船舶状况的悲惨程度分毫不亚于船员。有一艘船在抛锚后不久便当众沉没。一些如“圣马科斯”号这样的头等战舰，唯一合宜的结局只能是拆毁船体，以求保存尚堪使用的木料和火炮，这些船只中就包括本属于佛罗伦萨公爵的那艘崭新的优等盖伦帆船。她的船长巴托利在战舰进港的第二天辞世。巴托利的大副也已经在格拉沃利讷一役中战死。接下来船上军衔最高、继任船长一职的加斯帕尔·达·苏萨后来宣称，无敌舰队中再没有哪艘战舰比该船更加出色地完成了任务，更加频繁地出入于枪林弹雨之中，这一点梅迪纳·西多尼亚公爵也在日后致佛罗伦萨大使的一封正式信函中予以了肯定。但是这些褒奖根本不足以对托斯卡纳大公supsmallid="filepos1015667"/small/sup构成补偿，因为他已获知根本无望将“圣弗朗西斯科”号拖往拉科鲁尼亚进行维修，他的海军阵容中唯一的一艘盖伦帆船就以这样的方式与他作别，再无可能悬挂自己的旗帜了。就我们能够确定的范围来看，舰队的幸存船只中几乎有一半已经不再适合服役。一位观察家甚至认为，能让这些朽木残骸如此长久地逐浪浮沉，只有奇迹可以为之。
梅迪纳·西多尼亚还躺在病床上，陪伴身边的工作人员大多刚从岸上临时征调而来，他仍在勉力处理与舰队有关的疑难问题，无论什么时候，一旦自感身体允许，他还会口述将要呈递给王室秘书伊迪亚克兹和国王本人的信函和备忘录，这些文字大多是发发牢骚，其中的一些几近语无伦次。船只的状况令他焦躁不安，船员们所处的困境更使他感到忧心如焚，他的属下还没有拿到薪俸，缺衣少食、营养不良，由于岸上没有足够的安置空间，他们也拿不到应该结付的薪资，只能留在气味刺鼻的霍尔克船上，在一团污秽之中相继亡故。他一直强调，应当派一位兼具经验和能力、能够解决上述问题的人过来。他似乎因为自己未能采取更加积极有效的措施而在自我责备，他没有诿过于重病，尽管有好些天他都因为发烧和其他病症昏迷不醒，即使是在清醒时也虚弱到难以提笔签名，尽管事实明摆着，眼下的处境已然超过了任何人可能控制的范围，但他却把所有责任全都归结为自己的经验不足和能力不逮。在一封给伊迪亚克兹的便笺中，他忽然开始离题抱怨国王不该错把无敌舰队的指挥权交到自己手中。梅迪纳·西多尼亚说道，他对大海和战争一无所知，这话好似他早先接到委任状时写给国王的第一封信的回声，他仿佛全然忘记了从过去的这个夏天中学到的种种残酷教训。他早就提醒过国王，自己这样一位对于分内事务毫无头绪、甚至不清楚何人可以信任的将军只会败事有余。好吧，现在看看事情败坏成了何种局面！他绝不会再赴海上指挥，绝不会，哪怕要他付出项上人头作为代价！
公爵想要的一切只是回家，回到桑卢卡的橘园中去，回到自己乡间宅邸的暖阳之下。对待这位败军之将，腓力国王比同时代的其他君主以及大多数后来的历史学家都要更加公正、宽宏。在听完堂弗朗西斯科·德·博瓦迪利亚的报告，读罢来自布尔戈斯supsmallid="filepos1018463"/small/sup主教和公爵随侍医师的各自来函后，腓力解除了梅迪纳·西多尼亚的指挥权，免除了要他进宫行吻手礼之类的繁文缛节，批准他离任回乡。
10月，在稀稀拉拉的剩余仆从的陪护下，一台挂有窗帷的马拉轿子穿过逶迤的山岭，开始向南方进发。轿子的主人没有在沿途的贵族别墅中停顿歇脚，因为西班牙举国上下没有几个人不在悲痛哀悼。轿子也避免行经城市，那里也许会有满天的辱骂和掷来的石块。公爵回到桑卢卡时，圣马丁节庆典才刚刚结束，直到来年春天，他才能在自己的庄园周围自由地散步、骑马，才又似乎做回了自己。事实上，后来的他或许与往昔并无二致。他又继续为腓力二世服务了10年，为腓力的儿子supsmallid="filepos1019417"/small/sup驰驱了12载，而且历任要职，可是本国同胞对于他的往事却既未忘怀，亦未原谅，一位法国外交官在15年后见到了梅迪纳·西多尼亚，从公爵忧郁的举止和面容中，这位外交官似有所悟，旧日的那场败仗遗留在他心中的伤痕显然仍未愈合。
在英格兰，事情的发展与人们的预想并没有多少不同。英国舰队的归乡路既不漫长，也不险恶，可是在刚刚得知帕尔马已经错过本欲借以出兵的大潮，无敌舰队也再无动静后，女王马上不耐烦地下令船只入坞停航，开始着手遣散船员，船长和臣子们全都因为她的鲁莽大惊失色。他们费力说服女王耐心等待，让船只保持满员和戒备状态，直至有确切消息从爱尔兰传来。结果，在哈维奇和马尔盖特、多佛和唐斯，船员们接连病倒、丧命，速度之快庶几与西班牙人停留海上时的减员速度相若。有人推断，暗中作祟的是相同的罪魁祸首：船热，亦即斑疹伤寒。不过，按照都铎一朝军队中的优良传统，部队官兵一律将之归罪于劣质啤酒。只要有足量的优质啤酒，英国的士兵和水手就会一直保持健康，这在那个时代是一条公理。
