我们的战争引起的破坏不局限于我们欧洲。这是两个世纪以来人们的勤奋和狂热产生的后果之一。我们为了到亚洲和美洲的边远之地去毁灭自己，而花费大量人力、财力，结果弄得自身精疲力竭。
——伏尔泰《路易十四时代》，1751年
与美洲的西班牙帝国相比，葡属印度一直都比较脆弱。它挑战了我们的逻辑：作为西欧最小的国家之一，它以不到100万的人口控制1600万平方英里的热带海域，使它的令状在从蒙巴萨到马六甲，从霍尔木兹到中国沿海的澳门和日本长崎的广阔地区得以执行。授予葡萄牙半个世界以作奖励的教皇诏书，很快被证明只是旧羊皮纸上若干得体的拉丁语短句。
人力资源的耗竭是难以承受的，因为每年都有数百名年轻人从塔霍河的河口出海，返回的人不到三分之一。人力资源的匮乏意味着葡萄牙人永远无法期望拓殖他们要塞所在之地周边的大陆内陆地区。甚至葡属印度的首府果阿，控制的大陆地区也只有小小的葡萄牙面积的二十五分之一。像西班牙在美洲大面积地占领土地，这对于葡萄牙而言是不可能的，甚至征服印度小邦的想法都不曾有过。
尽管土耳其人从未获得战略性的胜利，但他们及其教友是一种持续不断的刺激因素。1531年，穆斯塔法·本·巴赫拉姆带领一支埃塞俄比亚奴隶大军在第乌港登陆，将总督努诺·达·库尼亚驱逐出岛。（穆斯塔法作战之前有一种固定的习惯：他将女眷安置在一条船上，将财宝放置在另一条船上。）几年后，当莫卧儿帝国攻击第乌所属的古吉拉特王国的时候，葡萄牙人在那个岛上才获得立足之地。后来，他们两次被困在要塞中，在1555年之后他们才完全控制了第乌。
这次成功使得他们可以加紧控制出入波斯湾的贸易，但是也不断地削减他们封锁红海入口的努力。早些年似乎可以取得任何功绩，但是阿尔布开克在亚丁却遭遇惨败，这时常萦绕于葡萄牙人的心头。到1570年，在白人暴行带来的第一次冲击消逝后，东方的香料和制造品再次出现在亚历山大里亚。对于印度尼西亚的穆斯林统治者而言，同样成为可能的是从奥斯曼土耳其人手中购买青铜大炮，让它们在葡萄牙人的眼皮底下穿过印度洋，将它们用于围困葡萄牙人的堡垒。
通行证制度仍然在实行。没有葡萄牙的许可，在远海航行的船只仍然易受沉没或至少是劫掠的威胁。出于自卫的本能，各国的商人都学说一种“洋泾浜葡语”。一些虔诚的穆斯林觉得在法兰克人手中所受的这种羞辱只能被解释为真主对邪恶行径的惩罚。这就是谢赫扎因·丁在1570年所写的对于马拉巴尔海岸与他具有相同信仰的民众遭遇的解释。他们“误入歧途”，彼此分立：
因此，按照这种说法，是真主带来了这些欧洲人，法兰克人、基督徒，他们开始压迫穆斯林，带给他们灾难。他们犯下了无法描述的最残忍无耻的罪行：使穆斯林成为笑柄；对他们表现出最大的轻蔑；雇用他们从井里取水，从事其他不体面的工作；朝他们的脸吐口水；阻碍他们的旅行，特别是他们前往麦加朝圣的时候；毁坏他们的财产；烧毁他们的住所和清真寺；抓捕他们的船只；丑化和践踏他们的档案和著述；焚烧他们的历史文献；亵渎他们的清真寺圣所。
而且，他们俘虏穆斯林妇女，将她们绑起来，限制她们的自由，再强奸她们，“以这种方式产生信仰基督教的儿童”。即便可能存在敌人夸张的成分，但是这条记录还是让人非常不适。
憎恨穆斯林逐渐成为葡萄牙人的一项神圣职责，他们总是十分缺少朋友。印度人本可以成为他们的战友，但是他们之间从未形成持久的友好关系。起初，在阿方索·德·阿尔布开克做出的友好姿态下，他们似乎有可能与维查耶纳伽尔结成同盟。一位方济各会修士——神父路易斯，被派往胜利之城的新任王侯克里希纳·德瓦那里，呼吁他加入葡萄牙人对卡利卡特和居住在那里的“摩尔人”发动的战争中。作为回报，阿尔布开克保证，他会帮助克里希纳·德瓦进攻他在北方的穆斯林敌人。不出所料，王侯没有回应，虽然扎莫林可能是一个靠不住的总督，但他也是一个印度人。之后，又举行了多次谈判，到阿尔布开克去世时，他们才即将达成一个协定，那就是印度应该首先召集所有通过果阿进口的战马。
