这种情况造成了战争的短暂平息，其间日本人重新集结，试图重新组织他们的补给线，并决定下一步该怎么做。东京最高统帅部赞成放弃其华南基地并集中兵力，而不再去防卫中国沿海预期的美军登陆点。这种战斗间歇反映了日本的困难处境，尽管从盟军的角度来解释这种间歇会暴露出这场发生在中国的战争的含糊之处。当时谣言满天飞，矛头直指国民政府暗中串通日本人，让后者夺取美国机场以换取对中国本身的战争的暂停。当魏德迈一如既往以外交姿态很尊重地把这些谣言告知委员长时，蒋介石的反应是“绝对不表态”，魏德迈当时如此记载道：“没有迹象、情感或其他方式可以表明他否认或者承认了这一点。他的自然反应是干巴巴的闲扯。”
魏德迈勇敢地继续他的使命，仿佛谣言并不存在。对中国师的训练和美国顾问的指派——最终已有3000多名——仍在继续。同时，随着春天的临近，冈村无视东京帝国大本营的意见，决定实施他自己的一个大胆计划。1945年1月，他占领了桂林东北方向江西遂川的另一座美国机场。但他知道，占领这样一座小机场，只是暂时的眼前之利，或者根本就无利可图，因为陈纳德的飞机和飞行员可以简单地迁移到其他地方，再从那里恢复行动。桂林拥有基础设施、仓库、兵营、情报总部和设备，然而在遂川，根据美国官方对中国战区的记载，“日本人所继承的一切就是空空的跑道”。考虑到这一点，帝国大本营决定放弃占领更多的中国领土，转而守卫华南沿海。日本之所以做出这一决定，原因是美国夺回了菲律宾，从而开辟了美军在中国本土登陆的集结地。
但是，冈村认为对美军入侵的恐惧被夸大了。他想要攻击重庆并给予敌人致命的打击，绝非仅仅临时中止他的行动。这是一个关键的时刻。如果中国的防御如以往那样一触即溃的话，冈村还是可以希望他能把中国从战争中淘汰出局。然而，如果中国顽强抵抗的话，日本将别无选择，只能求助于防守消耗战，撤回到沿海地区并试图阻止利用中国作为跳板进攻日本本土的盟军。
冈村选择芷江城作为其孤注一掷的新攻势的第一个目标。芷江原本是湘西一个平凡的地方，崎岖不平，没有几条道路，大部分货物运输都靠苦力在小路上肩挑背扛走村串户，或者靠在该地区的许多河流里穿行的舢板。小城本身拥有陈纳德最重要的机场之一，这使得它成为一个重要的目标，但冈村还把它看作针对西北方300英里的重庆本身，或者还有昆明，进行轰炸的潜在基地。
1945年早春，冈村在芷江东部的平地上集结了2万日军。4月13日，在盟军空中侦察机的密切监视下，这些部队开始大举推进。迎击这一来势汹汹的军队并将其打退，以避免直接威胁重庆和昆明，是中美联合指挥部现在面临的挑战，这也是对阿尔法训练初步完成之前所产生的新合作精神的一次考验。
中国军队第74军第51师位于连接芷江东西两面一条主要公路的几英里处，预期日军会沿此公路进犯。但是，在湘西这边的日军借助迷宫似的丘陵和山谷潜入了大批部队从而甩掉了横在他们和芷江之间的国军。同样的战术日军于1942年在缅甸成功地应用过，当时日军士兵迅速穿越丛林，避开了道路，以谋略胜过了英国人、美国人和中国人。
第51师的美军联络官是路易斯·v.琼斯上校。中国师长告诉琼斯，他正在从该地区调出两个团的兵力试图阻止日军渗透，因此琼斯便率领一支无线电通信小队、一个翻译，以及44名苦力，跟着他们在山间长途跋涉。第二天，他发现这两个团已经冲出了日军可能经过的山谷。第三个中国团，未与其他两个团一起出动的第151团，还留在原位，4月17日晚该团独自投入战斗抗击日军。第二天，琼斯赶上了中国师长并说服了他重新部署自己的部队；这样一来，面对来犯之敌他们的战线拉开达6英里之宽。
19日，该师师长请求空中支援。第二天来了1架飞机，第三天有4架，但随即大雨降临，空中行动被迫中止。日军第116师和第133步兵团的士兵在地面上顽强地进攻，以每小时1.5英里的速度缓慢推进。不久，他们占领了山门镇，这给他们在小山上提供了一个作战据点。但是，如正史记载的那样，尽管压力巨大，中国的第151团“顽强地坚守着”。
其他中国部队同样如此，沿着75英里长的防线全面抵御着日军的进攻。当山门镇西北方的前线出现一个很大的裂口时，中国的第18军迅速前移，防止了敌人的突破。在防线的其余地段，中国军队各部均“勇敢坚守，并且对日军的每一步推进都报之以反击”。同时，抗日战争期间一些罕见的情况也正在发生。芷江成为一直延伸到昆明的一系列基地之一，大量物资被运到这些基地。一家野战医院被建立用来救治伤员，还成立了一家车辆维修公司，以便使受损的运输物资的卡车可以得到修复并继续发挥作用。供应网点从芷江开始沿着公路和可通航的河流向四处延伸。粮食、武器——冲锋枪、60毫米迫击炮、布朗式轻机枪——弹药甚至夏季军服被运到这些供应点，然后再用卡车或舢板转发给中国军队，甚至在战线的后方还成立了移动式外科医院。
