雍正在一封给两广总督孔毓珣的御旨中还解释过他为何禁教。孔毓珣于1724年4月出任两广总督。他是山东曲阜人，据称是孔子的后代，当然也是汉人。他接替的是杨琳。杨琳是八旗里面的汉军旗人。在满人内部，汉军旗人是被当满人看待的。杨琳给康熙上奏折都是以奴才自称。他在广东任上七年，帮助康熙处理了很多西洋事务，跟各路洋人传教士都有私交。杨琳被调离两广总督职位后，雍正没有给他新的任用。孔毓珣上任后向雍正汇报了他了解到的西洋人以及传教士的情况。他上任之时，禁教谕旨已经颁布了三个月。他说他调查广东各地后，并未见传教士有违法乱纪之事。他也不知道到底雍正禁教的目的是什么，只能附和礼部的处理意见。雍正收到孔的上奏后，给了他回复，回复是这样写的：
朕不甚恶西洋之教，但与中国无甚益处，不过从众议耳。你酌量，如果无害，外国人一切从宽为好。恐你不达朕意，过严，则又不是矣。”2
这封回复中，雍正让孔毓珣从宽对待传教士之前，简单解释了他禁教的原因，他是“从众议”。这里雍正又把禁教归结为朝廷廷议结果，说明这不是他的个人意愿。
为什么雍正在两次解释中都把禁教原因推到朝廷众议上面？原因可能很简单，因为他根本就没有一个令人信服，特别是让这些朝廷高官信服的理由。如果天主教或者传教士当时真有什么问题，他完全可以直接坦白地告诉他的朝臣，不用把禁教的决定推到“众议”上。还有一点，雍正反复说明禁教不是他的个人意思，其实正说明当时的官场就是这样认为的，所以雍正才感觉有必要反复说明。
当局者怎么说？
关于禁教，雍正有他的说法，其他人也有他们的理解。禁教不久，当时在北京的耶稣会神父就详细记录了他们了解到的全部过程，其中就有他们自己对禁教的分析。他们认为传教士被北京权贵们疏远，到最后的禁教，都和雍正的个人喜好有关，他们是这样说的：
时过境迁，今上几乎不再使用欧洲人，对科学及外国珍奇之物似乎也鲜有兴趣。皇帝这种态度使原先一些朋友疏远了我们，他们中一些人已不能再为我们出力，另一些则不敢与外国人来往。33
雍正确实和康熙在个人兴趣爱好上有天壤之别。尽管这些喜好是个人的偏向，但这个偏向决定了他们的待人接物的态度。朝臣权贵们都是明眼人，特别是雍正一登基就把传教士赶出了内务府，这已经释放出了明确信号：雍正对这些传教士不感兴趣。在这种情况下，传教士的处境自然急转直下。在传教士理解中，福建发上来的禁教奏折就是整个官场环境的一个反映。
皇十三子和传教士原本算不上深交。在康熙年间，传教士的书信中基本没有提到过皇十三子。尽管如此，皇十三子作为雍正朝初年最有实权的王爷，还是尽其所能帮助了传教士。根据传教士所记录，皇十三子和其他几位皇子曾多次接见他们。
毕竟这些传教士在康熙内务府里几十年，跟这些皇子们家里家外都是几十年的老相识。传教士性格都很好，皇子们自己或者家里人生病，还会经常找他们看病。在这些皇子们眼中，传教士都是一些老好人。所以当传教士找到皇十三子，皇十三子没有敷衍他们，也到雍正那里帮他们疏通过。后来皇十三子还不厌其烦地指导传教士如何给雍正上折子。传教士写好后，他还帮他们修改。特别需要注意，雍正初年皇十三子是最忙的王爷，传教士在他们的记录中也多次提到他很忙。就是在这样的背景下，皇十三子还在尽力帮传教士，可以说是仁至义尽了。从传教士的文字中看，他们也确实很感谢皇十三子的帮助。在一次闲谈中，皇十三子还帮传教士做了分析，也特别告诉传教士那是他个人的理解：
