对葡萄牙人而言，一个明显的事实是阿拉伯商人和船主在这个繁荣的印度洋商业中心扮演支配性的角色。他们拥有巨大的房屋，其中有些人还拥有多达50艘能够穿过印度洋抵达红海、运载货物和去麦加的朝圣者的船只。据说穆斯林已经控制了从印度向西和向东的航线，因为印度教教规禁止其信徒进行长途海上航行。一些很有权力的阿拉伯人从遥远的地方而来，有的甚至是从埃及过来的。他们在卡利卡特定居，虽然他们是穆斯林，但是尊重当地人的宗教信仰，他们也信奉母牛，从不吃牛肉。相反，有很多印度人为了逃离种姓制度而改信伊斯兰教。
尽管自从离开里斯本，达·伽马总是拒绝上岸拜访当地的统治者，但是他知道在卡利卡特他不能再保持这种姿态。向这里的统治者表示他的尊重是十分重要的。他有足够的时间做准备，因为努涅斯向他汇报，王侯扎莫林——海洋之王——正在外旅行。一收到扎莫林返回并且在等候他的消息，达·伽马就换上了一件深红色的及地斗篷、一件蓝色缎袍、一双白色中筒靴，以及一顶装饰着羽毛的蓝色天鹅绒帽子。为了安全起见，扎莫林派来了一队出身高级种姓的战士，他们作为保证达·伽马安全返回的人质，留在了葡萄牙人的船上。
当达·伽马在随从的陪同下第一次踏上印度的土地时，一顶轿子在岸上等候他，拥挤的人群排在道路两旁，看着行进的队伍从他们面前经过。在路上，一座印度教寺庙映入眼帘，葡萄牙人都十分高兴，因为他们错把它当作“异国的基督徒”修建的教堂了。达·伽马步出轿撵，进入寺庙，在一个母亲抱着一个孩子的塑像前——提婆吉照顾克利须那神——跪下祈祷。一个随从提醒他，他可能在向一个“异教的神”鞠躬行礼。
在他们抵达宫门时，扎莫林从阳台上向下望，此时达·伽马正在一个穿红色缎子衣服的男仆的帮助下从轿子里出来。葡萄牙的船队总指挥在陪同者的带领下缓慢前行。印度洋历史的转折点在这个场景里变得具体化。许多个世纪以来的生活和商业模式即将被打破。
经过复杂的仪式，达·伽马被引领着穿过几个有巨大的金色大门的厅堂，最后他到达了皇家会客室。扎莫林马纳·维克拉玛躺在丝绸华盖下的绿色沙发上。他的腰部以上是赤裸的，他正在嚼槟榔。他的左臂手肘以上的位置，戴着一个闪闪发光的手镯，上边悬挂着一颗巨大的钻石，他的脖子上戴着几串珍珠。他还戴了一个心形绿宝石，它的周围镶嵌着红宝石，在马拉巴尔这是王室的徽章。
扎莫林时不时地向一个男仆端着的黄金杯里吐口水。他的身后还有一个男仆，手中握着一柄出鞘的宝剑，以及一个镶嵌着黄金和珠宝的红色盾牌。在通过译者进行对话前，有仆人端着成碗的水果在他们身边走来走去。这场会面是许多巨变的序幕，期间达·伽马跪着向扎莫林呈交了一封国王曼努埃尔写的信。他发誓说，如果他没有到达卡利卡特就返回了葡萄牙，他的国王会将他处死。他唯一的愿望就是购买香料，装载上船，然后平和地离开。扎莫林说他已经做好了用“肉桂、丁香、胡椒和宝石”交换黄金、白银，以及达·伽马所穿的那种布料的准备。但是，当葡萄牙人呈递上他们的礼物的时候，气氛改变了：洗手盆、珊瑚项链、帽子、深红色头巾和数坛蜂蜜。扎莫林没有表现出任何愉悦的神情。当晚，达·伽马的随从寄住在一个阿拉伯人的家中，他嘲笑他们：“从麦加来的最贫穷的商人奉上的礼物也比你们体面。”毕竟，扎莫林是山地与海洋的领主，马拉巴尔周边的许多港口都顺从于他的统治。亚洲所有国家最精美的货物，只要他张口就都是他的。像洗手盆和蜂蜜这类东西在他眼里一文不值。这位阿拉伯人对他们暗含轻蔑之意。
达·伽马的其中一位陪同者就是那位记日记的士兵阿尔瓦罗·维利乌，他对自己和同伴们第二天一早等着返回宫殿的表现进行了生动的描述。尽管天气很热，“我们还是愉快地伴着喇叭的声音载歌载舞”，但是这样的欢乐没有持续下去。当达·伽马坐进轿子里，打算返回他的船只的时候，他及其陪同者没能离开，而是被俘虏了。因为这些登岸的随从没有携带武器，只是拿着树枝，以表示他们没有敌意，所以他们根本没有抵抗的机会。
葡萄牙人被关在一个屋子里囚禁了好几天，屋子既炎热又不舒适，四周还有拿着战斧、刀剑和弓箭的士兵把守。在这次远航中随行的一个西非奴隶被秘密地派了出去，以发出警告。他溜了出去，成功地雇到一艘小船，在夜色的掩护下回到了舰队那里。保罗·达·伽马在他兄弟不在的时候管理船队，此时他与扎莫林开始了一场错综复杂的谈判。对于一个有与达·伽马一样坏脾气的人而言，软弱是不能忍受的羞辱。
