当时议政王大臣会议使用满语。尽管没有具体数据，但里面的成员应该大多都不懂汉语。杨光先的奏本递上去以后，满人开始了长达八个月的调查审问。现存所有关于此案的卷宗都是满语写成的。尽管很多证人是汉人，最初的审问对话应该也是用汉语进行的，但记录下来后都翻译成了满语。比如，为了裁决杨光先和汤若望以及钦天监官员到底谁说的算命理论正确，就得传唤社会上的算命高手，听取他们的意见。这些人谈到算命理论，阴阳五行的内容很明显是用汉语讲的，而且涉及很深入的推演测算内容，这些都翻译成了满语。这些命理风水内容都很艰涩，长篇大论，很难想象平时骑马打仗的议政王大臣们会有兴致和耐心搞明白其中的是非曲直。3这其实就引出了一个问题，为什么这些议政王大臣会有兴趣来管这件事？议政王大臣会议在康熙中期以后，就渐渐丧失了主导地位，因为它影响了皇帝的权力。但在议政王大臣会议存在的几十年中，它主要处理的是军国要事，尤其是军事上的。这个历法案子是它唯一一次过问这种文人参劾，而且是非紧急的案子。
在南怀仁神父用拉丁文写回欧洲的记录中就提到，确实有很多满蒙将领对这个案子完全没有兴趣，根本听不下去里面的内容。每当这个案子提出来的时候，很多人就直接离席了。32其实要理解为什么有些满人权贵会对这个案子感兴趣，就必须理解杨光先参劾的目标-汤若望和他领导的钦天监，以及他们在朝廷中的特殊职能。首先要明确的是，钦天监不是一个简单观测天象的天文站，它其实是为朝廷提供算命风水这些玄学建议的一个机构。也就是说，这个机构的测算建议会影响到朝廷以及皇帝很多现实中的决定。
笼统来说，钦天监的职能分为两个部分：一是观测部分，二是解释部分。观测部分用现在的话来说就是科学的部分，客观地观测天象变化。汤若望靠他从欧洲带来的天文学知识，已经在朝廷和社会中证明了他是观测方面的权威。但是，真正让钦天监成为朝廷一个有话语权机构的是它的解释部分。也就是如何解释观测到的天象，并将之与现实中的人和发生的事联系起来。这个解释部分就是中国传统测算、占卜、风水理论发挥作用的地方。
现在无法确知到底汤若望是否真的相信中国的各种占算方法，以及他是否学过中国测算。不过，可以明确的是汤若望知道占算的解释在朝堂上有很大分量，也知道占算会在社会中引起很大反响。有一个当时有名的例子。满人进京以后，多尔衮不想沿用明代的皇宫，想另外修建一处皇宫。当时满朝文武没人能劝阻多尔衮，最后是汤若望出来上奏。在奏疏中，汤若望先说明代建的皇宫如何选址精妙，讲了一堆风水理论，大意就是明代皇宫上合天文，下顺地利，然后结论话锋一转说：“今新建基址，乃龙脉之余气。”就是新址风水选位上不行。说完风水不好，汤若望接着讲占卜，结论是：“兹若建城，恐蹈前占，未可轻举。”最后结尾还加了一句：“事关重大，臣不敢缄默。”汤若望这样把风水、占卜的招数都使出来后，多尔衮也招架不住了，把汤若望召进宫，让他当面细讲。多尔衮听完后也只好说：“你说的是，主意定了，不作了，该你说的。”33就这样，一代枭雄多尔衮精心筹划的新皇宫建设计划就终止了。汤若望这份上奏不是密陈，是从公开的朝廷渠道一步步递上去的，也就是说，是当时朝堂大臣都知道的。汤若望在这样的大事上都说得上话，这也是他在汉人士大夫圈子中很有分量的原因。汤若望使用中国的占算理论在当时也不是秘密，都是公开的。不仅当时的国人知道，罗马教皇那边也知道。因为许多神父都反对汤若望在中国做占算，认为有悖天主教教义。他们把汤若望告到了罗马教廷，不过后来罗马内部辩论过后，默许了汤若望的占算行为。34
汤若望作为钦天监监正，给顺治皇帝上了不少的奏疏，下面这一份就是汤若望结合天象观测和中式占卜来劝谏顺治皇帝的。
汤若望占：
