接着，在追捕德雷克的准备工作就绪后，圣克鲁兹委派加斯帕尔·达·苏萨船长率领一支强大的葡萄牙步兵队登上了“圣弗朗西斯科”号，他捎来了信息，巴托利将要带着这艘战舰与葡萄牙盖伦帆船一道出海，一旦与敌人遭遇，巴托利需要服从达·苏萨的安排。“圣弗朗西斯科”号的亚速尔之行表现出众，只有她完好无损，未曾漏水，没有丢过一根桁桅，可是在给主上的信中，巴托利却既感自豪，又觉悲伤，因为西班牙人放行的可能性现在更加微乎其微了。不过弗朗西斯大公仍然坚持不懈地想要索回心爱的宝船，直到本人离世也未曾放弃努力，在她向英国进发时，大公的继承人费迪南德一世仍然还在为此事而奔走。
有了“佛罗伦西亚”号，亦即被西班牙人改了名的“圣弗朗西斯科”号，又获得了警卫西印度群岛的盖伦帆船，梅迪纳·西多尼亚一共拥有了20艘盖伦帆船，就算在火力上有所不及，这支海上力量至少在吨位上已经可以与英格兰女王最好的20艘船只平起平坐，再加上来自那不勒斯的4艘加莱赛战船，还有与卡斯蒂尔盖伦帆船一起行动的4艘大型武装商船，这些舰船组成了他的一级战队。组成二级战队的是另外40艘武装商船，尽管与英军二级战队中最好的商船相比，它们的武器配备没有那么可怕，但是其中许多艘船在体量上要庞大得多，在双方的所有船只中，只有归女王所有的两艘最大的船只“凯旋”号和“白熊”号在规格上略胜一筹。自从2月以来，除了将西印度群岛警卫部队的大部分军力收为己用，梅迪纳·西多尼亚还先后得到一艘顶好的威尼斯卡拉克帆船、一艘同样来自意大利——也许是热那亚——的大船，以及六七艘由比斯开湾各港口提供的商船。他还补充了不少额外的霍尔克船，又将数量充足的其他轻型船只聚拢起来，因此船舶的总数较2月时已经翻了一番。到4月底，他大约已经拥有130艘船，它们在体量上大小不一，但或多或少都已经完成了出海的准备。
除了扩充无敌舰队的船只数量，他还注意通过其他方式增强舰队的战力。有尽可能多的船只经过了斜侧检修和涂油，在用光里斯本和沿岸各地库存的最后一批风干木材后，船体的腐烂部分多数已经得到更换，破损的桅桁也都替换成了优质品。一些盖伦帆船和许多武装商船也新造了高耸的艏楼和艉楼。传统上，有了这样的船楼就意味着一艘商船摇身变为了战船。不过，在西班牙和葡萄牙的盖伦帆船中，至少还有一些船的艏楼和艉楼似乎按惯例在同一水平线上接受过“削甲板”（西班牙语称为rasa）的改造，也就是说没有凸起的艏楼，只有一个相对较低的艉楼和艉楼甲板。接受过“削甲板”改造的船舶航速更快，抢风而行的能力更强，但就作战而论，多数西班牙将领更青睐高高的船楼，它能够把人员掩蔽在内，从里面发起攻击。一些英军将领同样怀有这样的观点，譬如马丁·弗罗比舍supsmallid="filepos629091"/small/sup。在梅迪纳·西多尼亚身边，没有像约翰·霍金斯那样的激进改革家能够对他施加影响，因此在他接过无敌舰队的指挥权后，那些本来还未架设高层建筑的船只，也都被里斯本港口的木匠添加了船楼。
由于梅迪纳·西多尼亚争取来的准备时间，以及他对西班牙各行政部门施加的影响，无敌舰队在很多方面都受益匪浅。刚进入3月时，头盔、胸甲、长枪、短枪、滑膛枪和火绳枪储备全都严重不足，可是到4月底，各项供应均已达到计划要求。火药的配额几乎增长了一倍，也许是听取了那位意大利炮兵专家的建议，所有火药都是“滑膛枪的火药”，由精细的颗粒组成。最重要的是，大型火炮所需的加农炮弹得到了更为充足的供应，故而每门炮都能发射50轮次。结果证明，这个数字依然远远不够，但是与圣克鲁兹曾经盼望达到的每门炮发射30轮次相比，显然已有大幅提升。