你们不要弄错，这是我的想法。你们知道今上在只是四亲王时是很喜欢和尚道士的，不过当初他尚未登基。你们要听明白，我的先父皇对你们十分喜欢，恩宠有加，但你们不是不知道，他对你们的庇护与恩赐常引起文人们窃窃私议。34
这段皇十三子私下的话，是要让传教士知道，你们当初得宠是康熙个人喜欢你们。同样，雍正喜欢和尚道士，所以你们就失宠了。皇十三子通过这一最直白的对比来劝慰传教士，让他们想开点。言外之意，这些个人喜好，是没有办法去找关系疏通改变的。这就是命，让他们认了，不要再折腾找人了。从后世的历史角度看，这段话其实涉及一个很重要的历史问题，到底这些有实权的皇帝的个人喜好对历史有多大影响？皇十三子提到的雍正喜欢“和尚道士”，这个“喜欢”在历史中有多大分量？
雍正与佛教
雍正信佛，后世一直都知道，不是什么新闻。信佛的皇帝在历史上有很多，但真正让雍正在历史上独树一帜的是他“信”的程度。简单来说，雍正不是大众认知中一般烧香拜佛的佛教信徒，而是一个闭关打坐的修行者，而且达到了佛教内部都认可的一流境界。可以这样说，他和普通佛教信徒的差别，就像一个偶尔打打乒乓的人和国家队一线球员的差别。说雍正是佛教信徒，这没有错，但是这个说法使后世大大低估了雍正的佛教水平，同时也淡化了佛教对雍正的影响。
说到雍正信佛，欧美学者认为清初皇帝都宣称崇信佛教，这是他们的政治需要，因为佛教信仰能帮他们更有效地统治广大的蒙古和西藏地区。因而信佛是一种政治手段。35民国清史大师孟森尽管深知雍正信佛修行，但他基于雍正上台后残酷镇压异己和兄弟的历史，不相信雍正是真正的佛教大师，因而解释雍正是通过佛教修行来掩盖他夺位的企图。36中外史家的这些解释，都混淆了一个时间顺序，那就是雍正先是佛教修行者，然后才是皇帝。雍正在他20岁出头就与佛教结缘。雍正还是皇子的时候，距离他的藩邸（现在的雍和宫）不到三百米就是当时著名的柏林寺。这对雍正亲近佛法可谓是得天独厚的条件。后来，曾做过柏林寺方丈的独超禅师圆寂后，其弟子来找雍正为其写塔铭。其中就写到二人是康熙四十一年开始一起谈经说法的。37
康熙四十一年（1702年），雍正不过二十五岁，有缘拜会当时的一代名僧，还能与其“谈法甚契”，这说明雍正学佛已经有些时日了。
而且雍正称独超为“师”，这些前后因缘都说明雍正跟独超禅师学过佛，不是一般的应酬关系。
雍正自号破尘居士、圆明居士。他不是历史中常见的那种只“谈”佛法的文人，而是一个参禅打坐的实修者。他自己记录了他参禅中破参的经历，写道：
壬辰春正月，延僧坐七、二十、二十一，随喜同坐两日，共五枝香，即洞达本来。方知惟此一事实之理，然自知未造究竟。······问章嘉，乃曰：“若王所见，如针破纸窗，从隙窥天。虽云见天，然天体广大，针隙中之见，可谓遍见乎？佛法无边，当勉进步。”38
壬辰年是1712年，这年春，康熙的太子还在位。这说明雍正修佛先于后来的储位之争。雍正这段记录有点今天所谓“炫技”的意思，一起同修的和尚要打坐七天或者二十、二十一天，而他只打坐了五枝香的时间就“洞达本来”。雍正记录提到，他的参悟还得到了章嘉活佛的认可，确认他是人门了，让他继续。雍正还记录了他在禅修中参破三关的体验：
二月中，复结制于集云堂，着力参求。十四日晚，经行次，出得一身透汗，桶底当下脱落，始知实有重关之理。
