5年后，派斯准备再次尝试。这时候，他能讲一口流利的阿拉伯语，可以将自己打扮成一名亚美尼亚人，化名阿卜杜拉开始旅行。他与一名北上红海旅行的土耳其人成为朋友，后者告诉他想在马萨瓦进入内陆，继承他一位过世朋友的财产。派斯借此机会，通过了其他基督徒往往要出事的关卡。那位友好的土耳其人在港口徒劳地等待派斯返回，但是宗教的热忱盖过了派斯可能感受到的任何懊悔之情。
1604年，他到达了埃塞俄比亚的王庭，发现这个国家正处于内争的混乱之中。13岁的皇帝雅各布刚刚被他26岁的叔叔扎·登格尔推翻。在这种情况下，一位欧洲神父能做的事极其有限，不管怎样，佩德罗·派斯将拜访青尼罗河的发源地塔纳湖作为他的第一项任务，因为他听说克里斯托弗·达·伽马的士兵后裔生活在那里。在满足了他们的精神需求之后，派斯返回了王庭，迎接他的是一个惊人的消息：扎·登格尔决定成为一名天主教徒，并且打算请求欧洲为他提供士兵、工匠，以及更多的传教士。派斯十分警醒，他预见到这只能带来灾难，但是他希望谨慎处理此事的请求被忽视了。不到4个月，扎·登格尔就因他鲁莽的决定在一场叛乱中被杀死。
混乱持续了多年，直到1608年，一位王子与一个女奴的儿子苏塞尼奥斯夺得了皇位。派斯与这位新皇帝迅速结交成为朋友，他说这位新皇帝用他的淡褐色眼睛“看着所有人，并露出亲切的微笑”。新皇帝的“脸比较长，但比例合适……他的嘴唇有点薄，长着黑色的胡子，他的肩膀宽阔而健壮”。
在随后的几年里，派斯竭力使皇帝依赖上他，离不开他。一直闷燃于胸的宗教之火慢慢熄灭，派斯投身于实际工作，其目的在于向皇帝展现遵循欧洲方式的有利之处。凭借自己的建筑天赋，派斯提议用白色石头为皇帝建造一座两层宫殿。埃塞俄比亚还从未有过这样的建筑，所以派斯招募了一群工匠，教他们如何制造石材切割工具。他还雇用了一批木匠，训练他们掌握欧洲的木工技艺。
贡德尔的宫殿有一个50英尺长的宴会大厅，它的穹顶由雕工复杂的立柱支撑。从一个距地面70英尺高的屋顶平台上，皇帝可以远眺塔纳湖和1.4万英尺高的山峰。它的整体设计像是西班牙贵族的乡间别墅，苏塞尼奥斯的封臣们从各个行省赶来观看这座奇异的建筑。派斯继续兴建更多的建筑，其中还包括一座意大利风格的大教堂。他还对埃塞俄比亚的文学感兴趣，鼓励在教学中使用书面的阿姆哈拉语。他在那里生活了9年，期间造成的变化将在埃塞俄比亚人的生活中留下持久的烙印。
皇帝越欣赏派斯，派斯就越坚持埃塞俄比亚必须偿还70年前克里斯托弗·达·伽马所给予的恩情。这意味着埃塞俄比亚帝国及其教堂要与罗马保持一致。盲目虔诚的苏塞尼奥斯宣称，他将亲自带头公开皈依天主教，并且拒绝他自己教会的古老仪式。
尽管感到这一定会引发凶残的内战，但是派斯无法放弃他作为耶稣会士的责任。他尽力争取宫廷重要成员的支持，孤立科普特人的主教，甚至一些杰出的修士也选择皈依天主教。因而，在1613年1月31日，他帮助编辑写给教皇、西班牙国王（此时是腓力三世）和果阿的葡萄牙总督的信件。皇帝苏塞尼奥斯告诉教皇，他决心“臣服于神圣的教皇陛下”，并且请求教皇迅速派遣一位天主教的宗主教。
苏塞尼奥斯预见到他很快将陷入危险，所以他请求教皇派一支1500人的欧洲军队：500人占领马萨瓦并在海岸巡逻；1000人将帮助他应对与穆斯林的战争。苏塞尼奥斯真正想要的是一支近卫军，当他公开宣称皈依天主教时，他们将保卫他免受愤怒臣民的攻击。这是不可能的，派斯对此一定十分清楚。