葡萄牙人很快就意识到与胜利之城做贸易的可能性，因为在克里希纳·德瓦的统治下，这座城市蒸蒸日上，发展至顶峰，克里希纳·德瓦的在位时长有20多年。他在改造这座城市的过程中得到葡萄牙人的帮助，包括由葡萄牙工程师若昂·德·拉庞特设计建造了一座人工湖。在几次战役中，使用火绳枪的葡萄牙士兵还加入到印度一方。多明戈·派斯和费尔南多·努尼兹这两位商人在16世纪40年代居住在胜利之城，他们都把自己的相关记录发回了里斯本。派斯对这个印度帝国的首都的描述，可能使葡萄牙人看到了获得一个强有力盟友的机会：
这里我就不写它的规模了，因为从任何一处都无法看到城市的全貌，我爬到一座小山上，从那里我能看到这座城市的大部分地方……我所看到的地方像罗马一样大，非常美丽。城里有很多树林，房子的花园里也有很多树，水渠从城市的中心穿过，还有很多处湖泊……这座城市里的人数量多得难以计数，我想记录下来但是似乎很难，因为这会让人觉得难以置信。然而，我想说没有军队、马匹或者步行者能够顺利通过任何街道或者小巷，因为人和大象实在是太多了。这是世界上最好的城市。
1547年，葡萄牙人最后与胜利之城达成了一项条约，但是这对日益分裂的印度帝国没有什么用。胜利之城的垮台似乎就在眼前，因为1564年德干高原的所有穆斯林苏丹形成了一个军事同盟。1565年1月，他们冲入胜利之城，几乎完全摧毁了它，逃不走的人都被杀死，神庙被毁，塑像被推倒，房屋被烧掉。葡萄牙人只是这场战争的旁观者。这座城市再也没有被占据，两年后当意大利旅行者卡埃萨罗·弗雷德里希看到这座城市时，断壁残垣还矗立在那里，居住在里面的是“老虎和其他野生动物”。
胜利之城的衰亡对于葡属印度而言是一场灾难，因为果阿严重依赖它的商业。历史学家德·科托承认，丧失了“马匹、天鹅绒、绸缎和其他各种商品”中的获利，使得葡萄牙人“大受打击”。收入的损失如此巨大，以致于果阿的人口持续减少。葡萄牙人也感到更加孤立。
维查耶纳伽尔帝国的残余撤退到更南方的地区，一个将要控制几乎整个印度的新的力量正在北方崛起。莫卧儿人很快就弄清楚了“法兰克人”的能力，并且随意地嘲笑、谈论他们。莫卧儿帝国的第四位皇帝贾汉吉尔（1605—1627年在位）在他的长篇回忆录中只顺带提到过葡萄牙人一次，讲述一个阿拉伯水手提到的葡萄牙人的魔法，说他们如何将一个人的头砍下，然后复归原位。贾汉吉尔将葡萄牙人比作孟加拉的杂耍演员。皇帝沙阿·贾汉（1628—1658年在位）甚至更加轻蔑：“实际上，法兰克人是一个伟大的民族，但是他们有3个最邪恶的特点，第一，他们是异教徒；第二，他们吃猪肉；第三，他们在如厕后也不清洗。”
要是莫卧儿人了解到更加可怕的异教徒已经开始取代法兰克人，将他们逐离他们的海洋帝国，这种蔑视可能还算是和缓的。到1600年，葡萄牙人已经知道印度洋上有些船只在炮术和航海技艺方面能和他们匹敌，甚至超越他们。就像他们当年从威尼斯人手中抢走香料贸易一样，其他人此时也打算从他们的手中抢走它们。
葡萄牙人尽全力保守东方的秘密，希望在尽可能长的时间里不让潜在的闯入者知道这些信息：海上的航路，季风和洋流，航海的危险之处，香料、外国的织物、精美瓷器的主要来源。售卖地图或者印度洋的航海图，传播含有葡属印度活动的信息，在葡萄牙长期以来都是重罪。这些禁令的确使欧洲在印度洋的地理方面长期处于一种模糊状态：一张16世纪的意大利地图表明，那时候人们认为卡利卡特是位于阿拉伯半岛和印度之间悬吊在亚洲大陆之下的一个孤立的半岛，而同时期一张记录弗朗西斯·德雷克勋爵的世界探险航行的英国地图，则将“马林迪”描述成占据东非的大部分地区，甚至远达好望角。
