司马昱就吩咐说：“老鼠被害，都不能忘怀，再因为老鼠而害人，恐怕不可以吧？”
此外，司马昱也比较有羞耻心：
简文见田稻不识，问是何草？左右答是稻。简文还，三日不出，云：“宁有赖其末，而不识其本？”（《世说新语·尤悔》）
他看见田里的稻子不认得，问是什么草。知道答案后，司马昱三天没出门，说：“哪有靠它养活，却不认得它的根本的呢？”
这多少算是以与劳动人民的隔阂为耻吧。在东晋时，真是很难得的品质。
《世说新语》里也有不少桓温和司马昱的互动：
宣武与简文、太宰共载，密令人在舆前后鸣鼓大叫。卤簿中惊扰，太宰惶怖求下舆。顾看简文，穆然清恬。宣武语人曰：“朝廷间故复有此贤。”（《世说新语·雅量》）
桓温、司马昱、司马晞共坐一辆车。——司马晞也是晋元帝的儿子，也就是司马昱的异母兄长，是个喜好军事的人。
桓温秘密安排人在车前车后突然敲鼓大叫，制造混乱。
于是仪仗队被惊扰大乱。
司马晞很恐惧慌乱，急着想下车。——有人怀疑，他一个喜欢军事的人，怎么会这么胆小？恐怕是《世说新语》在编段子污蔑他。但换个角度说，秦舞阳这种从小杀人的家伙，刺杀秦始皇的时候也掉链子，日常勇猛和危急关头的表现是两回事，何况紧张也可能是反应快呢。
而司马昱淡定如树懒，你慌你的，我自岿然不动。
于是桓温感叹：“想不到朝廷中又有这样的贤人。”
夸司马昱长得好的文字，往往都会强调他有一种安静淡定的气质。按照名士的标准，吃个鸡蛋都着急那叫“忿狷”，“当无一豪可论”。而面对多大危机都没反应，好比嵇康临死前弹个琴，谢安看到淝水战报继续下棋之类，则是交口赞誉的“雅量”。
这么论司马昱是真有雅量。
简文作抚军时，尝与桓宣武俱入朝，更相让在前。宣武不得已而先之，因曰：“伯也执殳，为王前驱。”简文曰：“所谓‘无小无大，从公于迈’。”（《世说新语·言语》）
司马昱和桓温一起入朝，互相客气，都让对方走在前面。
最后桓温不得不先走，于是就引了句《诗经》里的《卫风·伯兮》，表示我走在前面，是给你开路。
司马昱显然对《诗经》烂熟于心，于是引了句《鲁颂·泮水》，表示不是你给我开路，而是我在追随你。
《晋书·简文帝纪》里说：“初，帝以冲虚简贵，历宰三世，温素所敬惮。”这个说法不见得不对，但也有可能是，桓温人生的起步阶段，司马昱给他帮助不少，后来桓温要专权，以司马昱的身份而言，是个障碍，但这个障碍太容易逾越了，倒让桓温可以用赏玩的眼光看待他。
所以桓温第三次北伐失败，想通过换个皇帝来立威，自然就想到司马昱了。
当然，首先要找理由把原来的皇帝废掉，桓温找的理由比较缺德。
当时皇帝是司马昱的侄孙司马奕，桓温说他：
夙有痿疾，嬖人相龙、计好、朱灵宝等参侍内寝，而二美人田氏、孟氏生三男，长欲封树，时人惑之。（《晋书·帝纪·第八》）
大意是司马奕阳痿，是不可能有儿子的。他有些男宠，可以出入宫禁，所以后宫的美人所生的三个男孩，不是司马奕的儿子，是这些男宠的儿子。现在这些孩子要被当作皇子给予封爵，这就令人猜疑了。
就这样，司马奕被废为海西公。不过司马奕也比较认命，被废之后不和别人接触，以免人家利用自己这个特殊身份生事。他成天和内宠（应该是有男宠也有女宠）在一起厮混，生了孩子决不抚养，表示自己确实阳痿，这些孩子和自己无关，桓大司马废掉自己理由充分证据有力。这样，他活到四十五岁去世，也算是东晋皇帝里比较长寿的一位。
