葡萄牙人对他们在这里看到的一切都印象深刻。基尔瓦对东非海岸的政治影响力比170年前伊本·白图泰来访时小了很多，这主要是由其统治精英内部的恶意竞争，以及索法拉黄金贸易的衰落导致的。即便如此，它也是一座发展成熟且繁荣的城市。
总督写信给他的国王：“陛下，在我所知道的世界上的所有地方中，基尔瓦拥有最好的港口和最肥沃的土地……这里有狮子、鹿、羚羊、山鹑、鹌鹑、夜莺，以及许多其他鸟类，这片土地还盛产蜜桔、石榴、柠檬、绿色蔬菜、无花果、椰子、洋芋，有极好的肉、鱼和甜美的井水。”尽管关于狮子，阿尔梅达有夸大的成分，但是他到达基尔瓦时，正是天气晴朗，花园里满是花朵和水果的好时节。
靠吃咸肉和硬饼干在海上度过了几个星期，那位不知名的日记作者看到花园非常高兴，他描述了“小萝卜、小洋葱、甜美的马郁兰和甜罗勒”。基尔瓦还有蜂蜜、黄油和蜡。“花园四周围着木栅栏……干草足有一人高。土壤是红色的，上面总能看到一些绿色的东西。”这里还种植棉花，人们用它制成布料；他们还制作香水销往国外。这里的大多数工作都由黑人奴隶完成，他们为“白摩尔人”所有。
这份记录还生动地描述了基尔瓦的生活，甚至提到了“摩尔人嚼槟榔的技能”：“这些叶子会把嘴和牙齿变成深红色，据说嚼它能够提神。”所有人都“不睡在地上”，而是睡在由棕榈叶编成的“能够承受一个人重量的”吊床上。由于基尔瓦气候潮湿，阿拉伯人穿两件棉质衣服，一件从腰部一直拖到地面，另一件松松地搭在肩头。他们所有人都佩戴念珠。
除了研究基尔瓦居民的日常生活，他们还有其他事可以做。阿尔梅达决定不再拖延，因为逃跑的苏丹会被罢黜，取代他的是他的敌人安科尼谢赫。他们建造了一个插旗帜的平台。而安科尼谢赫穿着用金线缝合的紫色葡萄牙礼服出现在台上。仪式很简短，总督只是将一个金色的王冠戴在新苏丹的头上，而同样的仪式过程也将发生在科钦的王侯身上。之后是穿城游行，苏丹骑着一匹葡萄牙马，由葡萄牙旗帜在前开道。随后，他们签署了一份用阿拉伯语和葡萄牙语写成的条约，宣称基尔瓦将永远臣服于葡萄牙国王。
舰队在基尔瓦岛附近停驻了两个多星期，在此期间他们开始建造一座有四个棱堡的方形要塞。在这座要塞开始成形后，一大群人庄严肃穆地为它祝福。总督选出一位要塞司令，给了他一支一百五十人的守卫部队和一艘轻快帆船，然后再次率领船队向北航行。
此时，阿尔梅达的目标是东非海岸最大的城市蒙巴萨。自从达·伽马第一次远航时在那里遭遇险情，葡萄牙人就清楚地知道他们的停泊之处是马林迪而非蒙巴萨。然而，他们知道蒙巴萨有两个优良港湾，如果在季风时节在马林迪海岸附近停泊，船只会遭受暴风雨的侵袭，而蒙巴萨不存在这个问题。而且，令人烦恼的是，阿拉伯船会躲在蒙巴萨海港的隐蔽处以逃避外海上轻快帆船的巡逻，而如果不冒着全面冲突的风险，葡萄牙人不敢擅自进入海港。他们抓获了许多开往蒙巴萨的阿拉伯船只，它们的货物被没收，其船员通常也不能幸免于难。其他人则利用他们对东非海岸的了解，藏进红树林沼泽中，然后趁着夜色潜进蒙巴萨。
