考成法却只能废除。这不仅出于“去张居正化”的政治需要，也出于申时行自己的考量。在他看来，张居正除了有过度自信﹑严峻细刻﹑得理不让人﹑生活作风不够检点等等问题外，最大和最根本的错误在于完全不懂如何治国。
当然，申时行没有说过这句话，但应该认真想过考成法的初衷和利弊，结论是弊大于利，得不偿失。事实上，税赋能否如额征收，盗匪能否按时捕获，并不完全取决于官员的努力和能力。如果以此作为考评的条件，不是导致基层弄虚作假，就是逼得他们诬良为盗，这又岂是圣朝气象？
就连提高行政效率，也没有必要。帝国的治理目标原本不高，只要黎民不饥不寒，官员不吵不闹，就是太平，那又何必提高能力和效率？相反，政令的雷厉风行，考绩的公平认真，只会给文官集团带来恐惧和不安。官不聊生必定朝野动荡，因此维持政府的低效和低能反而是人间正道。
太平无事，无事即太平。
于是，万历十五年考察京官时，申时行高抬贵手，网开一面，大小官员都得以各安其位，被罢免或降职的少到只有三十三个，且都供职于无关紧要的部门，算是考绩制度得到严肃执行的一个象征。结果上上下下好评如潮。sup/sup
朝廷走出了张居正的阴影。
申时行的好日子却也到了头。正如张居正不知道稳定比效率重要，这位和事佬也忘记了官场还需要洗牌。如果总不洗牌，就不会出现新的赢家，游戏也就做不下去。何况朝廷养了一大帮言谏官员和监察官员，他们要尽职尽责就得找茬挑毛病，以至于这些人跟内阁竟势同水火，相互为仇。sup/sup
其实早在万历十三年，对申时行的攻击就开始了。有人企图以寿宫（皇帝死后的陵墓）选址不当为由，要求申时行下台，同时密谋另推三辅王锡爵继任。幸亏二十三岁的皇帝并不糊涂，他愤怒地斥责那些人说，阁臣职在佐理，难道是风水先生？王锡爵则因为闹事的有自己的门生，而宣布引咎辞职。他说：大臣不能帅群臣，师长不能训弟子，老成而为恶少年推荐，三条有一条，都该自己走人！sup/sup
阴谋这才未能得逞。
想想也真是可悲。海瑞以身作则，希望能够以道德清除积弊，引来怨声四起；张居正锐意革新，试图运用法令振作精神，结果抗拒横生；申时行妥协安抚，极力靠调和来维持团结，终至纷争不已。他们都败给了无形的敌人。
心灰意冷而且无力支撑的申时行只好辞职，第十一次时万历也没好意思挽留，何况两天前次辅许国已经离去。其实这时京城里充满紧张的气氛，皇帝与廷臣闹僵，左右逢源的和事佬也变成了千夫所指的受气包。因为他们都陷入了一个大麻烦，以至于陛下对文官集团恨之入骨又无可奈何。他在此后拒不视朝，甚至不批奏章不补官，这是原因之一。
这个麻烦，就是立储。
见《明史》之《申时行传》和《宰辅年表二》。
这个数据由刘朋根据《明神宗实录》和《万历起居注》统计。两书所载不尽相同，也可能都有遗漏，但比例应该不会错。
见《明史·申时行传》。
见《明史·雒于仁传》。
以上见樊树志《万历皇帝传》及其所引。
《明史·申时行传》称：章奏留中自此（雒于仁案）始。但《明史·神宗本纪一》又称：万历十五年冬十月庚申，大学士申时行请发留中章奏。这里不争论。
见《明神宗实录》卷一百四十九及《明史·申时行传》。
见黄仁宇《万历十五年》及其所引。
见《明史·申时行传》。
见樊树志《万历皇帝传》及其所引。