心高气傲的高拱，第二天就坐了辆驴车出宣武门，途中竟然被锦衣卫的缇骑轮番追赶。这样狼狈不堪地走到良乡真空寺，张居正申请的驿站交通批文也到了。高拱仍然耿耿于怀，用河南家乡话说：这个人真是又做师婆又做鬼！sup/sup
平心而论，这件事张居正做得还是真心实意，哪怕只是出于内疚。高拱也接受了安排，改乘驿车回家乡。万历六年张居正回江陵葬父路过新郑，两人见面，又老又病的高拱竟放声大哭。当年七月二日，高拱在家中去世，留下《病榻遗言》四卷，从自己的角度回顾了那段历史。此书在后世广为流传，重塑了张居正的形象，也留下许多疑团。sup/sup
当然，这些都是后话。
高拱出京后，另一位同僚惊恐而死，张居正成了唯一的阁臣。六月十九日，皇帝在云门台单独召见了他。当时他正因为覆视先帝陵墓中暑生病，在家休息。清晨接到圣旨立即匆忙赶来，陛下却已经在宝座上等他。
张居正照例向皇帝行礼。
小皇帝说：先生为父皇寝陵，辛苦受热。
张居正赶紧叩首谢恩。
小皇帝说：凡事要先生尽心辅佐。
张居正说：臣叨受先帝厚恩，亲承顾命，敢不竭力尽忠以图报称。方今国家要务，唯在遵守祖制，不必纷更。至于讲学亲贤，爱民节用，又君道所先，乞圣明留意。
明神宗定陵陪葬品，1956年出土，现藏定陵博物馆。
小皇帝说：先生说的是。
张居正说：天气盛暑，望皇上保养圣躬。
小皇帝说：知道了。
又吩咐身边太监：与先生酒饭喫（吃）！sup/sup
两个人都没有再说，许多话尽在不言中。小皇帝很清楚自己治不了国，必须依靠这位四十八岁的阁臣。张居正同样明白，幼主独相的机会千载难逢，应该趁机大展宏图。什么海瑞，什么高拱，甚至徐阶，都可以挥手告别。
张居正的时代开始了。
以上见《明史·冯保传》。
此事真伪请参看樊树志《万历皇帝传》。
见《明史·高拱传》和（明）王世贞《嘉靖以来首辅传》卷七。
见《明史·神宗本纪一》。
见《明史·孝定李太后传》。
以上见高拱《病榻遗言》卷三。
见樊树志《万历皇帝传》所引诸文献。
见（明）文秉《定陵注略》卷一。
见《明史·冯保传》。
以上见樊树志《万历皇帝传》所引诸文献。
高拱卒日，见岳天雷《高拱年谱长编》。高拱与张居正见面，见《嘉靖以来首辅传》卷七。高拱大哭，是因为罢官之后冯保仍然要陷害他。此事比较复杂，这里不展开。
以上见《明神宗实录》卷二，参看《纪事本末》卷六十一。