这就是特权阶级的好，我再失败，也可以祸害这些女人和孩子不是？
司马昱被推上了皇帝宝座，但当然一切在桓温监控之下，没有任何实权，自由也比原来少了很多。
司马昱对付桓温的办法，主要就是哭：
桓宣武对简文帝，不甚得语。废海西后，宜自申叙，乃豫撰数百语，陈废立之意。既见简文，简文便泣下数十行。宣武矜愧，不得一言。（《世说新语·尤悔》）
桓温想向司马昱解释，这次自己废立，用意到底在哪里，是多么正义的目标，有多么伟大的意义。但司马昱一见他就哭个没完，让桓温一句话都说不出。
你跟我说废掉司马奕的理由，我表示赞同，那我就成了你的同谋；但我也不敢不赞同，所以我就使劲哭，这个问题我们不交流。
桓宣武既废太宰父子，仍上表曰：“应割近情，以存远计。若除太宰父子，可无后忧。”简文手答表曰：“所不忍言，况过于言？”宣武又重表，辞转苦切。简文更答曰：“若晋室灵长，明公便宜奉行此诏。如大运去矣，请避贤路！”桓公读诏，手战流汗，于此乃止。太宰父子，远徙新安。（《世说新语·黜免》）
那个听见鸣鼓大叫就吓得要下车的司马晞，是好武的，桓温对他比较猜忌，捏造了个谋反的罪名，把他父子给废了，然后又继续上表，请求司马昱同意处死他们，以绝后患。
司马昱亲手写了回复：“这事我都不忍心说，何况比我不忍心说的还要严重呢。”司马晞毕竟是我哥，废他就已经是我不忍心说的，杀他当然更不行了。
桓温继续请求，司马昱固执起来：“如果晋朝的国运还长远，你就按我说的，不要杀害他们。如果大晋朝要完了，那我愿意给贤人让路。”
桓温读到这份诏书，手也抖了，汗也下来了，于是也就放弃原计划，把司马晞父子流放了事。
因为这件事，后世学者往往觉得司马昱毕竟是厚道人，觉得谢安把他比作晋惠帝太过分。晋惠帝眼睁睁看着多少亲人死在面前，也没有多说一句话，司马昱毕竟是护着家里人的。
简文在暗室中坐，召宣武。宣武至，问上何在？简文曰：“某在斯。”时人以为能。（《世说新语·言语》）
司马昱在幽暗的屋里坐着，召见桓温。
桓温来了，没看见他，桓温年纪也很大了，腿脚不方便，眼神也不好，于是问：“圣上在哪里啊？”
司马昱说：“某在斯。”
当时人都认为，司马昱实在答应得好。
因为这时候司马昱和桓温说话，提到自己时第一人称代词很不好处理，不能太尊贵也不能太谦卑，不能太正式也不能太随便。而这句“某在斯”是《论语》里的话，这就属于用典而应景，完美回避了这个难题。
而且，《论语·卫灵公》里，这句话是出现在这个场景里的：
师冕见，及阶，子曰：“阶也。”及席，子曰：“席也。”皆坐，子告之曰：“某在斯，某在斯。”
孔子和师冕（盲乐师叫冕的）见面，到台阶了，孔子就说：“这儿是台阶。”到座席了，孔子就说：“这儿是坐席。”大家都坐下了，孔子就告诉师冕：“某在斯。”我在这里。
等于是司马昱自居孔子，而把桓温当盲人。
这时候，能够让司马昱稍微喘口气的，也只有皇家的园囿华林苑了。——当时洛阳、邺城等重要的都城，皇家园囿都叫华林苑（园）或芳林苑。