在这片偏僻的中国土地上，战斗持续了几个月。最终，共有八座基地医院在运作，受伤的中国士兵因此能得到医疗救治，而不是像在这漫长战争期间的开始阶段那样只能坐以待毙。因为可以从洞庭湖流域用船将大米运到湖南东北部再用卡车分送到部队，所以没有必要再出现中国士兵中常见的恶性行为：去当地村庄偷窃食物或极度忍饥挨饿。的确，一支军队必须吃饱了才能打仗，中国的国民党军队中似乎往往缺失这个基本要点，但在芷江战场上绝对不是。
同时，琼斯上校的经历表明，在中国指挥官和他们的美国顾问之间有着良好的合作。1942年史迪威在缅甸遭受的挫折——在那里他的命令要不被蒋介石忽略，要不就是被他撤销——1945年在湘西再也没有重演过。有个名叫乔治·l.古德里奇的上校联络官，他是1945年2月来华帮助训练中国军队的，此人报告说：“每当形势发生了变化，将军就把联络官请到地图前，在解释了战情之后，就征求他的意见……在大多数情况下，随后下达的命令，都是按照联络官建议的计划执行的。”
5月2日，在武阳山谷的入口处，中国的第5师直接面对从南路进犯的敌人。在得到美国顾问的赞同后，它做出了包围日军的决定，据官方历史记载，这项决定“取得了圆满成功”，缴获了“相当数量的日军装备，包括火炮、一些文件以及6名战俘”。在之后的日子里，中国的第121师向北移动，并成功地攻击了日军的左翼。其他作战部队从北顺势而下，在日军集结地后面切入，迫使敌人夺路而退。
5月11日，中国第18军第11师攻占了一个日本供应仓库，连同500匹战马。同时，看到了要避免失败所需做出的巨大努力，并意识到帝国大本营针对沿海重新部署的命令，冈村宁次决定不再派遣增援部队，并下令部队撤出芷江战役。
大约在这个时候，蒋介石显然察觉到一个机会，便做了他以前常常做的事情。他给他的指挥官何应钦下令去夺取湖南省的衡阳市。这正是美国人，尤其是史迪威，觉得蒋介石总是缺乏的那种敢作敢为和气魄。不过，这是一种干扰，魏德迈在得知这道命令之后提醒蒋介石，如果蒋介石不告诉他就对自己的将军们发号施令的话，那么他，魏德迈，就不能很好地协调整个战役。魏德迈还说，中国军队还未就夺回衡阳所需规模的作战行动做好准备工作。蒋介石让步了，他说，他还没有下令，只是表达了一个意见。换句话说，魏德迈设法做成了暴躁的史迪威做不到的事情，那就是说服中国政府的主席和总司令不要随意插手。
截至6月7日，芷江保卫战已经结束。日本人撤回到原先的阵地。芷江之战应该被计入中国的胜利。对重庆和昆明最直接的威胁被避免了。进一步向东朝广州和香港进军的道路为中国军队敞开了。日军遭受的损失是1500人死亡，5000人受伤。中国的伤亡较高——近7000人死亡，12000人受伤——但中国在战争中投入的军队比日军多得多。在评估自己的失败时，日军指挥官将其归因于中国所取得的“巨大进步”。而这个进步甚至是在“阿尔法”所设想的训练计划还未结束之前战争就已经爆发的情况下所取得的。
“中国战区正在取得真正的进展。”官方历史下了如此的结论。中国人采纳了一些“与他们的习惯做法”全然不同的行动方式，这“反映了他们的合作精神和魏德迈、麦克卢尔及其参谋人员的说服力这两方面的成果”。但并非一切都很顺利。美国人特别提到了中国军队允许被包围的日军部队逃亡的倾向，这是在中国的战争中由来已久的做法。在不同的时间和不同的情况下所写的三十六计，目的是通过总是让给敌人一条退路来避免战争的过高代价。中国国民党人坚持这项传统，这是令他们的美国顾问恼怒的事。但美国人也表示，如果装备良好并指挥得当，这支军队打起仗来不会比任何人差。
除此之外，国民党军队的此次表现来得正是时候，许多美国观察者都认为对于蒋介石的军队，他们只能抱现实的绝望态度，相信这支军队是无可救药、难当其任，并且还总是拒绝参战的。难道毛泽东没有告诉过包瑞德国民党的部队见到日本人只会转身就跑，而不是奋勇杀敌？芷江战役是一个重要例子，在新的形势下，他们挺身而出，勇敢作战，并取得了胜利。
但也发生了某种意想不到的情况，某种既阴险毒辣又耸人听闻的情况，困扰着此后几年中有关中国的任何形式的自由讨论。这就是后来被称为“美亚间谍案”的一段插曲，其影响到了所有中国问题专家，但谢伟思遭受到的打击是最直接、最具毁灭性的。这一切都始于1945年1月，当时有份颇具影响力的小杂志——《美亚》杂志，其读者多半都是在国务院或大学工作的对亚洲感兴趣的专业人士——发表了一份无关痛痒的报告，题为“英帝国在亚洲的政策”。
肯尼斯·威尔斯看了这篇文章，他当时在战略情报局南亚处工作，该局是中央情报局在二战时的前身。韦尔斯注意到该报告的某些部分几乎是一字不差地出自他就东南亚的英美关系所写的一份报告的部分章节。韦尔斯的报告是被列为机密文档的。他想知道《美亚》杂志是如何得到他的报告的。美国联邦调查局也想知道，于是他们监控了《美亚》的编辑，并且在一次不合法的行动中，闯入了该杂志的办公室，试图发现卖国泄密的可能源头。
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