但崇祯绝不愿意承认这一点。他的名言是“朕非亡国之君，诸臣皆亡国之臣”。后世的乾隆皇帝也不喜欢从这个角度来反思明朝灭亡的教训。他更惋惜明朝没能消灭书院，更惋惜明朝没能把东林党彻底批倒、批臭。
三、乾隆为何痛恨东林党？
在《题〈东林列传〉》中，乾隆说过这样一句话：
东林讲学，始以正而终以乱，驯致与明偕亡。
这相当于是将明朝的灭亡与东林讲学直接挂钩。为什么这样讲？乾隆也有一段解释：“盖有讲学，必有标榜，有标榜，必有门户，尾大不掉，必致国破家亡。汉、唐、明，其殷鉴也。”意思是：讲学者，必会标榜自己讲得好，讲得对；有了标榜，必会形成不同的门派；形成门派，等于形成了有组织的团体，这些团体尾大不掉，就成了心腹之患。汉、唐、明三代都是这么亡国的。
乾隆还说，那些讲学的东林党也有正人君子，但形成了门派，就有了门派利益，有利益，就会有小人趋炎附势。所以，小人以东林党自居，其过错仍在东林党。“开门揖盗者，本东林之自取，迄明亡而后已”，是东林党自己在开门揖盗，吸引小人。
陈鼎的《东林列传》旨在赞颂东林党人。乾隆将他的赞颂斥为“邪说”。其逻辑是：国破家亡，黎民涂炭者数不胜数，东林党人“不能守祖业，徒以国亡殉节为有光”，不能守护明朝，只知道成就自己的千古盛名，真所谓“国家将亡，必有妖孽”。
对于东林党领袖顾宪成，乾隆也完全没有好感。他在诗里嘲讽“足识斯人学不醇”，这个人学问不行，没做到家，同时还在诗后做注，说正因为顾宪成学问太糟糕，所以“其东林倡说，流而为门户，掉而为祸患，不亦宜乎”，说顾宪成在东林书院宣传歪理邪说，流毒成为利益门派，最终成了国家的祸患。
东林党被乾隆定性为明朝亡国的主因，纪晓岚等人奉旨于《四库全书总目》之中对这一定性做了更详细的阐释。他们做的阐释的主旨，简而言之就是“夫明之亡，亡于门户。门户始于朋党，朋党始于讲学，讲学则始于东林”——东林党聚众讲学，讲学形成门户、朋党，门户、朋党不以朝廷利益为先，明朝于是灭亡了。
为了让乾隆满意，有些阐释非常露骨，直指讲学活动会将人聚集起来，而聚集对朝廷有害：“大抵门户构争之见，莫甚于讲学，而论文次之。讲学者聚党分朋，往往祸患延宗社。操觚之士笔舌相攻，则未有乱及国事者。盖讲学者必辨是非，辨是非必及时政，其事与权势相连，故其患大。文人词翰，所争者名誉而已，与朝廷无预，故其患小也。”讲学和写文章相比，前者的危害更大。因为讲学会把人聚到一起，讨论时事、辨别是非，形成有力量的团体；文人写文章互相攻击，不过是点对点争个人声誉，影响反而不大。
权力人物对读书人聚众讲学的憎恶也见于朱元璋与张居正。
在“卧碑文”里，朱元璋明确规定，“天下利病，诸人皆许直言，惟生员不许”，天下人都可以直言时事利弊，只有生员不可以。朱元璋还规定，遇到与己无关之事，生员不许去衙门，不许介入其中，否则革去生员资格，严重者发配边疆，乃至杀头。在朱元璋看来，生员拥有同窗、师长方面的优质社会关系，比普通百姓更有活动能力，是需要严格控制的对象。
张居正也有相同的认知。万历三年（1575年）已身为内阁首辅，大权独揽的他再度重申并强化了朱元璋的祖制，严禁生员参与一切政治事务。他勒令天下：“不许别创学院，群聚党徒及号召他方游食无行之徒空谈废业……游士人等，许各抚按衙门访拿解发。”万历七年正月，张居正又下令遵照“皇祖明旨”，毁天下书院，全部“改为公廨衙门”，书院的田产、粮食全部划归地方里甲。全国著名书院中，超过60所遭到查封。与张居正禁毁书院大略同期，欧洲的中世纪大学开始向近现代大学转型。
在约束生员方面，张居正的规定较之朱元璋的更为具体：“我圣祖设立卧碑，天下利病，诸人皆许直言，惟生员不许。今后生员务遵明禁，除本身切己事情，许家人抱告有司……其事不干己，辄便出入衙门，陈说民情，议论官员贤否者，许该管有司申呈提学官，以行止有亏革退。若纠众托帮，聚至十人以上，骂詈官长，肆行无礼，为首者照例问遣，其余不分人数多少，尽行黜退为民。”
严禁生员议论国家政策的利弊。若生员自己的切身利益受损，只能由家人去找衙门；与自己的利益无关，却前往衙门为民请命、议论官员的好坏，要被革除生员资格，丧失进入仕途的机会；如果利用自己的社会关系，聚集10个人以上，介入政治事务，为首者问罪发配，其他人一律革除生员资格，贬为庶民。
清军入关后，全盘继承了上述明朝的统治术，且有所发展。顺治九年（1652年）向全国颁布的《生员条例》，除重申朱元璋与张居正所定规章之外，另有补充：“生员不许纠党多人，立盟结社，把持官府，武断乡曲。所作文字，不许妄行刊刻。违者听提调官治罪。”生员不但不能议论时事，不能亲自为自己的利益上诉，不可以帮助他人上衙门，不可以聚众介入公共事务，也没了结社、出书的权利。
