虽然1901年颁布的"改革上谕"诚意极为有限，但既然公开颁布了谕旨，接下来多少该有些动静，否则便说不过去。于是就有了1902年的《钦定学堂章程》与1903年的《奏定学堂章程》。这两份文件的核心目的，是变传统学塾体系为近代学校教育制度。
遗憾的是，清廷中枢愿意变更的只是教育机构的形式，而非教育的具体内容。
最高教育长官张百熙很愤慨
清廷设立新式学堂，始于19世纪60年代。
最早是京师同文馆、上海广方言馆、广州同文馆等，旨在培养翻译人才；稍后是江南制造局的机械学校、马尾船政局的船政学堂、天津水师学堂等，旨在培养新式军队和工业所需的技术人才。这类学堂皆属于因应时局的权宜之计，数量不多，也不成制度，对清廷国力的提升也极有限。直至甲午年惨败给日本后，清廷中枢才真正开始关注基础教育层面的制度建设，试图在全国各府、州、县推行新式学堂，但中央不愿出钱，地方政府的积极性自然有限，效果不彰。1898年“戊戌维新"期间，清廷中枢曾下旨命令各省府州县将辖下大小书院改为学堂，此事未及全面推行便发生了政变。于是，1901年清廷又再度下达旨意，命全国各州县将书院改为小学堂。
至此，清帝国的教育终于从私塾书院时代进入学堂时代。
1902年颁布的《钦定学堂章程》，便是为了理顺新式学堂在清廷体制内的位置。章程将全国学校划为小学、中学、大学三个阶段，规定了各阶段的修学年限，也规定了各阶段的修学内容。章程的制定者、时任清廷管学大臣（相当
于最高教育行政长官）的张百熙（同时也是京师大学堂的校长），还注意到义务教育的必要性。虽然明白目前还做不到，仍在章程中留下了"蒙学为各学根本，西律有儿童及岁不入学堂，罪其父母之条”1这样的句子。
不过，《钦定学堂章程》未得到实施的机会，便在次年被《奏定学堂章程》给取代了。
之所以如此，与张百熙重视西学，却又处处遭遇掣肘有直接关系。《钦定学堂章程》获准颁布时，慈禧太后正仓皇“西狩"，日日忧心会被列强清算。批准张百熙的教育改革计划，只是慈禧对外重塑政治形象的一种权宜之计，并不意味着朝廷中枢真的认同张百熙的改革计划。所以，当张以高薪招揽海内知名学者到京师大学堂任职，大量起用新人来推行新学时，立时便遭遇了巨大阻力。
首先是“旧人”对京师大学堂和张百熙个人的攻击。教育方向上的转折关系到许多人的饭碗；大学堂重视“新学”，搞了几十年“旧学”者自然不会高兴。其次是来自中枢的不信任，这是较之"旧人”的诽谤更严重的问题。据时任京师大学堂编译局副总纂的罗惇剧披露：
庚子后，一大新政，只有学务，乃以属百熙。有用人之柄，复掌财权，既杂用外吏，又薪俸厚，羡妒者多；诸人争以新学自帜，尤为旧人所恨，蜚语寝盛。荣禄、鹿传霖、瞿鸿襁在枢府，皆不善百熙所为，阻力纷起，百熙恒愤慨。2
张百熙原拟在北京丰台购地，创建一所"七科大学”，后因朝中“旧人"弹劾此事者太多，自己在中枢又无人支持，只好放弃。改为修缮旧校舍，勉强开设"师范”“仕学”两馆。3张百熙还试图重用吴汝纶（曾任李鸿章秘书）来协助教育体制改革，也未能如愿。吴主张向日本学习，张派了吴去日本考察。荣禄却不信任吴，“以荣勋、诏英随之行，实隐监之"，让人随行监视吴汝纶。吴汝纶到日本后不久，便因留学生请愿问题，与清廷中枢的立场发生冲突，引起荣禄的“大恚"，庆亲王奕励甚至扬言"汝纶当正典刑"。4张百熙只好让吴汝纶返乡避祸。
“吴汝纶事件"的始末，大致如下：1902年7月，有数名自费留学生欲进入日本成城学校就读，请正在日本访问的吴汝纶做中介，希望取得清廷驻日公使蔡钧的推荐。蔡钧素来反对学生赴日留学，尤其反对自费留学生赴日学习军事--他曾密奏清廷中枢，主张停止派遣学生留日，不但朝廷不要外派，各省也不要外派。蔡仅认同各省自设学堂，再聘请“泰西著名教习”来主讲；且在学生方面须"慎选清白子弟”，教材方面须经由朝廷审核“书籍中无民权平等诸学说”。总之，是力求切断青年学子与外部世界接触的机会\为阻止“来历不明者”者赴日留学成为清廷的祸患，蔡钧还与日方交涉达成一项约定，所有欲进入日本军校学习的中国留学生，须先得到公使本人的许可与推荐。成城学校虽非军校，同样被蔡列人严格管控的范围。这也是自费留学生找吴汝纶做中介的主要原因。
