葡萄牙人将上帝之剑与犹太勇士之剑奉为他们的征服箴言，但是他们忽视了和平的艺术，缺少殖民才能，这不利于保留他们的势力。葡萄牙人狂热而严苛，并且缺乏真正的商业精神。
——寇松勋爵《波斯与波斯问题》，1892年
葡萄牙人对英国人、尼德兰人和阿拉伯人瓜分了他们的东方帝国感到悲痛，他们只好用一个高尚的想法自我安慰：他们曾经通过挫败奥斯曼帝国的野心拯救了欧洲，当然这一点还有待争论。他们在历史的关键时刻占据印度洋，在第乌海战中击败土耳其人，从而实现了那个目标。回顾历史，他们可以自认为是神圣意志的执行者：只有葡萄牙人的火力和航海技术能够在君士坦丁堡陷落之后阻止土耳其人向亚洲东扩。凭借在波斯和印度征集的财富和人力，土耳其人原本能够所向披靡，他们的军队能够从他们在巴尔干半岛已经征服的地区向西横扫至大西洋。
进入18世纪，欧洲人普遍认为基督教世界只是侥幸逃过了这样的命运，他们对15万奥斯曼大军第二次围攻维也纳的事件还记忆犹新。这种观点的拥护者之一是有影响力的爱丁堡历史学家威廉·罗伯逊。他钦佩西班牙人和葡萄牙人取得的成就，认为瓦斯科·达·伽马开通前往印度的航线对欧洲做出的贡献是无法计量的。罗伯逊说，“我为人类感到庆幸”，因为它的直接结果是“阻止了奥斯曼帝国的专制政府继续向欧洲扩张疆域，也阻止了它对自由、学术和鉴赏力的压制”。
然而，在17世纪即将结束之际，蒙巴萨的失守敲响了葡萄牙人在印度洋西半部海域的丧钟，这种言谈也显得无足轻重。作为永恒的基督教最高权威的象征而建立起来的耶稣堡，此时也被列入敌人手中的战利品名单：霍尔木兹、马斯喀特、科钦、马六甲、锡兰，甚至孟买，都沦为别人的嫁妆。
葡属印度的崩溃应该主要归罪于顽固的中世纪模式的葡萄牙政府，王室一时兴起，就授予高级政府官员发财的机会。从理论上讲，东印度贸易由葡萄牙国王垄断，但实际上，这些贸易的垄断权不断被他们给予赞助的贵族窃取。既然人们认为每一个在东方的贵族都利用他的职位积聚财富，他的部下对此只剩下嫉妒。运作不灵的帝国体系对好望角之外的人和事无能为力。起初，所有重要决定都被反馈到里斯本，但是由于信息交换可能要耗费18个月，等到消息传回，情况可能已完全改变，时日久了，总督和他的下属就只能自行做出不可靠的决定。
所有事情中最严重的是1580年阿维什王朝终结，腓力二世夺得王位，之后葡萄牙的经济在西班牙的60年“束缚”下走向衰竭。这恰好发生在17世纪初，葡属印度不可避免地开始受到挑战之际，而且英国和尼德兰作为挑战者，是西班牙不共戴天的敌人。葡萄牙人陷入腓力二世对英国和尼德兰发动的灾难性战争中，许多最精良的船只和海员在西班牙无敌舰队参与的海战中被毁坏和丧生。葡萄牙的重税使得人们陷入贫困，斗志消沉。之前，小而落后的葡萄牙能够凭借一腔爱国热情对抗一切；而这时候，它在东方的臣民很少愿意为他们憎恨且统治着半个世界的腓力二世战斗卖命，自身利益成为他们的主要动机。