恰至明年癸巳之正月二十一日，复堂中静坐，天意中忽蹋末后一关，方达三身四智合一之理，物我一如本空之道。庆快平生。诣章嘉所礼谢，国师望见，即曰：“王得大自在矣。”39
禅修中有破三关的说法，是禅修的三个阶段。雍正上面三段记录就是分别写出了他破三关的主观体验以及时间。而且他的破关经历还得到了章嘉活佛的确认。这位章嘉是章嘉活佛第一代（1714年圆寂），是当时著名的高僧。在佛教传统中，一个人禅修中的证悟，是否修行得法，以及是否误入魔道（歧途），这些都是由在世高僧来确定。所以雍正的记录中，用章嘉活佛的话来确认他的修行，符合佛教传统。从历史角度看，雍正这些记录的可信度很高，因为这些记录出自他编辑的《御选语录》。这本书是历代高僧语录的集结。雍正的本意是希望用他编出的语录来帮助后来的人修行。因而雍正很明确，他编的这本书的读者是佛教中有一定修为的修行者。雍正需要向这些人说明白，凭什么他有资格来编辑这些高僧语录。他记录下他自己破三关的经历，其实就是在向后来的修行者展示他的资格。
到底雍正的佛教修行水平如何，没有修行过的人当然无从判断。他所写的主观经历，没有经历过的人也无法辨别。要评鉴他的水平，现在流行的同行评议原则大概可以作为一个比较公允的手段。首先我们可以看雍正自己对自己水平的一个评估，然后再看佛教中公认的高僧对他的评价。雍正自己曾经评论过禅修中的三关，他说：
三关妙旨，累进而上，言思具绝，历来古德宗匠，多止提倡初步。至于重关，不过密隐于语句之中，令至者自会，未尝轻以一字一句，系缀学人，累他堕入情推识解也。即观向来宗师透重关者，亦不多见，近年以来，几至埋没不续矣。朕因加意提撕，而诸人感朕开示之恩，努力精进，于是因真参而得实悟透重关者，颇有其人，此实从来罕遇者。“
按雍正解释，历史上的高僧，一般都只在文字中记录下第一关（通常称为“本参”）的修行。而对第二关的重关没有多加解释，留给破这一关的人自行领悟。这就是雍正所谓的“至者自会”；同时他解释高僧们这样做的原因是怕立下文字以后，误导了后人。因为有了文字，后人就会通过文字，用逻辑理解的方法来思考重关，就是雍正所谓的“累他堕入情推识解”。这样的话，反而误导了后人的修行。这和佛教中著名的“以手指月”的故事暗合。佛教中认为文字就像手指，本来是指着月亮的，但不知道的人，就会围着手指琢磨，忘记了月亮才是手指指向的意义。
对于“重关”，雍正的评价是：“即观透重关者，亦不多见，近年以来，几至埋没不续矣。”按雍正的说法，破重关在历史上已经很少见了。而雍正的水平是不仅破了重关，还破了第三关，同时他还指导一些人破了重关。从雍正的这段评价三关的文字可以看出，雍正是把自己放在中国佛教修行的千年历史中做的评价。他的自我评价是很高的。
现当代史中公认的第一高僧大概非虚云和尚莫属。虚云和尚在1953年上海玉佛寺的一场法会上，讲到了雍正。虚云说：
雍正帝在皇宫里也时常打七。他对禅宗是最尊重的，同时他的禅定也是非常得好。在他手里悟道的有十余人，扬州高旻寺的天慧彻祖，也是在他会下悟道的。禅门下的一切规矩法则，皆由他大整一番，由是宗风大振，故人材也出了很多。42
1953年虚云已至晚年。虚云提到雍正，因为他当时正在指导僧人坐禅七，禅修法门和雍正当年所用一样。因此他在禅七的第二天讲到了雍正。虚云不仅肯定了雍正的“禅定也是非常得好”，而且还提到雍正指导了多人悟道。虚云提到的天慧彻祖，是扬州高旻寺第一代祖师，他是在雍正的宫里禅堂中，在雍正指导下悟道的。佛教中自悟已经不易，还能指导多人悟道，这在佛教史中也是不多见的。虚云几句话已经把雍正放到一代宗师的位置上了。
