于是，这就开辟了一块天赐的领土。国王赶紧派船到那地方去；把土人赶尽杀绝；为了搜刮黄金，折磨土人的国王下令准许进行一切不人道的、放荡的行为，于是遍地染满居民的鲜血。这一帮专做这种虔诚的冒险事业的可恶屠夫，也就是派去开导感化那些崇拜偶像的野蛮人的现代殖民者。
——乔纳森·斯威夫特《格列佛游记》
葡萄牙人在第乌的胜利对东方的影响，和穆罕默德二世在半个世纪之前占领君士坦丁堡对西方的影响一样巨大。然而，葡属印度还没有成为一个实体，它的船长们就像游牧民一样在海上游荡，无法登上任何一块列于国王曼努埃尔名义下的领地。所以，当里斯本必须继续制订帝国的伟大计划时，在印度洋获取一块安全的飞地是有必要的，因为他们不需要为获取指示而等上18个月或者更长时间。这个地方还可以用来修理船只、储存军需品，船员们可以在这里暂时摆脱甲板下面狭窄恶臭的住宿环境，病患和伤员可以调养身体，死者也得以安葬。他们需要的不仅是一个堡垒，还是一个殖民地。
两个具有明显可能性的地方是东非和印度西部，葡萄牙人可以夺取它们的良港和周边土地，然后宣称对它们具有所有权。然而，非洲已被证明是充斥大量致命热疫的地方：阿尔梅达激动地写信告诉曼努埃尔，他们建成了基尔瓦要塞，但是仅仅7年后，他们就不得不遗弃它。在大陆的更南方，在索法拉和莫桑比克建立的小型贸易站试图为刚刚绕过好望角的船只提供救助品，但是这些船只通常发现，岸上的死者和濒死之人比他们船上的还要多。
因而，葡萄牙人很快决定，在印度西部建立一个殖民地更加合理。而且，印度是香料的生产地，葡萄牙人还需沿着海岸来回巡逻，以追捕那些胆敢挑衅通行法令的“麦加船只”。但是印度的财富和人口是他们需要解决的问题。尽管葡萄牙人轻视他们自身之外的任何战斗力量，但是他们知道印度统治者能够以几乎无限的人力防守他们的领地，并且他们足够富有，能够以火绳枪、马匹和大象装备他们的军队。
曼努埃尔的一些近臣继续争论说，葡萄牙想在好望角以外的地方建立殖民地的想法是错误的。仅仅是建立和守卫这些堡垒就会削弱葡萄牙的海上力量。炎热、压抑的堡垒不得人心，因为它会使得他们没有机会进行突袭和劫掠，而这恰恰是印度对葡萄牙人的主要吸引力：除了防御来自陆地或者海上的突然袭击，他们只能以观测视野之内求救的葡萄牙船只，来度过几个月的无聊日子。
曼努埃尔嘲笑那些因为费用和危险而反对建立殖民地的人，而且西班牙人已经在新世界建立了殖民地，这是威望的象征。所以，在阿尔梅达从印度洋回国、去世后不到一年，曼努埃尔直接下令占领果阿岛。完成这件事的人是阿尔梅达的继任者、葡属印度的真正建立者——阿方索·德·阿尔布开克。他通常被称作“伟大的阿方索·德·阿尔布开克”，这个称号是多年之后热切编辑他写给国王的多卷本书信集的儿子赋予的。
阿尔布开克是葡萄牙和西班牙混血，还有王室血统，他所受的教育是开创一番大事业。他的一个同时代人说，他身材高大，一身黑色装束，“屁股上别着一把饰有宝石的黄金匕首”。后来，他的灰色胡子几乎及腰。阿尔布开克对杀死穆斯林有狂热的欲望，在50岁开始第一次远航之前，他在北非征战多年。他在科钦待了几个月监督那里的要塞建造，在1504年年中又回到了里斯本。
1505年春，阿尔梅达从葡萄牙起航，成为葡属印度的第一任总督，而仅仅一年后，阿尔布开克就带着自己的舰队紧随其后。这两个人即将成为彼此的强敌：阿尔布开克从一开始就表现得十分自信，这表明他知道国王已经私下选择他作为阿尔梅达的继任者。对于如何统治葡属印度，他也有自己的想法。
阿尔布开克的宗教信仰极其坚定，他对祭司王约翰仍怀有痴念，认为他已经做好准备，能够与葡萄牙人联合起来推翻伊斯兰教，而这种念头已被他的大多数同时代人所抛弃。他梦想将埃塞俄比亚作为摧毁麦加的一个基地，还谈到了从马德拉引入工程人员，改道尼罗河，使之注入红海，以迫使埃及人因饥饿而投降的荒谬计划。