这并不意味葡萄牙人能够成功抵御所有的闯入者。在瓦斯科·达·伽马进行探险航行的25年里，法国迪耶普几艘小船的船主兼海盗让·安戈，绕过好望角寻找苏门答腊岛，希望在那里买到香料。由于疾病和恶劣的天气，这场冒险的结局很糟糕，但它却是一个预兆。1527年，另一艘法国船“玛丽救世”号，在葡萄牙人拦截住它之前，一路航行到了印度海岸。船上的36名水手向果阿的总督请求释放他们，宣称他们的航行是由鲁昂的商人资助的，并且已经获得他们的国王和最高指挥官的赞成。这艘船的船长是一个叫作埃斯塔旺·迪亚士的葡萄牙人，尽管文献没有记载他的命运，但肯定也好不到哪里去。
保持这些秘密，肯定存在许多漏洞，主要是由于葡萄牙自身缺少人力，被迫雇用外国人。大多数是加泰罗尼亚或者热那亚水手，他们目不识丁，除了他们乘坐的船之外一无所知，而且他们几乎从不上岸，除了私通或者掠夺。
对于葡萄牙人而言，当他们毫不怀疑地把一个能够将所见所闻记录下来的人运送到印度时，情况变得更加糟糕。这个人是神父托马斯·史蒂文斯，他是一位英国的耶稣会士，在1579年从里斯本航行前往果阿，他将一份长篇航行记录寄给了住在老家威尔特郡的父亲。尽管有一些荒谬的成分，但是这封信仍然向英国商人和水手们暴露了很多有关印度洋的信息。在好望角附近航行时，他所乘坐的船只触礁，差点沉没：
“海岸看起来很可怕……而陆地又到处是老虎，那里的人还未开化，他们会杀死所有的陌生人，所以我们在那里既没有生存的希望，也别想过上舒适的生活。”然后，起风了，我们得救了。“你应该知道，绕过好望角之后，有两条路通往印度：一条在圣劳伦斯岛（马达加斯加岛）内，由于这条路线可以使他们在莫桑比克修整两周或者一个月，他们可以获得充足的补给，然后再用一个月或者更长一些时间到达果阿，他们愿意选择这条路线。另一条路在圣劳伦斯岛之外，他们出发得太晚，不能及时赶到好望角，无法走前述莫桑比克的那条线路。他们需要装载很多东西，因为沿路没有港口停泊，航程漫长，缺少水和食物，他们可能会患各种疾病，腿会肿胀，身体会疼痛麻木，以致无法移动手脚，最后因为虚弱或者流感和疟疾而死。”
而这条路正是我们要走的路。尽管我们船上有150多人得病、27人死亡，但是与其他几次航行比起来这不算多……这条路多暗礁和流沙，所以有时候我们不敢在夜晚航行，只有冒着白天航行的危险，但是天意如此，我们什么也没看到，也看不到大海的尽头，直到我们到达印度海岸。
之后，史蒂文斯揭示了葡萄牙人航行的弱点。“流动的海洋”使船只远离航道：“我们认为自己位于印度附近，纬度与红海入口的索科特拉岛相同。”船只偏离航道1000多英里，向东转向朝向它的目标：“陆地的第一个标志是特定的海鸟，这使他们知道将要到达印度；第二个标志是棕榈树和莎草；第三个标志是有蛇在水里游动。”
1586年，托马斯·卡文迪什带领一只商船出现在纳塔尔附近。3年后，第一艘英国船“爱德华·博纳旺蒂尔”号直接驶进了东非海域，在桑给巴尔岛抛锚停留了3个月，等待季风改变方向以便航行去往印度。船员们十分赞赏桑给巴尔出售的食物。因为船只未受葡萄牙的许可就进入印度洋，所以这次航行被里斯本视作一种海盗行径。这些抱怨对英国人来说不算什么，因为他们的海盗英雄——德雷克和霍金斯——已经展示过如何掠夺西班牙占据的另一半世界。此外，葡萄牙这时候还在西班牙人的统治之下，1588年之后，由于英国人战胜了西班牙的无敌舰队，他们可以自由航行去往世界上任何一个他们想去的地方。