因为保密十分重要，所以送往欧洲的信件必须要通过一条最不可能被中途拦截的线路送出。10年来，至少还有4名耶稣会士成功溜进马萨瓦帮助派斯，但是想要溜出去就更难了。苏塞尼奥斯坚持认为，对于选出来的两名使者——一名耶稣会士和一名埃塞俄比亚皈依者——来说，最好的机会是暗中穿过内陆前往印度洋港口马林迪，在那里葡萄牙的船只定期靠岸。这意味着要向南穿过1000多英里的未知地带，而那些地方被食人族部落占据，包括好战的盖拉族。没有证据表明有人曾做过这样的旅行。
这个想法是灾难性的。越过埃塞俄比亚的南部边界不远，向鲁道夫湖前进的途中，使者们被一名当地统治者抓获。当他考虑如何杀死他们时，那位耶稣会士成功地烧掉了国王的所有信件。使者团被迫向北返回埃塞俄比亚。在他们花费几个月返回埃塞俄比亚之前，皇帝已经发出了第二批信件，只不过这一次是向北。这些信件最终到达了法国驻开罗的领事那里，又从那里被送往罗马。教皇保罗五世渴望看到埃塞俄比亚的军事行动，认为“几乎数不清的灵魂”处于危险之中。然而，什么也没有发生。苏塞尼奥斯甚至穿上了葡萄牙的服饰，却不知因他自己的愚行而导致的“雷雨云”已经积聚在他的头顶上空。
1622年5月，派斯死于疟疾，此时他已经在埃塞俄比亚生活了19年。无论怎样，他已经亲眼看到皇帝公开声明罗马信仰，并且接受了天主教的圣礼。这时候，一场宗教大屠杀在所难免，而3年后，苏塞尼奥斯盼望已久的罗马宗主教到达了这个国家。他在红海入口处的一个小海港乔装上岸，从那里经过一场既危险又精疲力竭的长途跋涉，穿过达纳基尔沙漠到达高原。
这位宗主教是阿方索·门德斯，他的知识与他的勇敢无畏成正比。他也很虚荣，喜欢穿教宗的华丽服饰，但同时他也是个坚定不移的人。他和同伴热罗尼莫·洛博与耶稣会士取得联系之后，门德斯就穿上了他的宗教长袍，带着一批随行人员，包括仆人、音乐家和神父开始穿越这个国家的庄严之旅。皇帝正热切期盼门德斯一行人的到来。1626年2月7日，他派出了一支由1.5万名骑兵组成的护卫队。埃塞俄比亚的鼓声一阵强过一阵，但致敬的礼炮声盖过了鼓声。
在进入苏塞尼奥斯准备欢迎他的教堂之前，门德斯在一顶帐篷前停下了脚步。在那里，他戴上了他的法冠，换上了他的宗主教长袍，然后在喧闹的行进队伍前跨上了马背继续前行。他刚进入教堂，就受到戴着金冠的皇帝的接见和拥抱。门德斯即刻发表了一场演讲，从基督教的历史一直讲到埃塞俄比亚注定要向罗马俯首称臣的历史时刻。他用拉丁语进行演讲，并且大量引用希腊和罗马哲学家的话语，所有会众几乎无法理解他的演讲，但自负的门德斯根本不考虑这一点。
两天后，关于向罗马俯首称臣的隐喻成为现实：皇帝公开跪伏在门德斯的面前，发誓忠于教皇。无论心中做何感想，贵族和朝堂上的教士们紧跟在皇帝之后发誓效忠教皇。宗主教立刻规定，所有的教堂必须重新祝圣，所有的神职人员必须重新被授予圣职，所有的信徒重新受洗，所有的节日必须根据罗马历制定。他想要看到埃塞俄比亚的基督教从根本上发生改变。
门德斯来的时候恰巧发生了一场可怕的蝗灾，科普特的修士发誓这是神明不悦的迹象，但是一开始门德斯就似乎能够获得全胜。他在寄往罗马的信中描述了此次胜利。更多的耶稣会士进入埃塞俄比亚，他们满怀激情地拓展传教点，给农民集体进行洗礼，建立学校，编写宗教指南手册。在皇帝的财政支持下，他们设计制作了一个印刷机，以阿姆哈拉语传播天主教的教义。欧洲人第一次在东非引入拉丁字母表，为当地一种口语创造书写形式。