很快他们就发现，这次事件的幕后黑手是卡利卡特的阿拉伯大商人，因为葡萄牙人在东非的所作所为早就传到了他们的耳中。对于葡萄牙人在摩洛哥发动的战争，穆斯林在这几乎一百年中一定也听说过。他们知道，目前这些新来的基督徒人数太少，不足以发起一场战斗，但是他们既然已经知道去往印度的线路，他们一定会以更大的力量返回这里。一些捉拿者还想趁达·伽马在他们手中的时候杀死他，但是这不能解决问题。三艘停在卡利卡特的船意欲返回葡萄牙，把这里的实情告诉国人，而报复则是一定的。
如果葡萄牙的这一整支远航队在此刻被彻底消灭，留下一个谜一样的传说，印度洋各民族的悲剧可能还会迟一点儿到来。但是扎莫林否决了任何试图消灭这些不速之客的建议，因为这种行为违背了使卡利卡特繁荣的准则：自由贸易，以及对外国船只的尊重。还有一个实际的限制因素：葡萄牙船队的加农炮指向海岸这边。他们必须登上葡萄牙的那三条船，他们比较擅长肉搏战，可是卡利卡特没有加农炮，虽然他们熟知火药的配方，但是它们主要用于制作烟火。
保罗·达·伽马精于算计，他释放了四个之前作为人质的印度战士，扎莫林也因此释放了瓦斯科·达·伽马。站在他们的统治者面前，这些战士自杀未果，于是请求扎莫林处决他们，因为他们此前“以项上人头”向葡萄牙人担保扎莫林的善意。所以，在葡萄牙舰队总指挥回到他的旗舰之前，从王宫送来的大量礼物和致歉信已经送到了葡萄牙人的船上。他受邀给自己的船只装满香料。
扎莫林所有和解的尝试都是无效的：达·伽马决不是一个宽容的人。他的胸中燃烧着为他所受羞辱复仇的火焰。在“圣加百列”号的甲板上，在船员的注视和释怀的哭泣声中，达·伽马拥抱了他的哥哥。香料被运上船，船只准备离开卡利卡特，开启回家的长途航行，“每个人都非常高兴，”维利乌写道，“他们幸运地完成了一次伟大的探险。”就在船锚升起之际，以“什么把你们带到这里”问候努涅斯的那个卡斯蒂利亚人前往王宫，他对扎莫林说，葡萄牙人一定会回来报复卡利卡特。扎莫林也产生了一种不祥的预感。
他派人给达·伽马送了一封信，请他再多待些时日，以便装载更多的香料，而那些把他当作人质抓起来的人会受到惩罚。回应他的是不吉利的预兆：达·伽马命令炮手从船的侧舷向城市开炮，然后他们展开了带有红色十字架的白色船帆。达·伽马离开的时候说，那个时刻迟早会到来，而扎莫林会“更加后悔”。
印度这边对于这个具有重要意义的访问，唯一保留下来且切合实际的记载是：“三艘葡萄牙人的船只到达奎隆（卡利卡特附近）……这次他们没有进行贸易，而是直接返回了他们的国家。”
返回葡萄牙的航行受到相反风向的困扰，因为葡萄牙人不了解季风，而且那位从马林迪将他们带到这里的领航员也不在。在沿着曲折的路线离开印度海岸的航行过程中，他们在拉克代夫群岛躲避风暴。在那里，他们遇到了一个意料之外的来访者，他是一名使者，说意大利语，来自大陆国家果阿。这个人十分高大、蓄着白胡子，他很快就被怀疑是一个间谍，接着就被他们俘虏了。在备受折磨的情况下，他告诉葡萄牙人，有四十艘小战舰正在全力沿着他们的路线赶过来，他们正等待他的命令发起进攻。至于他自己则是一名波兰犹太人，他取道亚历山大里亚和麦加来到东方。他轻而易举地就背叛了他的印度主人，因为说到底他“内心深处一直是一个基督教徒”，这个新朋友向达·伽马透露了果阿的船只确切的藏身之处。
葡萄牙人乘着夜色悄悄地航行，在密集排列的敌人舰队中投放填满了火药的炮弹，而敌船上的水手这时候还在睡觉。葡萄牙人突然冲进敌人船队的场面，令对方十分恐慌：那些印度人跳进水里，有的朝附近的小岛游去。在破晓的微光中，达·伽马让他的人进行屠杀。他们使用舰船上的小船，他们“在海面上到处划行，将对方全部杀死，他们还尽可能多地杀死逃到小岛上的那些人，因为他们一个也不想放过”。他们把敌人弃船上的大米、干鱼和椰子都搬到自己的船上，还把原来划桨的奴隶集合起来。他们从这些奴隶中选出最强壮的人填补到他们的船上，然后把其他人都杀死。
