广成子等人去东海流波山斩杀蘷牛，回来之后公孙轩辕用其皮制成鼓。果然如九天玄女所说声震如雷。然而关于如何辨清方向，他们还是一筹莫展。最后还是公孙轩辕自己想出了办法。公孙轩辕发明了指南车用来辨别方位。
公孙轩辕造出鼓，又发明了指南车。觉得可以打败蚩尤了，便摘去免战牌与蚩尤再战于逐鹿之野。蚩尤的风伯和雨师故技重施，然而公孙轩辕用鼓为号，以指南车为向。同时应龙、林明冲等水神吸水，赤精子、旱魃等火神去水，使得风伯和雨师的法术效果降低到最低。
在公孙轩辕等人的多计并用之下，蚩尤无力回天。最终蚩尤被吴明峰和严明硕生擒，风伯和雨师亦被生擒，巫族那边请来的八十一位高手尽皆丧命，蚩尤部落的将领死伤大半小半被擒。
公孙轩辕将蚩尤生擒之后，便劝降蚩尤。奈何蚩尤如何肯投降？！公孙轩辕在广成子等人的劝说下只得下令杀了蚩尤。然而蚩尤是大巫之身，别说是普通士卒，即便是广成子等人的仙家宝剑也难伤蚩尤分毫。
蚩尤看见公孙轩辕奈何不了自己，更是嚣张的骂他们无用。
关键时候还是玄都大法师提醒公孙轩辕，他进言道：“陛下，轩辕剑既是首山之铜铸造而成，又是天定神剑！陛下持之，必然可伤蚩尤！”
公孙轩辕这时候才恍然想起自己第一次跟蚩尤交手的时候，自己的轩辕剑就曾经刺伤蚩尤的左手。于是公孙轩辕亲自出手，剑斩蚩尤之首。蚩尤之首果然被砍下了！然而让公孙轩辕的无奈的是蚩尤之首，在地上滚一圈之后，竟然又回到蚩尤的颈上！
蚩尤笑道：“公孙轩辕小儿，我已经练成木之祖巫句芒大神的‘枯木逢春之术’，已经是不死之身！你杀不了我的！”
公孙轩辕不信邪，又斩了数次，可是蚩尤依旧如故！
蚩尤道：“如何？！”
公孙轩辕虽然不知道如何是好，但是嘴上却不认输。他道：“连句芒大神都已归天，可见‘枯木逢春之术’并不能真正不死！你休要得意我定然会找出你的破绽的！”
公孙轩辕再次询问广成子师傅，奈何广成子亦不知道该如何是好？！最后广成子献计，将蚩尤的四肢和头颅分开，并封印住！这样蚩尤就不能作乱了。
公孙轩辕采纳师傅广成子的意见。找来五匹千里神驹，各拖住蚩尤的四肢及其头颅，然后公孙轩辕将蚩尤的四肢和头颅斩开，五匹神驹分别将蚩尤的肢体拖到五岳山峰，最后公孙轩辕等人将蚩尤的肢体分别封印在五岳之下！
公孙轩辕将蚩尤封印之后，众位仙家纷纷告辞，只有广成子继续留下来辅助公孙轩辕。
公孙轩辕继续领军南下，在公孙轩辕恩威并施的情况下，南方大小黎族部落大半归降，少数不愿意臣服公孙轩辕的部落则搬迁至更南方！那边穷山恶水，瘴气遍地，猛兽虫蛇横行。公孙轩辕本想继续南下，奈何士兵水土不服，又难防虫蛇猛兽，只得放弃！
公孙轩辕击败蚩尤取得胜利之后，炎帝自知不是对手，亦上表臣服。公孙轩辕得到几乎全部人族部落的臣服之后，便准备封禅事宜，以便继任人族共主之位。
不过这次公孙轩辕和三皇不一样，他想在泰山封禅！
山莫大于之，史莫古于之。
公孙轩辕不是第一个在泰山封禅之人，三皇均在泰山封禅过。不过当时三皇是在功德即将圆满的时候，顺从天意，才在泰山封禅！
公孙轩辕本来是没有这种想法的，又是广成子劝说的。广成子成为帝师，他自知公孙轩辕没有办法和三皇一样，不会又封禅在泰山的天意。但是他作为第一位帝师，自然希望自己能得到更大的声望，因而劝说公孙轩辕！
公孙轩辕在泰山封禅，元始天尊亦是知晓的。他将中央玉虚杏黄旗祭出，假托祥瑞为公孙轩辕之功德！元始天尊作为一个圣人，制造这些祥瑞是轻而易举的事！