但让文天祥没想到的是，行朝竟屡次拒绝了他的入朝之议，甚至“以迎候宜中还朝为辞”相推诿。原因很可能是，此时实际控制朝政的张世杰不想文天祥来崖山。
通常的说法是，文天祥为人耿介，前次在福州又当面质问过张世杰，张世杰担心文天祥入朝会与己争权，制约他的拥兵自重。
文天祥对权力斗争不以为然，却也不甚了了。他写信向陆秀夫表达不解与愤懑：“天子幼冲，宰相遁荒，诏令皆出诸公之口，岂得以游词相拒？”但此事并不取决于陆秀夫，他接信只能长叹，无法作答。
祥兴元年（元至元十五年，1278年）十一月，文天祥率部转战广东潮阳县，他此前两个月接连遭遇了丧母与丧子（长子文道生）之痛。但文天祥乃百折不回之人杰，他将潮阳比作战国时代齐国最后的抵抗基地——莒与即墨，“增兵峙粮，以立中兴之本，亦吾国之莒、即墨也”。
到潮阳后不久，文天祥两名老部下也各自带兵从江西来投，其中有一人叫刘子俊。三路合兵，文天祥所部也兵势稍振。
但很快，文天祥就从元军俘虏处得到了一个紧急军报：张弘范正带兵水陆并进，直捣广东沿海。
文天祥闻讯，一面向行朝报信，一面组织军队从容地向南岭一带的大山撤退。
但谁料在奸细的引领下，张弘范之弟张弘正正带着两百多轻骑抄小道向文天祥的同督府疾驰而来。
十二月二十日中午，文天祥率军撤至五坡岭（今广东海丰北），正停下来吃午饭时，元军奇兵天降，直突中军帐内。文天祥惊起欲走，被眼疾手快的元军千户王惟义当场擒获。文天祥不甘受辱，吞服了二两“脑子”自尽，但只是昏厥过去。苏醒后，他以为喝冷水可以加速死亡，便用手掬取田间马蹄坑中的脏水喝下，谁料也只是腹泻一场，终究自尽不成。
巧合的是，贾似道死前也曾服下“脑子”欲自杀，但也只是腹泻不止，最后被郑虎臣击杀。
刘子俊被俘时，自称文天祥，“意使大兵不穷追，天祥可间走也”。元军如获至宝，将他押往大营报功，在路上，竟碰到了另外一队押送文天祥的元军。真假文天祥相遇，两队元军都坚信自己抓的才是真文天祥，双方争执不下，一直闹到大营，才真相大白。被愚弄的那队元军恼羞成怒，竟活烹了刘子俊。
但这一切，文天祥并不清楚，他还以为刘子俊只是失踪了。
文天祥被俘后，先被押至张弘正营中。面对元军的执刀相逼，他不屑地说：“死，末事也。此岂可以吓大丈夫耶！”
七天后，也就是十二月二十七日，张弘正再将文天祥送至张弘范潮阳大营。元兵强令文天祥向张弘范行跪拜礼，文天祥说：“吾不能跪。吾尝见伯颜、阿术，惟长揖耳。”并坚持“吾能死，不能拜”。张弘范曾在伯颜皋亭山大营领教过文天祥的强项不屈，深知强迫无益，便称赞文天祥“忠义人也”，即命松绑。
祥兴元年（元至元十五年，1278年）的除夕夜，文天祥是在元军海船的囚室中度过的。