致达·伽马……我们能够追溯在当地人中开始扩散的一种新文明的开端……在许多当地人社会中盛行的无知的黑暗，开始被西方的科学驱散。谁能列举从这一事件开始的越来越有好转的社会变化？
——耶稣会马费伊神父在卡利卡特发表的演讲，1897年（纪念葡萄牙人首次登陆卡利卡特400周年）
16世纪早期，葡萄牙如火如荼的造船业令其他国家既钦佩又嫉妒。国王曼努埃尔很快意识到，他必须每年都向印度洋派出舰队，以保证他彻底垄断欧洲的香料贸易。尽管他的野心很大，但是国库空虚，所以他邀请里斯本的富有商人们一起加入这场冒险。当这些商人了解到，在里斯本一公担胡椒的到岸价格是通过传统路线——红海的单桅帆船和骆驼——运输到亚历山大里亚相同数量的胡椒价格的一小部分时，无需什么鼓励，他们就踊跃参与进来。
甚至在卡布拉尔船队的幸存者回国之前，一支由四艘船组成的舰队，就在经验丰富的船长若昂·达·诺瓦的指挥下离开了塔霍河。他的主要任务是协助蓄积运输到索法拉海岸的非洲黄金。他们用从国内运过去的布料、镜子和一些不值钱的小东西换取黄金，然后再用这些黄金购买印度的香料。达·诺瓦以为此贸易已经处在巴尔托洛梅乌·迪亚士的监管之下，因为里斯本方面还不知道好望角的征服者已经和他的船一起沉没海底了。
在前往索法拉的途中，他们刚绕过好望角，就在一个海湾里停了下来，在异国的这片海滨他们发现了一个不同寻常的东西——放在鞋里的一封信。这封信是卡布拉尔船队的一位船长遗失的，它讲述了迪亚士遇到的灾难。所以，远航船队直接前往基尔瓦，在那里他们受到两年前听从卡布拉尔的命令留在马林迪的一个罪犯的欢迎。这个人叫作安东尼奥·费尔南德斯，他乘坐阿拉伯人的沿海船只向南航行，目前他心满意足地住在当地谢赫的家里。卡布拉尔给费尔南德斯和另一个罪犯的指示是深入东非内陆，直到他们找到祭司王约翰，不过很显然这对他们没有吸引力。由于费尔南德斯作为线人还有用，他被留在了基尔瓦，之后达·诺瓦继续向印度航行。
他们“不辞辛劳”，勤勉地重施了卡布拉尔的办法。卡利卡特被轰炸；每一艘出现在视野里的穆斯林船只都被视为可以侵占和劫掠的目标。在卡利卡特近海的一艘船上，葡萄牙船长们发现了1500枚珍珠、其他许多珠宝，以及制作精良的航海仪器。只有它的领航员获得了赦免，因为在返航途中他的技术也许能派上用场，其余船员全都被烧死在他们的船上。
在印度洋海岸边另一艘被他们俘获的船上，他们发现了“一个来自塞维利亚的犹太女人”。为了躲避迫害，她逃离了西班牙，取道埃及到了印度。她讲述了她听来的关于卡布拉尔在卡利卡特所受待遇的原因：阿拉伯商人说服扎莫林相信新来的这帮人“是窃贼，他们会毁了他的国家”。听她说了这些话之后，葡萄牙人决定赦免这个女人，并且让她留在他们的船上，但是几天后她自己投海了。
这个事件几乎可以被视为一种无助情绪的象征，而这种无助的情绪已开始渗入印度洋世界。一种随着季风的来去固定不变的生活方式似乎即将消逝。具有历史感的葡萄牙士兵兼学者杜阿尔特·帕切科在赞美他的君主向东方派遣强大舰队时简洁地表达了这种看法：“凭借这些强大的舰队，他征服了，并且每天还在征服印度洋和亚洲海岸，杀死、消灭、烧死开罗、阿拉伯半岛、麦加的摩尔人，以及印度的其他定居者和他们的船队，而800多年来正是这些人控制着宝石、珍珠和香料的贸易。”
