远洋航行一度停止，原因是他们拆解了供给船，把它的货物重新装载到大船上，然后又花了几天时间和住在海岸边的友好的非洲社群以物易物；两个罪犯被派上岸寻找祭司王约翰，他们最好的结果是能够活下来。最后，剩下来的3条船在赞比西河河口三角洲附近抛锚停泊下来。不知道是有意还是无意，他们向前航行直接越过了索法拉，它可是科维良曾经报告过的古代黄金海港。此时，葡萄牙人终于遇到了能讲一点儿阿拉伯语的人，他们穿着光滑的棉布和丝绸衣服，用手语向葡萄牙人解释，有时候有船只从北方过来到访这个地方。这就是瓦斯科·达·伽马一直以来期待的那个时刻，1498年1月底，他知道最后的空白已经被填满，环行非洲的海路已经被迫向他们打开。他们给船只抛锚的地方起了一个名字——好兆河（riverofgoodomens，克里马内河）。他们在那里停留了一个月，修理船只、整顿休养，使得船员从坏血病和其他疾病中恢复过来。
向北航行了一个星期，船队到达莫桑比克岛，它是一个小港口，而后来一整个国家以此命名。莫桑比克岛离海岸不远，岛上莫桑比克城的房屋主要是用泥巴建造的，屋顶则用椰子树叶覆盖，但是也能见到一些石制小屋。海港里有4艘阿拉伯单桅帆船。看到此情此景，达·伽马及其船员都感到心潮澎湃。他们为触手可及的财富激动得流泪。欧洲人对印度洋的征服即将开始。
阿尔瓦罗·维利乌写道：“我们高兴地叫了起来，祈求上帝给予我们健康，以便我们能够见到热切渴望的东西。”他指的不仅是香料国家——印度，还有祭司王约翰的基督教王国，无论葡萄牙探险家在非洲何处登陆，都一再寻找这个地方，最后却都是徒劳。
很显然，莫桑比克城没有基督徒。而且，葡萄牙人很快就意识到，当地的谢赫认为他们一定是穆斯林的友人土耳其人。瓦斯科·达·伽马没有丝毫不安，而是决定充分利用这个误解。这位上了年纪的谢赫面带微笑，十分客气，似乎很想与这些乘坐不同寻常的船只到来的浅肤色访客交朋友。他首先登上“贝里奥”号轻快帆船，以一种极为恭维的方式表达了他的善意和信任：他把自己的念珠交给了船长。双方互换礼物，葡萄牙人将黄色短上衣、黄铜大杯子和帽子送上岸，收到了多罐阿拉伯蜜饯。当谢赫登上旗舰“圣加百列”号的时候，葡萄牙人为他举行了欢迎仪式：旗帜飘扬，喇叭奏响。船员们穿着胸甲和最好的服装列队欢迎，而那些生病的人则被确保不出现在这个场合。
谢赫穿了一件引人注目的白色长袍，以及装饰着金线的刺绣马甲和丝绸头巾，他手里拿着一柄礼仪专用的银剑。他通过译者说明，他的君主统治着基尔瓦这座强大的城市，从这里再向北航行几天就能到达那里。他礼貌地询问他们是否可以让他看看瓦斯科·达·伽马的《古兰经》。达·伽马通过译者回答，很不幸，他将它留在了他离土耳其不远的故乡，没有带上它一起远航。至于他为什么突然到访东非海岸，达·伽马大胆撒谎：这几艘船属于一支更大的船队，他们在一场暴风雨中走散了。他说他的故乡是世界上最强大的国家，他的君主派遣这支舰队寻找香料之国。
谢赫完全被这些谎言欺骗了。他告诉这些访客们，只要他们有黄金和白银，到达印度后，他们很容易就能买到胡椒和其他香料。达·伽马回答说，他们两样都有，而且数量充足，但是他们需要领航员帮助他们穿越这片海洋。谢赫承诺，他会为他们提供领航员，只要他们预付薪水并且好好对待他们。之后，他在一个吹着象牙号角的随从的陪同下，乘坐自己的船返回城里。
这部日记的作者维利乌写道：
这个地方的人拥有赤褐色的皮肤和良好的体型。他们信仰伊斯兰教，说起话来像摩尔人。他们的服装由很薄的亚麻和棉制成，上面有多彩的线条和很多刺绣。所有人都戴着用丝绸褶边和绣有金线的帽子。他们是商人，经常与白皮肤的摩尔人做交易。摩尔人有4艘船停靠在这里，运载黄金，白银，布料，丁香，胡椒，姜以及镶嵌很多珍珠、小颗珍珠、红宝石和类似之物的银戒指。