即使如此，公爵的影响和全力干涉却未能在其他一些方面改善舰队的状况，甚至难以阻止状况继续恶化。许多船只存在的问题过多，已经超出了人力可能矫正的极限。在港口每多待一周，就意味着全体船员要多消耗一周的粮食，为此库存要不断地加以增补。更糟糕的是，肉、鱼和饼干最初存入木桶时，是为了原计划中上年10月的起航而准备的，因此迟至5月开启时，即使是以最宽松的标准衡量，也已经难以食用了。最坏的一点还在于人员的耗损。虽然船上没有爆发真正意义上的瘟疫，但是每过去一周，死亡名单都会加长，再加上士兵和水手们缺衣少食，又领不到薪俸，每个礼拜都有人逃跑。梅迪纳·西多尼亚的确筹措到了更多的经费，逃跑人数在12月达到峰值后，也终于在来年的3月到4月迎来了回落。至少在表面上，被迫丢下犁铧的农民填补了死去兵士的岗位，可是训练有素的海员却实在无法顶替，早在上年11月，圣克鲁兹就已经在抱怨海员的不足了。到了4月，人员缺口变得更加严峻。同样令人不安的还有专业炮兵的稀缺。而大型火炮，尤其是长重炮的不足，则更为舰队上下笼罩了一层阴影。
但无论心中还存有多少疑虑，梅迪纳·西多尼亚明白，他不能再继续对国王的焦躁置若罔闻了，何况在留给他不多的时间里，靠小修小补所能发挥的作用也已十分有限。4月25日，他前往里斯本大教堂，在圣坛上为远征求取了一面受过祝福的旗帜，这宣告了起航之日即将来临，也一并彰显了此番任务的神圣本质。每一位即将追随战旗出海的船员都进行了忏悔，领了圣餐。他们全部在严重警告下立誓绝不渎神，并保证杜绝士兵和水手易犯的其他罪行。所有舰船都一一经过搜查，以确保甲板上没有藏匿女人。现在，总司令正庄严地迈向大教堂，葡萄牙副王、红衣主教阿尔伯特大公代替最虔诚的天主教国王陛下在一旁陪伴。里斯本大主教亲自主持弥撒，祈求上帝为整个计划赐福。旗帜被从圣坛上擎起，由人携带穿过市政广场，来到一处多明我会修道院，公爵本人将旗帜陈放到那里的圣坛之上，以象征他的个人奉献。随后旗帜又被请回，从两列跪地行礼的士兵和水手中间穿过，随行的托钵僧们则向跪地的人们宣读教皇的免罪和特赦，这是最为神圣的一次十字军远征，所有参与者都将荣享恩惠。那面受过祝福的战旗上绘有西班牙的纹章，纹章的一侧是基督在十字架上受苦的图景，另一侧则是圣母玛利亚，下方还用涡卷形花体字书写着一行赞美诗文：exurge,domineetvindicacausamtuam（“升天吧，我主，请捍卫您的伟业”）。
有关这场仪式的记录大多感人至深，但相较而言，有一份报告最为枯燥无味，它来自教皇派赴里斯本的代表，正是通过他的现场见闻，教皇才得以及时获知腓力筹备海军的进展。放眼全欧洲，在关心征服英格兰的计划方面，没人比教皇大人西克斯图斯五世更为急切。从担任教皇的第一年开始，他就在连续催促腓力动手，也是从那时开始，腓力便在不断向他提出借款的要求。然而，对于腓力是否真的计划入侵英格兰，教皇大人自感没有十足的把握。仅仅只是设想的话，他可不愿意借出哪怕一分一毫。另一方面，他曾向奥利瓦雷斯许下皇皇诺言，到西班牙士兵真正登上英格兰土地的那一天，他的回应将不只是借款，他将无偿赠予西班牙国王100万金达克特。但在此之前，即使腓力已经获得准许，可以为筹划本次十字军远征向境内的教士征收特别赋税（反正腓力无论如何都不会放过他们），即使腓力在自觉有必要的时候可以从教皇那里求得任何祝福和赦免，但是他永远无法从教廷的金库里拿走一个索尔多supsmallid="filepos634560"/small/sup。理所当然地，既然现在西克斯图斯终于能够对腓力的决心报以信任，他当然特别急于了解实现计划的把握究竟能有几分。
