不幸的是，就热罗尼莫自己的利益而言，他此时有些过于葡萄牙化了。他戴着宽边帽而不是包头巾，穿着紧身上衣和紧身裤而不是白长袍，他不是当地的斯瓦希里人想要看到的领袖的样子。他甚至和异教徒一样吃猪肉。一位不知名的神父，在热罗尼莫写给教皇表衷心的信的开端将他描述为一个“统率摩尔封臣的基督徒国王”，还非常不吉利地引用了《圣经·旧约》中的《诗篇》第110首“你要在你仇敌中掌权”。
在两种文化之间备受折磨，热罗尼莫几乎无法掩饰他内心的绝望。如果他不为自己的民众所信任，耶稣堡里的法兰克人也不会信任他。1629年，贵族佩德罗·莱唐·德·甘博亚作为新任指挥官被指派过来。他偶然有了一个重大发现：苏丹有半夜秘密前往墓地的习惯，而那座墓里埋葬着他的父亲，尸体没有头，他在那里会“以摩尔人的方式”祷告。在这位指挥官看来，热罗尼莫是一个叛徒，必须将他送往果阿接受审讯。
1631年8月初，莱唐·德·甘博亚做了这个决定，但是在他执行这个决定之前，苏丹一定得到了某些暗示。8月16日，星期六，下午晚些时候，指挥官因为生病躺在自己的屋子里。热罗尼莫到达耶稣堡的大门口，请求拜访他。这是一个奇怪的请求，因为这两个人彼此之间怀有很深的敌意，以致于他们极少见面。但是，指挥官同意了苏丹的请求，派人引领他进入自己的房间。这是一场很短的会谈，很快苏丹和他的一个侍从用胳膊抓住指挥官，刺死了他。
然后，他向等在堡垒外边的一队非洲弓箭手和阿拉伯士兵发出命令。他们射着箭、挥舞着刀剑，冲进入口。一进入主庭院，他们就开始不分青红皂白地杀戮：指挥官的妻子和孩子是第一批受害者。大约50个葡萄牙士兵没被立刻砍倒，他们惊慌失措，逃到了附近由奥古斯丁修会会士管理的教堂里。到傍晚时分，一切都结束了。耶稣堡陷落，葡萄牙人在蒙巴萨的房屋被付之一炬。
胜利者不再自称热罗尼莫。回到宫殿，他丢掉葡萄牙服装，穿上了斯瓦希里服装，腰间还别上一把弧形匕首，宣布自己是苏丹优素福·本·哈桑，一个真正的穆斯林。之后，他返回耶稣堡。他向蒙巴萨的基督徒宣布，只有一种方法才可以避免像堡垒中已经死去的人那样的命运：他们必须皈依伊斯兰教。但是，在那个时代，死亡是比变节更好的选择。甚至妻子也反对优素福，就算不顾叛教的诸多耻辱，她接受伊斯兰教也一定用了很长时间。
第一个为信仰而死的人是一个隐居的修道士——神父迪奥戈。当他告诉苏丹他的决心时，他被苏丹的非洲侍从用长矛刺死。接下来的几天没有发生什么事情。大概150名基督徒还挤在奥古斯丁女修道院的教堂里。他们包括从着火的房子里被营救出来的妇女和儿童，以及几个受伤的男人。和这些葡萄牙人在一起的还有零星几位黑人基督徒和半阿拉伯血统的基督徒。在受伤者中，有一个是苏丹的近亲，这个人叫作安东尼奥，他曾经请求苏丹放过这座堡垒，但是没有用。挨着这位请愿者的是修道院院长——优素福以前的告解神父。当他被问及是否愿意成为一个穆斯林时，他拒绝了，然后被吊死在堡垒的城墙上。
8月20日，苏丹命令教堂里的所有人都出来，大约有60个人将行进到堡垒那里。他们将被“送往基督教国家”。在做完忏悔、圣餐仪式，并且与他们的妻子和孩子告别之后，这些人从教堂里出来了。神父手持十字架引领着他们。苏丹把身体探出堡垒的窗外，向他的堂兄弟安东尼奥喊话，让他抓住最后一次机会放弃基督教。在安东尼奥拒绝后，苏丹给出信号，一大群战士冲向行进的队伍，对他们发起攻击。所有人都被杀死了，除了一个叫作西尔韦斯特罗·佩雷拉的文员。苏丹骑着马来到屠杀现场，发现佩雷拉还活着，而且仍然坚决维护自己的基督教信仰，就下令将他也杀死。情绪高涨的优素福从他的马鞍上弯下身，用他的长矛猛刺这些尸体。然后，他们用绳子将这些尸体绑在一起抛进海里。
10天过去了，那些妇女和孩子还在教堂里苦苦等待。他们几乎没有食物和饮用水，天气十分炎热，而且他们亲眼看见了她们的丈夫和父亲的死亡。最后，苏丹派信使告诉他们，所有放弃基督教信仰的人都可以回家。那些不放弃基督教信仰的人必须离开蒙巴萨，乘船前往斯瓦希里海岸北端的城镇——帕泰。那些妇女带着她们的孩子从教堂里出来，宣称她们的信仰。她们向等待的船只走去，一路上还大声咏唱。
一位后来编制这次暴乱报告的奥古斯丁修会会士，描述了最后的情形：