顺治十年十一月十三日乙巳辰时观见日生右珥。占曰：日有珥，人主有喜。一曰日珥有风。日有珥，人君有重宫妇人阴事。日朝珥，国主有耽乐之事，其不可行。女人惑之，不则有忧。臣汤若望。35
汤若望这份奏疏是从报告观测到日珥开始的。日珥是自然现象，起码对于有欧洲天文学知识的汤若望来说，日珥不是什么稀奇的天象，是经常发生的。36但汤若望明显借助观察到的日珥在劝谏顺治。后面写的“占曰”，是引用的《观象玩占》中的批语。《观象玩占》传说是唐代李淳风写的，是传统星象占卜中的经典。汤若望通过经典中的批文，劝谏顺治不要沉溺女色。顺治二十三岁就死了，但他的感情生活非常波折，先后立过三次皇后。顺治虽有不少妃子，但大部分都是政治联姻。前文提到过，他的母亲孝庄皇太后来自蒙古，为了加强蒙古势力，就把六名她蒙古本部的女子嫁给顺治。董鄂妃大概是唯一顺治自己遇见并喜欢上的女子。根据汤若望记载，董鄂氏本来是已经结了婚的，进宫来服侍孝庄皇太后时被顺治看上。因为这事，孝庄废止了命妇人宫的制度。后来董鄂氏的丈夫去世，顺治就把董鄂氏娶进了宫。满人有游牧民族传统，娶丧夫之妇，甚至娶兄弟或侄子的遗孀，并不是什么禁忌，后来很多讲究其实是满人汉化以后形成的。汤若望还记载，顺治和董鄂妃原来的丈夫还有过面对面的冲突，冲突中，顺治还打过那人一个耳光。其中的是非曲直暂且不论，通过汤若望的记录，可以看到他确实关注过，或者说担心过当时年仅十六岁的顺治在女色问题上处理失当。而从上面的奏议可以看到，汤若望利用他作为钦天监监正的职位，通过天象、占卜或者说是玄学中的神秘力量在向皇帝进谏。而且汤还不止一次利用日珥说事。这条奏议中的日珥是女人，还有一次，他把日珥说成西藏来的喇嘛。37
汤若望不仅在宫中使用测算，在社会上也利用算命来传教。北京的另外两位传教士安文思和利类思就对这一点很有意见，认为算命完全背离了天主教。这两人写了很多书信到罗马去状告汤若望。根据安文思所言，汤若望的测算包括看罗盘、看手相以及解梦。38至于汤若望用的是西方罗盘术还是中国的方法，现在已不可考。对去找他算命的人来说，这应该无所谓，不管什么方法，能算准就好。但是对于当时很多以算命谋生的人来说，汤若望用罗盘算命，看起来就跟当时流行的紫微斗数算命方法很相似。杨光先就是当时北京紫微斗数的权威。
安文思还向罗马告状说，汤若望算命在当时的社会上影响很大。这大概没有冤枉汤若望。五世达赖喇嘛1652年到北京觐见顺治皇帝，曾在北京短暂停留。他在后来留下的回忆自传中，提到了汤若望的占卜术了得。达赖入京是从蒙古过来，一路大雪多次阻断行程。当时满蒙高层都在期盼达赖的到来，想知道他到底还有多久能到，而汤若望竟然提前算准了他到京的日子，这在当时是很轰动的。之前汤若望精准算出日食时间，就已经让北京高层见识了他的能耐，现在又算准了达赖的到达日期，更是大大提升了他的名望。要是读过些中国古代占卜算命的书，就会知道算归期、算到达日期，统称算应期，这在通讯不发达年代，是占卜中最常见的显示技术的测算。达赖一路不顺，由于天气缘故，他自己其实都不知道究竟何时能到北京。因而在到达北京后，听说有人居然算准了他的到达日期，达赖自己都很惊讶，对此印象深刻。后来他在自传中特地记录了这件逸事，不过在他的记忆中，一直以为汤若望是来自天竺印度的占星高人。39