事情也有阴暗的一面。反抗者被吊死或者被烧死在火刑柱上。幸运一些的持异议者只是被割掉舌头。一些埃塞俄比亚修士跳崖自杀，也不愿抛弃他们古老的信仰。
苏塞尼奥斯尽其所能为勇于献身、独身禁欲的耶稣会士扫清道路，他公开谴责科普特大主教堕落腐化、妻妾成群、奸污处女，以及犯有“文明社会中可能最邪恶、最不堪提及的罪行”。但是，人类的过失不能消弭古老的信仰。到1628年，反抗强行信仰天主教的叛乱在埃塞俄比亚各地爆发。皇帝的女婿被吊死，一位领头的将军被推下悬崖，战事持续不断。在一场战役中，8000人阵亡。民众抗议罗马，认为它使这个国家“用自己的剑刺向自己的身躯”。
1632年，苏塞尼奥斯被迫退位，3个月后因悲痛和心力交瘁去世。一位耶稣会士为他举行了最后的仪式。新皇帝是他的儿子法斯拉达斯，他拥有一个高于一切的目的：驱逐所有的欧洲人和外国教义。很快，宗主教门德斯被驱逐到半个世纪前他的前辈奥维多度过余生的那座山顶，它位于埃塞俄比亚的东北部。在耶稣会士使者团被驱逐之后，埃塞俄比亚的民众载歌载舞，感到无比宽慰。但是，门德斯无法理解罗马为何被彻底拒绝。他开始请求果阿派兵，希望借助他们开始一场新的暴动。
当法斯拉达斯意识到耶稣会士正在号召一场对他的国家的入侵时，他告诉门德斯和其他所有的欧洲神父，如果他们还珍惜自己的生命就请立刻离开埃塞俄比亚。在海边商谈了一些没有结果的计谋之后，宗主教和9名神父发现他们被强制送往萨瓦金，接着北上红海。当地的土耳其帕夏起初想杀死他们，但是最后决定向葡属印度索要一大笔赎金。对方支付了这笔赎金，因为与发起一次惩罚性的远征相比，支付赎金是更便宜的选择。门德斯被带到安全的地方，定居在果阿，虽然没有希望，但他总是请求把他送回去，让他在远征军的最前端见证一切。他没有返回欧洲，20年后死于印度。
7名耶稣会士和一名叫作阿波利纳里斯·德·阿尔梅达的助理主教拒绝离开埃塞俄比亚。埃塞俄比亚人到处搜捕他们，其中两人被斩首，其他人在一群参加集市贸易的欢乐民众面前被吊死。一个世纪前克里斯托弗·达·伽马远征的幸存者的葡萄牙人后代社群也遭驱逐，尽管此时他们中的大多数人更像非洲人而非欧洲人。他们被迫向西迁徙，从高原下到青尼罗河与白尼罗河之间的森纳尔地区，之后销声匿迹。
法斯拉达斯禁止所有欧洲人进入埃塞俄比亚，甚至向亚丁和红海港口的穆斯林统治者求助，以确保欧洲人被隔离在外。所以，当一群意大利和法国的方济各会托钵僧在马萨瓦登岸时，他们被立刻杀死了。土耳其人将他们的头颅和皮肤用稻草填满，送给埃塞俄比亚的皇帝，以证实他的愿望得到了遵从。
在最后一次拒斥耶稣会士之后过了半个多世纪，法国医生夏尔·蓬塞得到了皇帝亚苏的许可，在1698年作为路易十四的大使进驻埃塞俄比亚。他在他的日记中写道，埃塞俄比亚人讨厌白葡萄，因为它的颜色会让他们想起葡萄牙人。
又过了70年，敢于冒险的苏格兰人詹姆斯·布鲁斯来到埃塞俄比亚。他发现在法斯拉达斯驱逐了最后一批耶稣会士100多年之后，耶稣会士对他们来说仍然是糟糕的回忆。他在与埃塞俄比亚人讨论他的新教信仰时有所夸张，以区别他自己不是天主教徒：我说“你们刚开始在公开场合称我为法兰克人，那是这个国家最让人憎恶的称呼，足以使我在任何出没的地方被人用乱石打死。法兰克人信仰的是天主教，而我的国家和你们的国家一样，与他们的信仰相敌对”。