简文入华林园，顾谓左右曰：“会心处，不必在远。翳然林水，便自有濠、濮间想也。觉鸟兽禽鱼，自来亲人。”（《世说新语·言语》）
司马昱到了华林苑，对身边人说：“人与自然交会为一体的感觉，不一定要到遥远的旷野才能领会到。这里浓荫匝地，林水相映，自然便有濠梁、濮上那样的想法，觉得鸟兽禽鱼，自然来与人亲近。”
庄子和惠施争论“子非鱼，安知鱼之乐”的问题，是在濠梁。
楚王请庄子做官，庄子头也不回继续钓鱼，说我宁可当烂泥潭的小乌龟，是在濮上。
庄子的快乐究竟是什么？是当时流行的话题，司马昱无疑日常和人谈论过好多次，但其实大家也不过说说罢了。现在当了皇帝，他对濠梁、濮上的向往，倒反而是发自心底了。
然而，该来的事，终究是逃不过去的：
初，荧惑入太微，寻废海西。简文登阼，复入太微，帝恶之。时郗超为中书在直。引超入曰：“天命修短，故非所计，政当无复近日事不？”超曰：“大司马方将外固封疆，内镇社稷，必无若此之虑。臣为陛下以百口保之。”帝因诵庾仲初诗曰：“志士痛朝危，忠臣哀主辱。”声甚凄厉。郗受假还东，帝曰：“致意尊公，家国之事，遂至于此！由是身不能以道匡卫，思患预防，愧叹之深，言何能喻？”因泣下流襟。（《世说新语·言语》）
当初，火星（荧惑）进入代表皇帝的太微区域，不久后司马奕就被废为海西公了。
荧惑入太微，这是最凶的天象，就意味着皇帝要出事。
司马昱当了皇帝，又出现了荧惑入太微的天象，司马昱感到很厌恶。
——值得说明一下的是，古代天人感应的思维下，天文学也是社会学尤其是政治学。台湾学者黄一农先生在《社会天文学史十讲》中指出，史书中记录的很多天文现象都是伪造的。但实际上，问题并不像他说的那么严重，只是史官和星象学家有了分工之后，史官转述星象学家的观察结果，往往表述不准确。比如《汉书》里曾把“荧惑入太微”说成是“荧惑守心”，这两种天象都是大凶，固然是说错了，但不能说大凶的天象并不存在。
据刘次沅先生所做的天象检验，这里提到的两次“荧惑入太微”，都是确实发生了的。
这时郗超任中书侍郎，正好当值。
简文帝招呼他进来，说道：“天命的长短，本不是我所能考虑的。只是最近发生的事，不会再来一次吧？”
郗超当然是知道桓温的计划的，所以透底给他：“大司马正要对外巩固边疆，对内安定社稷，一定不会有这样的打算。臣用家中百口的性命，来给陛下担保。”
司马昱就背了庾仲初的两句《从征诗》：“志士痛朝危，忠臣哀主辱。”声音非常凄厉。
不久后郗超休假，回东边的会稽郡看望父亲，司马昱对他说：“代我向令尊致意。王室和国家的事情，竟到了这个地步！这是因为我不能以道来纠正失误，捍卫国家，意识到灾难而预先防患。我的愧叹之深重，非言语所能表达！”说完便哭得泪满衣襟。
司马昱不至于不知道郗超是桓温死党，现在任这个职务，就是来监视自己的。所以他对郗超说这番话，并不仅是对郗超的父亲郗愔说，而是对桓温说。
司马昱可能在想，当年要是发个狠，听刘惔的，自己去坐镇荆州，也许一切都会不一样——虽然以他的能力这么做基本只会更惨，但人总是会假定当年做了不同的选择，人生就会不一样的。
不过事已至此，司马昱的命运，实际上固然不掌握在自己手上，也不只掌握在桓温手里。
世家大族的态度，很重要。