女王最终还是任着自己的办法行事了，解散和复员随即开始，烦恼像往常一样应运而生，这关乎薪饷、衣物和食品，关乎如何为身体虚弱、一时间无法还乡的海员提供住宿。病骨支离、衣衫半裸又求助无望的水手们倒毙在多佛和罗切斯特的街衢中，就像他们的同行和对手殒命在拉雷多和桑坦德的大街上一样。大伙儿的神经开始紧绷起来，只穿着衬衫的弗罗比舍向德雷克发起了挑战，另外一位老英雄约翰·霍金斯——如果有人堪称英国这场大捷的缔造者的话，此人非他莫属——也在一封致伯利勋爵的信函开头写道：“我很抱歉自己活了太久，竟然会从阁下那里收到措辞如此尖锐的来信。”稍后他还笔锋饱含愠怒地致信沃尔辛厄姆：“我会向上帝祈祷，愿自己不再负责处理钱款……我在此次效劳中饱受的痛苦和不幸难以尽数……我坚信上帝不久后便会将我解救出来，因为除了这里，再无地狱可言。”他的话听起来活像出自一位西班牙军需官之口，而面对愈来愈长的舰队死者名单，只能无助发火的霍华德语气也和梅迪纳·西多尼亚的并无二致。
在英格兰，人们也一样开始暗自嘀咕，怀疑高官们搞砸了自己的任务。为什么西班牙人没有被彻底摧毁？为什么海军大臣会害怕近距离交战？（奇怪的是，在西班牙，质疑梅迪纳·西多尼亚的人们也在质问相同的问题。）民众信誓旦旦地表示，倘若让德雷克接过指挥权，两支舰队肯定不会遥相对峙地互射炮弹，最后不了了之，与此同时，整场战役中的每一次胜利在人民口中好像全都变成了德雷克一人的功劳。当然，霍华德并没有像梅迪纳·西多尼亚那样蒙受不公的指责，他毕竟是赢家。在他生命的最后几年，他也获得了足够的名望。那时击败西班牙无敌舰队的荣耀逐渐消退为一层金色的烟霭，新王詹姆斯一世时期的政治家们从朦胧中看见了“英明女王”的善政，此战正如伊丽莎白时代的多数勋绩一样，距离当下越远，就越显得壮阔和辉煌。不过，在多数民众的心里，这仍然是属于德雷克的胜利。
在过去的差不多二十年中，历史学家已经给予了霍华德更为公正的评判。最近的历史叙事直言不讳地指出：“这是霍华德的战斗，他赢得了胜利。”还有人主张，霍华德采用了唯一一种无须担负太多风险的战斗方式，没有哪位舰队指挥官能够做得比他更好。对于梅迪纳·西多尼亚，近来也出现了一种更为善意的评价趋势，对他的勇气和统御能力均予以承认，虽然至今无人声称他已经在各方面做到了极致，但是至少可以认为没有人能够做得更好。除了那个周一的清晨，他本有可能在托贝supsmallid="filepos1023934"/small/sup附近海域切断“皇家方舟”号及其两艘同行船只的归路外，很难再指出他曾犯下任何错误，以至于影响了战役的最终结局。我们甚至有理由认为，梅迪纳·西多尼亚的所有其他决定，包括前往加莱锚泊以及在还乡路线上的选择，就像他个人的勇敢表现一样无可指摘。不过即使赢得这样的评价，也不会为梅迪纳·西多尼亚带去多少安慰。无论他做过什么，好像都无法堵住悠悠之口。对于死去的人来说，能否在身后的一代代人那里得到公正的评鉴，也许完全不足介怀。可是，对于生者而言，还死者以公正，纵然是迟来的公正，仍然意义非凡。
阿基尔岬（achillhead），在爱尔兰西北部。
两地名称相近，爱尔兰语分别称作“克莱尔”（chliara）、“克利尔”（chléire）。但克莱尔岛在爱尔兰西北、阿基尔岬以南，克利尔角则在爱尔兰西南。
大布拉斯基特岛（greatblasketisland），爱尔兰西部沿海岛屿。
布退尔岬（bolttail），位于英格兰德文郡南部海岸。
巨人堤（giant’scauseway），在北爱尔兰东北部沿海，是由火山喷发造成的绵延数公里的天然玄武岩长堤。
康诺特（connaught），爱尔兰西部沿海省份。
拉雷多港（laredoharbor），在桑坦德东部不远处。
1569年，佛罗伦萨公爵科西莫一世（cosimoide’medici,1519—1574）被教皇庇护五世擢升为托斯卡纳大公，此后佛罗伦萨公爵的爵位就成了历任托斯卡纳大公的附属头衔，在这里公爵和大公指的都是费迪南多一世（ferdinandoide’medici,1549—1609）。
布尔戈斯（burgos），西班牙北部城市，在桑坦德南方不远处。
腓力三世（philipiii,1578—1621），1598年至1621年在位。
托贝（torbay），英格兰德文郡南部沿海自治市，濒临托尔湾。