16、17世纪的葡萄牙人，除了改良战争中的杀戮方法和对宗教的狭隘偏执之情外，没有什么能教给印度人的。想必让印度人对瓦斯科·达·伽马或者他的后继者的所作所为表示感激，是不可能的。
——潘尼迦《马拉巴尔和葡萄牙人》，1929年（k.m.panikkar,citemalabarandtheportuguese/cite）
就在弗朗西斯科·德·阿尔梅达使印度洋意识到他的到来之前，开罗的埃及苏丹和他的土耳其君主决定对基督徒的闯入发起全面挑战。但是，由于挑战必须在海上进行，他们要面对很多困难。第一个困难就是需了解穆斯林舰队将会遭遇哪种船只。葡萄牙离东地中海很遥远，而且土耳其人从来没有近距离检视过葡萄牙人的船只。他们只从传到埃及的报告中了解到那些法兰克人拥有可怕的火力，并且使用它时毫不留情。
土耳其人马上就会觉察到，往来于印度和阿拉伯半岛之间的商船在战争中毫无用处，因为这些船的外壳太脆弱，以致无法承受能够对付葡萄牙人舰船的大枪炮。整个印度洋地区都没有适用于战争的船只。唯一的解决办法是在红海沿岸建立一支舰队（土耳其人还没打到波斯湾），从那里驶进印度洋与葡萄牙人交战。
有人提出了解决办法，但是困难重重。埃及和阿拉伯半岛都不生长能够制造远洋航船外壳的木材，必须用货船将安纳托利亚或者巴尔干半岛的木材穿越地中海运到埃及，然后用骆驼运到红海港口。炮和炮弹也得从土耳其运过来，因为统治埃及的马穆鲁克军事集团认为枪炮只能用于陆上防御。马穆鲁克对海战嗤之以鼻，执迷于荣誉与骑士精神，不久他们就将招致毁灭。
尽管不久前，即1499年，在希腊城镇萨皮恩察附近的一场海战中，260艘土耳其单层甲板大帆船击败了170艘威尼斯船，但是威尼斯人知道，此时是土耳其人向他们求助的时候。在把葡萄牙人驱逐出印度洋这一点上，双方具有共同利益。他们也都意识到，他们在作战中使用的典型的地中海单层甲板大帆船对于“移动的要塞”将毫无用处。在尽量靠近敌船以便士兵能够有机会登上它们，投入近距离作战之前，他们的船只早就被炸成碎片了。
威尼斯人曾经想劝说埃及人挖掘一条贯通苏伊士地峡的运河，这是船只进入印度洋的一个最简便的方法。但是他们担心苏丹会怀疑他们是想为自己的贸易开通一条路线，所以打消了这个提议。威尼斯方面给苏丹提了一些关于葡萄牙人的建议，它们是依据威尼斯在里斯本的间谍莱奥纳尔多·迪·卡马萨获得的消息提出的。威尼斯也允许他们砍伐达尔马提亚森林里的木材，将它们用船运到苏伊士。最后，威尼斯还提供了一队枪手供苏丹支配。
当埃及在西奈半岛的凸岩上建造12艘大战舰时，阿尔梅达正在印度海岸毫无阻碍地来回航行，他于1505年10月就抵达了那里。他最先到达的地方之一是科钦。尽管他们曾一度为逃避扎莫林的军队而在一座印度教寺庙中寻求庇护，但是科钦的王侯还是对葡萄牙表现出忠诚。一座统领海港的木制要塞在对抗由杜阿尔特·帕切科指挥的葡萄牙守备部队时遭受严重挫折。他们试图用饥饿迫使守备部队投降，但是帕切科绑架了科钦的穆斯林商人头领，把他作为人质，直到对方把粮食送过去。城外，一支人数不多的葡萄牙军队，守卫一道河流渡口已有3个多月，直到卡利卡特的军队遭遇惨重损失而撤退。为了庆祝胜利，他们将海边的一座清真寺摧毁，在原址建起一座教堂。
在基尔瓦苏丹额头短暂佩戴过的黄金王冠，此时被置于科钦王侯的头上。但是阿尔梅达很快发现，在舒适的休整之后，他深陷于印度大陆的政治旋涡之中。从表面上看，卡利卡特是以其都城“胜利之城”命名的印度南部的印度教大帝国——维查耶纳伽尔王朝——的一部分。但是，实际上卡利卡特几乎完全独立。在维查耶纳伽尔王朝看来，扎莫林是围绕在他周围的穆斯林商人的傀儡。而且，维查耶纳伽尔王朝时不时受到北方伊斯兰王国的攻击，因而国王几乎对南方几百英里之外的胡椒港口发生的事毫不关心。起初，葡萄牙人希望煽动国王攻击卡利卡特，可是这种想法总是不现实的。
