几个星期过去了，接着是几个月。不知为何，用云梯努力攀登堡垒外墙的进攻者被一次次击退。但是，阿曼的船只将更多的人力和补给运入蒙巴萨。葡萄牙的船只还是没有出现。到这个时候，围攻已经持续了一年多。
到6月末，只有6名葡萄牙人还活着：指挥官、奥古斯丁修道院院长、两名士兵和两个黑白混血孩子。其他的幸存者是几十个斯瓦希里人、一些非洲男人和大概50名被教会如何使用火枪的非洲女人。在斯瓦希里人当中，有一个人对葡萄牙人格外忠诚，而且他在战火中显得十分沉着，他是一位年轻谢赫，叫作达乌德，人们通常叫他“达乌德大人”，他来自费扎这个小港口。尽管他是穆斯林，他的家乡在过去曾遭葡萄牙人残忍地蹂躏，但是达乌德已经将他的命运与基督徒联在了一起。他的兄弟在围攻者一方，他的母亲是一名人质，但是达乌德以“简洁坚决的话语”回应城外对他的劝降。他17岁的堂弟已经在与守军的厮杀中战死。
8月到来时，最后一名神父死了。指挥官安东尼奥·莫戈·德·梅洛知道他自己也时日无多。他下令将他的坟墓挖在堡垒内的小教堂里，然后他叫来达乌德，敦促他要战斗到最后一刻，并且照看好他的两个孩子。8月28日，指挥官死了，达乌德接替了他的职位，一位“非常精明且极具智慧的”年长谢赫成为他的亲密顾问。此时，围攻已经持续了17个月。
9月16日，援军的旗舰“圣安东尼奥·德·塔纳”号再次出现在蒙巴萨的外围，与它一道来的还有一艘补给船。统帅桑帕约是不太情愿过来的，他是受到他的副手约瑟夫·佩雷拉·德·布里托的劝诱才来的，后者出身低微，从甲板水手做起，一路发展至统帅副手。这位前甲板水手没用多久就展现出了他的勇气。在他的煽动下，旗舰直接驶入海港抛锚，开始对堡垒下方沙滩上的阿拉伯炮台和堑壕进行近距离轰炸。阿曼人在那位叛徒炮手的指导下进行的回击也十分激烈。两艘各载着20名士兵的小船登陆，尽管其中一艘全军覆没，但是另一艘顺利穿越了火线。
午夜，一名信使将一封信从堡垒安全地送到了旗舰。这封信的内容引起了读信的葡萄牙人的注意。达乌德描述了他是如何与几个斯瓦希里人、50名非洲妇女一同坚守，为他们的陛下葡萄牙国王守卫这座堡垒。包括两名黑白混血儿童在内的其他所有人都死了。
到这个时候，此次围攻已经使2500个男人、500个妇女和儿童丧生。达乌德后来写信给国王：“对于我来说，对您的忠诚要比雄心壮志或者母亲的爱更加重要。”
当信件的内容被确认是真实的而非陷阱时，佩雷拉·德·布里托带领70人登陆，一路交战冲杀进耶稣堡。尽管几次三番被桑帕约搪塞，但之后他还是对阿拉伯人的据点发起了一系列成功的进攻。接连几周，补给和更多的士兵都乘夜被送上岸；而在白天，旗舰仍然持续炮轰阿拉伯据点，直到船锚的缆绳断裂，两次向岸上冲击之后船只失事，才停止炮击。船上的200名军官和士兵一路拼杀冲进耶稣堡。11月，从达乌德手中接管耶稣堡守备军的统帅桑帕约死了。在一片拥护声中，佩雷拉·德·布里托宣布就任“葡萄牙人的指挥官和长官”，达乌德则成为“耶稣堡的指挥官和长官”。
到12月，围攻已经持续了21个月，守卫军十分有胆量，摧毁了敌人在堡垒周围挖建的许多堑壕。在这些突击战中，佩雷拉·德·布里托的一个年轻的中国仆人是最勇敢的战士之一。但是，这期间海港中的活动持续不断，阿曼船只一直在将增援和补给运送进来。此外，“水肿病”还在夺走堡垒里的生命。
1697年12月28日，城墙上的葡萄牙哨兵大声喊着令人雀跃的消息。另一支舰队出现在视野之中。当这支舰队在海港外抛锚并且派出一艘小船时，耶稣堡的两位指挥官立刻提出了一项作战计划：新援军的3艘护卫舰直接驶入蒙巴萨海港基林迪尼那一侧，炸沉那里所有的阿拉伯船只，同时耶稣堡派出一支强有力的军队发起支援性的突击。然而，援军新任指挥官弗朗西斯科·佩雷拉·达·席尔瓦不会采纳他们的任何建议。他宣称他只负责卸载补给，除此之外没有别的任务。和之前发生的情况一样，守卫军徒劳地请求援军采取勇敢的行动。一位记录下这些事件的不知名编年史作者评论道：“尽管他们的请求是如此热忱，甚至能在1月点燃阿尔卑斯山，但是却无法激发我们迟钝的统帅的热情。”