另外，著名的印光法师（1862-1940）在雍正编的佛教书籍重新出版时，为雍正作注。其中印光法师确认雍正是涅槃觉悟，对雍正的书评价道：“言言见谛，语语归宗。如走盘珠，似摩尼宝。凡具眼者，无不佩服。”43如果说这些大师的评价还有一定主观性的话，那么客观上看，雍正编的佛教书籍后来被中日两国佛教界都收入了佛藏中。20世纪，海峡两岸的佛教出版社都在纷纷重新出版印刷雍正的佛教书籍。
作为佛教居士的雍正
雍正从年轻时开始佛教修行，到1712、1713年参禅破关，可以说他从十几岁到三十几岁的生活重点都在佛教修行上。他破关之时离他登基都还有十年时间。也就是说他在当皇帝之前就是当时佛教界的风云人物了。他破关后不仅指点其他和尚修行，还参与到了禅宗内部的一些理论争论中。佛教有不立文字的传统，认为文字是一种束缚。所以关键问题的解释权都在悟道之人那里。雍正的禅修得到章嘉活佛的认可以后，雍正在佛教内部也就有了话语权，是权威。加上后来还有修行者在他点拨下破关，这就进一步加强了他在佛教界的权威地位。从历史角度看，雍正的权威感首先来自于佛教界，是在精神领域，面后来做皇帝带来的权威是在世俗层面。
雍正在佛教界，用现在的话来说是信仰精神领域的权威。这是一个被长期忽略的问题。顺治信佛，后来还曾剃度，但顺治在佛教内部看来就是一个普通的信徒，不是精神上的权威。康熙尽管征战四方，被蒙古、西藏很多地方视为神，但他自己清楚他在任何宗教里都不是精神上的权威。他和教皇谈判就是明证，他清楚教皇才是教内的权威，他只是作为一个世俗皇帝在和教皇谈判。但雍正不一样，雍正是佛教里被认可的觉悟之人，而且是指导当时高僧修行的人，因而他自信有资格评论世间宗教。除了本章开篇引用雍正在得知葡萄牙使团入华以后，评论天主教的“天主”概念以外，他在接见葡萄牙使团之时，当着传教士的面，还评论道：
〔根据传教士记载翻译〕你们批评其他宗教教派。难道是一些宗教好，一些不好？事实并非如此，所有宗教到最后都是殊途同归的，都在某方面是好的。但从众多宗教论说来看，文人们〔指儒家〕还有你们这些天主教传教士以及其他一些人，很少有真正把自己宗教教义搞明白的。你们得先把自己的本心弄明白了，才能真正理解你们自己的教义。“
雍正当时已经是皇帝了，他敢于直接评论天下一切宗教，还能说出“宗教到最后都是殊途同归”这样的话，这就是雍正作为佛教“觉悟”之人在对众生指点迷津的姿态。他还直接告诉面前的传教士，他们自己都没有搞明白自己的教义。从传教士记录的文字来看，他们并不认可雍正的话，他们记录的本意其实是想体现出雍正的自大和荒唐。但传教士没有明白的是，雍正的话其实是一个佛教觉悟者的正常评论方式。他的这种评价方式在禅宗公案、佛教故事中，可以说是层出不穷。因而，了解了雍正在当时佛教中的地位，就会理解上面评论反映出来的不是自大，而更多的是佛教已经融会到雍正的思想灵魂深处。
皇位争斗与禁教的关联
雍正和传教士之间并没有因为信仰问题有过矛盾或者争论。在康熙的引荐下，传教士和他的皇子们都有往来，雍正也不例外。但雍正和传教士处于道不同不相为谋的状态，双方没有深交。笼统而言，天主教是一神教，本质上传教士不能兼容其他的宗教。传教士能和儒家文人保持良好关系，因为儒家实际上不是一个宗教。传教士入华以后没有与和尚融洽相处的例子。这一点和中国传统中和尚道士能够互相交流不一样。而且在传教士的文字中，还经常看到对和尚的奚落和嘲讽。