在满蒙统治传统中，能预知未来的是巫师、萨满教通灵师这样的人，这些人在关键时刻给出的建议、说的话，在政治上是很有分量的。汤若望作为钦天监监正，看起来好像是一个技术官员，一个边缘人物，但事实并非如此。他在满蒙大臣眼中更接近他们认知中的巫师。顺治朝廷中，汉人官员和满蒙官员，由于政治传统和观念不同，有很多分歧。汤若望介人他们的争斗，站在汉人官员一边，让满蒙官员很头痛。举一个小的例子。由于藏传佛教是当时满蒙世界里最流行的宗教，满蒙大臣希望顺治皇帝能够到北京郊外去迎接达赖喇嘛，以示对达赖的特殊尊崇。顺治自己也相信佛教，所以已经答应亲自出京迎接达赖，并且都已经通知了在路上的达赖一行。但汉族大臣反对，认为哪有皇帝出城迎接和尚的道理。在满蒙大臣和汉臣双方争执不下的时候，汤若望上了一份天文报告，说金星最近很亮，有时都和太阳亮度相仿了；同时还报告，有流星落入紫微宫（十二天宫之一，被认为是天上代表皇宫的星宫）。汤若望报告天象的第二天，洪承畴领衔的汉官上奏：“窃思日者，人君之象，太白（指金星）敢于争明；紫微宫者，人君之位，流星敢于突人。上天垂象，诚宜警惕。”洪承畴的意思是如果出城，顺治会有危险。在这样夹带着天象的劝说下，顺治只好同意不去迎接。满蒙官员也不敢在“上天垂象”前继续辩驳。40顺治后来派了一个满人亲信代表他去迎接，并向达赖喇嘛表示了歉意。41从汤若望和汉官一起打的这套组合拳中，明显能看到，在朝廷争论中，汤若望要是从天象方面加入他的解释，偏向汉官，那么满蒙官员就很难有胜算。尽管在我们后人眼中，汤若望是欧洲来的天主教神父，但是在当时的朝堂中，朝廷官员并不这样看待汤若望。汤若望会说汉语、写汉语，观测后引据的经典也全是汉人的书。在朝堂政治中，对于满蒙官员来说，汤若望不折不扣是汉官的代表。
明白了汤若望和他的占算在朝廷中的特殊功能，才能理解为什么满蒙高层看到杨光先参劾汤若望，立刻接受了他的参劾并着手开始调查。“杨光先是懂占算的技术性人才，只有他这样的人才有可能从专业方向上挑战汤若望以及钦天监。从后来案子的审理来看，杨光先也确实发现了汤若望和钦天监的技术性错误。43在审问的档案中可以看到，杨光先不仅能多次指出汤若望的错处，还能直接说出相关问题应该在哪本书里面查找印证。
在历狱中，杨光先从算命的技术角度指出钦天监在埋葬夭折皇子的时辰以及墓地方位上，都选错了。这些错误成为后来定罪的依据。有趣的是，同样的事由，汤若望带着钦天监官员在六年前（1658年）还参劾过礼部，说礼部没有按照钦天监算出的时辰埋葬皇子，而是自作主张晚了两个时辰下葬。钦天监隶属于礼部，汤若望参劾礼部就是直接参劾上级主管部门。这位夭折的皇子在顺治心目中的地位非同一般，因为这是他最喜欢的董鄂妃所生。因而当时顺治对礼部的处罚很重。礼部的满人主管和六位满人官员被革职，其中两位还是死罪。44当时礼部里的满人并没有人懂这些风水测算，因而完全没有办法和汤若望以及钦天监官员争辩，导致最后损失惨重。这次参劾礼部也让汤若望得罪了一部分满人权贵，汤若望在发给欧洲的信函中就提到了这一点。所以当1664年杨光先站出来，从测算的专业角度攻击汤若望时，满人官员如获至宝。他们终于找到了能在占算上直接挑战汤若望和钦天监的技术人才。
历狱审判
历狱审判前后持续了八个月，传召了各方面的证人。45所谓的中西文化之争，儒家和天主教之争，这些都是现代书写历史的人关注的问题，在当年的审讯中完全没有出现，因为这些都不是满人关心的话题。历狱之初，北京传教士汤若望、南怀仁、安文思和利类思确实都被召到朝廷，就天主教传播相关问题接受审问。但审理的核心不是天主教教义，而是查天主教是否有谋反行为。当然后来没有发现有谋反举动，审问就停止了。后来整个案子审理的方向都集中在顺治夭折皇子的墓葬问题上。46
案件之初，杨光先和汤若望以及钦天监里的汉官都滔滔不绝，各谈自己的理论。里面涉及的古代天文和测算知识，大概满朝文武没有人能听懂，更没有人能判断到底他们谁对谁错。试举一小段他们的技术辩论：
讯汤若望：据尔前供，冬至之太阳不躔寅宫，而躔丑宫之箕三度，云云。据杨光先供称，冬至太阳躔寅宫箕三度，云云。此事怎讲？
