皇极天皇的弟弟轻皇子虽然对苏我氏专权不满，但是他为人智勇不足，也就是发发牢骚而已。而他的外甥（也可以算侄子，看从哪边论了），也就是皇极天皇的长子中大兄皇子，这个时候已经长到十八岁了，器宇非凡，胸怀大志，一直想打倒苏我氏，把政权夺回到天皇家手里。于是轻皇子就把自己外甥介绍给了中臣镰足。
俩人一见如故，就好像姜太公见到周文王，诸葛亮见了刘备，十分投契。从此之后，中臣镰足和中大兄皇子就是云从龙、风从虎的关系，感情非常好。
中臣镰足告诉中大兄皇子，堡垒最容易从内部攻破，要想对付苏我氏，首先得离间苏我入鹿跟他族人的感情。中臣镰足力劝中大兄皇子去笼络苏我入鹿的堂兄苏我石川，这等于在苏我氏安插了一个间谍，打进了一个钉子。
苏我石川是个老实人，一看皇室这么看重自己，咱不能给脸不要脸呀。为表诚意，他把自己的爱女许配给了中大兄皇子。这样一来，中大兄皇子也成了苏我氏的女婿。苏我入鹿并不知道苏我石川这个时候已经背叛自己了，所以在他眼里，中大兄皇子也成了自己人。
接下来，中臣镰足告诉中大兄皇子，下一步就是结交忠义、勇武、奇能、异才之士，建立听命于中大兄皇子的队伍。俩人把工作做得十分保密，一般很少见面，偶尔踢场球，或者到当时的大学问家南渊清安家里借着求学的机会见上一面。
俩人就这么布置了将近一年，但世上没有不透风的墙，苏我氏可能得到了一点儿消息，就在飞鸟川旁的高岗上建立了新居。新居依山傍水，可以窥伺皇宫的动静，而且建造得像山寨一样，驻有兵马，设置了栅栏、粮仓、兵库、水槽，易守难攻。
苏我入鹿非常得意，说我有这样的豪宅什么也不用怕，并且拿鞭子指着山岗下的皇宫说，只要等到老婆子（皇极天皇）一死，我的表弟古人皇子做了天皇，我想怎么干就怎么干，天下就是咱家的了。骄矜之情溢于言表，根本不知道自己的死期将近。
日本版“玄武门之变”
b政变进行时/b
皇极四年（645年），高句丽、新罗、百济三国一起入皇宫献贡。这是朝廷头等的大事，苏我入鹿作为大臣自然要出席。
6月12日，皇极天皇升殿，古人皇子以皇太子的身份侍立在侧，大臣苏我入鹿昂然入座。因为苏我入鹿是曹操、王莽一类的权臣，平时都是带剑上殿、设有专座的。
这一天，中臣镰足买通了殿下人，指使他趁苏我入鹿不注意的时候，偷走了苏我入鹿的佩剑。与此同时，中大兄皇子以维稳为理由，矫诏把所有宫门都关了。然后，中大兄皇子提了长枪，中臣镰足更是手持弓箭躲在殿柱之后，做好了埋伏。另外，在殿旁还埋伏了两名勇士，提前约好，只要苏我石川开始读表文，就冲出来刺杀苏我入鹿。
但是直到苏我石川读完了表文，两位勇士也没有行动，可能是这两人事到临头有些害怕。苏我石川不明就里，以为是密谋败露，吓得浑身颤抖，汗流浃背。苏我入鹿一看，疑心顿起，大声喝问，你怎么抖成这样，出什么事儿了？
中大兄皇子一看再不动手就完了，机不可失，时不再来，冲出殿柱一枪就刺中了苏我入鹿的肩头，伏兵也同时赶到，一阵乱砍，苏我入鹿血花飞溅，倒地而亡。
皇极天皇吓得目瞪口呆，古人皇子惊得是浑身战栗。中大兄皇子一看苏我入鹿死了，急忙跪地向他的母亲皇极女帝禀报，苏我入鹿欺君犯上，图谋不轨，论罪当死。
皇极女帝此时还没有从惊吓中缓过神来，哪里还敢再说什么？古人皇子急忙躲回自己的家中面壁，所有的公卿大臣全部跪在地上向中大兄皇子表示效忠。
苏我入鹿虽然死了，但是苏我虾夷还在。中大兄皇子当机立断，立刻发兵去攻打苏我虾夷的居所。苏我虾夷一看儿子已死，再加上部下星散，众叛亲离，大势已去，长叹一声，放了一把大火，自焚而亡。
此次政变，苏我虾夷、苏我入鹿父子伏诛。皇极天皇在宫殿上目睹了血腥的一幕，深受刺激，就想禅位不干了，想把皇位让给自己的儿子中大兄皇子。
中臣镰足不愧是智谋过人，一番时事分析之后，告诉中大兄皇子，目光要放长远一点儿，要以退为进，力劝中大兄皇子此时不要继位：你这个时候做天皇的话，所有对政变不满的人，以及苏我氏的残余势力就会把靶子对准你，先退一步，不要着急。
因此，中大兄皇子就推荐自己的舅舅轻皇子承继大统。于是，轻皇子继位，这就是日本历史上有名的孝德天皇。