实朝在位的时候，跟天皇还讲点儿君臣之礼，实朝一死，天皇觉得镰仓剩下的那帮关东武士，浑身马粪味的粗人，根本就没法控制。这帮粗人有权有势，有刀有兵，怎么对付？这让上皇很费脑筋。
后鸟羽上皇是高仓天皇的次子，是在平家政权覆灭之后，才由源氏扶持登上皇位的，也是日本第一位少了传国神剑的天皇。他多才多艺，诗歌方面很有成就，也好耍刀弄剑。
在镰仓幕府成立之后，他屡受镰仓幕府的嫌弃。当时的摄政九条兼实跟镰仓幕府一个鼻孔出气，很让天皇不爽。后鸟羽觉得，要想改变自己的命运，必须学习关东。因为关西的公卿贵族，包括民风都太柔弱了，不如关东武士骁勇善斗。
为了能把权力从幕府手里夺回来，后鸟羽带头示范，勤习武艺，还亲手铸造刀剑，并在上面刻上菊花纹，赏赐给随从。从此菊花纹成了日本皇室特有的纹章，只有皇室才能用这种纹章。二次大战时的日本军舰上、靖国神社的大门上都有这种皇家专属的纹章。
另外，他大量蓄养武士。除了父祖时期设立的北面武士之外，又招纳了很多西面武士。他罢免了与幕府关系密切的九条兼实，大量启用反幕府人士。可惜的是，天皇专政早已经消散在历史的云烟里，天皇时代已经过去了。后鸟羽上皇不明时势，还梦想着有朝一日天皇家能够掌权。
实朝一死，源氏的男性血脉断绝。当时幕府的执权北条家派人上奏天皇，要求派一位皇子东来做将军。后鸟羽上皇没有答应，而是派了使者去镰仓吊丧。同时，他提出要罢免两位镰仓幕府的地头。
当时，北条当家人北条义时特地派人率精兵来到京都，准备迎皇子东来做将军。但是上皇坚持，先得罢免地头，才给派皇子，双方僵持不下。源赖朝的遗孀北条政子做主，让藤原氏的后人继位为征夷大将军，政子夫人继续在幕后垂帘听政，由北条义时来辅佐这位将军。
上皇勃然大怒，认为暴力是幕府唯一听得懂的语言，要想让幕府听话，只有起兵对抗幕府。手下的公卿大臣纷纷劝阻上皇，幕府的势力太大了，以天皇家目前的实力根本不足以对抗幕府，您千万不能轻举妄动。但是上皇非常坚决，他觉得长子土御门天皇才干平平，不足以担当讨幕大业，于是强迫长子退位，让位给次子顺德天皇。为了保证顺德天皇专心主管军事，又让顺德让位给仲恭天皇。这一下，朝廷中就出现了三位上皇，一位天皇。
当时上皇最宠幸的西面武士头叫藤原秀康，他跟上皇拍胸脯，一定能够讨幕成功。另外，镰仓派到京都来卫戍的武士三浦胤义也倒向了天皇一方。
b陪陛下打战玩儿/b
承久三年（1221年）五月，后鸟羽上皇认为时机成熟，抢先发动攻击，把京都中亲镰仓的人一个个拘禁起来，还把幕府的代表招来囚禁斩杀。然后上皇下诏，要求五畿七道讨伐幕府。
当时上皇大会诸将，问关东到底有多少人是北条义时的死党。三浦胤义跟上皇说顶多千把号人。上皇一番比较，自己手下有两万人马，觉得讨伐幕府定能成功。于是派出使者携带诏书到镰仓，呼吁关东豪杰起兵反抗北条氏，归顺朝廷。一时间，关东豪杰人心惶惶，毕竟朝廷占据着道义的上风。天皇要讨伐谁，谁就是朝敌。
值此幕府危急时刻，源赖朝的遗孀北条政子挺身而出，聚集关东诸将，发表了一场演说，给大家做了个战前动员：大将军源赖朝征伐朝敌，草创关东，你们今天能有这个官位俸禄，是赖朝公的恩惠，赖朝公对你们的恩惠比山高，情义比海深。你们是要忘记赖朝公的恩惠投靠朝廷，还是感念赖朝公的恩德在镰仓奉公，你们今天决定吧。
大小武士听了北条政子的一番话，无不流泪伤感，纷纷宣誓，要效忠镰仓，跟京都决战。
幕府派出十九万大军从镰仓出发进攻京都，幕府军总大将是北条政子的外甥北条泰时。大军出发后，执权北条义时将上皇派来的使者放回京都给上皇回奏：臣本无罪，既然被讨伐，不敢逃避。听说陛下您好战，我先派我两个儿子带领十几万人来，跟陛下打一打，让陛下您瞧个乐。如果您觉得打十几万人不过瘾，臣还准备了二十万人，届时臣将亲自率领，陪陛下您打着玩儿。
上皇一开始还很乐观，认为幕府内部必然会生变，关东武士一定有忠义之人背叛幕府、投效朝廷。可惜这只是他的一厢情愿。双方一接战，上皇最信任的武士首领藤原秀康先跑了。主帅一跑，官军中虽然还有忠勇之士，但是根本不经打，全作鸟兽散，幕府军一路冲进了京都。
北条泰实在进攻京都的路上，接到了上皇的侍臣带来的谕旨，意思是讨幕一事不是我干的，跟我没关系，是臣僚所为。如果你要问罪，找臣僚问罪，千万别骚扰我。
上皇一封诏书将自己的责任推得干干净净，也不管属下的死活。上皇手下的大将山田重忠和三浦胤义在激战中突围，逃到皇城，夜叩宫门，以求庇护，上皇竟然闭门不纳。气得山田重忠敲着宫门大骂：懦主误我！追随上皇讨幕的一干大将武士只好全部自尽了。
幕府宣布了对皇室的处分，虽然天皇是不能杀的，但必须受到严惩，后鸟羽上皇、土御门上皇、顺德上皇全部充军；后鸟羽上皇的两位皇子——雅成亲王和赖仁亲王也被充军；刚刚继位七十天的仲恭天皇被废，由幕府另立后堀河天皇。
这就是日本历史上著名的“承久之乱”。皇室经此变乱，尊严丧尽，三位上皇都充了军，天皇被废，虽然保全性命，但是威信无存，政治重心彻底被幕府取代。
从此日本皇室在政坛上隐退，幕府成了日本真正的政治权力中心。从此以后，即便是英明的天皇想要复辟，在老百姓的心目当中，也会认为是天皇叛逆不道，称之为“天皇御谋叛”。
这种观念形成以后，维持了将近六百年，一直到明治维新的时候，才有了转变。