天主教不能容纳接受其他宗教这一基本点，注定了传教士不可能和皇子时的雍正建立亲密关系。毕竟雍正的府上常年香烟缭绕，和尚喇嘛不断。也是因为这个原因，雍和宫后来成了寺庙，现在香火依然很旺。而且康熙在世之时，并没有特别迹象显示学佛的皇四子可能继位，这样传教士也就没有特殊的理由要进一步去接触皇四子。要是雍正不继位的话，他就是康熙十多个皇子中的一位，传教士并没有特别的理由去接近他。总而言之，在雍正登位以前，他研习佛法这一点，提前注定了传教士和雍正之间的距离，二者不可能有比较亲近的关系。在康熙晚年长达十多年的储位斗争中，传教士没有在雍正这边下过功夫。雍正登位以后，也就不把传教士当自己人。重组内务府的时候，把传教士赶出宫去也就是自然而然的事了。
有一个历史细节值得注意，就是跟雍正唯一有私人关系的传教士德里格在康雍两朝的不同际遇。德里格在康熙宫廷里做音乐。教皇第二位使节在北京时，德里格私下告知使节康熙可以允准教皇的禁约，这让康熙震怒，以“德里格乃无知光棍之类小人”开头整整写了一页纸朱批来批德里格的种种不是。45康熙后来把德里格软禁在北京的一个教堂里面。德里格不是耶稣会的神父，他是罗马传信部派往中国的。尽管他和耶稣会神父都在康熙手下做事，但双方关系很差，经常敌对。公正地说，德里格在音乐方面是有大才的，他在紫禁城内写出的弦乐协奏曲，今天世界各国音乐家都还在演奏，曲风恬淡清新，兼具中西特色。康熙爱才，尽管私下对德里格有不满，还是一直把他留在宫中组建西式乐团。俄罗斯彼得大帝使团入华，听完康熙的乐团演奏后大为吃惊，没想到在紫禁城内还有一支如此高水准的西式乐团。
对德里格个人来说，他在康熙晚年最大的收获是做过雍正的音乐老师，而且一直和雍正保有私交。因为有这个私交，雍正一上台就把德里格从软禁中释放了，而且还任用他来负责接待雍正朝所有来华西洋使团。也是在雍正上台这一年，德里格终于实现了他多年的夙愿，在北京建立一座属于自己的教堂，这样他终于能从耶稣会神父的教堂里独立出来。他建立的教堂在北京称为西堂，在现在西直门内大街上。德里格的例子就最直观地说明了和皇帝登位前的私交对传教士来说是何等地重要。
雍正信佛决定了他如何看待传教士和他们的用处。雍正和康熙不一样，他对传教士讲的数学、天文等欧洲学术都没有兴趣，因而在他眼里，传教士并没有什么特别之处。这一点是他和康熙在看待传教士问题上的根本区别。
应该说雍正刚上台的时候，还是有意以一个皇帝的姿态，大度地容纳天主教的。传教士穆经远代表葡萄牙国王给雍正送了很多礼物恭贺他登基，雍正全部收下了，这在当时来说是一个很好的开端。但是，在康熙内务府里混迹了几十年的传教士，不可避免地被牵涉到雍正早年的权力斗争中。1723年4月，雍正登基不到五个月，发现穆经远和皇九子关系很深，就把他和皇九子一起发配西宁。同时他警告在北京的传教士不要多管闲事，把自己的事管好就行。46
