孔融一生经历了哪些政治风波，《世说新语》的作者并不关心，但特意讲到了孔融之死：
孔融被收，中外惶怖。时融儿大者九岁，小者八岁，二儿故琢钉戏，了无遽容。融谓使者曰：“冀罪止于身，二儿可得全不？”儿徐进曰：“大人岂见覆巢之下，复有完卵乎？”寻亦收至。（《世说新语·言语》）
“孔融被收”，收的意思是逮捕。——汉代法律的权威还是挺大的，所以在汉末产生的道教，吸收了许多法律术语。作法的时候强调效率要高，叫“急急如律令”，抓妖怪则叫“收妖”。直到明代《西游记》的内容里，还保存着这些用法。
收孔融的人，则是曹操。曹操与孔融可说是积怨已久。
孔融经常挖苦、讥讽曹操。比较著名的案例有：
曹操灭了袁绍，儿子曹丕抢了袁绍的儿媳妇甄氏。孔融就给曹操写信，说周武王伐纣，把妲己赐给了周公。曹操没见过这个说法，但知道孔融读书多，以为他有特别的依据，就问他这出何经典。结果孔融回答说：“以今度之，想当然耳。”以今天的情况推测，想来也应该是这样吧。
曹操远征乌桓，孔融又嘲笑说：“大将军远征，萧条（这里是逍遥的意思）海外。昔肃慎不贡楛矢，丁零盗苏武牛羊，可并案也。”乌桓远在东北，孔融说曹大将军你打这么远，在“海外”闲得无聊，当地几桩陈年旧案你也审理一下吧。肃慎是东北的少数民族，传说周武王时曾来进贡过楛木做箭杆的箭，后来每逢盛世他们都会来，现在不来，就是不认可我们这个时代是盛世；丁零也是族名，是今天维吾尔族人的祖先，但这个民族进入新疆其实远比汉族要晚，汉朝时他们还在贝加尔湖一带，所以苏武在北海牧羊的时候，他们曾盗窃打劫。能随口扯典故当“板砖”用，当然是文化人特有的攻击方式。
战争期间粮食紧张，曹操于是禁酒，但直说禁酒的原因是粮食紧张，却不利于激发广大军民的自信心，于是曹操找了个高大上的理由：喝酒败坏德行。结果孔融就把古往今来喝酒成就事业的人罗列了一番，又问：“说喝酒不好就要禁酒，那桀纣可是因为好色而亡国的，要不要禁止结婚呢？”
当然，曹操是喜欢做出宽宏大量的姿态的，你直接骂他，他反而不大会跟你翻脸。最后是什么原因让曹操不再容忍孔融的？不同的书说法不一，感觉孙盛《魏氏春秋》的说法比较合理：“融对孙权使有讪谤之言。”孔融对孙权的使者说了不该说的话，毕竟中国的传统，关起门来可以由你胡闹，和敌对势力发生关系，那就是可忍孰不可忍了。
当然更本质的原因，还是孔融在读书人里名望太高。杀他，有轰动效应，可以吓得很多人都闭嘴。
果然，立刻就“中外惶怖”了，朝廷内外都很恐惧。
孔融被抓的时候，他两个儿子，小的八岁，大的九岁，正在玩“琢钉戏”。琢钉戏是一种儿童喜欢的游戏，当时具体怎么玩的，没有详细记载。生活在明清之际的周亮工，介绍了他所见到的南京儿童玩的琢钉戏，并认为汉末三国的玩法应该也差不多。或许他说的也不无道理，我是二十世纪七十年代出生的，小时候打弹子，玩法正和周亮工说的类似，只不过我打的是里面有螺旋花纹的玻璃弹子，若穿越回去，一定能令古人羡慕不已。自古以来儿童的游戏有相当的稳定性，直到现在有了手机、平板电脑流行，这些才成了绝响。
看见父亲被抓，两个孩子只管玩，一点慌张的神色也没有。
孔融问：“冀罪止于身，二儿可得全不（否）？”希望就处死我，两个孩子能保全吗？——不知怎么，这句话异常打动我，甚至我觉得这可能是孔融一生，最有人性的时刻。这话是哀求，是向曹操屈服，仿佛从字里行间都传出孔融哆哆嗦嗦的声音。孔融虽然没什么政治、军事才能，但是向来“倒驴不倒架”，多少年来，强敌环伺、锋镝交加的时候，孔融想的都是首先保持自己手握酒杯、潇洒淡定的姿态。但这一刻，他没有任何表演欲，只是想让两个儿子活下来而已。
但两个孩子已经成长为新一代的孔融。他们很从容地对孔融说：“大人岂见覆巢之下，复有完卵乎？”父亲您难道见过，打翻的鸟巢下，还有完好的鸟蛋吗？
果然，抓捕两个孩子的人，很快也就来了。
这个故事也有其他版本，不过渲染太过，不如就这样动人。
西晋名臣羊祜的前母，是孔融的女儿，可见曹操至少对孔融已出嫁的女儿，没有赶尽杀绝。孔融的反动言论，也没有被刻意禁毁。相反，曹丕特别喜欢孔融的文章，认为他是扬雄、班固一流的人物，还出重金编辑了孔融的文集，可惜后来还是散佚了。总之，今天我们能见到的孔融的作品不太多，是因为时光而不是暴政的力量。