蒙巴萨的苏丹意识到他的苦难将要来临。所以，他们在蒙巴萨岛面向东边外海的陡峭珊瑚岩壁上建起了一座有两个棱堡的要塞。为了急切适应新时代的战争形势，蒙巴萨的居民们于是从1501年一艘在附近遇到海难沉没的葡萄牙船只里，打捞出六七门加农炮和一大堆弹药。在一个皈依了伊斯兰教的葡萄牙逃亡水手的指导下，他们在新要塞架起了加农炮，严阵以待法兰克人的进攻。
一队士兵上岸，侦察蒙巴萨的防御情况。他们乘坐小船登陆，回报说那个背叛他们的同胞从要塞向他们喊话：“告诉舰队司令，他会发现蒙巴萨和基尔瓦不一样，绝对不像是等着被扭断脖子的小鸡。”包括500名非洲弓箭手在内的数千名战士已经准备好防守这座城市，苏丹也下定决心抵抗到最后一刻。就像瓦斯科·达·伽马意识到蒙巴萨是一个值得一战的城市，阿尔梅达的战士们也对它虎视眈眈。总督本人听到复述给他的背叛者的嘲弄时，气得脸色惨白。
阿尔梅达舰队中的编年史家描述道，在富有商人居住的最好的石制房屋之间还散布着奴隶、牛和其他动物居住的、由棕榈叶覆盖的小房子。这座岛与毗邻的大陆盛产水果、蜂蜜、大米和甘蔗：“按照摩尔人的说法，这座城市是整座海岸最好的地方。”
在真正开战之前，阿尔梅达的两艘小船被派出去探测海港内的水深，它们被要塞射出的炮弹损坏。让这些守卫者惊慌失措的是，两艘船中的一艘发出的一枚炮弹恰巧击中了要塞的弹药库，引起大火和爆炸。尽管城市本身受损不大，但这就是蒙巴萨第一个要塞的灾难性结局。葡萄牙人四管齐下，对坚决抵抗的苏丹王宫发起进攻，他们一路上劫掠杀人。阿尔梅达的儿子洛伦索在进攻中身先士卒。防守的人从屋顶上将石头投掷到狭窄的街道上，以减缓进攻者的推进速度。两个在基尔瓦就表现出强烈热情的方济各会修士，在战斗中再次成了先锋。在抵达宫殿时，他们爬上屋顶，竖起了一个十字架。
作为最后一个求助对象，斯瓦希里的防御者驱赶出两头野生大象，让它们加入战斗，但是它们并没有阻止住葡萄牙人。他们尽情抢掠直到他们精疲力尽，他们找到了“大量昂贵的布料、丝绸、黄金、地毯和鞍褥，他们将其中一块在任何其他地方都找不到的精美地毯与许多其他昂贵的东西一起，送给了葡萄牙国王”。阿尔梅达给他的船长们每人分配了一块区域抢掠，劫掠品在王宫前面堆成了山，之后它们将按照等级被分配。这些东西多得都带不走。
最后，蒙巴萨被付之一炬，以棕榈叶覆顶的茅草屋使得点火变得更加容易。记录显示，“整座城市就像一个大火场，大火烧了将近一夜”。苏丹和一些领头的居民，在岛屿遥远一端的棕榈树种植园中看到了这个场面。许多大房子在火焰中倾塌，“巨额财富被烧毁，因为就是从这里，与索法拉和坎贝的贸易取道海路继续下去”。
撇开旧怨，被击败的苏丹在一封写给马林迪统治者的信中，讲述了这个事件：
阿里说，愿安拉保佑你。我将告诉你的是，那位头领经过这里，把这里付之一炬。他强力而残忍地进入了这座城市，无论男人还是女人，年轻人还是老者，甚至是幼小的孩子，而且不管孩子有多小，都无一赦免……不仅人被杀死、烧死，连天上的鸟都被打落于地。城市中弥漫着死人的恶臭，以致我都不敢踏入这座城市，没有人能够讲明白或者估算出他们带走了多少财富。