蔡碍于吴的情面不便拒绝（总不能说吴的推荐"来历不明”）,又不愿让自费留学生如愿，于是推说已与日方沟通，无法入学是日方作梗。学生找到日方询问，得知蔡所言不实，回转找蔡理论，于是闹出了学生冲入清廷驻日使馆、使馆报请日本警察将学生逮捕的事件。事件中，吴汝纶支持自费留日学生，曾多次访问日本外务省，希望日方在接收留学生时，不要区分官费和私费，“告以私费生有益于国，望外部爱惜保护，以振兴敝国新机”6。正是这种立场引来了蔡钧的怨恨，引起了荣禄和奕勘的严重不满。张百熙只得急电吴汝纶回国返乡。
此番风波之后，张百熙继续主持京师大学堂，聘请新人入校教授新学。结果又”谤焰乃集于百熙一身，劾者纷起……忌者必欲催锄大学，目为革命之府"。有御史弹劾批判教育部门问题重重，说主要原因是该部门仅有张百熙一名汉臣担任最高行政长官。紧接着，清廷中枢便“增命荣庆为管学大臣”〈荣庆是满人，稍后又成为军机大臣，张百熙遂形同被架空。张关于教育体制改革的种种设想也因此难以施展--《清史稿-荣庆传》说"张百熙一意更新，荣庆时以旧学调剂"，所谓"以旧学调剂”其实便是坚持八股旧学，抵制新学进人学堂。sup8/sup'
正当张百熙万般愤懑无奈之际，湖广总督张之洞入京觐见了回銮的慈禧与光绪。张之洞与张百熙交流，谈到自己也有一套关于教育改革的方案，方向与
张百熙的方案大致相同、（重视西学，引进现代学科体系）\张百熙觉得这是一个摆脱荣庆掣肘、重启教育改革的好机会，遂上奏朝廷，建议由张之洞来改定学堂章程。张百熙在奏折中赞誉张之洞，说"学堂为当今第一要务"，而张之洞正是"当今第一通晓学务之人"。sup10/sup
张之洞也很愿意干这件事情。于是"（张）百熙拱手让之”，将新章程的制定工作全盘交由张之洞独断。荣庆可以架空张百熙，但张之洞的地位与能量远非张百熙所能比拟，所以荣庆面对张之洞陷入"不能置喙”"的境地，只能徒呼奈何。有了张之洞保驾护航，新章程虽仍引来许多批评之声，最终还是以《奏定学堂章程》之名公开颁布，成了清末教育改革的最高指导文件。
以培养忠君意识为改革方向
《钦定学堂章程》与《奏定学堂章程》这两份文件,在课程设置上努力参照了近代教育的形式，如历史课已区分为中国史、亚洲各国史、本朝史、东西洋各国史等多种课程。
唯有教育宗旨这项总纲仍必须聚焦于"忠孝"二字。虽然张之洞在庚子年参与了"东南互保"并一度考虑过若清廷中枢溃灭便成立新政府，庚子年之后也已深信唯有"西法”"西学"才可以救亡，但由张百熙、张之洞与荣庆联合署名的《厘定学堂章程折》里仍说得很明白：
以忠孝为本，以中国经史之学为基，俾学生心术一归于纯正，而后以西学授其知识，练其艺能。sup12/sup
换言之，书院成了学堂，物理、化学也进了教材，但以经学与史学为基础的"忠孝教育"，仍将是新学堂教育的核心内容。教育的目的，仍是为清廷制造忠诚者，待学生们的"心术"已被固化至符合朝廷需要的程度，再去学点西学和技术来为清廷效力。这是大方向，只要张百熙与张之洞们仍身在清廷的官僚系统之中，这个大方向便必须坚持。
在后续的教育改革中，这个大方向被强调得越来越极端。1905年，清廷成
立学部，专门负责落实教育改革。1906年，学部出台文件《奏请宣示教育宗旨折》，颁布给全国各级教育机关，要他们切实推行。内中说，中国人原本就有，现在亟须推而广之以抵制邪说的东西有两项，分别是"忠君”与“尊孔”；中国人原本最缺，现在亟须补上的东西有三项，分别是"尚公”“尚武”与“尚实”。文件还说，现在有些人知晓了一点"泰西政教之皮毛"，便想"举吾国固有彝伦而弃之”，就不想要"忠君”和"尊孔”了。殊不知，
"东西各国政体虽有不同，然未有不崇敬国主以为政治之本者"，看看德国和日本就知道，它们之所以崛起，一个重要原因便是有"万世一系之皇统”。文件还为清廷中枢在改革中的守旧辩护，将那些求新者斥为"狂谬之徒"，说他们根本没搞明白“泰西学说”，才敢这般"轻视圣教”。强调孔子之道不但在中国应该万世不变，在五大洲也是“生民共仰之圣"。还说日本尊王倒幕之后能够崛起，正是因为他们尊孔和崇拜汉学。文件最后的结论是："无论大小学堂，宜以经学为必修课目，做赞颂孔子之歌。”i3