1857年47岁咸丰七年
3月，曾国藩自江西回籍奔父丧。
8月，清廷允曾国藩请，开兵部侍郎之缺在籍守制。
1858年48岁咸丰八年
7月，清廷命曾国藩驰赴浙江办理军务。
11月，李秀成军抵安徽三河镇，合陈玉成军大败湘军，李续宾自尽，曾国华等六千余人皆战亡。
1859年49岁咸丰九年
11月，官文、曾国藩、胡林翼等会奏四路攻皖之策，分由曾国藩、多隆阿、胡林翼、李续宜统之。
1860年50岁咸丰十年
5月，曾国藩辑录《经史百家杂钞》二十六卷，“取精用宏”，“尽抡四部精要”。
8月，清廷实授曾国藩两江总督，并命为钦差大臣督办江南军务，大江南北诸军均归节制。
12月，祁门大营两度被困，太平军距大营仅20里，危险万状。
1861年51岁咸丰十一年
9月，曾国荃率部攻陷安庆。以安庆克复，清廷加官文、胡林翼太子太保，曾国藩太子少保，曾国荃布政使衔以按察使记名。
11月，诏命曾国藩统辖江苏、安徽、江西、浙江四省军务，所有四省巡抚、提督以下各官悉归节制。
1862年52岁同治元年
1月30日，清廷命两江总督曾国藩为协办大学士。
4月，李鸿章率军抵上海。
5月，曾国荃率军进驻雨花台，会同彭玉麟的水师围攻天京。
12月，其弟曾国葆病死于雨花台湘军大营。
1863年53岁同治二年
11月，彭玉麟、鲍超水陆各军攻占高淳县东坝镇。至此，太平天国首都天京的所有物资补给通道全部被切断。
1864年54岁同治三年
6月1日，太平天国天王洪秀全在天京病逝。
7月19日，湘军攻克江宁。太平天国运动失败。
8月，以克复江宁省城，清廷赏加两江总督曾国藩太子太保衔，赐封一等侯爵；浙江巡抚曾国荃太子少保衔，一等伯爵；湖广总督官文赐封一等伯爵；江苏巡抚李鸿章赐封一等伯爵。
8月15日，曾国藩奏准裁撤湘军。
1865年55岁同治四年
5月23日，清廷以诏命曾国藩赴山东督师剿捻，以李鸿章暂署两江总督。
5月28日，诏命钦差大臣曾国藩督办直隶、山东、河南三省军务，所有三省旗、绿各营及地方文武员弁，均归节制。以李鸿章署两江总督。
10月，曾国藩将金陵制造局迁往上海虹口，和李鸿章原设的炮局及购自美国人的铁厂合并，再加上容闳购回的百余部机器，建成江南制造总局。
1866年56岁同治五年
11月，曾国藩以病难速痊及“剿捻”无效，奏请开协办大学士、两江总督缺，并请另简钦差大臣接办军务，注销一等侯爵袭职。
11月26日，上谕：李鸿章暂署钦差大臣，湘、淮各军均归节制。曾国藩赏假一月，在营调理，自请暂行注销封爵，著毋庸议。
12月7日，清廷命曾国藩回两江总督任，授江苏巡抚李鸿章钦差大臣，专办剿捻军事。
1867年57岁同治六年
5月，曾国藩会同李鸿章将江南制造总局由虹口迁往高昌庙，征地扩建，规制大增。
6月，清廷命曾国藩补授体仁阁大学士。
1868年58岁同治七年
4月，清廷改授曾国藩为武英殿大学士。
8月，刘铭传等大败西捻军，捻军起义至此失败。
9月，清廷调曾国藩为直隶总督。江南造船厂试制的第一艘轮船驶至江宁，曾国藩登船试航，取名“恬吉”。
1870年60岁同治九年
6月，清廷诏命曾国藩赴天津办理天津教案。曾国藩到天津后，考量当时局势，没有与法国开战，接受了一系列屈辱要求，成为其个人生平上一大遗憾。
1871年61岁同治十年
9月3日，曾国藩上幼童赴洋学习章程折到京。
1872年62岁同治十一年
2月27日，曾国藩领衔上奏，促请“派遣留学生一事”尽快落实，并提出在美国设立“中国留学生事务所”，在上海设立幼童出洋肄业局。
3月12日，午后，曾国藩至官署西花圃散步，突发脚麻之症，由曾纪泽扶掖回到书房，端坐三刻逝世。清廷闻曾国藩哀讯，辍朝三日。追赠太傅，谥文正。
7月19日，葬于长沙南门外之金盆岭。次年12月13日，改葬于善化县（今望城区）湘西平塘伏龙山。与夫人欧阳氏合葬。