历史是后来人书写的过去。传教士进入中国的这段历史，中西方学者都很关注。研究西方科学传入中国、中俄关系、西方列强入华、中西文化交流、基督教传播、比较文化理论、殖民主义的等等，都喜欢写这些不远万里来华的传教士。各自切入点不同，历史材料选取不同，讲出的故事也不一样。但无论从什么角度，有什么理论，这些牵涉到传教士入华的历史书写，都有一个共通点：就是书写的人已知道历史发展脉络，即传教士事业在康熙朝的璀璨及之后的陨落。他们都希望讲出一个前因后果，最后殊途同归到一个大问题上：为什么传教士的事业没能传下去？在这个大问题下，不同领域的历史书写又进一步派生出不同的问题。比如，科学史家想要解释为什么传教士没能把西方科学带进中国，而写文化交流的史家想要解释传教士的失败显示了哪些中西文明的冲突。
历史是一个素材库，无论什么理论，在其中总能找到所需的材料。
20世纪初开始，最早对禁教的解释是中国文化排外。这个说法确实找到了不少国人排外的例子作为证据支撑。1978年改革开放，中国重新融入世界以后，排外理论渐渐退出了历史舞台，取而代之的是文化冲突理论。二者的区别是“排外”带有贬义，认为是落后文明对先进文明的排斥；而文化冲突把中西文化放在同样的高度，认为冲突的根源是二者不匹配。就像离婚中说性格不合，双方没有高低之分，谁都没有过错，只是不合而已。这个理论最有名的论著是法国谢和耐的《中国与基督教》。这本书最早的1982年法文版，标题是chineetchristian-isme：actionetréaction。后面的小标题actionetréaction是西方世界流行的谚语，来自牛顿力学第三定律，中文直接翻译出来是“作用力与反作用力”。这句谚语用在谢和耐书里的意思是，来自西方的基督教在中国施加了一个作用力后中国产生了反作用力。在牛顿定律配搭下，这句谚语还有一层隐含意思，就是作用力和反作用力是相等的，但同时方向又相反。也许是这个副标题太隐晦，三年后，1985年剑桥大学出版社的英文版中，把小标题改成了“aconflictofcultures”，这样就直白地把“文化冲突”的意思表示了出来。这本书用到了很多中文的材料，同时又把中西文化对等研读，国内早在1989年就有第一个中译本问世。这本书在国内一直受到重视和推崇，先后有多个译本，深深影响了国内对这段历史的看法。表面上看，这本书对于之前的排外理论是一个进步，但是根子上二者并没有区别，都是预设基督教被禁是文化上的问题。谢和耐想找寻到底基督教哪里在中国水土不服，在这个问题指引下，谢和耐找出了很多当时文人写出的反基督教言论，然后分析这些言论文化上的根源，从而得出结论：中西文化的不兼容是清初传教失败的原因。该书的最后一章把不兼容上升到了语言层面，说中西文化的不兼容是中西语言结构上的差异导致的。西方研究中，认为语言是交流和文化的载体，语言表达结构决定了人的思维方式。因而谢和耐讲到的语言结构不兼容是超越文化层面的更深层次的不兼容。谢和耐讲的文化上、语言结构上的问题，本质上并不是历史问题，只是他把这些问题放进了这段历史中，来取用素材。所以从历史取材这个角度上讲，谢和耐和持排外理论的学者在研究方法上并没有不同，都是在预知基督教被禁这个结果后，跑到历史中找自己需要的材料，来论证自己要论证的理论。
