王敦进入建康，并不急于去朝见晋元帝，而是放纵自己的士兵抢劫。这大概是一种猫捉老鼠的心态，王敦知道，眼看着皇宫、朝廷里的人四散奔走，晋元帝心里的恐慌会有多么严重。很快，王敦就得到了元帝使者带来的消息。
晋元帝说：“你如果还没有将朝廷置于脑后，那请就此罢兵，天下还可以相安。如果不是这样，那么朕将回到琅邪，为贤人让路。”要回琅邪封国去的话头，元帝说过其实不止一次，然而这一回，这个失败者的语气里似乎反倒有些要挟的意味。
这个要挟是有效的。攻破建康最重要的要塞石头城后，王敦就对自己此举将获得什么样的评价显得有些担忧。他毕竟也是门阀时代的气氛里成长起来的人，对世家大族的立场和舆论，不得不有格外的重视。王敦确实不希望元帝就此退位，这会使自己显得过于猴急。现在，自己已经可以专断朝政，但要换一个皇帝，却还为时太早。
换太子，倒似乎可行：
王敦既下，住船石头，欲有废明帝意。宾客盈坐，敦知帝聪明，欲以不孝废之。每言帝不孝之状，而皆云：“温太真所说。温尝为东宫率，后为吾司马，甚悉之。”须臾，温来，敦便奋其威容，问温曰：“皇太子作人何似？”温曰：“小人无以测君子。”敦声色并厉，欲以威力使从己，乃重问温：“太子何以称佳？”温曰：“钩深致远，盖非浅识所测。然以礼侍亲，可称为孝。”（《世说新语·方正》）
王敦东下之后，驻扎在石头城，他想把太子司马绍，也就是未来的晋明帝废掉。
王敦知道太子聪明，就想借不孝的罪名废掉他。
宾客满座的时候，王敦每每说起太子种种不孝的行为，又总是说：“这是温太真说的。”
温太真也就是温峤，引用温峤的言论，听起来是很有说服力的。温峤当初是作为刘琨的特使到江东的，刘琨是坚守北方的忠臣标杆，温峤的公信力是够的；温峤曾在太子东宫做过官，所以很熟悉太子的情况；又曾在王敦手下任职，所以将自己的见闻告诉王敦，也很自然；还有很重要的一点是，温峤谈到王敦这次起兵，曾“以附其欲”地说过，说“大将军此举有在，义无有滥”，似乎是很有点同情的。王敦有理由相信，温峤会支持自己。
有次正说着，温峤来了。
王敦便展现出威势来，问温峤说：“皇太子是什么样的人？”
温峤回答：“我这样卑微的小人，不足以估量君子。”这话语气极谦卑，但实际上是拒不回答王敦的问题，也就是表示反对。
王敦的声音和表情都严厉起来，又问：“都说太子好，到底好在哪里？”
温峤答：“太子思虑深刻，追求远大，不是我这样浅陋的见识所能窥测的。但侍奉父母合乎礼节，可以称得上是孝了。”
群臣对温峤的话一致表示赞同，就这样，太子也没换成。
温峤为什么会既对王敦起兵清君侧表面上表示同情，又反对王敦废太子呢？除了他和太子司马绍个人情谊很深外，更根本的原因是，这就是当时各大家族共同的立场，重点是维持现状，不想皇权扩张，也不想改朝换代，连废太子这种带有危险气息的信号，也不想看见。
现在，处境最进退维谷的，反而成了王敦本人。
当时王敦有两个选择：一是进一步提高南北士族的地位，在舆论上取得他们的支持；二是杀掉他们中的一些人立威，从而把权力更直接地掌控在自己手里。
王敦身边的人也分成两派。劝王敦选择前一种办法的，例如谢鲲，谢鲲指出，这样甚至可以使王敦之前的行为都抹去叛逆的名声。谢鲲是名士，当然是站在世家大族的立场上说话。王敦知道，即使谢鲲个人此刻说这些话是真诚的，时过境迁之后，一切也都会不一样。晋元帝是掀不起什么风浪了，但太子确实聪明能干。等太子即位，很可能会想要报复，名士集团则会乐于牺牲自己换取和皇权之间的和谐。自己从一开始就走了豪爽的路线，在名士里非常特殊，而个性化人物，总是很容易收获额外的掌声，然后又更容易被随意抛弃掉。
王敦手下也有很多实干派。按照王导设计的格局，南北文化士族主导东晋政治，南方的“武力强宗”则被排除在权力游戏之外。这些人里很有一部分被王敦吸纳为自己的支持者。他们都鼓动王敦挥起屠刀，进而建立一个新的王朝。作为被压抑的群体，对既得利益阶层当然充满仇恨，只有来一次天崩地裂，他们才有出头的机会。
犹豫之后，王敦先退了一步，把大权都交托给王导，自己退回到了上游的武昌。不久后晋元帝去世，晋明帝即位，王敦却又开始步步紧逼。
