我从未得到过补偿。他们不尊重我，我的待遇也与我的身份不符。一颗高贵的心受到严重的侮辱、冒犯，以及不公正的对待……他们认为无需按照法律对待我们，特别是考虑到我的臣民只不过是卡菲尔人，他们更是如此。
——蒙巴萨苏丹优素福寄至果阿的一封信，1637年
为了夺取对蒙巴萨的控制权，该城所遭受的苦难已使人几乎无法再探寻到它之前的繁荣景象。苏丹及其3个儿子晦涩不明的死亡造成了彻底的权力真空。葡萄牙人此时已经决定要占领这座岛，以填补这个真空，他们带来“忠诚的”马林迪苏丹艾哈迈德，让他成为该城新的统治者。更可怖的土耳其人入侵的可能性是刺激他们做出这个决定的主要原因，因为有报告称，他们在埃及正制订计划，要开通一条运河以连接红海北端和尼罗河，通过这条运河，奥斯曼人的战舰就能从地中海直接航行到印度洋。
1586年，法国驻君士坦丁堡的大使萨瓦里·德·兰斯科斯梅派人到巴黎汇报，10万名工匠、4万头驴和1.2万头骆驼将用来开凿这条运河。一旦运河建好，200艘全副武装的船只将从那里通过，他们会把葡萄牙人赶回到好望角的另一边。一位不知姓名的土耳其人写了《通往印度的西部路线》（citethewesternroutetoindia/cite）一书，他满怀乐观地写到这条运河建成之后，“邪恶的无信仰者”就会从辛吉海被驱逐出去，之后，君士坦丁堡可以更容易享有“信德和印度的精美货物，以及埃塞俄比亚（非洲）的珍宝”。
关于土耳其人的这些计划的报告到达里斯本几年后，葡萄牙人终于开始在蒙巴萨建造一座要塞。它必须是一座坚固到能够控制东非海岸的堡垒，而且必须能够对抗敌人可能施以的任何进攻。它将被称作耶稣堡。所有在东非做贸易的船只都要上缴百分之六的海关关税，这笔钱能够抵偿建造要塞的成本，并且可以支付它的维修费用。
耶稣堡注定成为葡萄牙帝国短暂辉煌的不可摧毁的纪念碑。但是，下令建造它的人是一个西班牙人，而它的建筑师则是一位意大利人。那个西班牙人就是在阿维什王朝衰落之际于1580年获得葡萄牙王位的腓力二世。
腓力二世有很多宠臣，其中一个是乔瓦尼·巴蒂斯塔·卡伊拉蒂，他是米兰人，年轻时就被派去指导防备土耳其人围攻的马耳他防御工事的建造。卡伊拉蒂作为一个军事建筑师的声誉传遍南欧，到16世纪70年代，他在西班牙效命于腓力二世。
在伊比利亚国家不幸地联合后不久，卡伊拉蒂的皇家保护人就派他作为葡萄牙在东方所有防御工事的总建筑师。50岁左右，他去果阿赴任，之后卡伊拉蒂就将他的西班牙名字改成与之相当的葡萄牙名字——若昂·巴蒂斯塔·凯拉托。在他生命的最后十三年，他在印度洋的各个地方，甚至在东边远至马六甲海峡的地方，设计建造堡垒。耶稣堡是他最后也是最伟大的作品，他在设计这座建筑时回溯了意大利的艺术源头。它是从文艺复兴全盛时期“完美的人体”理论中获取灵感的显著代表。耶稣堡的平面图非常清楚地说明了这一点：四座棱堡是胳膊和腿，面向大海的外垒是头部，整个结构的中心区域则是躯干。而很好地掩映在一座堡垒的火炉后的大门，实际上处于腋下的位置。
卡伊拉蒂使用“人体形态”的理念，不仅是出于对在他年轻时就闻名意大利的哲学观念的回应。耶稣堡的设计还非常贴合当地的地形，在它遭到围攻时便于安排人手。在开始建造耶稣堡之前，在从果阿到蒙巴萨的途中，卡伊拉蒂应该已经意识到，由于葡属印度总是缺少人力，有效的守备部队的规模会很小（几乎不会超过100人）。所以，布局要简单，只有几个防御点，尽可能少地将堡垒内的力量暴露给进攻者。
耶稣堡的规模依然很大，足以保证遭遇长时段围攻期间的生存条件。它大概有150码长，两座放置武器的棱堡之间宽约130码；中部庭院有将近75码宽，兵营、储存室和一个小教堂位于其两边，它们由幕墙围护；有一口深井，可以为驻军提供饮用水。耶稣堡的指挥官被庄重地授予“蒙巴萨总督”的头衔，他的房间位于大门上方。
耶稣堡的城墙面向大海，建在珊瑚岩上，旨在威吓住潜在的敌人。超过12英尺厚、面向珊瑚块且用碎石填筑的墙壁，足以抵御16世纪末任何海军枪炮的攻击。底下是外部防御工事，它紧邻大海，通过一个低矮的拱门和一条狭窄的通道，与内部的庭院相连。