为什么说是在找材料？因为这些学者面对传教士这段历史，都只对冲突、矛盾的部分有兴趣，只看符合他们理论的那一面历史。纵观清初历史，哪一个与传教士有关联的汉人得到现当代学者最多的关注？是杨光先。为什么这个在清初士林都排不上号的末流人物，到了谢和耐等现当代学者那里，变成了热点，还把他当成时代的代表？就是因为他写下了反传教士、反基督教的论著，为各种冲突理论提供了大量弹药。反过来说，也是因为当时没有真正的名流反基督教，没有“更好”的素材，才让杨光先在后世“时无英雄，使竖子成名”。
文明冲突理论本来就是基于西方历史发展出来的，在中国找材料吃力也是意料之中的事。基督教和伊斯兰教文明冲突了上千年，互相都不能接受对方。文明冲突理论是在这个历史背景下发展出来的。后来的学者，非要把信奉“君子和而不同”的儒家文明也加入到这个理论中，就出现了各种削足适履的事例。鸦片战争以后，西方入侵中国，这时候看起来仿佛有很多冲突，但这些都是具体利益冲突，而非文明的冲突。英国在跟清朝打两次鸦片战争的同时，还在巴基斯坦、阿富汗、俄国、伊朗、新西兰等众多国家作战。英国打的这些殖民主义战争的核心是经济利益，这和后来与清朝有相似文化背景的日本人侵中国并没有根本的不同。
明末清初传教士入华，一直受到各领域理论研究学者的青睐，很大原因是这段历史中的材料足够丰富，同时又足够单纯。丰富是因为尽管中国和世界各地的交流早就开始了，但论深度、广度以及可用到的中西材料，明末清初都是之前时段难以企及的。而单纯是因为鸦片战争以后，尽管有更多的历史材料，但这以后历史有太多的政治军事经济因素掺杂其中。建构理论的人都偏好背景简单的时间段，这样可以减少理论中的变量。因而谈论现当代政治、经济、文化，在牵涉到中西对比的时候，往往都会回溯到这段历史。但讲理论，谈趋势，往往要牺牲的就是个体的多样性。比如跟杨光先（1597-1669）同时代的薛凤祚（1600-1680）就很少被提及。薛凤祚出身书香门第，年轻时学习陆王心学。中年后跟传教士学习了西方数学。他是最早学习对数、三角函数的中国人。薛凤祚在康熙时期以及后来的乾隆年间，都被公认为一代大才，学贯中西，受时人追捧。他把对数和三角函数中的几何知识运用到治水中，用来计算河道和河流速度，写下了《两河清汇》（两河指黄河和京杭运河）一书，是兼具中西方知识的治水名著。包括这本书在内，他有三本书被收入了《四库全书》。清代人写的书能被收入《四库全书》中，就是乾隆时期一流学者群体对该书价值的肯定。《四库全书》的编辑在《两河清汇》的书前提要中写道，薛凤祚的学问是跟着西洋人学的，在当时被称为青州之学。青州是山东益都县，是薛凤祚的家乡。学问能以家乡来命名，这在中国传统中是极高的认可。可惜的是，薛凤祚在现当代书写的清代历史中极少被提及。除了专门的数学史论文和书籍，他的名字很少出现。其中的原因很简单，因为在他身上没有中西冲突，有的只是中西汇通。
除了基督教引发的中西文化思考，传教士带来的西方数学、科学，也是文化理论找材料的热门领域。后来的历史中，西方科学没有在中国生根发芽，这是现当代学者都知道的。于是有很多“大”问题伴随这个结果而来。西方科学没能传入，到底是中国传统文化的问题，还是传统政治制度的问题，还是二者兼有？提出这些问题的人其实有两个预设，一是西方科学没能传进来，二是没能传进来是传统中国的问题。这些反思型的预设，都是拿着鸦片战争以后中国科学技术落后于西方的历史结果反推出来的。但在实际的明清历史中，这两个预设都是不成立的。传教士明末到中国，就发现中国士大夫对基督教兴趣不大，反而只对西方的数学、科学有兴趣。传教士金尼阁（nicolastrigault，1577-1628）在万历年间到达杭州，在那里传教两年后，返回罗马报告中国的传教事业。