如果他的军队规模更大，阿尔梅达会把它提供给维查耶纳伽尔王朝，一起对付他们的穆斯林敌人。他不敢这样做，因为他是葡属印度应该是一个纯粹的海洋帝国，在陆地上只有几个战略要塞的理论的最强有力的支持者。葡萄牙人对他们知之甚少的印度内陆王国感到困惑。为了与维查耶纳伽尔王朝缔结同盟关系，他们做出的最有可能的举措是和蒂莫雅交朋友，他是一个强有力的海盗和雇佣兵，他将马匹运过海洋，提供给王侯的骑兵。
阿尔梅达此时将葡萄牙舰队中的几艘船交给他的儿子洛伦索，让他作为这几艘船的队长，并且鼓励他独立行动。在基尔瓦和蒙巴萨，洛伦索的表现就已经使他像是一个真正的征服者。洛伦索从卡利卡特北部一个友好的港口坎纳诺尔的一个间谍处得知，扎莫林正在认真备战：瓦斯科·达·伽马第二次远航时的两个逃亡者——皮耶罗·安东尼奥和若昂·马里亚，已经在卡利卡特建立了一座铸造厂，制造出了500门加农炮。
得知这个消息，洛伦索似乎显得有点乱了方寸。在寻找距离印度西南端500英里的马尔代夫群岛时，他发现自己实际上处于印度东南端的锡兰。锡兰最终将成为葡萄牙的一个殖民地，但是此时他没有时间去征服它。
与洛伦索相比，他的下级贡萨洛·瓦斯犯的错误更有意一些。他拦截了一艘属于坎纳诺尔一位领头商人的船只。这艘船持有葡萄牙的通行证，可以在外海航行，但是瓦斯宣称这张通行证是伪造的。他劫掠了船上的货物，下令杀死船员，把尸体缝在他们的船帆上，然后将他们与船只一同沉入海底。结果，那张船帆裂开，尸体被海水冲到了岸边。坎纳诺尔的统治者非常惊骇，以至他改变了与这些基督徒做朋友的想法，转而成为他们的死敌。
葡萄牙人的暴行已经使他们在整个印度洋遭人憎恨，他们应得的惩罚似乎也即将降临。1507年初，土耳其人已经完成了红海入口处舰队的建设。这支舰队的指挥官是阿米尔·侯赛因，因为他们早就听说印度和阿拉伯半岛无武器的船只和无防备的港口受到破坏的消息，所以舰队刚组建好，他们就即刻出发。尽管出发时很快，但是之后侯赛因的舰队行进缓慢。他的12艘船装载了1500人和他们的武器，以及土耳其人能够组装出的最好的大炮。
穆斯林的舰队中途停留了数次，花了8个月的时间完成了他们的航行，他们先是南下红海，接着沿着也门和阿曼海岸向东航行，之后穿过波斯湾入口，到达印度北部。这一路上他们没有遇到葡萄牙人。侯赛因向南越过印度河三角洲，然后在繁荣的第乌岛抛锚。第乌是一个理想的基地，因为它位于卡提阿瓦半岛的南端，卡提阿瓦半岛是穆斯林统治的古吉拉特王国的一部分。第乌的战略意义对于葡萄牙人也十分明显，以至葡萄牙人已经决定把这个岛（等他们占据它的时候）变为他们在印度洋上的一个战略要地。
欢迎侯赛因舰队的是马利克·艾亚兹，他出生于俄国，是第乌的总督。他的经历不同寻常。他还是一个孩子时就被土耳其人抓住，成为一名奴隶，皈依了伊斯兰教，之后他跟随一批商人到达了印度。在那里，因为他的出色箭术给古吉拉特的穆斯林国王马哈茂德·沙阿一世留下了深刻的印象，这为他赢得了自由。他被提拔为第乌的总督，把这座岛变成了印度北部经营得最好的贸易港口之一。尽管古吉拉特国王对这件事情不怎么感兴趣（他的继任者巴哈杜尔·沙阿则嘲笑海战是“商人的事务”），但是艾亚兹向侯赛因承诺会对他鼎力相助，让他放手去做。艾亚兹在接下来的冲突中将扮演一个狡猾的角色。
与此同时，卡利卡特的扎莫林正在那两个基督徒背叛者的协助下，准备100艘装备火炮的轻快船只。这些船只将沿着印度海岸航行700英里，为穆斯林战船运送食物。一旦开战，它们也会提供支持。侯赛因越来越自信，他从第乌南下冒险，而洛伦索·德·阿尔梅达正指挥葡萄牙舰队北上到这片区域。