达·伽马对当地的渔夫很在意，因为他们可能会传播法兰克人复仇的消息。之后，他对那位变节者表示感谢，因为是他将胜利送到了他的手中。僭越了圣父的名义，他命令他的教士授予这位波兰人加斯帕尔的教名。所谓的“加斯帕尔·达·伽马”或者“印度人的加斯帕尔”即将成为葡萄牙传奇中的一个著名人物。
再度穿过印度洋的航行是悲惨的。用日记的作者维利乌的话说，就是“我们与死神面对面”。葡萄牙人对没有连续的海风感到困惑，而且他们似乎无法计算出自己所处的纬度，他们向东航行的时候所花费的时间不到3个星期，此时却花了3个月的时间。之前还兴高采烈的达·伽马的船员们此时都陷入了绝望。在1498年的圣诞节，他们没精打采、无心庆祝，直到年末他们都没有看到陆地。1499年1月2日，他们抵达非洲海岸。离开卡利卡特向家乡返航时还幸存有90个船员，此时死了三分之一，还有更多的人在生病，几乎已经没有足够的健康船员来处理船上的事务了。
因为他的领航员死了，所以达·伽马对于他所处的方位只有模糊的概念，他认为他在莫桑比克附近。不久，他们看到一个大港，意识到那是摩加迪沙（莫桑比克以北1500多英里），葡萄牙人就朝它开炮。他们的侵犯行为可能是因为他们自身的虚弱，为的是打消当地船只出来攻击他们的可能性。再往南，在拉穆附近，他们被一支阿拉伯小舰队逼迫，他们再度轰响了加农炮。
当马林迪映入眼帘的时候，他们终于得以喘息，当地的苏丹还是非常友好，但是达·伽马此时急切渴望绕过好望角，进入更加熟悉的大西洋海域。他的船员队伍不断缩小，他们消耗大量的鸡蛋、鸡和桔子，但是他们仍然以每星期超过7个人的速度死亡。苏丹送给他们一支巨大的象牙，它被雕刻成他的号手吹奏的其中一个号角的样子，作为送给曼努埃尔国王的礼物。他还提供了几个领航员，他们会将沿着非洲海岸向南航行的最佳路线指给葡萄牙人看，然后他们会陪伴葡萄牙人返回里斯本。
达·伽马不想在任何地方停留，但是从马林迪向南航行几天之后，他的兄弟指挥的船只“圣拉斐尔”号开始严重漏水，因而不得不被丢弃。船员和他们的财物被分配到旗舰“圣加百列”号和尼科洛·科埃略指挥的小而坚固的轻快帆船“贝里奥”号上。空船被烧毁，他们继续向南航行。
这两艘船在当地领航员的带领下前行，始终在能看到陆地的范围内航行。这个时节正是东非经受暴风雨摧残的时候，但是达·伽马坚持在莫桑比克岛停留，为的是在这里竖起一块具有里程碑意义的立柱。维利乌在他的日记里悲伤地写道，“雨下得太大了，一刻都不停歇，以致于我们都不能点火熔化铅条来修补十字架”。
他们越过莫桑比克之后，在一个平静的海湾里又一次停了下来。他们猎杀海豹和鸟类，用盐将它们腌渍，然后把它们储藏在甲板下面，以备从南大西洋到里斯本这最后一段漫长路途所用。
3月底绕过好望角，他们扬起船帆，朝向赤道和几内亚海岸前进。用了一个月多一点儿的时间，他们抵达了佛得角群岛，达·伽马知道他胜利了，因为这里几乎已经是葡萄牙的海域。然而，人员损失极为严重：那些与他一同出发、精挑细选出来的兼具适应力和勇气的船员，只有三分之一还活着。最后的受害者是他的兄弟保罗。当看到保罗越来越虚弱时，达·伽马命令“贝里奥”号带着他们成功的消息迅速返回葡萄牙。然后，两兄弟离开漏水、饱经风雨的“圣加百列”号，雇用了一艘小型快船，取道亚速尔群岛返回里斯本。保罗死于亚速尔群岛。
既自豪又悲痛的达·伽马受到国王曼努埃尔的欢迎，国王称呼他为“亲爱的海军元帅”。他五体投地，抱着国王的大腿哭道：“陛下，我所有的苦难在这一刻都结束了，我心满意足，因为上帝让我在经历了这一切之后，如我热切期盼的那样回到您的面前。”他被授予大量的荣誉，并且获得了2万金克鲁扎多的奖赏。之后，达·伽马剪掉了他的胡子，作为完成一个伟大任务的象征，因为自从两年多前离开葡萄牙，他就再没修剪过胡子了。他的航程总计2.4万英里，比哥伦布发现新大陆的航行距离长了4倍，比之前欧洲水手在未知海域航行距离的两倍还多。
至于国王曼努埃尔，他个人取走了胜利果实，立刻宣称自己是“几内亚之王，埃塞俄比亚、阿拉伯半岛、波斯和印度的航海和商业征服者”。