当卡布拉尔继续向印度洋航行的时候，他几乎毫不怀疑，卡利卡特的穆斯林商人将视葡萄牙人同时为宗教和贸易方面的敌人。另一方面，瓦斯科·达·伽马已经向国王曼努埃尔暗示，卡利卡特的扎莫林，这个伟大港口的统治者，可能是一位非正统的基督徒，能够被争取到真正的天主教信仰的一方来。由于痴迷于在印度洋找到基督教的同盟者，葡萄牙人无论在卡利卡特遇到什么都会想到这个主张是可以被理解的。
就葡萄牙人而言，和扎莫林结盟的想法，对国王曼努埃尔非常具有吸引力。他视此为保证他源源不断地成船装载胡椒、豆蔻和肉桂的一个最简单的方法。所以，他让卡布拉尔带上诸多昂贵的礼物，以至于它们能确定将扎莫林有关达·伽马的穷酸礼物的记忆全部抹除。作为进一步诱惑扎莫林的筹码，几个在达·伽马对果阿舰队的大屠杀中幸存下来的印度俘虏此次跟随卡布拉尔的舰队返回，这些人也能详细说明欧洲的奇观。此外，双方结盟不可缺少的一个必要条件是扎莫林和他的国民必须同意驱逐住在卡利卡特的所有穆斯林，并且将香料只卖给葡萄牙人。
他们必须假定，阻碍卡布拉尔计划的阿拉伯人会平静地放弃他们已有的权力，这个协定才可能在不交战的情况下达成。如果不是这样，卡布拉尔也随时做好了战斗的准备，鉴于达·伽马令人满意的发现：好望角以外的地方，无论在陆上还是海上，都没有能跟欧洲火力相较的力量，他对结果有信心。他们的军事优势，使得卡布拉尔和他的继任者能够生发出一个他们在到来之前做梦都想不到的想法：海洋的所有权。通过融合加农炮的威力与基督教的教义，他们声称拥有能够决定谁才能被授权使用自然的礼物——季风和洋流——的权力，即谁能够从一个港口到另一个港口做交易谋生。作为计划的第一步，卡布拉尔接到命令，不论何时，只要有可能，就俘获“麦加的摩尔人”的船只，然后炸沉它们。直到现在，商人做生意的自由不受阻碍，都是印度洋生活的要旨。
在印度洋上建立霸权的目标，远不是在外海上随意劫掠几艘不走运的小船可比的。后来，历史学家若昂·德·巴罗斯还谨慎地为此辩护：
的确存在对于所有人在海上航行的普遍的权力，在欧洲，我们承认这种权力，而其他人反对，但是这种权力没有超出欧洲的范畴，因此葡萄牙人以他们舰队的力量，强迫所有摩尔人在被征用的痛苦和死亡的威胁下拿出安全通行权是合理的。摩尔人和异教徒不受基督耶稣的审判，而耶稣的教法则是每个被罚入地狱遭受永恒之火痛苦的人都要遵守的。如果灵魂被定为有罪，肉体又有什么权利享受我们法律的特权呢？
尽管卡布拉尔损失了几艘船，但是幸存的船只利用了远航的好时机，从里斯本到卡利卡特只用了6个月的时间。如果与扎莫林合作顺利，他们就可以满载香料，在1501年年中再度返回家乡。起初，葡萄牙人深受鼓舞：“离卡利卡特港还有一里格时，市民和国王的绅士们就以盛大的欢庆活动迎接他们。”卡布拉尔即刻决定在城前抛锚，然后鸣响加农炮宣示他的到来，“这引发了居民的惊叹”。毫无疑问，葡萄牙人还希望能引发其他情绪。
对卡布拉尔之后进展的最佳记录，据说是国王曼努埃尔写给西班牙的斐迪南和伊莎贝拉的一封长信（这封信流传到了罗马，如果它是假的，也肯定来自目击者的记述）。交换过人质之后，卡布拉尔登岸，上了一顶覆盖有紫色丝绸的轿子，被抬向王宫。与达·伽马访问时期的举止不同，扎莫林马纳·维克拉玛没有躺在沙发上，而是坐在一张银制宝座上，宝座的把手是用黄金做的，上面还镶嵌着珍贵的宝石。他只穿着一条围裙，手上戴着好几枚戒指，耳朵上戴着“榛子一般大”的珍珠。王座室“6盏银制的摩尔式灯具”日日夜夜都亮着。
扎莫林说他很高兴看到法兰克人再次出现在卡利卡特，卡布拉尔呈上了远比上次达·伽马带来的体面得多的礼物：昂贵的碗、地毯、锦缎、精美布料和皇家权杖。他们很快就达成了友好协议，协议被写在一块印有扎莫林黄金印章的纯银薄板上，但是卡布拉尔从他的君主那里带来的一个消息使得这份协议变得毫无价值。扎莫林被告知，他要“履行作为一个基督徒国王的责任”（这是对达·伽马关于印度人是非正统基督徒观念的响应），他必须将他王国里的所有穆斯林都驱逐出去，因为他们是“自古以来就与我们有深仇大恨的一个民族”，葡萄牙人的意图是对他们宣战。
在他冗长的劝诫中，每一句话都谈到了“上帝的意愿”，曼努埃尔威胁道：
