其四，王文统始终没有认罪，更拒绝自陈“臣罪当死”，忽必烈却告诉重臣他已经认罪了。
陈学霖在《王文统“谋反”事件与元初政局》一文中，多处为王文统“谋逆说”辩诬，认为此案有欲加之罪的重大嫌疑，“忽必烈虽因种种原故必须将文统处死，官方并无列举资料，证明其与李璮同谋反叛”，“似是虚构诬告，借此罗织死罪”。
按照陈学霖的说法，王文统连最基本的谋逆动机都不具备，“以文统当日之地位，得宠于忽必烈，权倾中枢，正可大展鸿图，何致勾结枭雄，作冒险的策谋，自毁难苦建立之基业？是故控词指其勾结同谋，揆诸情理，并不大可能”。
反而是忽必烈，倒是不缺制造莫须有的动力。其一，事起于仓促，指控王文统谋逆虽然没有确凿证据，但在此种极端状态下，忽必烈不想冒任何内外勾连的倾覆风险，宁杀错不放过，宁株连不慎杀；其二，李璮起兵波及面甚广，有扩大为汉人世侯集体反叛的危险，忽必烈有杀一儆百、震慑群雄的需要；其三，王文统由忽必烈一手提拔，他的谋反势必会损害忽必烈的政治威信，尤其是蒙古本位主义者有可能借机生事，攻讦忽必烈重用汉臣的政策，杀王文统可为忽必烈挽回颜面。
如上所述，决定杀王文统前，忽必烈还咨询了一众近臣的意见。虽说忽必烈心中早有定计，近臣们的意见也未必对其有多大影响力，更无决定性可言，但是，在他们众口一词之下，有的说“必诛”，有的说“宜剐”，也构成了一种王文统必死的舆论压力。
忽必烈的藩邸旧臣为何对王文统欲除之而后快？除了逢君之恶，滔天恨意从何而来？
从某种意义上，王文统算是“孤臣”。王文统是忽必烈力主提拔至中书省的，既非藩邸旧臣，也非世侯，更无蒙古人的血统，无根无柢，他的崛起势必侵害其他政治集团的利益，尤其是同为汉人、生态位重叠的藩邸旧臣。说白了，忽必烈创建汉式行政机构中书省时，那些有藩邸背景的儒臣士大夫满以为舍我其谁，谁料不仅丞相大位落空，实权也到了王文统手里。
当相位悬而未决时，为了阻击王文统，窦默、王鹗和姚枢这三位金莲川幕府核心人物专门觐见忽必烈，由窦默出面，痛斥王文统。《元史·窦默传》记载，“此人学术不正，久居相位，必祸天下”，举荐同为幕府中人的许衡为相。忽必烈对此不以为然，“不悦而罢”。
不过，这不仅仅是权力之争，也是政见之争，或者说，汉人士大夫往往将权斗与政争掺杂在一起，牵拽之深，可能连他们自己也分不清其中区隔。
窦默指斥王文统“学术不正”，算是将双方的政见之争公开呈于御前。
王文统最擅长的政治实务是理财，因此被金莲川幕府中的传统儒臣士大夫视作“聚敛之臣”，违背了儒家轻徭薄赋、量入为出的经济观念。窦默将王文统与西域（色目人）理财奸臣视同一律，攻讦他“卖利献勤、乞怜取宠”，“以利害惊动人主之意者，无他，意在摈斥诸贤，独执政柄耳”。
从这个意义上来说，王文统和传统儒臣士大夫的政见冲突，与汉武帝时代桑弘羊和儒生的《盐铁论》之争，唐玄宗时代李林甫和张九龄的“吏治”“文学”之争，北宋熙宁变法时的新党、旧党之争，并无本质上的区别。
而在这两派之中，忽必烈却一度偏向没有藩邸渊源的王文统，只能说，忽必烈就像前朝很多所谓雄才大略的君主一样，需要大笔金钱来营建盛世，更需要王文统这样的理财专家来聚敛钱财。当然，其中也有蒙古制度的内在需求，容后再论。
到王文统被杀之时，恐怕窦默、姚枢他们仍然没搞清楚这个道理，这些儒臣士大夫还沉浸在“奸臣惑主终得报应”的传统忠奸观中不能自拔，而不知这一切的背后都是君主的雄心、欲望与妄念，哪怕这位君主与他们曾经多么意气相投、声气相通。
《元史》难得公允了一回，给了王文统这个“叛臣”一个历史结论：
然文统虽以反诛，而元之立国，其规模法度，世谓出于文统之功为多云。
带着莫须有罪名而死的王文统，至此或许可以瞑目了。