距离遥远也是社会约束丧失的一个主要诱因。去往印度的旅行是如此遥远和艰险，以致于许多葡萄牙人决定忘掉以前的联系，永久地沉迷于热带。早在16世纪50年代，一位绝望的果阿教士就惊慌地注意到这种趋势：“因为有些人根本不在意他们的良心，沉浸在恶习之中，他们甚至二三十年都没有想起自己已经结婚，没有给妻子提供任何生活费用，也没有给她们写信。”当敌人的人数不断增加时，即便是最禁欲的社会，也会为了守卫葡萄牙庞大的海上帝国而承受很大压力。懒惰、绝望和道德堕落只是加速了它的覆灭。卡蒙伊斯的诗篇满是对东方征服者的理想主义的颂扬，但是一道帘幕就要拉开了，其后时代的昏暗场景即将显现。
也许关于东方的葡萄牙人急剧衰退的最生动描述，出自一位游历广泛的法国人之手，这个人叫作让·莫凯。莫凯被冠以“法王珍贵藏品的保护人”的头衔，据说他是一位颇有名气的植物学家，所以除了喜好传播流言蜚语之外，他还兼具有学问的人的自负。17世纪上半叶，他和新任总督德·拉费拉伯爵一起，在一支由十三艘船组成的强大舰队的护送下前往果阿。
这次航行从一开始就是一场灾难。莫凯关于大西洋暴风雨天气的画，能够很好地解释为什么从里斯本出发去远航经常会被认为等同于被判死刑：“可以想见，当时的场景是多么混乱不堪，人们吐得一塌糊涂，屎尿横流，唯一能听到的声音是人们痛苦的哀嚎和呻吟……乘客纷纷诅咒开船的时间、他们的父母，以及他们自己。”
总督很快就病倒了，但他不是唯一病倒的人，其他人躺在中部甲板、箱子后面的角落里奄奄一息，“老鼠还在啃食他们的眼睛和脚底”。莫凯很快发现自己感染了坏血病，每天他都走到船舷的一侧，用刀剜掉腐烂的牙床，他“用绳子固定住自己，手中拿着一面小镜子看看该割掉哪里”。他将坏肉割掉之后，“还会排掉一些黑血”。最后，莫凯用尿液漱口。他认为对于坏血病，最好的治疗药物是丁香花汁和“上好的红酒”。
最后，船队到达莫桑比克，由于错过了将把他们带往印度的季风，他们在那里滞留了5个月。每天的死亡人数是10到15个，最后总计死亡人数达到725人。虽然莫凯之后痊愈了，但是他的灾难远非仅此而已，因为舰队指挥认为他是一名间谍，正秘密为法国编制航海图，所以将他投入了岸上的一所监狱，并且在他脖子上套上了一副铁质枷锁。他饿得半死，钱还被抢劫一空，但是3个星期后他被释放，被允许重新回到船上。“葡萄牙人，”他带着苦涩的偏见写道，“主要是犹太人，天生残忍又忘恩负义。”
他再次冒险上岸进行一次植物学考察，“发现了1000多种对我而言完全陌生的植物”，但是他特地要去寻找的是一种匍匐植物，那种植物被“用来治疗埃塞俄比亚（非洲）女人患有的一种疾病”。在等待季风的那几个月里，莫凯收集了他能够获得的所有关于非洲人的谣言，其中有一个关于莫诺莫塔帕士兵的故事。传说他们“切下敌人的生殖器，将它们晾干后送给他们的妻子佩戴在脖子上，她们对此非常骄傲”。他匆忙记下他听到的每一个趣闻轶事，无论这些故事阴森可怕还是不大可能发生，还有一个故事是关于交给非洲人的尼德兰囚徒的命运的。一个士兵宣称他亲眼看到一个食人者“切断了一个尼德兰人的喉咙……然后趁热喝下他的血液”。
当他们最终抵达果阿时，莫凯开始审视葡萄牙定居者的行为和态度：“他们一到达印度，就把自己打扮得十分华丽，尽管他们本来只是农民和商人，也都自称绅士。”他们在商店拒绝支付账单，还通过威胁杀死捕获的鸟和其他动物折磨印度人，直到他们出钱买下它们，并将它们放生。“葡萄牙人故意做这些事来赚钱。”