英国入侵者不久就发现，他们和另一个北欧国家——尼德兰——绕行非洲的路线完全一致。这些新来者能够从对葡萄牙帝国有独特洞察力的同胞那里获益：扬·范·林索登在印度生活了5年，他是果阿大主教手下的教士。由于大主教是国家最高委员会委员，林索登自然了解整个体系是如何运作的。1590年，他一回到里斯本，就立刻努力着手将他发现的关于好望角的一切都详细记录下来。1596年，第一批前往东方冒险的尼德兰船长在出海前能够阅读到林索登的《旅行日记》（citeitinerario/cite）。他们很快就意识到，对于葡萄牙人的所有挑战者来说，这本书都是无价之宝。1598年，它的英文版出版。
毫无疑问，那位英国人在返程时乘坐的那艘船上饶有兴趣地听着葡萄牙船长的抱怨。在绕行好望角时遭遇暴风雨，那位船长“感到万分惊讶，为什么我主上帝使葡萄牙人这样虔诚的基督徒和天主教徒遭受这些折磨。他们拥有坚固的大船，但是要经受危险天气和可怕风暴的摧残，而那些英国人——持异端者和上帝的亵渎者，他们的船小且脆弱，却轻松地绕过了好望角”。
当他们的船在莫桑比克停泊时，林索登甚至对果阿范围之外的航行也仔细观察。他注意到那里的堡垒“制定的法规很少，军需品储存得也不多，驻防的士兵也不过是居住在其中的指挥官和他的人，再没有其他士兵了”。（后来，尼德兰人抵达东非时发现关于葡萄牙人缺少战争准备的记录完全是真的，他们很快就利用了这一点。）
林索登在宗教等级制度中比较低的职位，为他文雅的间谍行为提供了理想的掩护。他根据季风的活动规律记录了航海的最佳月份，印度洋各地的贸易货物到达果阿的时间，以及它们是如何被拍卖的。但是，他还关注社会习俗，收集了许多地理方面的轶闻。他更令人感兴趣的记录片段之一是“某些摩尔人”有穿越安哥拉和索法拉之间的非洲地区的习惯。这是200年来第一次关于这类旅行的确切书面证据。
林索登和其他早期旅行者的记录激励尼德兰银行家向印度洋派出第一批舰队。返回阿姆斯特丹的船所装载的货物收益巨大，以至于返回家乡的船只出现在民众视野里时，他们会高兴地鸣响教堂的大钟。但是，100年来他们无从获悉关于如何使在海上度过几个月的普通水手避免坏血病和其他疾病，以及舰队如何应对暴烈天气的知识。1597年，科内利斯·德·豪特曼率领4艘船从爪哇岛返回时，出发时的249名水手，只有80多个人还活着，这与瓦斯科·达·伽马带回的人的比例相当。即便是聪明的雅各布·范·内克船长，在南大西洋和印度洋航行时也损失了三分之一的船只。
这些初期的困难都要承受，因为就像16世纪初葡萄牙的经济在瓦斯科·达·伽马和他的后继者耗资巨大的远征之后才有所改变，17世纪初尼德兰联省共和国的经济也是在豪特曼及其后继者远航之后才有所改观。阿姆斯特丹的船主们坚持尽可能地减少远洋航海的危险。共和国的法令被复制运用到航海上，尼德兰的船只以洁净而闻名。所有的船只都遵守行为条例，每天阅读祷告词和唱诵《旧约·诗篇》两遍，任何缺席这两项者都将受到惩罚。
尼德兰和英国船只的探索很快在阿姆斯特丹和伦敦导致具有历史意义的行动。两国建立了相互竞争的东印度公司（尼德兰投入的资本是英国的8倍，船只数量是英国的4倍）。两家东印度公司都拥有许可证，几乎公开被授予政府地位，并且被给予在好望角和太平洋之间贸易的国家垄断权。尽管这两家公司的负责人对利益比对权力更感兴趣，但是他们都知道与葡萄牙及其大君主西班牙的全力较量是迟早的事。葡萄牙人也同样意识到了这一点：两名尼德兰船长在马拉巴尔海岸登陆，在购买胡椒时被抓，科钦的王侯把他们送去了果阿，葡萄牙人把他们吊死了。