大帆船运来堆积如山的战利品——胡椒、肉桂、豆蔻、丝绸、珍珠、红宝石，它们唤起了欧洲人的贪欲。葡萄牙人如同豺狼，争抢着填补他们的欲望之壑。极少有欧洲的历史学家勇于正视西方对印度和东方凶残入侵的结果，那不仅打破了商业网还破坏了文化，分裂了王国，扰乱了政治秩序，将中国和日本逼入敌对的隔离状态。
——普拉姆教授为《葡萄牙人的海洋帝国》写的序言，1969年（introductiontocitetheportugueseseaborneempire/citebyc.r.boxer）
第一批达·伽马远征的幸存者乘坐轻快帆船“贝里奥”号抵达里斯本时，葡萄牙国王几乎难以克制他的骄傲与兴奋。曼努埃尔匆忙写信给西班牙的斐迪南和伊莎贝拉，告诉他们他的水手在印度洋取得的成就。这时候，西班牙的君主对几年前代表他们进行航海探险的哥伦布的发现已经不抱幻想，所以曼努埃尔无须暗示他拥有的半个世界似乎更有前景，因为那太过明显。到达印度的水手带回了香料就是证据，而哥伦布发现的岛屿显然不是印度，而他的船只带回的东西几乎没有什么价值。葡萄牙人见到了在闪闪发光的宫殿里满身珠宝的“卡利卡特的王侯”，而大西洋西边的岛民却贫穷落后，而且还是异教徒。
曼努埃尔下令在他小小的王国里进行宗教游行，以此来庆祝基督教世界的这场胜利。他向斐迪南和伊莎贝拉保证，“尽管他们的信仰还不够坚定，对基督教的了解还不够彻底”，但是印度确实有很多基督徒。一旦葡萄牙人将他们引入真正的天主教信仰，“就有机会消灭这些地方的摩尔人”。曼努埃尔知道这会引起共鸣，因为就在7年前，他的收信人才把最后一批穆斯林赶出卡斯蒂利亚。斐迪南和伊莎贝拉敢于和任何地方他们能找到的“摩尔人”作战，因此大西洋的另一边似乎不存在敌人对他们而言是十分扫兴的。在遥远的地区扩展神圣的战斗是曼努埃尔愉快的特权：他承诺说，“在我们征服的土地上”，战争会被“更热情地推动”。
因为15世纪的末年即将到来，所以曼努埃尔增强了神圣的使命感。在迷信的时代，总是有例如基督复活，地震、洪水、瘟疫是惩罚邪恶者的各种说法。许多葡萄牙人都相信“隐藏者”这个神秘信仰，他会出现，赋予他们统治全世界的权力。这是一个宗教骚乱的时代，同时又伴随不断高涨的希望天主教会改革的呼声。而这个即将结束的世纪，见证了他们的圣战有成功也有失败：穆斯林已经被驱逐出西欧；但是在东方土耳其人的新月正冉冉上升。航行进入印度洋，葡萄牙人不仅能够与威尼斯人竞争香料贸易，还能从侧翼包围伊斯兰世界，粉碎奥斯曼人征服世界的梦想。这点燃了他们与祭司王约翰联手，意欲摧毁“异教徒的堡垒”——麦加——的野心。
达·伽马小舰队的到达使印度洋地区大吃一惊，曼努埃尔对此颇为自豪。这部分得益于接连几位狡猾的里斯本君主，但是还有另一个原因。1453年土耳其人占领君士坦丁堡，加剧了基督教世界和伊斯兰世界的分歧，而这也意味着地中海与东方之间的信息沟通更加匮乏；而1492年格拉纳达的陷落，标志着穆斯林失去了西欧大陆上的最后一个情报站。即使是在里斯本有间谍的威尼斯人，似乎也无法传播有关这一重大事件的任何谣言，而这是对他们垄断欧洲香料贸易的致命打击。