北京传教士似乎并没有把雍正的警告放在心上。当然也有可能是传教士和雍正对不要“管闲事”的理解不一样。雍正元年，北京传教士继续和雍正要打击的苏努一家走得很近。苏努是努尔哈赤四世孙，与雍正同辈，累世军功，有贝勒封号。在康熙朝，苏努一家一直支持皇八子登基。苏努本人没有信教，但是其有四个儿子以及数十名家丁从康熙五十一年（1712年）后陆续受洗，都是当时有名的天主教徒。因此传教士一直和苏努家有来往。这种来往本来并不是什么大事。但是雍正上台后，在关于苏努家的奏报中经常发现传教士的身影，这就成了大事。”在发配皇九子到西宁时，除了穆经远以外，还发配了苏努的两个儿子。雍正一直派人监视皇九子等人的言行。但让监视人都感到意外的是，穆经远竟然在1723冬（当年的圣诞节）公然给苏努两个儿子受洗，让他们正式成为了教徒。这些都被眼线汇报给了雍正。后来，让雍正更气愤的是，他发现皇九子为了躲避监视，竟然把西洋文字做成密码在和北京联系。而这西洋文字无疑是穆经远教的。用西洋密码联系一事在多个清官方历史中都有记载。最近有学者在清宫档案中发现了这些用西洋密码写成的私信，还做了总结。48
同时，在北京，传教士私下还和苏努家有来往。这些来往雍正和他内部圈子的人都知道。当时雍正圈子中的隆科多就看在眼里，很为传教士着急。隆科多是佟国维的儿子，是佟家在雍正朝早期的核心人物。前面已经讲过，传教士和佟家有几代的关系。所以隆科多冒着危险，在宫里碰到传教士巴多明的时候，告诉他皇帝知道他们和苏努家的关系，让他们传教士赶快远离苏努一家。”不过，传教士没有认识到问题的严重性，在他们看来，他们和苏努家的来往跟政治完全没有关系。而且作为传教士，他们很难抛弃追随他们信仰的信徒。
雍正初年的朝廷政治远比传教士想象中要复杂。巴多明还记录了一个细节。隆科多在跟他说话的时候，突然看到迎面另一个大臣向他们走过来，便马上停止了谈话。这个细节就是当时朝廷政治的直观写照。隆科多是雍正朝头几年最重要的实权派。即便以他这样的地位，跟传教士说话的时候都要处处提防，小心谨慎。当时，雍正正在清除异己，许多朝臣和皇亲国戚都因为派系问题受到牵连，就是位高权重如隆科多都要处处小心。但传教士似乎没有察觉到当时危机四伏，还在继续和苏努一家来往。
禁教和皇位之争有关联，这并不是后见之明的分析，当时跟雍正关系最好的传教士德里格，在他1725年（禁教后第二年）发回欧洲的一封信中就写道：
各省驱逐传教士与礼仪问题完全无关。禁教始于福建，正如我去年写的那样，皇帝批准了。（有人说他是始作俑者，但我不能确定）。终究他还是批准了。说他是始作俑者（尽管我不这么认为）源于欧洲人可能站在他的兄弟那边。也就是说如果他的哪个兄弟要起事，地方上的欧洲人可以提供很多帮助。50
德里格尽管也是传教士，但他和当时北京所有的耶稣会传教士都有矛盾，他的观点可以看作是独立于耶稣会神父以外的第三方观点。他对禁教问题的分析有两点：一是他认为禁教跟康熙时的礼仪问题完全无关；二是禁教跟雍正和他兄弟之间的斗争相关，而且这个观点在当时就是流行的说法。
那么到底雍正禁教有多少政治因素在内？这很难知晓。因为就算雍正因为政治问题要处理传教士，他也不会直接说出来，让这事留在历史记录里。看看年羹尧案，当时抓年羹尧的时候，给出的原因是年羹尧的奏折用词不当。后来审讯又给年羹尧列出了一系列罪名，但当时人和后来人都明白那些公布出来的罪名不过都是托辞。真正的原因一直是个谜，现在的学者都还有争论。传教士涉及政治这一点，到底多大程度影响了雍正的禁教决策，很难有明确的界定。但有影响是一定的，否则隆科多也没有必要冒着风险提醒巴多明神父。后来，雍正坚持要杀掉穆经远神父也说明他一定是比较深入地卷入了派系斗争。