洛伦索已经听说了附近有一支大船队的传言，并且认为他们是葡萄牙人。他进入了焦尔港，当侯赛因袭击他的时候，他毫无准备。对方人数超过葡萄牙人，在黄昏降临时，战斗开始了。洛伦索的船长们敦促他在黑夜的掩护下逃跑，因为这个时候相对勇猛来说，慎重似乎更重要。但是对于小阿尔梅达，他担心他的父亲会因为他的懦弱而指责他，所以他拒绝听从他们的请求。而穆斯林的船只在黎明时分重新开始进攻。洛伦索一开始被一颗炮弹击中大腿，但是他命令他的人用旗舰的旗杆将他的腿绑上，以便于他能够继续指挥战斗。之后，第二颗炮弹击中了他的后背。旗舰沉没，剩余的葡萄牙军队向南撤退，140人死亡，更多人沦为俘虏。（从卡利卡特派来的舰队指挥官也在战斗中阵亡；穆斯林在岸边为他的遗体建造了一座宏伟的坟墓，他因为对抗基督徒而受人崇拜。）
当洛伦索阵亡的消息传到总督那里，他发誓一日不报仇，就一日不剪掉他的胡须。“他们吃了‘小公鸡’，”他说，“现在他们必须要尝尝‘大公鸡’。”
弗朗西斯科·德·阿尔梅达花费了一年的时间，才到达穆斯林舰队的大炮射程之内，但是在此期间他谨慎地与第乌的总督马利克·艾亚兹取得联系，敦促他改变立场，站到葡萄牙人的一边。这位总督面临一个困难的选择：公开选择背叛他的穆斯林伙伴，意味着一旦他们获胜，他就会被判处死刑；但是公开支持他们的话，如果他们失败，有朝一日葡萄牙人进攻第乌时，他就会成为他们报复的目标人物。由于拥有18艘船的葡萄牙人比拥有10艘船的侯赛因获胜的可能性更大，艾亚兹冒着极大的风险违背了他在一年前对土耳其人许下的承诺。
1509年2月2日，阿尔梅达到达了第乌，发现穆斯林的舰队在那里列队停泊，还有一大群小船也在那里停驻。双方都知道，这场战斗将决定谁在未来的许多年里控制印度洋。失败带给阿尔梅达的，不仅是作为第一任葡属印度总督的耻辱，而且很可能是最后一任，最好的情况也就是，经过每一位小王侯的许可，葡萄牙人在未来被允许在马拉巴尔海岸的港口进行贸易，但即便是这种情况的可能性都很小，因为他们已经深切遭人憎恨。
对穆斯林而言，胜利将把他们带回印度和红海之间的港口自由贸易、不受干扰的时代。胜利还会打破在基督徒身周升起的无敌光环，并且给了穆斯林时间，为阻止基督徒试图返回印度洋做好准备。
然而，阿尔梅达和他的人在次日早上发起的进攻的结果毋庸置疑：他的舰队一再击溃侯赛因防御线的两侧，从侧舷向侯赛因的舰队开火，而对方的回击根本无法与他们相抗衡。葡萄牙的船只有些配备了多达40台的大炮，这些大炮远远高出水面，所以它们可以从上往下向敌人抛掷炮弹。
经历数个小时，侯赛因的防御线被撕碎。在第乌岛，马利克·艾亚兹作为一个消极的旁观者，对于基督徒的进攻未发一炮。他的船只在射程之外，因而安然无恙。为了庆祝胜利，葡萄牙人展现出了他们惯常的杀戮欲：只要有穆斯林的船只沉没，他们就下到小船上砍杀那些在水里挣扎的敌人。毕竟，失败的结局不可避免，土耳其人投降了，他们的剩余船只起锚逃跑。当侯赛因告诉君士坦丁堡的苏丹这场战斗是如何失败的时候，他说第乌的总督在关键时刻背叛了他，而他原先是一个基督徒。
报完了“小公鸡”的仇，阿尔梅达修剪了他的胡子。葡萄牙人在此时此地获得的胜利的意义，堪比在第一次布匿战争中罗马舰队战胜迦太基人的胜利。此时，胜利的消息必须要沿着印度海岸传向各地的居民，他们必须被警告不要试图挑衅葡萄牙人的枪炮。阿尔梅达几乎没花什么时间就解决了接下来要做的事。尽管有很多人被杀死在水里，但是还有一些俘虏被带到第乌。所以，只要船只到达一个港口，阿尔梅达就叫停，然后他们就处决一批俘虏。尸体被肢解，先是头颅，后是胳膊和腿，都在城市中心被焚烧。