1506年抵达东非海岸后，他实施了第一批举措，其中之一是派两个随从和一个突尼斯译员上岸，命令他们向埃塞俄比亚的统治者带去国王曼努埃尔的问候。和其他担负相似使命的葡萄牙人不同，他们可能在海上找到了一条通道。通过相同的路径，曼努埃尔从为埃塞俄比亚王储摄政的年迈的太后海伦那里得到了答复。她给曼努埃尔的信是以阿拉伯语和波斯语写成的，在信中她用“海上骑士，异教徒和穆斯林的征服者与压迫者”称呼对方，还信誓旦旦地保证与欧洲的基督徒建立战无不胜的军事同盟。
此时出现的关于埃塞俄比亚的真相并不能阻止阿尔布开克。他写信给曼努埃尔，宣称祭司王约翰“拥有大量马匹和大象”。他的王国疆域广阔，“远及索法拉和摩加迪沙、蒙巴萨、马林迪的海岸”。它还在非洲的另一端远抵大西洋。他拥有许多金矿，而那些汇集在索法拉、最后运抵印度洋的黄金，则来自臣服于祭司王约翰的国家。这些都是阿尔布开克一厢情愿的想法，混杂了各种信息，它们来自毛罗的世界地图，与阿尔布开克在实际事务中遇到的严酷现实形成鲜明的反差。
在1507年的上半年，阿尔布开克和他的亲戚特里斯坦·达·库尼亚（南大西洋海域的一个岛屿的发现者，这个岛屿仍然以他的名字命名）沿着东非海岸航行，期间阿尔布开克展现了他的冷酷无情。他们率领的两个全副武装的舰队的船只超过了12艘。当他们在友好港口马林迪停驻时，那里的苏丹暗示他们最好能够帮忙惩罚他的一个敌人——海岸更北方的城镇霍贾的谢赫。阿尔布开克和库尼亚根本不需要鼓舞就乐于对付这个敌人：他们在霍贾附近抛锚，以葡萄牙国王的名义要求那位酋长投降。
这位谢赫是蒙巴萨苏丹的亲属，他派人送信回复说，他唯一的君主是开罗的哈里发。他不想与袭击和杀害印度洋上合法做生意的和平的商人的基督徒有什么关系。对于这样的挑衅，这两位指挥官只有一个回答：第二天一早，他们分别率领一支分遣队，如暴风雨般登上岸。居民无法抵抗这样的暴行。他们逃进灌木丛，而谢赫和他的近臣在棕榈树林中拼死抵抗，但节节败退。阿尔布开克亲自处决了谢赫，对此他感到很满意。城镇被洗劫一空，然后被付之一炬。几个士兵甚至过于专注抢劫以致被大火吞没。
在拉穆，葡萄牙人没有遇到抵抗。统治者惶恐不已，答应只要能够赦免他的城市，他就每年纳贡。由于手头没有非洲的黄金，他用威尼斯达克特上交了第一批款项，威尼斯达克特是那个时候整个印度洋地区都认可的一种货币。他们向红海航行的下一站是布拉瓦，那是一座石头城，统治着干旱的索马里海岸。这一次，数千居民沿着海岸行进，以展现他们的力量，但是他们也应葡萄牙舰队的要求，派出使者回应“和平会谈”的事宜。当会谈遇到阻力时，葡萄牙人以淹死使者相威胁，以便试探他们是否有什么秘密计划。威胁起到了作用，使者透露布拉瓦的苏丹希望能够拖延会谈，因为西南季风随时会吹过来，而这会使葡萄牙的船只尽快离港。
这时候，在一些军官的敦促之下，两位指挥官无奈下令起航。但是，阿尔布开克坚持认为布拉瓦必须受到惩罚，他对葡萄牙人战斗精神的自信很快得到了证实。他们发动正面进攻，征服了这座城市，1000多个居民被杀死，而进攻者的折损则很少。他们对这些房屋的劫掠持续了整整3天。他们砍下穆斯林妇女的手指、胳膊和耳朵，以获得她们佩戴的数以百计的昂贵戒指、手镯和耳环。唯一的不幸是他们损失了一艘装满劫掠物的小船，还有一位高级教士也淹死了。
在几次突击过后，包括一次对红海入口附近的索科特拉岛的突击，两位指挥官分头行动。特里斯坦·达·库尼亚南下前往马拉巴尔以装载香料，而阿尔布开克选择了远离还在印度洋做总督的阿尔梅达的路线。在1507年余下的时间里，他沿着阿拉伯半岛的海岸线航行，他用自己7艘船上的大炮对到达的每一个港口都造成了毁灭性的打击。在一封写给阿尔梅达的信中，他吹嘘自己是如何占领并劫掠了马斯喀特，烧毁了港湾里的所有船只，然后又烧了这座城市：“这座城烧起来非常慢，因为这里的所有房屋都是用石头和灰泥建造的，还有一些房屋是用石头和泥建成的，外墙粉刷成白色，非常漂亮，也非常坚固。”
他最大的胜利是在霍尔木兹取得的，那是两个世纪以前马可·波罗拜访过的波斯湾入口处的一个古老的贸易城市。他的舰队船只的数量远不及对方（阿尔布开克有夸大的嗜好，但是即便考虑到这一点，获胜的希望也十分渺茫），但是大炮造成的影响也使他的敌人恐慌。数百人跳入水中，“这真是一个令人吃惊的场面”。和往常一样，葡萄牙人下到他们的小船上，挥舞他们的长矛：“我们在水中杀死了数不清的人，其他因为身负武器而下沉的人，都淹死了。我毫不夸张地告诉您，那天有一个人竟然在水中杀死了80个人。”
