第二年，也就是康熙四十八年（1709年），康熙决定复立胤礽为太子，三阿哥胤祉、四阿哥胤禛和五阿哥胤祺则同时被封为亲王。康熙还颇动感情地说：“自去年九月，不幸事出多端，朕深怀愧愤，以致心神损耗，形容憔悴。其他人不过寻常虚语，别无良法。惟贝勒胤祉、胤禛特至朕前痛哭陈请：‘皇父圣容如此清减，不令医人诊视，进用药饵，徒自面前耽延，万国何所依赖！臣等虽不知医理，愿冒死择医，令其日加调治。’”
在康熙五十一年（1712年）太子胤礽再度被废后，康熙对胤祉更加信任，父子关系也相当不错，康熙每年都会去胤祉的私家花园参观一次到两次，和胤祉的家人喝喝小酒，聊聊家常，共叙天伦之乐。当时能请得动老爷子的，除胤祉外，也只有四阿哥胤禛了。
搞政治的人未必比搞学术的人更聪明，但学术搞得好的人大多不能去搞政治，胤祉即为一例。胤祉虽然文化素质高，且文武双全，但康熙似乎并不看好他在政治上的前途。在康熙的眼里，胤祉虽然聪明，但似乎缺乏一种政治家的魄力，而这也许是胤祉的性格至柔所决定的。
正所谓“术业有专攻”，胤祉在政治方面缺乏悟性，但他在学术方面的确干得不错。康熙五十二年（1713年），胤祉奉命在热河避暑山庄设立纂修馆，负责修书。经过一年多的努力，胤祉等人将康熙亲撰的《律吕》编制成《御制律吕正义》，这是一本音乐方面的丛书，后来在乾隆年间得到补充，保留了中国古代很多音乐方面的原始材料。
编完《御制律吕正义》后，胤祉等人又受命编纂了《历象考成》和《数理精蕴》，这两本分别是历法和数学方面的著作。康熙在天文历法和数学方面颇有造诣，《历象考成》这本书也是康熙亲撰的初稿，《数理精蕴》在编纂过程中也经过了康熙的指导。这两本书和前面的《御制律吕正义》，都是中国古代科技史上重要的文献。为修好《历象考成》这部新历法，胤祉还特意派人到广东、云南、四川、浙江等地去实地测量日影，以取得第一手的数据。在康熙的这些儿子里面，也只有胤祉继承了康熙在学术方面的兴趣和能力。
胤祉最大的成就并不是这三本书，而是编纂《古今图书集成》。《古今图书集成》是继明朝《永乐大典》之后的大型丛书，由胤祉领导翰林陈梦雷等人完成。早在康熙三十七年（1698年），陈梦雷在胤祉府上任侍读学士时，他发现胤祉家里有很多藏书，由此产生了一个念头，想把这些书分门别类，编成一套丛书，既可方便查找，提高利用率，也免得一些珍贵的书籍流失。
胤祉本是爱书之人，他听后拍手叫好，全力支持。在胤祉的帮助下，陈梦雷便开始按经史子集等名目编写目录和凡例，由于书的数量众多，陈梦雷编辑了十几年，才算弄出点眉目来。后来，胤祉将此事禀告康熙，康熙听后也非常支持，并委派胤祉和陈梦雷两人负责设立蒙养斋馆，并招收了八十名学者来编纂一个更大规模的丛书，这就是后来的《古今图书集成》。
为鼓励他们做好这项工作，康熙还特意赐给陈梦雷一副对联：“松高枝叶茂，鹤老羽毛新。”当时进馆的，还有桐城学派的创始人方苞等著名学者，馆中人才济济，颇有文治气象。到康熙五十九年（1724年），编纂工作基本完成，但即将要刊印时，不巧遇到康熙去世，事情发生了变故，这是后话。
当然，也有人认为胤祉其实也是觊觎大位的，只不过不像他的那些兄弟们咄咄逼人罢了，当时有个“孟光祖事件”就是证明。孟光祖是胤祉府上的人，康熙末年也就是胤祉最受康熙青睐时，他曾打着胤祉的名号到地方各省（如陕西、四川、江西、广西等地）活动。按当时的制度，皇子及其属人离开京师的话，需要批准登记，而孟光祖在地方上行走的话，应当具有勘合（相当于介绍信），地方官府才能给予接待。但是，孟光祖居然没有任何证明文件，在各省间依旧是通行无阻，这要是没有地方官员的配合，恐怕是做不到的。
孟光祖在各省活动时，还经常以胤祉的名义给地方督抚大员馈赠礼品，譬如他曾给当时的四川巡抚年羹尧送过礼物，年羹尧则回赠了马匹、银两等；去江西时，江西巡抚佟国勷也曾经回赠过银两、绸缎。按规定，阿哥们和地方上的馈赠往来，地方官员应当上奏朝廷备案，但当时这些地方官并不想得罪胤祉，所以孟光祖活动了数年之久，后来才被发觉。康熙得知此事后，派人将孟光祖捉拿正法，佟国勷被革职，年羹尧也受到革职留任的处罚。
但是，康熙也只是将孟光祖处死了事，并没有再去追究孟光祖到底在下面都干了什么。不仅如此，康熙还特意对供职于蒙养斋馆的魏廷珍说，你“每日和三阿哥在一起修书，若有此事，即当以身命保之”。康熙的意思是，万一有人问起孟光祖的事情，就让魏廷珍以修书的事情为由，帮胤祉顶一顶，不要把胤祉牵连进去。很显然，晚年的康熙并不希望政治斗争牵连太大，特别是牵扯到胤祉身上。
由于“孟光祖事件”没有进一步追查，所以胤祉到底有没有派人去下面争取地方大员的支持，这事尚难定论。不过，孟光祖作为胤祉府上的属人，在下面活动了好几年，胤祉说自己一点都不知道，恐怕也是说不过去的。
总体而言，三阿哥胤祉并没有很明显地表现出要争夺储位的迹象，也许他心里也清楚康熙对自己的定位，因而一直是以学者的形象出现。但是，在康熙的最后十年中，胤祉始终受到信任，这也是不争的事实。事实上，即使胤祉一直想明哲保身，不参与储位的争夺，但他作为大阿哥和太子胤礽被废后最年长的皇子，加上他的才华和与康熙的亲密关系，各种流言蜚语仍旧充斥坊间，一些人也认为胤祉很可能是“储位之争”中的最大“黑马”。
正因为如此，雍正（四阿哥胤禛）即位后，也曾指责胤祉在胤礽被废后，“以储君自命”，“希冀储位”，这或许与之前的流言有关。但凡搞政治的人，总是把那些具有实力的人当作自己的对手，从来不管别人心里想什么，此所谓“楚人无罪，怀璧其罪”，胤祉无意，雍正有心，想逃哪那么容易？