雍正知道杀传教士会在历史上留下骂名，但他思虑再三后，还是赶在葡萄牙为穆经远神父求情的使团到来前，把穆经远给杀了。穆经远是葡萄牙王室派出来的神父，他在康熙晚年一直是耶稣会里的领军人物。他成为鸦片战争前唯一一个因为政治问题被杀的传教士。但细看现存的穆经远审讯记录，他根本没有犯任何真正的罪，有的只是对皇九子的忠心。当他因为皇九子案被审问时，他坦然面对，没有否认和皇九子的关系，他在审讯开头这样说：“我在允禟处行走，又跟随他在西大同，前后有七八年了，允禟对我好是人所共知的。”5i穆经远的罪其实就是在错误的时间，错误的地点，跟错了主子。雍正初年，康熙的皇子们站错了队的，尚且不能自保，更何况一个传教士。
小结
其实北京的满人权贵和传教士都知道，当时无论是禁教还是容教都不是什么大事，掀不起什么风浪。就是在康熙的最后二十年中，把在中国各个教派的传教士加在一起，最多的时候也就140人左右。根据人口统计，清初大概有两亿人，所以这个数字放在当时中国，就是沧海一粟，无足轻重。52相较之下，当时有记录的和尚就有11万，尼姑有9000。53这几个数字放在一起，140人的传教士基本可以忽略不计。按雍正的话说，传教士“人众不过二十”。54对这样一个小群体，无论是容留还是禁止，可以说完全听凭皇帝的个人意愿。
历史的各种细节也证明了当时朝廷上下根本没有共同认可的原因来禁止天主教。也就是说没有什么后世所谓的历史趋势、潮流来决定当时禁教。禁教就是雍正的个人意思。对这一点，当时的王公大臣都看得很清楚。禁教风波期间（1723年10月到1724年1月），当时朝廷真正的大事是年羹尧出兵西北镇压罗卜藏丹津叛乱（1723年8月到1724年春）。叛乱中，有西藏喇嘛直接拿起武器，跳上马背和清军正面对抗。对于这些喇嘛叛军，雍正几次命令前线的年羹尧“勿拆毁庐舍祠宇，勿扰害庙内番僧”。55雍正的这些举动，完全有违清朝军队对不投降者格杀勿论的老传统。朝廷上下都不理解，甚至普遍怀疑是雍正内务府里的和尚在干扰朝政。后来雍正不得不在朝会上表明，他只是在闲暇时与和尚一起谈经说法，他们并没有干预国事。56不过，雍正想要保护喇嘛和寺庙是他的个人意愿，而清朝军队的士兵却没有雍正对佛教的那份情感。他们还是按照清朝军队的老传统，在打胜仗以后把所有喇嘛都杀了，同时也捣毁了寺庙。有记载显示，清朝军队一次就杀了6000喇嘛。57雍正要求禁止天主教和他要保护喇嘛寺庙基本是同一时期的事，放在一起就很明显可以看到，雍正的个人倾向在他决策中起到的作用。
对于传教士来说，雍正烧香拜佛，念经打坐，本来和他们是没有什么关系的。而康熙驾崩和雍正登位，立马使得雍正的一切都和他们的命运关联起来。可惜的是，雍正信佛和他的个人爱好，是传教士没有可能改变的部分。他们唯一能祈祷的是雍正能够可怜他们，把他们当成世间各种大宗小教中的一种，不要为难他们。所以传教士数次强调他们是遵纪守法的宗教，入华两百年从未给朝廷添过乱，话里话外的意思就是希望雍正像对待其他守法宗教一样，一视同仁地对待他们。
但是，传教士忘记了一点。雍正初年，举国上下，没有任何宗教团体像传教士那样深深植根在北京的满人权贵圈中。他们不可避免地卷人了皇家的家庭恩怨之中。所以，从某个角度说，传教士的命运其实是和当时的皇位之争紧密相连的。如果康熙以后继位的不是雍正，传教士在华的轨迹完全有可能是另外一番景象。按照传教士的理解，这是上帝的安排。按中国的通俗说法，这就是命。