当船队抛锚停靠在卡利卡特时，扎莫林派出了他最善于游说的大臣，他是一位婆罗门（在葡萄牙人的记录中他被称为“那位男修士”，由此可见要想摆脱印度教是天主教的一种非正统形式的观念需要一段时间）。这位婆罗门说，葡萄牙人对这座城市的破坏比他们以往承受过的任何打击都要严重，所以避谈过去，为和平贸易签署一份契约对双方来讲都是此时能做的最体面的事。这在达·伽马看来是对他的有意侮辱，因此更加愤怒。这位婆罗门进一步讲道：扎莫林将交出卡利卡特最重要的12名阿拉伯商人，以此为卡布拉尔来访时被杀死的葡萄牙人偿命，而且他还会付一大笔钱作为赔偿。达·伽马唾弃这些条件。这位使者受挫并沦为俘虏，而达·伽马则下令开始炮轰卡利卡特。
达·伽马能够号令相当于卡布拉尔数倍的火力，本性也更加凶残，他一步步毁灭卡利卡特。后来曼努埃尔在写给西班牙君主的信中满怀骄傲地说，这位舰队司令对卡利卡特造成了“无法估计的破坏”。炮弹猛冲向天空，击毁房屋，炸碎寺庙，破坏它所到之处的一切，城中的百姓除了四散奔逃就是蜷缩于废墟之中。扎莫林预感到事情可能会变得很糟糕，他提前下令面向大海建起棕榈树路障，但是在持续3天的炮击之下，这些防御毫无效用。在从传统意义上来讲战争近乎仪式事件的马拉巴尔海岸，葡萄牙人体现出了难以想象的凶猛。扎莫林宣告，他将“举整个王国之力”来抵抗法兰克人。
在平息了轰炸的欲望之后，达·伽马将目光转向他到达这里时停泊在港口的12艘商船。这些船被他的轻快帆船围了起来。有些船被允许安然离开，因为它们来自坎纳诺尔，这个地方之前对葡萄牙人表示友好。其他船上的货物被掠夺一空——大米、成坛的黄油和布料。800名船员成为俘虏。
卡利卡特的存亡在达·伽马的一念之间。他可以派他的士兵上岸，尽可能多地杀死他们能抓到的群众。但是他没有这样做，他让他的人押解这些俘虏游街，然后砍下他们的手、耳朵和鼻子。他们一边这样做，一边将砍下的肢体堆积在一艘小船上。扎莫林派来的那位婆罗门使者也被安置在这艘船上，混在那堆新的阴森可怖的“货物”里。他也被那些士兵受命切断了肢体。
历史学家加斯帕尔·科雷亚描述了达·伽马接下来的举动：
在所有印度人都被施以惩罚之后，他让人把他们的脚绑在一起，因为他们没有手可以解开绳子；为了防止他们用牙解开绳子，他下令用棍棒打掉他们的牙齿，把它们敲到他们的喉咙里；然后他们被弄到船上，一个个堆叠起来，一个摞在另一个的上面，与从他们身体内流出的血浆混杂在一起；达·伽马又让人将席子和干树叶铺撒在他们身上。这些船会驶向岸边，而葡萄牙人还会点燃它们……载着那位男修士（婆罗门）以及所有手和耳朵的小船也向岸边驶去，但是没有被点燃。
达·伽马让人给扎莫林送去一个写在一片棕榈叶上的消息，告诉他可以用船上的残肢做一份咖喱“大餐”。
吞没在火焰中的那艘大一些的船，漂向岸边。船上人员的家属们跑到岸边哭喊，想要扑灭火，救出还活着的人，但是达·伽马还在继续下令。他让人驱散家属，接着把幸存者从船里拖拽出来。之后，这些人被挂在桅杆上，葡萄牙的弓弩手听令向他们射箭，以便于“岸上的人能够看到这一幕”。
刺穿吊在半空中的人是达·伽马最喜欢的处决方式之一，而这还能给他的士兵提供练习的机会。然而，一群来自科罗曼德尔海岸的士兵被俘获，他们中的3个人将手举向天空，告诉他他们想成为基督徒，这时候奇怪的事发生了。达·伽马无动于衷，命令译者告诉他们，“即便他们成了基督徒，他还是会杀死他们”。船上的教士还是被允许给他们施以洗礼，当他诵读天主经和圣母颂的时候，他们背诵他说的话。“当洗礼结束时，他们被吊死，不必感受被箭头射穿的痛苦。”弓箭手射杀了其他吊在桅杆上的达·伽马的受害者，但是箭头却在刚刚受过洗礼的3个人身上不管用，“既进不去，也无法留下任何痕迹”。看到这种状况，达·伽马似乎有些不安。这3具尸体被裹起来投进海里。记录这个事件的编年史家称之为主对异教徒的“巨大慈悲”。那位教士还给他们念了祈祷文和赞美诗。
达·伽马的不安只持续了一小会儿。当卡利卡特方面又派来一位婆罗门求和时，达·伽马下令将他的嘴和耳朵切下来，给他缝了一对狗的耳朵，就这样又把他送回给了扎莫林。随这位婆罗门一起来的还有3个小男孩，是他的两个儿子和一个侄子。他们被吊死在横杆上，尸体也被送回了岸上。
达·伽马的船长们为了获得他的认可，都竞相模仿他的行径。其中一个人名叫文森特·索德雷，他决定拿他之前有幸抓住的一个阿拉伯商人开刀。这个重要的俘虏叫作科扎·穆罕默德·马卡尔，从红海一直到东非海岸都有他的生意。他的故乡在开罗。
根据相关记录，索德雷下令两个黑人水手用涂了焦油的绳子鞭打被绑在船桅上的马卡尔，“他一直像死了一样，因为从他身体中流出来的血让他晕厥过去”。当这位俘虏苏醒时，他们扒开他的嘴，往里面填塞“脏东西”（未具体说明是什么）。他们无视其他阿拉伯俘虏的乞求，强迫他们观看。接着，他们把一根短木棍塞进他的嘴里，把一块熏猪肉固定在他的嘴上，之后他被缚住手臂游街示众，最后他们释放了他。
因而，毫不奇怪，科扎·穆罕默德成为葡萄牙人的一个死敌，他致力于说服奥斯曼土耳其人以武力对付葡萄牙人。
除了这些暴行，达·伽马在印度洋还费尽心思结交伙伴，其中最出名的要数科钦，它的统治者已经答应与这些基督徒联手，对付他的最大敌人扎莫林。在科钦，他们交换精心准备的礼物，国王曼努埃尔送的所有礼物中最精美的是一顶内衬彩缎的圆帐篷，“非常漂亮”。它在王宫后面支了起来。
葡萄牙人此刻对他们的勇猛是如此自信，以至达·伽马决定在他们满载香料返回葡萄牙之前，在科钦留下5艘船。一群意志坚定的士兵和工匠，在一位有学者风度的老兵杜阿尔特·帕切科的指挥下在岸上驻扎下来。那几艘船就在附近抛锚保护他们。
这一年是1503年。这是自罗马帝国时代结束之后，欧洲人第一次在印度洋永久地驻扎下来。科钦定居点是长达400年之久的白人殖民主义的先声。