这场胜利之后，阿尔布开克从12岁的霍尔木兹统治者赛义夫·丁那里榨取了一个承诺,从此以后，他将是葡萄牙的一个封臣，此时他由一位宦官摄政。他也同意每年用黄金上交一大笔贡赋。阿尔布开克想要占领霍尔木兹，但是他没有足够的军队，他所能做的最大限度的事是震慑周边的城市。他们切掉妇女的耳朵和鼻子、男人的鼻子和右手。最后，他们炮轰霍尔木兹，直到弹药不足才停止。
阿尔布开克想在这座城市附近建一座要塞，但是他舰队里的船长们激烈反对这个想法，因为这个地方贫瘠荒凉，天气又热得让人难以忍受。他们想要继续航行，进攻和掠夺其他城市。很快，5艘船找借口抛下了他，只剩下他自己的船和另一艘船，之后它们继续航行以便加入阿尔梅达的舰队。
阿尔布开克注定要成为葡属印度最著名的总督，但是他却永远也无法拥有总督这个头衔，尽管他拥有王室血统。国王曼努埃尔仍然信守诺言，在他有生之年只有阿尔梅达能拥有总督的头衔。但是，当继任者来到阿尔梅达面前，对他说是时候移交权力了，阿尔梅达虽然清楚自己的独特地位，但他还是被激怒了。他让人逮捕了阿尔布开克，并且把他发配到印度南部的一座要塞，让人严密守卫，直到里斯本送来令人信服的证据，说明他说的是真的。
阿尔布开克被监禁了好几个月，直到一艘载着费尔南多·科蒂尼奥的船到来。他被授予葡萄牙元帅的头衔，而且巧合的是，他是阿尔布开克的亲戚。科蒂尼奥从国王那里带来的文件使阿尔梅达清楚地意识到他的总督时代结束了。
阿尔梅达立刻前往欧洲，但是在好望角附近的萨尔达尼亚海湾附近，他们停下来补充淡水和给养。就在停泊期间，阿尔梅达的私人奴仆上岸，羞辱了两个科伊村民以致被打掉了牙齿。阿尔梅达决定发动一场惩罚性的突袭，期间他的人抓住了一群儿童。在他们返回海岸的途中，突袭队伍遇到了村民的伏击，他们被丢失孩子的事情激怒了。
他们用密集的石头、棍棒和箭镞杀死了50个葡萄牙人。第乌的胜利者被一支标枪穿过喉咙，双膝跪地，死了。
与此同时，阿尔布开克的解救者将里斯本的指示交给他，要求他占领果阿。这座港口位于印度西部海岸中心的一座岛上，皇家委员会精明地选择它作为葡属印度的一个理想的主要基地。科蒂尼奥自己还另有任务：指挥听命于他的15艘船和3000人进攻卡利卡特，直到它彻底投降。这是葡萄牙单次派往印度洋的最大的一支军事力量。科蒂尼奥是一个彻底的行动派，他不顾阿尔布开克的保留态度，决定先攻击卡利卡特，稍后再处理果阿。
在卡利卡特登陆没有遇到任何困难，元帅非常自信，他脱下了头盔，换上一顶帽子，然后将剑和长矛交给他的男仆。他说：“我只要手里有根藤条，就能带领我的人占领扎莫林的宫殿。”后来，他回到里斯本向国王汇报，“他们误导他，让他对著名的卡利卡特城感到畏惧是多么的错误，那里只有身材矮小且赤身裸体的黑人，拿着武器和他们作战很不体面”。元帅发表了一番冠冕堂皇的言论之后，就带着他的400个部下前往宫殿，留下阿尔布开克断后。
与他同时代的编年史家加斯帕尔·科雷亚描述了当时的场面：“元帅穿过的街道非常狭窄，就像乡间小径一样，街道两侧是半根长矛高的石墙，在坚固的底座上方是房屋和棕榈树，人们踩在类似井里台阶一样突出的石头上面，从街道上行到房子那里。”
一路上猛烈战斗，葡萄牙人抵达了城市的主广场。广场中心是一些大房子，它们由雕刻繁复的木材建造而成，这些房屋里住着外国派到卡利卡特的大使。守卫者拼命战斗，想要守住广场，他们杀死了许多葡萄牙人。无论何时，只要他们得到尸体，他们就砍下头颅，并且即刻送给扎莫林。但是最终广场还是被进攻者占领了，他们放火点燃了它。
最后，他们抵达了宫殿。因为元帅发誓要把宫殿的大门作为战利品带回去送给国王，所以葡萄牙人用斧子砍倒了沉重的铜制镀金大门。他们一进入宫殿，大多数葡萄牙士兵、水手和奴隶就不由自主地开始抢劫“昂贵的白色亚麻、丝绸、黄金、天鹅绒和麦加的锦缎”，接着他们不遗余力地将这些掠夺品拖拽回海滩。