如果我们真的在你们之中找到了包藏祸心、恶意阻碍传播上帝旨意的人，这种情况一直都有……我们的目的是坚定不移地听从上帝的意愿，我们一定会处置这类事件，并且继续在那些我主上帝希望由我们最新献给他的地方航海、贸易和交流。
由于马拉巴尔海岸的书写习惯是将文字记录在用脆弱的棕榈叶制成的纸张上，印度关于扎莫林的回应并没有被保留下来，但是葡萄牙的历史学家却认为这是一个决定性的时刻。对这些拜访者藏在心底的要求，卡利卡特人心中一直有种不祥的预感。在葡萄牙旗舰上的5个人质试图跳船逃跑。他们很快就被抓了回来，并且被押解回船上。
包括3名方济各会修士在内的70个葡萄牙人上岸，想要在卡布拉尔的代理人艾雷斯·科雷亚的指挥下建立一个贸易站，开战的理由随之而来。整整两个月，卡布拉尔烦心于何时起航，而后代理人终于收到了开始购买香料的许可，此时东北季风吹来，正是向西穿过印度洋前往非洲海岸的理想时节。惊恐不安的扎莫林承诺，开始竞买香料的时间一到，葡萄牙人就可以优先购买，甚至可以排在早就在卡利卡特定居下来且强有力的阿拉伯商人之前。然而，此时的风向十分适合航行前往红海，一艘满载货物的“麦加大船”正准备离开卡利卡特前往亚丁。
这是决定性的时刻。卡布拉尔带人捕获了这艘船，而一场暴乱在卡利卡特爆发。“包含各式人等在内”的葡萄牙小队被攻击，70个人中有53人被杀，其中包括那3个修士。他们在近海船只中的同胞帮不上忙，当黎明降临到卡利卡特时，葡萄牙人的加农炮毫不留情地向他们鸣响。卡布拉尔的6艘船从侧舷接连不断地向城市中心猛烈地投射炮弹。周边的10艘商船都被他们俘获。大多数船员被即刻杀死，还有一些被救起，但是迎接他们的是更加可怕的命运：他们被绑起来，在岸上百姓的注视下被活活烧死。两天连续不断地炮击的影响如此严重，以致马纳·维克拉玛不得不逃离他的宫殿，这是一个他永远不会忘记的耻辱。至于葡萄牙人，他们发誓永远不会原谅卡利卡特人在扎莫林签署了友好条约、取得了他们的信任之后，对他们同胞的大屠杀。
在被他们占领的一艘船上，葡萄牙人找到了三头被驯化的大象。他们可能一开始想至少将一头带回里斯本，作为一份特殊的战利品献给国王，但是后来食物短缺，所以所有的大象都被他们杀死并且吃掉了。
在卡利卡特及其附近的一座城镇造成足够大的破坏之后，卡布拉尔决定向南航行前往科钦港，那是一个能够立刻实施他为他损失的53个人报仇的地方。葡萄牙人这时候已经知道，科钦的王侯乌尼·拉马·瓦尔马对处在卡利卡特的统治之下感到恼火，所以卡布拉尔重施了达·伽马在东非使用的与马林迪结盟对抗更加强大的蒙巴萨的计策。尽管科钦远没有卡利卡特重要，但是它有一个优势，那就是它拥有一个深水港，并且港湾里还有一个易于防御的岛屿。在科钦，他们也能买到香料。
王侯谄媚地欢迎卡布拉尔。他此时面临一个选择：如果断然拒绝这些访客，他的城市就会受到轰炸，或者因为支持卡利卡特的敌人而可能受到它的惩罚，他将之视为维护科钦独立的一个时刻。葡萄牙人的船只装满科钦的香料，他们用金币付款。卡布拉尔从支付的金额知道，里斯本的皇家金库很快就会因为这次贸易而被填满，所以他最急迫的愿望就是安全地抵达好望角，然后快速向北航行。他离开科钦时得到消息，扎莫林派出了一支由八十艘船组成的舰队，南下来找他交战。葡萄牙人不太可能逃避这种军事挑战，但是卡布拉尔知道他的首要任务是把这些香料运回国。
1501年7月21日，船队抵达里斯本。他们的货物让曼努埃尔很高兴，卡布拉尔关于印度明确信仰基督教的人生活在科钦附近的乡村的报告也让曼努埃尔感到满意。他向斐迪南和伊莎贝拉保证，那里有一些可以转而信奉天主教的人存在。
而在欧洲的其他地方，人们对曼努埃尔想要争取的灵魂的兴趣，远比不上对他香料的兴趣。卡布拉尔带回国的货物数量，证明这条前往印度的新贸易路线是可行的。消息很快传到了威尼斯，银行家吉罗拉米·普留利在他的日记中写道：“如果这样的远航能持续下去，而在我看来这完全行得通，葡萄牙国王就可以自称为财富的国王了。”
普留利估计，在卡利卡特1达克特买到的东西，经过红海的贸易路线到达威尼斯的时候，就会卖到60或者100达克特，因为这一路上的关税和前后打点的贿赂都要被计算在内。好望角的路线距离更远，但是可以省下一大笔钱。普留利的商人同行对来自里斯本的消息“目瞪口呆”，而他准确地预测了威尼斯即将衰落的命运。