1502年年中，瓦斯科·达·伽马再次航行进入印度洋，这种杀戮、毁坏、焚烧的模式很快就得到了他本人的认可。国王的“海军元帅”此刻率领25艘船，其中10艘最大的船装配有“大量大炮，数量充足的军需品和其他武器”。受达·伽马指挥的13艘船，属于富有的葡萄牙商人。此时距离他第一次率领3艘小船出发，在黑暗中摸索着前往不确定的目的地，已有快5年的时间了，这一次的一切都变了。达·伽马此刻清楚他要去哪里，他要做什么。扎莫林“曾经轻侮了他”，所以他“打心底里渴望给他制造一场浩劫”。
起初，葡萄牙国王的计划是让想进一步惩罚卡利卡特的卡布拉尔当这支无敌舰队的指挥。但是他在葡萄牙国王那里失宠了，国王有点儿迷信，认为他“在海上不幸运”。所以，一直担当国王廷臣的达·伽马为他自己赢得了这个令人垂涎的委任。
在他带着船队中的19艘船（还有6艘船带着“封锁”红海的命令转向北方）穿过印度洋之后不久，第一个令他满意的时刻就到来了。一艘大商船（merim，“麦瑞姆”号）被他们拦截下来，他们发现船主是卡利卡特最富有的阿拉伯人，他还是埃及苏丹的亲戚。这艘船满载货物和从麦加朝圣归来的穆斯林，它的乘客中有“许多尊贵的摩尔人”。达·伽马命令他的人将这艘船上所有的货物卸载，转移到他自己的船上。他的目的不言而喻。
16世纪的历史学家加斯帕尔·科雷亚讲述了接下来发生的事。在船上的货物快被卸完的时候，“麦瑞姆”号的船长乔·菲克姆被人带到达·伽马面前。这位声望很高的船长竭力乞求道：
阁下，下令杀死我们您什么也得不到。如果给我们带上镣铐，将我们带到卡利卡特，您可以不给卡利卡特人任何东西就能将您的船装满胡椒和药草。如果不行，您再下令烧死我们也不迟……在战争中人们也会宽恕那些投降的人，何况我们并没有交战，您何不践行一下骑士精神呢？
骑士精神毫无吸引力。“你们会被活活烧死，”达·伽马回答道，“因为你们建议卡利卡特的国王杀死并且掠夺葡萄牙人。我敢说，如果可以的话，世上没有什么能阻止我杀死你们100遍。”在绝望中，这位阿拉伯船长尝试另一种说法：如果达·伽马暂缓杀死乘客，他可以从他们那里榨取更多赎金。
达·伽马的回答还是一样：这艘大船将遭炮击和火焚，然后与700名乘客和船员一起沉没。这个时候，难逃厄运的阿拉伯水手们开始反抗，“情愿将性命付与刀剑，也不想忍受被烧死的折磨”。当烧船的命令下达时，幸存者纷纷跳入海里，其中有很多是妇女和孩子。达·伽马命令他的人下到小船里继续完成他们的任务。他们用长矛刺杀海里的人，直到海水都被染红。但是无敌舰队的方济各会神父的神圣职责得到了应有的重视：“20个孩子获得了赦免，他们被转化为基督徒。”
甚至在达·伽马到达卡利卡特之前，惊慌失措的扎莫林就派遣使者来求和。所有这些努力都是徒劳，因为在离开里斯本之前，达·伽马就打定主意，要用他的“大炮”惩罚他们。他第一次来时，他是恳求者，希望能够得到扎莫林的欢心，甚至还把他想象成一个基督徒、对抗穆斯林的一个潜在盟友。而这一回扎莫林是恳求者，而且达·伽马已经知道他是一个异教徒。他将完成上帝的任务。