绝接受清王朝的指令，也抵制任何强有力的中央集权政府。”面对于此，他虽不能公开反对联邦制，却也再未主张过联邦制了。
孙中山的彻底转向，是在1913年与袁世凯政府闹翻后。转而反联邦制，固然是为了革命集权的需要，但他却因此连自己过去的民权主张都改变了。他开始宣称：今后绝不能如过去一样，将全国人都一体视为“国民”，凡不真心赞成共和而宣誓注册者，即不得享有“国民”资格。
1914年夏，孙组建中华革命党，其制定的总章等对此更有明文规定称：
“凡进本党者必须以牺牲一己之身命、自由、权利而图革命之成功为条件，立约宣誓，永久遵守。”
“凡于革命军未起义之前进党者，名为首义党员；凡于革命军起义之后、革命政府成立以前进党者，名为协助党员；凡于革命政府成立之后进党者，名曰普通党员。”
“革命成功之日，首义党员悉隶为元勋公民，得一切参政、执政之优先权利；协助党员得隶为有功公民，能得选举及被选举权利；普通党员得隶为先进公民，享有选举权利。”
“凡非党员在革命时期之内，不得有公民资格。”在革命期间主动出资者例外，“凡出资千元者，照党员例，享有公民权；出资万元者，政府认为公民代表，参与政事，组织国会”。
这个时候，对一般人民的国民资格，孙中山还有所承诺，称宪法颁布之后，当可从宪法而获得之。但思想上，孙对此其实并不重视，故1924年国民党一大召开时，由他审定的大会宣言就变成另一种说法了。宣言公开否定了“天赋人权”说，强调“民国之民权，惟民国之国民乃能享之”。何人可以成为国民呢？只是那些赞同和拥护其革命者。“凡卖国罔民以效忠于帝国主义及军阀者，无论其为团体或个人，皆不能享有此等自由及权利。”
孙中山不了解现代国家与古代国家的本质区别吗？未必。比如，他一向喜欢讲这样一句话，即：“世界潮流，浩浩荡荡，顺之者昌，逆之者亡。”对于这个“世界潮流”，他也讲得很明白，主要就是：“由神权流到君权，由君权流到民权；现在流到了民权，便没有方法可以反抗。”
问题是，孙中山到底还是在中国传统文化熏陶下成长起来的一个中国人。他接受了一些西方的思想文化，却并不能真正认识到自由、平等、人权的现代意义和价值。他的思想观念事实上还停留在柏拉图式的整体主义的发展阶段，还没有完全进化到现代社会以个人主义为基础的集体主义的发展阶段。因此，其思想观念中才会生成不少类似于柏拉图观念的看法。
比如，像柏拉图相信只有像自己这样具有超人的知识能力的“哲学王”，才能领导城邦国家一样，他也认定人生来就有优劣高低之分。只是他的区分方法是认为，人在知识能力上可划分为三类：“先知先觉”、“后知后觉”和“不知不觉”。社会的进步，只能靠那些“先知先觉”者提出思想、制订方案，灌输给部分“后知后觉”者，再由他们去领导大批生生世世都“不知不觉”者去冲锋陷阵。因此，他明确提出，要成就革命事业，就必须要把权力全部集中到“先知先觉”者，亦即像他这样独一无二的领袖手里，建立领袖个人专断体制，不能搞什么平等。他明确讲，“非服从我不行”，因为“除我外，无革命导师”。
再如，像柏拉图一样，他也认定整体的利益高于一切，个人自由对于整体有害无益。他明确认为，离开国家民族整体讲个人权利和自由，是错误的。因为，“个人有自由，则团体无自由”。他特别强调：“在今天，自由这个名词……万不可再用到个人上去，要用到国家上去。个人不可太过自由，国家要得完全自由。到了国家能够行动自由，中国便是强盛的国家。”他指出，在中国学欧美去喊什么争自由、争权利，不仅是盲从，而且是莫名其妙！国人从来是一片散沙，原因就是“自由太多，没有团体，没有抵抗力，成一片散沙。因为是一片散沙，所以受外国帝国主义的侵略”。因此，他宣称：“我们需要的不是自由而是纪律，为此我们要掺加水和士敏土，变成很坚固的团体。”中国革命必须以统一而非以自由为奋斗目标。
人类的历史，越现代就越加复杂。同样活在现代，同样构建现代国家，同样叫共和、叫民国，却总有许多把国民主权抽空去，只留下一个在国际上有领土、有主权地位的“民族国家”的空壳。后来那个继承了孙中山遗志的中华民国领袖蒋介石，也是这样告诉他的人民的：“如果我们个人要讲自由，国家民族便要受人家的压迫！”