权柄一朝在手，忽必烈及幕府诸谋臣忘乎所以、举手相庆，唯有理学家姚枢独坐席中，心事重重，不置一词。
据《元史·姚枢传》记载，忽必烈觉得事有蹊跷，席散后单独问姚枢：“众人在席间皆作贺词，你独默然而坐是何缘故？”姚枢回答：“今天下土地之广，人民之殷，财赋之阜，有超过汉地的吗？军政大权全都归了我们，大汗还管什么？他日若有廷臣借题发挥，离间你们兄弟，大汗必定生疑后悔，进而回收权力。大王不若只接手兵权，将政务让出去，派他人掌管，这样才势顺理安。”
姚枢一语惊醒梦中人，忽必烈连忙表示“虑所不及者”，依计向蒙哥上奏，蒙哥“从之”。
姚枢献上的是所谓韬光养晦之计，延后了忽必烈与蒙哥的权力冲突，给忽必烈提供了在中原苦心经营、羽翼渐丰的关键时间窗口。
不过，蒙哥重用忽必烈也不是孤立事件，几乎在同时，忽必烈六弟旭烈兀也被蒙哥任命为西征大军统帅。忽必烈在东，旭烈兀在西，分别承担起蒙古本部东西两侧的统辖及征服重任。
总领漠南军务后，忽必烈干了两件大事。
第一件大事是开府金莲川。正是在总领漠南前后，忽必烈在广延四方文学之士的基础上，创建了历史上赫赫有名的金莲川幕府。
金莲川幕府得名于忽必烈的驻牧开府地——金莲川。此地在原金国境内的桓州附近，原名曷里浒东川，因夏季河谷草原盛开金莲花，金世宗在此避暑时易名为金莲川。在蒙古语中，金莲川被称作“shira tala”（黄色的原野），汉语音译浪漫得无可救药——“沙拉塔拉”，传说元顺帝妥欢帖睦尔北遁后也曾在一首沉痛的长诗中怀念金莲川：“我的美丽的沙拉塔拉。”
开府金莲川的关键人物是木华黎之孙霸突鲁，他不仅与忽必烈同为蒙古内部的汉法派，还娶了忽必烈妻子察必的妹妹为妻。《元史·霸突鲁传》中霸突鲁劝忽必烈：
幽燕之地，龙蟠虎踞，形势雄伟，南控江淮，北连朔漠。且天子必居中以受四方朝觐。大王果欲经营天下，驻驆之所，非燕不可。
从全权指挥攻金开始，木华黎家族经略中原已近四十年，其权力根柢系于中原，霸突鲁这段话不仅是基于忽必烈利益的谏言，也是基于家族利益的政治游说。
在强化中原政治地位这个问题上，木华黎家族与忽必烈利益一致，正可以此为纽带，结为天然的政治盟友。
忽必烈接受了霸突鲁的谏言，从而深刻改变了蒙古帝国的历史走向。
但忽必烈并不打算如霸突鲁所言那样直接开府燕京，他之所以选择金莲川，可能还是想在草原（喀拉和林）与中原（燕京）之间寻找一个中间地带，这个“中间”不仅是地理意义上的，也是价值观意义上的。
蒙哥汗六年（南宋宝祐四年，1256年），忽必烈又令刘秉忠于桓州以东、滦水以北，也就是金莲川附近兴筑开平城，以兼具汉式宫殿楼阁和草原毡帐双重风格的建筑作为藩邸。
金莲川开府的意义，固然是忽必烈在幕府招揽培养了一大批英才，其中可考的就有六十多人，这一点为忽必烈日后的政治崛起提供了必要的人才储备，但更重要的是，忽必烈由此开始与中原士大夫缔结某种政治联盟，成为刘秉忠所说的“以汉法治汉地”的先行者，元朝之最初缘起，实始于金莲川。
金莲川幕府中甚至还有位金哀宗时代的状元王鹗，他曾受到金哀宗重用，蔡州城破时被汉军世侯张柔所救。《元史·王鹗传》记载他进入幕府后，给忽必烈讲授《孝经》《尚书》《周易》等儒家经典，“及齐家治国之道，古今事物之变”，经常讲至深夜才结束。忽必烈感佩之余，甚至还说了一句在当时有悖逆之嫌的名言：
我虽未能即行汝言，安知异日不能行之耶！
第二件大事是南平大理，这是忽必烈总领漠南后承担的第一项重大军事任务。蒙军进军大理的主要目的是：从西南包抄，夹攻南宋腹地。
蒙哥汗二年（南宋淳祐十二年，1252年）七月，忽必烈在漠北祭旗远征，大军人数据说达十万人。出征前，姚枢给忽必烈讲了一个宋太祖遣曹彬取南唐未杀一人的故事，忽必烈闻之意动，大呼“吾能为之”。可见在金莲川幕府诸臣的影响下，他此时在某些非核心的价值观念（如蒙古的屠城军事传统）上，已与蒙古式传统渐行渐远。
蒙哥汗三年（南宋宝祐元年，1253年）十二月，忽必烈率军攻陷大理城，并效法曹彬颁布“止杀令”，其后很快平定云南全境。
攻略大理的成功，对忽必烈可能意味着双重收获：一方面在黄金家族内部显示了自身的军事才能，这对一个有中原色彩的首领而言尤其重要，为他日后的汗位之争赢得了蒙古王公贵族的拥戴；另一方面也向蒙古政权中的汉人政治精英晓示了他的不嗜杀与守诺，这同样为其日后在汗位之争中得到汉人世侯等“汉法势力”的鼎力支持埋下伏笔。