卡伊拉蒂一定立刻就意识到，面向岛屿中心的耶稣堡的西端，是入侵者最容易突破的地方。他的解决办法是遵循意大利军事建筑的最优良传统。堡垒的两条短而粗的“腿”在侧翼隐藏着炮台。每个炮台都可以扫射到棱堡对面后墙的通道。这些设计还包括在堡垒向陆地的一面建造一条壕沟。
耶稣堡在几年中的建造速度很快。在强有力的蒙巴萨第一任指挥官马特乌斯·门德斯·德·瓦斯康塞洛斯的带领下，成批的印度泥瓦匠、采石工、木匠从果阿来到这里。包括几艘停在海港里以防御再度前来进攻的土耳其人的船只上的船员在内，所有的劳动力都加入到堡垒的建设中。军官们也和士兵一起劳动。甚至新任苏丹也摆出象征性的姿态，和他的侍臣们来到海边帮助搬运石头。
卡伊拉蒂看到大家热火朝天的劳动景象一定很开心。可能是想要在他返回欧洲的途中拜访蒙巴萨，因为在东方待了十多年之后，他告诉腓力二世他最热切的愿望是退休后回到米兰。（他的故乡米兰仍然十分热爱他，他计划将他一生的大部分积蓄用来扩展当地的医院。）国王告诉他，等找到他的接替者他就可以回去。1596年，卡伊拉蒂在果阿去世，彼时他还在等待他的继任者。
与在热带的葡萄牙帝国的其他地方经常发生的事情一样，蒙巴萨的精力和金钱很快开始枯竭。在继任的指挥官浪费和盗取资金的情况下，耶稣堡的建造几乎陷入停滞状态。在堡垒开始建造近20年之后，蒙巴萨的葡萄牙商人先驱还会对人抱怨说防御墙不够高。还有很多需要完成的事。即便这样，移民的数量还在稳固地增长，甚至主街上还流传着一个嘲弄的说法，称这座堡垒为散兵坑。最后，蒙巴萨聚集了大概70个家庭，再加上他们的奴隶和溜须拍马者。尽管对于他们没有记录，但是一些印度店主和工匠也一定从果阿跨海移民至此。他们从阿拉伯商人化作废墟的建筑中搜取石块建造他们自己的房屋，以及一座奥古斯丁教堂和女修道院。
但是，葡萄牙人并不信任那个和他们一起分享蒙巴萨岛的斯瓦希里人，因为他们与苏丹艾哈迈德的早期情谊很快就消逝了。苏丹艾哈迈德曾经认为，从马林迪搬到蒙巴萨会使他成为整个斯瓦希里海岸的大领主，但是实际的权力掌握在耶稣堡缓缓升起的高墙后面。葡萄牙军官们掌握着权力，而蒙巴萨的苏丹只能忍耐。苏丹给里斯本的国王写信，说没有必要建造这座堡垒。由于葡萄牙居民在贸易中享有不公平的优惠条件，而历任指挥官又对他态度轻蔑，他的个人地位正不断被削弱，但是他的信没有得到理会。
17世纪，在东方有多年生活经验的葡萄牙指挥官若昂·罗贝罗，应该很能理解他的最后一个抱怨：“我不怀疑在那些接受派遣管理堡垒的人之中，不乏表现友好的人，但是他们做不好事情，因为一个坏人做错事要比一百个好人做好事的影响深得多。”
当苏丹艾哈迈德请求派商船前往中国时，他的自尊再次受到严重打击。他不可能拥有足够完成1.5万英里环球航程的远洋大船，但是他可以在印度轻易地雇用到它们。前往中国的货船和以往一样载着象牙、龙涎香、非洲的黄金和稀有的兽皮；返航的船只则满载瓷器和丝绸。可能在马林迪还流传着将近200年前郑和船队造访的传说，以及由这座城市送给中国皇帝长颈鹿的事迹。
苏丹知道他必须得到葡萄牙人的许可，因为没有通行证，任何在印度洋航行的船只都会被劫掠或者炸沉。他曾经确信他可以得到许可，因为他和他的祖辈一直对葡萄牙人表现忠诚，但是他的请求被草率地拒绝了。
1610年，新任苏丹哈桑就任，而堡垒的新任指挥官是曼努埃尔·德·梅洛·佩雷拉。这两者之间的敌意很快变得十分强烈，以致于哈桑从蒙巴萨逃往大陆，与一个非洲人社群生活在一起。曼努埃尔·德·梅洛耍手段，在一场伏击中杀害了苏丹。葡萄牙人支付了2000段布料，了结了此事。当苏丹的尸体被送回蒙巴萨时，他的头被砍下来送给了果阿的总督，附带的报告说苏丹只是遭受了他应得的惩罚，因为他犯了叛国罪。
苏丹的继承人是7岁男孩优素福，因而蒙巴萨的指挥官就任摄政者，他来自一个反对前任苏丹的派系。优素福乘船前往印度，在那里他皈依了基督教，他在果阿的奥古斯丁修会会士处接受教育，然后乘坐葡萄牙船只学习航海技术和战争艺术。到他十八九岁时，他的名字从优素福改为热罗尼莫。他的导师们认为他已经可以继承苏丹之位。他在果阿加冕，被授予“蒙巴萨、马林迪和奔巴岛之王”的头衔，成为基督骑士团的一名骑士，并在1626年的盛大仪式中被送回故乡。跟他一起出发的有一位奥古斯丁修会会士，还有他来自果阿、名叫伊莎贝尔的妻子。