在他们与这场冲突中陪同女主人的某些奴隶都上船之后，有谣言说那位暴君打算在船中央凿出一个大洞，以便让他们都淹死。但是，这些水手——野蛮的卡弗尔人，没等听到命令，在船到达大海中央、刚看到那位暴君所在的堡垒时，就切断了这些无辜的可怜人的喉咙，并从她们的臂弯中抢走她们的孩子，以便使她们亲眼看到他们被切成碎片。
一个女儿正爬向她还有一口气的母亲；一位母亲正握住她残缺不全的女儿的尸体；一具无头的尸体手中还握着十字架。还有一些人受伤了，另外一些奄奄一息。他们被抛进海里，以增加他们的痛苦，他们在水中喘吸挣扎时，还遭受棍棒和船桨的击打。有多达三十九名白人妇女和五十九名儿童被杀死。我无法弄清当地人的数量。
另一份记录说明这些行刑者是如何在将那些妇女的尸体抛入海里之前，将她们的戒指、项链和耳环取下来的。（一年后，果阿的教会法庭听说了一些证据，决定是否将殉道者的荣誉授予这些因为拒绝放弃基督教信仰而死去的人。说明这个事件的文件被送往罗马，以备宣福礼之需，但是之后不知道由于什么原因，这件事不了了之。）
当耶稣堡失守的消息传到葡属印度时，关于叛变的苏丹应该在蒙巴萨公开斩首还是在果阿处决，存在争议。但是，第一个任务是抓住他。1632年初，一支由二十艘船组成的舰队载着一千名士兵，在贵族弗朗西斯科·德·莫拉的指挥下，出现在蒙巴萨附近。堡垒里有四百个人，包括当地的斯瓦希里人和从大陆来的雇佣军。优素福还在岛上的关键位置隐藏了数百名非洲勇士。
这些船只向耶稣堡一齐发射炮弹，这反映出他们的一个错误估计：他们的枪炮不足以攻破耶稣堡的城墙。卡伊拉蒂设计的堡垒如此坚固，为的是它能够抵御土耳其人的进攻，但是葡萄牙人料想不到他们自己在堡垒外边，无法进入。更糟的是，优素福的人充分利用了架设在堡垒棱堡中的大炮，他们用这些大炮对付那些试图通过抓住停在海港中的阿拉伯单桅帆船的锚，骚扰狭窄海峡中的其他船只的葡萄牙士兵，因为食物供给需要跨过那道狭窄海峡，才能被送到蒙巴萨岛。
当一支四百人的军队在堡垒附近登陆时，他们遭到数百名非洲长矛兵和弓箭手的袭击。弗朗西斯科·德·莫拉为了鼓励他的士兵，身先士卒，中了三十箭。有些箭的箭头上还有毒，一个自告奋勇的年轻人将他的毒液吸出来，他才免于一死，据说，那个年轻人死了。
进攻的计划多次遭叛逃者泄露，几周之后，沮丧的葡萄牙指挥官们开始就接下来该采取的行动相互争吵不已。他们给大陆上的一位非洲统治者姆瓦纳·尚布·尚代赠送礼物，目的是引诱他加入葡萄牙这一方。他做了象征性的尝试，说他的路被苏丹的支持者们封锁了。3月份开始下雨，使得火绳枪兵更难以使用他们的武器了。最后，他们在大陆距离堡垒最近的一个位置架设了两门大炮，然后他们隔着海峡开始密集开炮。结果收效甚微，而且优素福命人将堡垒的一门大炮放在一座清真寺的平顶上，轰炸葡萄牙人在对岸的登陆点。4个月过后，食物也快消耗完了。而且，一些围攻者开始将他们的精力投注到一些恶习中，一份记录阴郁地指摘他们“下流甚至令人憎恶”。这次围攻被取消了，这支耗资巨大的舰队返回果阿。对于在蒙巴萨的惨败，他们相互指责得十分激烈，但是由于弗朗西斯科·德·莫拉与里斯本的关系密切，他逃过一劫。
他们在蒙巴萨留下了两艘船，做出还在封锁蒙巴萨的样子，但是它们很快就落入苏丹优素福的手中。我们并不明了这件事是如何发生的，可能是船员被贿赂了，或者他们仅仅是出于害怕，乘坐小船，逃往东非沿海骚乱较少的葡萄牙人定居点。
优素福需要这两艘被俘获的船。他意识到，当企图夺回耶稣堡的远征队下一次到达这里时，他可能不会这么幸运。是时候离开了。包括堡垒枪炮在内的所有能够移动的东西都被装进这两艘船，借着西南季风，蒙巴萨最后一位苏丹乘坐他新获得的船只消失在印度洋里。在葡萄牙海军度过的那些年令优素福受益良多，因为他已经决定开启一项新的事业——海盗。
7年间，他在马达加斯加到阿拉伯半岛的热带海域航行，有时和英国、尼德兰的海盗一起。有谣言说，优素福恳求尼德兰人帮他夺回蒙巴萨，而这引起了果阿总督佩罗·达·席尔瓦的警觉，他担心耶稣堡会陷入欧洲海盗和作为他们傀儡的变节苏丹的手中。他毫不怀疑斯瓦希里海岸将对何方致以同情，他们反正不会同情葡萄牙人。
总督发誓抓住优素福，甚至计划以贼抓贼，雇用一名葡萄牙海盗完成这个任务，但是他从来没有成功过。后来，优素福逃进东非的海港，在那里他受到英雄般的欢迎。最后，他在红海的一次小规模战斗中被杀。在那之前不久，他还派了一个俘虏——一位多明我会的修士，前往果阿送信，请求宽恕。他宣称，自己之所以叛变完全是被耶稣堡接连上任的指挥官的无情逼迫所致。