他们对待奴隶的方式令莫凯感到震惊：“我在果阿寄宿时，听到整夜的殴打声和一些微弱的声音，那是奴隶的呼吸声，因为他们用亚麻布堵住奴隶的嘴防止他们大声喊叫。”他列举了各种虐待奴隶的方式，有一种需要用到煮沸的猪油，另一种是用擦了盐和醋的剃刀切割。
不是所有的奴隶都是非洲人，许多奴隶是印度人，还有一些则是从日本和中国运来的。在莫凯寄宿的地方，有一个日本女孩负责端饭上菜。一天晚上，男主人评论说这个女孩的牙齿很白，他的妻子虽然心生嫉妒，当时却没有表现出来，“但是当她的丈夫出海时，她找到了机会，于是她让人将那个可怜的女孩带到她面前，并将她捆缚起来，还毫无怜悯地拔光了她的满口牙齿”。
如果莫凯关于葡属印度的生活的描述是孤立的，人们很有可能认为他的描述是随意夸大而将之置于一旁，但是几份同时代的报告却对他关于葡萄牙人懒惰、残忍和贪婪的描述有所响应。17世纪，那不勒斯旅行家乔瓦尼·卡雷里在他的日记里写下果阿的大部分男人是如何豢养女性随从的，这些女奴被称作“苔藓”，她们整天忙于“爱抚和按摩”主人的身体。
“苔藓”这个称呼不仅指代奴隶的工作，它还是一个地理名词，因为他们中有许多人是从莫桑比克用船运来的。在早些时候，大主教手下的教士林索登曾写道：“大量的卡菲尔人被从莫桑比克运到印度，很多时候，一个正当年的男人或者女人只卖两三个达克特。”卡雷里的描述更加清晰，他说这些奴隶来自蒙巴萨、索法拉、莫桑比克和“非洲的其他沿海地区”。有些人是非洲战争中的俘虏，他们被卖给到访的葡萄牙船只，其他人则是因为饥饿而“陷入绝望”，自己将自己卖掉了。他们的价格仍然很便宜，“每个人15或者20那不勒斯克朗”。卡雷里认为果阿的价钱会更高，但是在非洲人中流传一个谣言：葡萄牙人买他们只是为了把他们的身体做成火药。他继续写道：“我们讲到的黑人，尽管有不好的一面，但是他们中的一些人具有高贵和文雅的天性，以至于他们保佑每个欧洲绅士都和他们一样。”
依从东方的气候与文化的不只是葡萄牙人。尼德兰人和英国人很快就意识到，他们企图在热带地区复制北欧的新教伦理与纯净行为是不切实际的梦想。在印度洋上航行的几乎每艘商船都有为长官们取乐的“后宫闺房”。18世纪晚期，美国驻广州的领事陆军少校萧三畏宣称，当他发现“从印度驶来的船上长官们的妓女”和名门望族同住时，他感到十分愤慨。他称呼她们为这些“生物”，她们一部分是马来人，一部分是果阿人。孟买则长期以来因为它的恶习而臭名昭著。同样地，许多从加尔各答前往东方的英国船只完全依靠向中国走私鸦片牟利。
另一方面，特许公司从未背负过崇高准则的包袱，而这正是葡属印度建立的基础。他们不对上帝负责，只对股东负责（所以当法国公司破产时，它只是终止运营而已）。果阿的宗教裁判所将印度的异教徒烧死在火刑柱上，但是特许公司甚至不会允许传教士登上他们的甲板。
伊丽莎白女王祝福英国公司的话语还在耳边回响：出资人“冒险追逐商品、黄金、珍珠、其他珠宝和其他货物，通过购买、以物易物、采购、兑换或者其他方式获得这些东西”。“其他获得的方式”几乎涵盖所有种类的坑蒙拐骗。