太宁元年（323），他派人献给晋明帝一颗玉玺，顺便暗示他下诏征自己入朝。明帝不敢不从，于是王敦移镇姑孰。从这里出击建康城，没有大江之限，只需要翻越一些难称险峻的山峦。军队驻扎在这个地方，就好比一把尖刀，抵住了东晋朝廷的后心。
（中国历史地图集·第四册，地图出版社，1962）
王敦亲任扬州刺史，直接管辖京师所在之地。王敦的亲兄长王含，升为征东将军、都督扬州、江西诸军事；两个堂弟王舒和王彬，则分别任荆州刺史和江州刺史。这样，加上坐镇中枢的王导，琅邪王氏可以说控制了朝廷内外的大部分重要职务和军事重镇。
看起来，王敦篡位的条件已经相当成熟，然而我们却看到了这样一个故事：
王右军年减十岁时，大将军甚爱之，恒置帐中眠。大将军尝先出，右军犹未起。须臾，钱凤入，屏人论事，都忘右军在帐中，便言逆节之谋。右军觉，既闻所论，知无活理，乃剔吐污头面被褥，诈孰眠。敦论事造半，方忆右军未起，相与大惊曰：“不得不除之！”及开帐，乃见吐唾从横，信其实孰眠，于是得全。于时称其有智。（《世说新语·假谲》）
王右军就是大名鼎鼎的书圣王羲之，他做过右军将军。
王羲之的爷爷王正，和王敦的父亲王基是亲兄弟。
王羲之不满十岁的时候，王敦很喜爱他，常常安排他在自己的帐中睡觉。
曾有一次，王敦先出帐，王羲之还没有起床。一会儿，钱凤进来了。钱凤是吴兴郡人，出身大约是庶族或最低级的士族，在王敦身边，扮演着谋主的角色。
于是王敦和钱凤屏退左右开始商谈，忘了王羲之还睡在帐中，就说起叛乱的计划。
这时王羲之醒来，听到了他们谈论的内容，知道死定了，于是伸手到嘴里抠，开始呕吐，把头脸和被褥都弄脏了，假装还在熟睡。
王敦突然想起王羲之来，和钱凤一说，彼此十分惊慌，说：“这孩子不得不杀了！”
等到掀开帐子，才看见王羲之吐成这样，就相信他真的睡得很熟。王羲之这才保住了性命。当时人们都称赞他有智谋。
当然，《世说新语》里这一则的真实性有问题，其余所有书里都说，这个机智的男孩应该是王允之。王允之和王羲之是堂兄弟，同年出生。大概还是王羲之太有名，大家都希望有趣的故事发生在他身上，所以明明是王允之吐的，却吐到王羲之头上了。
不过王允之也好王羲之也罢，总之都是王敦的同族侄子。王敦谋反的事被听见了，第一反应竟然是杀人灭口，显然说明，王家人对王敦的宏图伟业，并不支持。
甚至于，这个故事安在王羲之身上固然是假，发生在王允之身上也未必是真，王家人对外宣讲这个故事，就是要广泛传达一个信息：造反是王敦个人的事，和我们整个琅邪王氏，并不相干。
这个年代，抢皇帝当并没有什么好处，确保家族始终留在世家门阀的第一方阵里，才是琅邪王氏的核心诉求。王敦已经是不得不反的处境，那就只能放弃他了。
后来王敦果然造反了。当时他已经病重，王导得到消息后，第一时间便率领王家子弟为还没死的王敦举办丧事，这个举动极大地鼓舞了朝廷方面的士气，当然也意味着，王敦失败后，除掉他的个别死党，朝廷是不会株连到王家其他人的。
王敦上次进攻建康时，世家大族心有灵犀，看守要塞的守将主动开门，江北的流民军置身事外，总之一切都非常顺利。虽然时间仅仅过去两年，但一切都不一样了。王敦的军队遭到了各方势力联合起来的迎头痛击。
王敦临死之前，王敦阵营内部到底发生了些什么事故，史书上有些颇为详细生动而乖张荒谬的记述，但恐怕早已经过各方势力的重重涂抹，也就只能当作故事看看罢了。《世说新语》里没有这些内容，倒是有一段叛乱失败之后的花絮：
王大将军既亡，王应欲投世儒，世儒为江州；王含欲投王舒，舒为荆州。含语应曰：“大将军平素与江州云何，而汝欲归之？”应曰：“此乃所以宜往也。江州当人强盛时，能抗同异，此非常人所行。及睹衰厄，必兴愍恻。荆州守文，岂能作意表行事？”含不从，遂共投舒。舒果沉含父子于江。彬闻应当来，密具船以待之。竟不得来，深以为恨。（《世说新语·识鉴》）
王敦没有儿子，所以认了自己亲哥哥王含的儿子王应做自己的干儿子、继承人。
王敦一死，王含、王应父子，就成了朝廷最重要的通缉犯。
儿子王应打算去投奔江州刺史王彬（字世儒）。