“赤褐色皮肤的人”和“白皮肤的摩尔人”恰当地体现了斯瓦希里文化的特征——半非洲、半阿拉伯，他们沿着东非海岸发展了几个世纪，而那里之前是辛吉之地。
当地船只用椰子绳索以传统的印度洋方式捆绑在一起，这让葡萄牙人充满好奇。不同于葡萄牙人的船只，他们的船实际上没有配备武器，而且他们的船壳也禁不住重型枪炮开火的压力。当这些葡萄牙人仔细查看对方船只的时候，他们感到内心一阵狂喜。此时，他们知道自己掌握的火力，意味着在这片海域上没有什么能让他们畏惧的了。
继续假装成土耳其人，他们用以物易物的方式换来了鸡、羊和水果。谢赫还送来了更多的礼物：一面镜子、几码深红色的布料、佛兰德的黄铜鸣钟和其他奇特的东西。但是，这种情况没能一直持续下去。一个当地领航员看到船员们正在准备一个宗教仪式，他认出他们是基督徒。当谢赫听到这个消息时，他知道自己被欺骗了，感到十分愤怒，因此葡萄牙人即刻决定离开这座城。他们在另一座岛附近抛锚，并将它命名为圣乔治岛。
当他带领几艘小船组成的小舰队动身前往圣乔治城的时候，两个当地领航员中的一个逃上了岸，达·伽马经受痛苦和怀疑等新情绪的考验。葡萄牙人已经预付了领航员的费用，因而一旦达成协议，领航员就要坚持完成交易。但是谢赫的人等在那里，几艘单桅帆船试图用他们的弓箭和长矛发起一次进攻。葡萄牙人用火绳枪对付他们。之后，轻快帆船“贝里奥”号也加入了战斗。它的吃水线比较浅，使得它可以更接近敌人。当它的重型枪炮开火时，受到惊吓的斯瓦希里人逃跑了。
远航船队再度起航向北进发，目标是抵达基尔瓦。这座岛上城邦的名字标在了里斯本给达·伽马的航海图上，它是东非最重要的贸易中心之一。当留下来的那个来自莫桑比克的领航员告诉葡萄牙人，基尔瓦的居民包括基督徒和穆斯林的时候，它的重要性又得到了提高。与真正的基督徒取得联系的热切渴望在达·伽马的心中熊熊燃烧起来，因为一旦找到这些人，他们一定能够引领他找到祭司王约翰的王国。有一个谣言很煽情：一个“印度基督徒”被带进达·伽马的小房间，他一看到船舱里挂着的圣加百列画像，就扑倒在地上。
事实上，这些“基督徒”是印度教徒，他们中的许多人在15世纪作为商人、放债人和工匠来到东非。对于当地的穆斯林和非洲人而言，基督徒和印度教徒的宗教仪式很容易被混淆，因为这两种宗教都在镀金雕像以及神和圣人的画像面前做礼拜，这使二者明显区别于伊斯兰教，因为伊斯兰教强烈反对偶像崇拜。而将基督误认为印度教三大主神中毗湿奴的化身克利须那神，也是一件容易发生的事情。
因为季风仍然从东北方向吹来，结果使远征队避免了在宗教上对基尔瓦产生失望之感。几天之后，葡萄牙人发现他们被风往回吹，又回到了莫桑比克附近。尽管莫桑比克的谢赫请求停止敌对状态，但是当达·伽马派人去取饮用水，为了保护他们而让全副武装的船只靠近海岸时，情况很快变得更糟。城里的居民在水边竖了一个高高的木制栅栏，但是当他们发现这对于火炮完全起不到防御作用的时候，他们都逃向了大陆。一队士兵登陆去抓捕人质，并且寻找从其中一艘船上逃跑的一个西非奴隶。他们抓了四个非洲人，但是没有记录表明他们是否抓住了那个奴隶。之后，登陆的这队士兵带着不多的战利品返回船上，战利品包括几袋谷物、一大碗黄油、几只玻璃烧杯、几瓶玫瑰水，以及几本阿拉伯语书。没什么必要再待在这里，但是作为最后的告别，三艘船在这座被废弃的城市面前来来回回地航行，并将它完全炸毁。这是欧洲人在印度洋第一次蓄意展示他们的力量。