然而，信息保密的时代已经过去。意大利商人和银行家开始从葡萄牙将这次远航的消息，以及目击者对印度生活的描述传回国。其中一份报告说，卡利卡特“比里斯本大”。
曼努埃尔热衷于制止任何企图夺取他权力的竞争者，他下令第二年一开春，第二批舰队就前往印度。当年，达·伽马只有3艘船，船员总数不到200人，而新的舰队指挥官拥有30艘船和1200名船员。其中，12艘船是大货船，因为与达·伽马在印度购买香料的花费比起来，香料在欧洲销售带来的巨大利益极为可观。这使曼努埃尔相信，摧毁伊斯兰教的神圣任务与香料贸易带来的世俗利益可以并行不悖。难怪法国国王不久之后嘲笑曼努埃尔是“杂货店国王”。
这支舰队由一位叫作佩德罗·阿尔瓦雷斯·卡布拉尔的贵族率领，他30岁出头，1500年3月8日刚从塔霍河航行回来。在一年中的这个时节出发还太早，但是国王已经急不可待。在一场暴风雨中，一艘船与其他船失去了联系，只好回国，而卡布拉尔率领其他船只奋力向前航行，他们甚至绕了一个比1497年那次远航还要大的弧形穿过大西洋。为了弥补自身经验的不足，卡布拉尔的船队中还有一些熟悉这片海域的船长。其中之一就是在大概15年前绕过好望角的巴尔托洛梅乌·迪亚士，另一个人是尼科洛·科埃略，他曾带领轻快帆船“贝里奥”号前往印度，并且和达·伽马一起返回葡萄牙。
卡布拉尔舰队向西航行得太远了，以至于他们到了巴西海岸，在他们抵达好望角之前，舰队在那里做了短暂停留。（几乎可以确定的是，两年前杜阿尔特·帕切科就发现了巴西，但是那时候葡萄牙人对巴西还不太感兴趣。）船队继续前行，他们快速航行了一段时间，但是到好望角附近时，他们遭遇了一场猛烈的暴风雨。4艘船沉没，船上的人员、物资全数损失，包括迪亚士率领的那艘船。
经历了这场挫折之后，卡布拉尔前往纳塔尔海岸，寻找将非洲黄金输往印度的重要港口索法拉。葡萄牙人意识到，通过垄断索法拉的贸易，他们能够获得比在欧洲购买更便宜的黄金，而他们可以用这些黄金支付印度的香料，以增加他们的最终利润。如果迪亚士还活着，他很可能成为葡萄牙任命的索法拉总督。但此时他们已经决定放弃任何在那里建立定居点的想法：港口很难进入，而卡布拉尔又忌惮港口附近的浅滩，因为那时他直接指挥的船只只剩下6艘，还与其他船只失去了联系。一艘船的确曾在索法拉停靠过，而后做了一个简短、含糊的报告：“这个岛邻近一条河的河口，有很多商人住在那里。人们将数不尽的黄金从非洲内陆运到那里。运送黄金的人身材矮小、嗓音尖细，但是十分健壮，容貌非常丑陋，他们吃人肉，主要是他们敌人的肉。”索法拉“属于基尔瓦国王”。
卡布拉尔决意前往基尔瓦。他已确定基尔瓦是东非海岸三个主要城镇之一，另外两个是蒙巴萨和马林迪。他的指令是在那里建立贸易站，同时要求当地民众即刻接受基督教。然而，葡萄牙人再次出现在印度洋的消息已经在基尔瓦引起恐慌：它的统治者苏丹易卜拉欣对这些法兰克人即将使用的手段十分清楚。他增建防御体系，招募数百名非洲弓箭手，带着他们穿过将岛屿和非洲大陆分隔开来的狭窄水道。做完这一切，当不速之客出现时，他初步采取的举动是安抚性的。他派遣载着包括活羊在内的各类食物的小船，前去邀请卡布拉尔上岸商谈。