为了满足自己的好奇心，他不仅提醒教廷驻马德里大使悉心观察，还向里斯本派来了一位专使，当然后者的表面任务乃是处理教会事务。就在举行授旗仪式的前几天，这位观察员已经向红衣主教蒙塔尔托提交了一份报告，转述了一段启人深省的对话。
专使描述道，他和西班牙舰队中位阶最高、最富有经验的军官之一（是否即胡安·马丁内斯·德·里卡德？）有过一番私人谈话，当时专使鼓足勇气，开门见山地发问：“如果在海峡内遇到英国舰队，你们认为自己会赢吗？”
“当然。”西班牙人回答道。
“为什么这么肯定？”
“这很简单。大家都知道，我们是为上帝的事业而战。所以，当我们撞见英国人时，上帝一定会为我们安排好一切，比如让天气变得古怪，或者更可能的是，让英国人的头脑不再灵光，到那时我们会用抓钩扣住他们的船，登上船去。如果我们可以近身肉搏，西班牙人的勇气和钢刀（以及我们船上携带的大批士兵）就能派上用场，胜利将板上钉钉。不过假如上帝没有为我们显现奇迹，考虑到英国人的船比我们的更加快速和方便操纵，拥有更多的长程火炮，而且他们像我们一样了解自己的优势所在，想必英国人绝不会靠近我们，他们只会待在远处，用长重炮把我们轰成碎片，而我们却几乎拿他们毫无办法。所以，”这位船长总结道，脸上泛出一丝狞笑，“我们将怀着奇迹必然降临的希望，向英格兰驶去。”
特塞拉岛（terceira）是亚速尔群岛的组成岛屿之一，1582年夏，堂阿尔瓦罗正是在该岛附近海域率军击败了葡萄牙王位竞争者克拉图的堂安东尼奥。
佩德罗·恩里克斯·德·阿塞维多，福恩特斯伯爵（pedrohenriquezdeacevedo,countoffuentes,1525—1610），西班牙将军、政治家。
吉普斯夸省（gipuzkoa），西班牙北部省份，濒临比斯开湾。
主要由突厥人、摩尔人组成的北非海盗组织。
阿德兰塔多（adelantado）是15至17世纪西班牙授予部分美洲征服者的荣誉称号，被授予者往往对于征服地区拥有行政和司法等方面的管辖权。
西班牙方阵（tercio），西班牙哈布斯堡王朝时期的步兵组织单位，由多个兵种组成，最高可达3000人。
桑卢卡（sanlúcardebarrameda），位于今西班牙卡迪斯省的西北部。
本韦努托·切利尼（benvenutocellini,1500—1571），文艺复兴时期著名的意大利雕塑家，《珀尔修斯》是他的代表作品。他同时也是一个多才多艺的天才，有自传等文学作品存世。
阿维兹家族（houseofaviz）建立了葡萄牙历史上的第二个王朝阿维兹王朝（1385—1580）。
托斯卡纳（tuscany）在意大利中部，托斯卡纳大公由佛罗伦萨公爵擢升而来，历代公爵、大公均出自著名的佛罗伦萨美第奇家族，当时的大公即下文提到的弗朗西斯一世。
利沃纳（leghorn），意大利西海岸重要港口。
马丁·弗罗比舍（martinfrobisher,1539—1594），英国私掠船长、探险家，曾三次前往新大陆寻找西北航道，今天加拿大的弗罗比舍湾即以他的名字命名，后于1588年加入霍华德的英军，在击败西班牙无敌舰队后受封骑士。
索尔多（soldo），中世纪意大利银币。