还在“圣加百列”号上的那个当地领航员令葡萄牙人很不满。他们错过了基尔瓦，由于季风已经改变方向，从南方吹来，他们调转航向的努力也只是徒劳。瓦斯科·达·伽马怀疑这个领航员是故意错过基尔瓦的，以便使他们远离那里据说是基督徒的人。也许他是对的，这个领航员可能纯粹只是想享受一下报复的快感，因为之前他因错误地把三个小岛当作大陆的一部分而挨了一鞭。极富幽默感的是，这些小岛中的一个被命名为鞭打岛。
海风鼓起船帆，葡萄牙开拓者们向着蒙巴萨岛快速前进，而蒙巴萨岛注定要在葡萄牙的历史上扮演重要角色。1498年4月7日，临近黄昏，他们到了蒙巴萨，正好看到太阳落到大陆上的山丘之后的美景。为了欢迎他们，一艘满载水果、鸡和羊的小船被派了出来。苏丹让人带来消息，邀请瓦斯科·达·伽马直接驶进城内的海港。小心谨慎的达·伽马拒绝了邀请，因为他知道如果短兵相接，他的人可能会因为对方数量占绝对优势而被击败。但是他仍然对在蒙巴萨找到基督徒怀有希望，因为第二天就是棕枝主日，在干燥的陆地上的小教堂里举行庆祝弥撒，会大大提高他的船员们的士气。
实际情况并非如此。尽管有两个让人半信半疑、自称是基督徒的人出现，但是任何关于在这里找到忠于祭司王约翰的社群的想法很快就被放弃。然而，蒙巴萨令人印象深刻，它作为一个贸易中心的实力最终超过了基尔瓦、桑给巴尔和斯瓦希里海岸的所有其他港口。城里有很多石制房屋，还有传统的用茅草铺房顶的泥屋散布其间。它只有基本的防御系统，很显然蒙巴萨的统治者没能想到，他们有可能想从海上对他们发起进攻的敌人。
正如编年史家杜阿尔特·巴尔博萨在十几年前所写：
这是一个美丽的地方，这里的街道上有整齐排列的用石头和灰泥建造的高大房屋。工匠加工木料的技艺十分精湛。这里的统治者是一个摩尔人。这里居民的肤色要么是黄褐色、黑色，要么是白色。这里的妇女衣着华丽，她们穿着制作精美的丝绸服饰，佩戴大量的黄金饰品。这里交通发达，有一个优良港湾，里面总是停泊着许多小船，也有大船……这座城里的人经常处于战争状态，很少能与大陆居民和平相处，但是他们之间仍有贸易往来，还从大陆那里带来了大量的蜂蜜、蜡和象牙。
但是，达·伽马和他的船员们没有机会欣赏他们第一次到访的印度洋城市的繁盛风光。因为在莫桑比克发生的事情，已经被当地船只传到了蒙巴萨，晚上装载着全副武装的人的船只在葡萄牙人的船只附近徘徊。两个罪犯作为使者被派上岸，尽管他们被带到了苏丹的宫殿，并且在城中的主要街道参观了一圈，但是他们回来后对于接下来会发生什么还是一无所知。
在尝试靠近海港的过程中，“圣加百列”号差点儿搁浅，而那个来自莫桑比克的领航员利用这个混乱时刻，跳到水中逃跑了。船上的其他当地人也这样做，但是并不是所有的人都能逃走。
这时达·伽马的猜疑心更重了。那位士兵在日记中记下了这个情景：
晚上，船队总指挥审问了我们船上的两个摩尔人。他让人向他们的皮肤上滴滚烫的油，以此迫使他们坦白意图背叛我们的计划。他们说，他们得到的命令是一等我们进入港口就抓住我们，以此来报我们在莫桑比克所作所为的仇。当再次被施以这样的酷刑时，尽管手被绑着，但是其中一个摩尔人，就像那天早上看到的其他人一样，跳入了水中。
对达·伽马的穆斯林受害者而言，除了肉体上的痛苦，他们还承受着精神上的折磨，因为他使用的是滚烫的猪油。
成船的人前来进攻葡萄牙人的船只。还有人在夜里游到他们的船边，试图割断系船的绳索。“这些坏人”使用了“邪恶伎俩”。维利乌写道：“但是我们的主是不会让他们成功的，因为他们是无信仰者。”