除了教会内部的问题，金尼阁回去很重要的一件事就是告诉欧洲，中国人对欧洲的自然科学、技术和数学感兴趣。他在欧洲四处募捐，买了7000册关于欧洲各方面的书籍，于1620年运到中国。西方科学技术图书是金尼阁购买书籍中的重要部分，这其中就包括当时欧洲最新的哥白尼日心说的证明等。而帮金尼阁选购图书的是邓玉函。邓玉函是伽利略的学生，在欧洲就是一流学者。金尼阁和邓玉函人华后，和江南士大夫交往频繁，他们费尽心力把西方的书籍运到中国，就用行动说明了他们认为当时中国社会能够接受这些书籍。
康熙末年的传教士也证明了金尼阁的判断。当时传教士真正头痛的问题是中国人学得太快了，他们担心以后没有科学知识继续教给中国。如果把这些传教士看作西方科学的老师的话，那么他们对中国学生们的评价是极高的。传教士到中国的目的是来传教，而他们为方便传教，选择用教授西方科学技术作为先导，来融入中国士大夫群体，这不已经极大地说明问题了么？
牛顿（1643-1727）和康熙（1654-1722）基本算是同时代的人。如果把牛顿看作欧洲科学革命奠基人的话，那么康熙一朝就正好处在西方科学革命爆发的前夕。当时除了康熙自己和他的皇子们学习西方知识以外，康熙还在宫里组织八旗子弟来学。比如在宫里面学习的正白旗蒙古族人明安图（1692-1763），看到了法国传教士带来的牛顿无穷极数公式后，就用从传教士那里学来的西方几何证明方法，证明并推导出了卡塔兰数。明安图还推导出了一些衍生公式，这些公式在翻译成现代数学语言后，陆续被国外学者证明。卡特兰数在函数、离散数学中广为使用。它是卡塔兰（1814-1894）在1838年推导出来的，比明安图的证明晚了一百年。2我们知道有明安图这样的八旗子弟存在，就理解为什么当时传教士担心中国人学习西方知识太快。他们的担忧并不是空穴来风。
除了对薛凤祚、明安图这样的人物视而不见外，传统文化阻碍西方科学传入的论说还经常对历史材料断章取义。像本书前面提到过的康熙晚年与皇子们一起学习代数的事，就被用来说明康熙阻碍了西方科学的进入。这件事很多书中都有提到，因为有一张康熙亲笔写给他奴才的谕旨存留，谕旨图片和全文如下：
谕王道化：朕自起身以来，每日同阿哥等察阿尔巴拉新法，最难明白。他说比旧法易，看来比旧法愈难，错处亦甚多，鹘突处也不少。前者朕偶尔传于在京西洋人开数表之根，写得极明白。尔将此上谕抄出并此书发到京里去，着西洋人共同细察，将不通的文章一概删去。还有言者：甲乘甲、乙乘乙总无数目，即乘出来亦不知多少。看起来想是此人算法平平尔，太少二字即可笑也。特谕。
现当代史家引用到这份谕旨都集中在康熙的最后两句，评点代数“算法平平”“可笑”上。这几个词就是吸睛的冲突部分，用来说明康熙自大无知，耽误了西学、科学引入中国。3除了把这几个冲突字眼拣出来，没有人关注这段话的前半部分，也没有人想要理解为什么康熙说“算法平平”“可笑”。
第一句：“朕自起身以来，每日同阿哥等察阿尔巴拉新法。”“阿尔巴拉”就是代数，是algebra的音译。康熙皇帝外出，一路上还和他的皇子一起研读代数这个当时全新的数学科目。这说明什么？如果在旅途的火车上，我们看到一个人拿着一本代数书看，我们的反应是什么？康熙整篇谕旨，说的是他试着在理解这本代数书，但明显没有看懂，最后指示他的奴才把这本书拿去让西洋人共同“细察”，把问题写明白。