卡布拉尔拒绝了邀请，他说除非交战，否则他决不上岸。相反，苏丹应该来见他。害怕这些基督徒会把他抓走当人质，基尔瓦的统治者拒绝了这个要求。他们僵持了两天，期间卡布拉尔命令舰队向岸边靠近，始终让加农炮瞄准这座城市。虽然隔着一段距离，但是葡萄牙人有充足的时间研究基尔瓦，就像150年前的伊本·白图泰一样，这座城市也给他们留下了深刻的印象。后来，一位编年史家写道，那里的房子“和我们的一样”，门上也雕刻着漂亮的花纹。富有的居民穿着“嵌有金线的丝绸和精美的棉质衣服”。城市被果园、花园，以及“许多甜美的小河”围绕。宫殿是由很多接待室和私人房间组成的建筑群，它们和喷泉一起环绕着一个中央水池。宫殿能够俯瞰大海，它本身带有一个小码头。
两天后，苏丹宣布他愿意在海上会见卡布拉尔。他带了大量随从，他们都穿戴华贵，腰间挂着礼仪佩剑。他乘坐用两艘船组装成的一个筏子穿过海港。他的乐队吹响象牙做的号角，而葡萄牙人鸣响喇叭以示回应。卡布拉尔让加农炮开火以展现他的力量。加农炮巨大的声响与在基尔瓦听过的任何声响都不同，因而引起了恐慌。之后，他交给苏丹一封国王曼努埃尔写的信，信是用阿拉伯语写的，信上说葡萄牙渴望索法拉的黄金，计划在索法拉建立一个贸易站。最后是关于放弃伊斯兰教的事情，这对于拥有整个斯瓦希里海岸最大清真寺的一个城市而言，绝不是一个小要求。
苏丹说针对这些问题，他必须考虑一下并向他的大臣咨询是否要签署这个条约，但是他们中的一些人不在，他们正在发起反对“木里异教徒”的战争。之后，他返回了他岛上的宫殿。当葡萄牙人后来发现这位“苏丹”是假的时候，他们极为愤怒。一位名叫卢克曼·阿里·马利克的谢赫十分勇敢，他自愿扮演“苏丹”的角色，以防葡萄牙人绑架苏丹易卜拉欣。
卡布拉尔焦急地等待苏丹的答复，但是没有收到任何消息。葡萄牙人被告知对方对他们的交易货物不感兴趣。当他们要求饮用水的时候，水用瓷坛子盛装起来被运到海滩上，之后基尔瓦人将这些坛子全部打碎。对此，苏丹的解释是这种行为肯定是疯子干的，但是不再给他们提供饮用水。卡布拉尔和他的船长们商议，大家一致决定起锚前行。好斗的基尔瓦留待以后再处置。
他们在向北行驶的途中捕获了几艘单桅帆船。船队避开了蒙巴萨，由几个曾经和达·伽马一起航行过的老兵引领着前往马林迪。和以前一样，马林迪的苏丹十分好客，但是抱怨由于他与法兰克人交好，蒙巴萨正在准备向他们开战。卡布拉尔对此表示同情，他表示以后一定会处置蒙巴萨。
在穿越印度洋之前，葡萄牙人只停留了5天，但是根据编年史的记载，他们在此期间享受到了极为大方的招待。我们对这样的记述一定要谨慎看待，因为对友好君主盛情的夸大，使得他们似乎更值得曼努埃尔仁慈对待，而且这样做能够弥补他们未能与祭司王约翰取得联系的缺憾。
卡布拉尔在马林迪的最后一批举措中的一项是又派了两个罪犯上岸，他们得到的命令是向内陆行进，直到找到祭司王约翰的国家。如果他们成功做到了，那将是一个令人震惊的功绩。葡萄牙人对非洲内陆一无所知，对非洲海岸地形的概念也同样模糊。卡布拉尔的一个同时代人写道：“基尔瓦和马林迪这两个王国在红海的西边，靠近异教徒和祭司王约翰的领地。”而实际上，红海的入口在马林迪以北1000多英里的地方。