1584年（万历十二年）四月，下旨抄张居正家。八月，公布张居正罪状。十二月，王锡爵、王家屏入阁。
1585年（万历十三年）正月，起海瑞为南京都察院右佥都御史。二月，改任南京吏部右侍郎。四月，面谕大学士。
1586年（万历十四年）二月，海瑞改任南京都察院右都御史。九月，王家屏丁忧。
1587年（万历十五年）十月，申时行请发留中奏折。
1589年（万历十七年）四月，王家屏复入阁。
1590年（万历十八年）正月初一，召见申时行等于毓德宫，出皇长子见之。七月二十六日，召见阁臣议边事。
1591年（万历十九年）四月初一，祭祀太庙，此后皆由他人代替。六月，王锡爵归省。七月二十日，下诏禁止污蔑大臣。九月，申时行致仕，王家屏为首辅，赵志皋入阁。
1592年（万历二十年）三月，王家屏致仕。
1593年（万历二十一年）正月，王锡爵还朝为首辅。
1594年（万历二十二年）五月，陈于陛入阁，王锡爵致仕，赵志皋为首辅。十一月，沈一贯入阁。
1596年（万历二十四年）七月，开始派太监采矿。闰八月，赵志皋请视朝，发奏章，罢采矿，皇帝不予理睬。十月，开始派太监收税。十二月，陈于陛卒。
1599年（万历二十七年）四月，御午门受倭俘。闰四月，以诸皇子婚索银不得，令严核天下。
1600年（万历二十八年）十二月二十一日，利玛窦第二次到北京。
1601年（万历二十九年）十月，立皇太子。
1602年（万历三十年）二月，帝不豫。
1603年（万历三十一年）十二月，召见皇太子。
1604年（万历三十二年）八月，群臣伏文华门请修实政。
1605年（万历三十三年）十二月，罢采矿。
1606年（万历三十四年）七月，沈一贯致仕。
1607年（万历三十五年）五月，于慎行、李廷机、叶向高入阁。十一月，于慎行卒。
1612年（万历四十年）四月，南京御史抗议皇帝二十余年不见大臣，不予理睬。九月，李廷机拜疏自去。
1613年（万历四十一年）五月，禁党争。七月，兵部尚书掌都察院事孙玮拜疏自去。九月，方从哲、吴道南入阁，吏部尚书赵焕拜疏自去。
1614年（万历四十二年）八月，礼部右侍郎孙慎行拜疏自去，叶向高致仕。
1615年（万历四十三年）五月，梃击案起，皇帝乃见廷臣。是年，努尔哈赤建八旗军。
1616年（万历四十四年）正月，努尔哈赤建国。
1619年（万历四十七年）六月，群臣伏文华门请发奏章及增兵发饷，不予理睬。
1620年（万历四十八年）七月，帝崩，五十八岁，谥显皇帝，庙号神宗。八月，子朱常洛继位，是为泰昌皇帝。红丸案起。九月，帝崩，享年三十九岁，在位仅一个月，谥贞皇帝，庙号光宗。子朱由校继位，是为天启皇帝。