阿拉伯人捕获了一艘救援船，他们在船里面发现了一捆来自果阿的政府信件，信件内容是关于如何解救耶稣堡的指令。他们以“流利的葡萄牙语”和嘲弄的口吻，在堡垒周边大声朗读这些指令，以便让守卫军能够听到：“某种程度上他们相当正确，因为他们中的一些人的确可笑。”
在援军卸载补给品之后，堡垒内的气氛十分低迷。此次随援军到来的还有一位新的守备军指挥官，这位严厉而不近人情的长官叫作莱安德罗·巴尔博扎·索托马约尔。到达蒙巴萨后，他开始羞辱达乌德和其他忠诚的斯瓦希里守卫军士兵。另一个纷争之源是之前叛变的炮手莱昂纳多·努内斯回到了耶稣堡。因为相信葡萄牙人最后会取得胜利，他决定再次背叛，只不过这次是背叛阿拉伯人。堡垒内那些经历过他的炮轰的人一致要求立刻吊死他，但是援军带到堡内的神父说他必须被带回果阿接受审讯。被送到旗舰上之后，努内斯向胆小怕事的军队指挥官达·席尔瓦说了一系列的谎言，这些谎言旨在摧毁他的所有决心。
1698年1月19日，救援船只准备离开。达乌德和他最优秀的斯瓦希里战士们也在船上，因为他们在新任指挥官的统治之下没法再待在耶稣堡。甲板下面的船舱里有400名妇女，她们是壕沟里的残留居民，将在桑给巴尔下船。约瑟夫·佩雷拉·德·布里托也离开了蒙巴萨，他被草率地剥夺了指挥权。当舰队抵达果阿时，总督下令将佩雷拉·德·布里托投入监狱，因为他没有官方任命就接管耶稣堡。通过钻葡萄牙法律的一些空子，那个叛变的炮手莱昂纳多·努内斯被判无罪。
回头再关注蒙巴萨，围攻还在继续。不知道何种缘故，耶稣堡完全与外界隔绝，但仍然幸存了下来。9月，新任总督到达果阿，开始准备组建另一支救援军。他集结了4艘护卫舰和1200人。和他们一起去的还有达乌德，他仍然忠诚，而且准备参加更多的战斗。他被葡萄牙人授予“费扎王子”的头衔，声名远播。
总督冈萨尔维斯·达·卡拉马·科蒂尼奥告诉他的船长，如果他们发现守卫军仍在抵抗，他们必须立刻发起全面进攻，将阿拉伯人从蒙巴萨岛和周边大陆驱逐出去。无论付出多大代价，葡萄牙人的势力终将恢复。但是，当他们在1698年12月13日到达蒙巴萨时，他们看到了一个可怕的场景：耶稣堡上悬挂着阿曼人的血红色旗帜。长达33个月的围攻已经结束。
舰队没有做进一步的调查，而是掉头航行前往桑给巴尔。尽管达乌德和桑给巴尔的女王一再请求，但舰队还是没有做任何进攻蒙巴萨的尝试，也没有调查堡垒是如何沦陷的。
大约3年后，在1701年9月，一个叫作布拉兹·菲亚略的印度仆人带着一个故事来到果阿。他在耶稣堡沦陷时被抓，曾被带到阿拉伯半岛，逃跑后他找到了返回印度的路线，首先到达波斯，再从波斯去往孟买。菲亚略详细讲述了人数逐渐减少的守卫军是如何坚持到1698年12月初的。那个时候，只有9个葡萄牙士兵还活着，与他们一起的是濒死的指挥官莱安德罗·巴尔博扎。还有3个印度人（其中之一就是布拉兹·菲亚略）、2个非洲女人和指挥官的年轻非洲奴隶。围攻者逼近耶稣堡的城墙，但是他们还不敢贸然发动进攻，因为他们不知道堡内的力量已经如此虚弱。
12月12日，指挥官让他的小奴隶出去为他采集一些草药。那个男孩不愿意出去，因为他会被抓住，莱安德罗·巴尔博扎回答说：“如果他们抓住你，告诉他们我等着他们，我不怕他们。要是他们明天来，我就不一定能看到他们了，他们最好还是今天来。”那个男孩被抓了，在审问之下说出了守卫军的可怜人数。
夜里，最后的进攻开始了。敌人爬上破损的城墙，守卫者撤退到一座棱堡里。他们一直战斗到12月13日的黎明时分。濒死的指挥官最后的挑衅举动是带着一支大口径短枪冲出棱堡。他被击中杀死，就在他倒下的地方被斩首了。就在援军到达海港之前几个小时，胜利者在堡垒上方升起旗帜。最后的围攻开始和结束时耶稣堡里仅存的人，可能是那一两个非洲女人。死于战斗和疾病的守卫者总计6500人，其中包括将近1000名葡萄牙人和2500名斯瓦希里人，其他人是躲避在壕沟里的非战斗人员。没有相关资料显示阿曼一方的伤亡人数。
在瓦斯科·达·伽马沿着海岸航行发现印度之后将近200年，耶稣堡的陷落使得葡萄牙人的势力从红海与赞比西河河口之间的地区退出。此时，除了莫桑比克少数几个几乎被人遗忘的小港口，以及在赞比西河两岸、地图上未标明的内陆一些普拉佐奴隶种植园之外，葡属印度在东非已经不剩什么了。