代数现在看起来是数学中的基础内容，但对当时的欧洲传教士来说也是一门新学科。代数并不是希腊罗马时期发展出的传统数学部分，而是阿拉伯人花拉子密（al-kwarizmi）9世纪（相当于中国唐朝时期）创立的。代数在欧洲各种语言中都叫algebra，这个词是阿拉伯文的音译。12世纪意大利人把花拉子密的著作翻译成了拉丁文。16世纪法国数学家韦达（francoisviète，1540-1603）发展出了用字母来演算的新代数，这也是我们现代人所学代数的基础。从康熙朝编订的《数理精蕴》可以看到，大量有代数思维的演算已经被康熙重视和接受了。《数理精蕴》是康熙和皇三子实际参与编订的书。里面有许多二元二次方程的题，还有一元三次方程需要求立方根的题以及求解。康熙和他的儿子没有弄明白的是代数和方程使用的意义是什么。当时康熙对不出现数字，以及为什么要这样来演算数学并不理解，也就是康熙谕旨中抱怨的“无数目，即乘出来亦不知多少”。
代数其实是人类数学思维的一次重大革命。数学本来是一种确定性的表达，而代数是在确定性中融入了不确定性，也就是用字母表达的部分。欧洲从韦达开始，到经过笛卡尔完善的新代数，也是经过了上百年才慢慢被消化，一直到牛顿把代数应用到物理中，代数这个数学工具才逐渐开始显示其大用处。牛顿在物理领域取得突破前，是剑桥大学教代数的教授。他之前的物理大师，如伽利略和开普勒等都还没有使用代数。1707年牛顿的《广义算术》（arithmeticauniversalis）问世，这是牛顿在剑桥关于代数和方程方面的讲稿汇编。在这本书中，牛顿把开普勒的天体轨道运算重新用代数的方法来演算，展示出了代数演算的优势。牛顿还用一道道题，具体讲解代数的用处。比如，一个石头从井口落下，知道从石头开始下落到听到底部传来回声的时间，问井有多深。这道题中，牛顿把深度设为x，这样石头落下和回声传回来的两段物理过程中的距离都是x。方程建立在时间t=tsub1/sub+tsub2/sub上(tsub1/sub是石头落下的时间，tsub2/sub是回声传回的时间，两段都用距离x和石头以及声波运行速度来求得）。这样两段物理过程就通过未知的距离x联系到了一起。4
牛顿的《广义算术》严格来说并没有多少学术上的突破，但其主要特点是实用，讲的是技巧，从而大大推动了代数的使用范围。牛顿当时对代数在应用上的推动，有点类似于微软做出了windows系统，大大拓展了电脑的使用范围。当时给康熙讲代数的是法国傅圣泽神父，他1699年就到中国，大概率他没有看过牛顿的大作，对代数真正的用途也所知有限。为了方便康熙阅读，傅圣泽没有用字母来替代未知量，而用的是天干地支。5比如他给康熙的书中讲的甲与乙之和的平方等于甲平方加乙平方再加二倍甲乙相乘的乘积。这是大家都熟知一元二次方程中的公式(x+y)sup2/sup=xsup2/sup+2xy+ysup2/sup。康熙能看懂这个，但是他不知道这样做的用处是什么。所以他会评价“他说比旧法易，看来比旧法愈难”。上面提到石头下落的题里，牛顿就讲到了一元二次方程几个公式的应用。由于石头落下还涉及自由落体下坠，也就是下落距离和时间平方成正比(d=ktsup2/sup)，因此在这道例题中，牛顿就展示了求解技巧，用到一元二次方程中的求根公式：
这个求根公式就是从axsup2/sup+bx+c=0这个一元二次方程的标准式中推出来的。代数对当时的传教士来说，也是新东西，没有办法给康熙深入讲解分析也情有可原。在不明白代数用途的情况下，康熙读完代数后的第一反应其实和当时欧洲人的反应是一样的，对为什么学习代数以及代数的用处有疑问，对思维转变有不适应。