汤若望供称：寅宫位于丑宫之西，以新法言之，众星天自西往东行，而箕三度之分秒，古时位于寅宫，今已入丑宫。今之冬至太阳，已位于箕三度之分秒，故曰位于丑宫。杨光先言众星天不自西往东而行，箕三度之分秒亦在寅宫，故曰今之冬至大阳在寅宫，而不在丑宫。等语。
杨光先供称：箕三度在寅宫，箕四、五、六、七、八度，斗初、一、二、三度，亦皆在寅宫，当行至斗四度，始过丑宫。今之冬至大阳行箕三度，而西洋人不知宫度不移之理，故而每岁视冬至为可移动者，并移一分五十秒，列入丑宫初度初分。若按彼之法，万万年之冬至太阳皆躔丑宫初度初分矣。实非如此。等语。
看不懂上面文字是很正常的，因为当时的礼部高官也看不懂。这只是一小段，据笔者粗略统计，这样的辩论大概有两万字。礼部尚书和他的官员看完后，只能上书说：“天文精微，且又至关重大，臣等难以悬拟。”然后建议朝廷通知各省大员，到各地寻访高人，送到北京来判定汤若望和杨光先的供词。他们还特地提到云南、贵州、四川、广东、广西等边远地区也要访求。后来康亲王杰书和一班满人权贵，代表议政王大臣看完双方的长篇大论后，也是差不多的结论：“天道精微，孰是孰非，难以悬议。”刚开始的调查，其实没有给汤若望和钦天监带来大的麻烦，毕竟古代算命风水理论众多，很多都能自圆其说。总结起来，在理论层面的审问中，汤若望应对自如，庭审并没有给他带来问题。47
给汤若望以及钦天监真正带来致命打击的是安葬中很具体的风水问题。杨光先指出汤若望和钦天监把埋葬荣亲王的时间和墓地下葬的地方都算错了。荣亲王就是董鄂妃所生，三个月就夭折的皇子（1658年2月25日去世）。尽管只活了三个月，顺治还是给这位皇子封了荣亲王，下葬也是按着“王”的标准。诡异的是，荣亲王下葬后两年，年仅二十二岁的董鄂妃就在宫中病逝（1660年9月23日）；而顺治也在半年后突然染天花驾崩了，死时仅二十三岁。皇贵妃和皇帝年纪轻轻接连去世，朝廷上下都觉得很蹊跷。而杨光先用测算理论，指出这一切都是因为汤若望和钦天监把荣亲王葬期、墓地方位风水选错导致的。杨光先在审讯中，给出了他对荣亲王的八字命理推导：
凡阴阳二宅，以其人之本命为主，山向岁月俱要生扶本命，最忌克命。选择造命之理，要生扶之四柱，忌克泄之四柱。······〔长篇阴阳五行的具体分析略〕使荣亲王之葬，年犯三杀，月犯生杀，日犯党杀，时犯伏吟，四柱无一吉者，不知其凭何书何理而选之也！
死后墓地称为阴宅，人生前所居为阳宅。杨光先首先总论“阴阳二宅”选取应该与人本来出生时的生辰八字匹配。人一出生，生辰就定了，年、月、日、时四个部分，算命中称为“四柱”。每一柱根据万年历又可转换成天干地支的两个汉字（比如庚子、辛丑这样的两个字），这样四柱总共就八个字。所以算生辰的又称“四柱八字”。天干地支的八个字各有阴阳五行属性，而五行属性的“木火土金水”互有相生相克的关系。五行相邻两字，前一个“生”后一个，同时“克”后面间隔的一个。比如木“生”后面的火，是相生的关系，同时木“克”间隔一个的土，二者就是相克的关系。另外“火”在被生的时候用掉了“木”，这在算命中称为火“泻”木。同样的属性，比如“木”和“木”在一起称为相“扶”，取相互扶持的意思。在传统的中国文化中，自然界的一切都有五行属性。如此，人的八字五行就可以和自然界的一切相联系起来，进行推算。当然具体推算中什么是吉什么是凶，就是测算人的本事了。杨光先在这个引用中就给出了他的判断逻辑，他认为在选阴阳二宅的时候，山的朝向、下葬时间五行，都要“生”或者“扶”该人的八字五行，忌讳“克”这人的八字五行。在这个总论之下，杨光先又洋洋洒洒地具体分析了荣亲王的八字命局。最后结论是荣亲王下葬的时间方位等都是错的，犯了大忌。对于杨光先的八字分析，汤若望称他“仅知天文历法”，测算、地理、风水这些都是下属送上来，他只是例行公事，盖了印而已。48