自顺治而下，康雍乾三代皆继续维持并强化这种统治术，对“生员”实施严格管控。乾隆借修《四库全书》的机会，集合纪晓岚等学者，以“明朝亡于讲学”为历史定论，将东林众人拉出来鞭挞，其实是在警告清帝国的读书人千万不要“重蹈覆辙”。
黄宗羲著：《明儒学案》第十一册卷五十八，商务印书馆1934年版，第47页。
也有学者主张将“东林党”与“东林学派”分开来看。见刘军：《东林党与东林学派辨析：关于东林是否为党的另外一种思路》，《石河子大学学报》（哲学社会科学版）2010年第3期。
［日］小野和子：《明季党社考》，上海古籍出版社2013年版，第7—10页。
吴亮辑：《万历疏钞》卷十八《恳乞圣明节收辅臣权势疏》，见南炳文、庞乃明主编：《“盛世”下的潜藏危机：张居正改革研究》，南开大学出版社2009年版，第204页。
胡铁球：《新解张居正改革：以考成法为中心讨论》，《社会科学》2013年第5期。
吴亮辑：《万历疏钞》卷五《亟斥辅臣回籍守制以正纲常疏》，见［日］小野和子：《明季党社考》，上海古籍出版社2013年版，第18页。
倪军民：《试论明季言路膨胀与政治失控》，见《明史论集》，吉林文史出版社1993年版，第271—272页。
部分学术著作将东林党视为江南地主和商人的利益代言人。如吴慧认为，东林党由“中小地主、中下级官吏和地主阶级知识分子”组成，“代表东南地区部分地主和新兴的工商业者利益”。为了维护自己的利益，他们反对腐朽的“以皇帝、宦官、王公、勋戚、权臣为代表的大地主集团”，“反对王公勋戚的掠夺土地,反对税监矿使的横征工商”。见吴慧：《中国商业通史简编》，中国商业出版社2015年版，第202—203页。
此段及后文关于明神宗铺张浪费穷奢极欲的史料总结均引自南炳文、汤纲：《明史》下册，上海人民出版社2014年版，第711—717页。
南炳文、汤纲：《明史》下册，上海人民出版社2014年版，第718—722页。
南炳文、汤纲：《明史》下册，上海人民出版社2014年版，第722—723页。
方兴：《明朝万历年间“矿税银两”的定额与分成》，《首都师范大学学报》（社会科学版）2016年第6期。
方兴：《明万历年间“矿监税使”的阶段性考察》，《江汉论坛》2016年第3期。
南炳文、汤纲：《明史》下册，上海人民出版社2014年版，第743—746页。
方兴：《明朝万历年间“矿税银两”的定额与分成》，《首都师范大学学报》（社会科学版）2016年第6期。
南炳文、汤纲：《明史》下册，上海人民出版社2014年版，第746—748页。
吴慧主编：《中国商业通史》第三卷，中国财政经济出版社2005年版，第852—857页。
周远廉、谢肇华：《万历后期的矿税之祸：明代辽东档案研究之三》，见《中国古代史论丛》，1982年第2辑，福建人民出版社1982年版。
蔡明伦：《论明万历中后期言官对神宗的批判》，《史学月刊》2006年第4期。
李三才：《请停矿税疏》，见［日］小野和子：《明季党社考》，上海古籍出版社2013年版，第176页。
杨艳秋：《〈明光宗实录·三朝要典〉的编修》，《史学史研究》1998年第4期。
樊树志《晚明史》中《“东林党”论质疑：关于“东林与浙党”》一节，已清晰指出东林无党，“所谓‘东林党’与‘浙党’对立云云，实在是臆测多于事实的”。见樊树志：《晚明史1573—1644》上册，复旦大学出版社2015年版，第529—537页。
［日］小野和子：《明季党社考》，上海古籍出版社2013年版，第376页。
陈登原：《陈登原全集》第八册《崇祯五十相》，浙江古籍出版社2014年版，第93—95页。
《题〈东林列传〉》，见张传锋：《〈四库全书总目〉学术思想研究》，学林出版社2007年版，第247—248页。
《题顾宪成解论语四勿诗及注》，见张传锋：《〈四库全书总目〉学术思想研究》，学林出版社2007年版，第248页。
《四库全书总目》卷九七，见张传锋：《〈四库全书总目〉学术思想研究》，学林出版社2007年版，第246页。
《四库全书总目》卷一四八，见宁侠：《四库禁书研究》，商务印书馆2018年版，第212页。
朱元璋：《卧碑文》，见《历代小说笔记选·清一·松下杂抄》，上海书店1982年版。
《张太岳集》卷三十九，见邓洪波：《中国书院史》，东方出版中心2004年版，第369页。
邓洪波：《中国书院史》，东方出版中心2004年版，第370—373页。
《张太岳集》卷三十九，见［日］小野和子：《明季党社考》，上海古籍出版社2013年版，第22页。
朱汉民、邓洪波：《岳麓书院史》，湖南教育出版社2013年版，第398页。