道理上，虽说被测算的人是身份非同一般的荣亲王，但是这位皇子毕竟是一个三个月就夭折的婴儿，所以很多下葬环节钦天监确实没有仔细推敲。根据口供看，埋葬时的1658年是戊戌年，钦天监官员的口供显示，其实他们也知道杨光先所讲到戊戌年在丧葬方面的一些禁忌，而且他们还向顺治皇帝派来负责丧葬事宜的佟吉提到过。但是否相信这些传说中的风水禁忌，很多时候是看主管人自己的理解。代表顺治出面的佟吉有可能自己不怎么相信，也可能是为了尽快完成任务，好向顺治交差。无论什么原因，佟吉的回答是“小王无碍”，也就是说小王丧葬不用忌讳这些。”从众多参与办理丧葬事宜的人提供的口供来看，出去选葬址及操作下葬的人，都以尽快完事，不要节外生枝的态度在办理。所以整个丧葬过程就算不说是敷衍，但说没有人真正上心在办是不为过的。
这样的办理过程自然经不起杨光先来细推。而且审讯中，由于都过了六年，很多细节也记不得了，互相又在推诿，举一列口供：
杜如预供称：小的奉差在外，不曾共同选择日期。等语。
杨宏量供称：不曾有人前来传唤小的，小的不曾共同选择。等语。
汤若望供称：杜如预、杨宏量共同选择属实。等语。50
这只是一个例子。钦天监算日子和选墓地的是两组人，如果把汤若望单独算，那钦天监就涉及三组不同利益的人。算日子和选墓地的人，当年就对一些细节有不同意见。他们两组人在一些五行分析上意见不一致本来也属正常。长期以来，遇到意见相左的情况，两组商量一下，统一意见就完事了。没料到这次遇到杨光先这样的高手来追究。而且整个审理的大环境对钦天监极为不利，因为现实就是荣亲王下葬不到三年，董鄂妃和顺治就接连去世。这相当于已经坐实了钦天监风水选取有错。所以杨光先提出下葬问题以后，整个审讯的基调不是调查之前的下葬风水到底有没有错，而是在调查错误出在哪里，是谁的责任。大概汤若望也知道这个问题没有辩驳的希望，所以代表他回答的南怀仁神父（当时汤若望神父中风了，说话吃力，朝廷允许他和南怀仁用德语交流，再由南怀仁答辩）完全没有谈理论，一开始就是在划清界限，说汤若望不懂风水，选日期和选墓地他都没有实际参与。
埋葬风水选取要考虑两个问题，一是埋葬人的八字五行分析，二是埋葬地方和埋葬时间的五行分析。从钦天监官员给出的口供看，他们对杨光先分析的荣亲王八字中的五行属性、五行强弱这些没有异议。双方辩论的焦点是1658年埋葬那一年和那个月的五行以及墓地的方位五行到底应该怎么算属性。概括起来，杨光先认为那一年五行属水，而钦天监说那一年属火。
而就是这五行属火的分析口供给整个钦天监带来了灭顶之灾。杨光先在看了钦天监给出的口供后，指出如果是属火的话，这个说法只可能出自一本叫《灭蛮经》的历法书。按杨光先解释，《灭蛮经》是有意把五行日历搞乱，然后再把这本书传播到蛮夷之地去混淆视听用的。作为“蛮夷”之一的满人，得知这个解释以后，整个审问的性质就完全变了。钦天监的错误一下从技术失误上升到了反清谋反的高度。用审问者的话来说：“今用《灭蛮经》选择，以壬水为火，埋葬荣亲王，险恶用心。”51
从传统算命风水理论来看，当年钦天监给出的结果是有考虑不周的地方。但公正地说这应该都是技术上的失误。但在审讯中，钦天监的人为了自圆其说，就把一些年份的五行按照符合他们测算结果的方向作解释。他们完全没有想到，这些技术细节上的解释，会被杨光先抓住把柄，上升到谋反的程度。
当杨光先说那年属水的时候，给出了依据，并指出在哪些书上能验证他的说法。同时他质问钦天监说的属火是依据哪本书，钦天监回答不出。而当杨光先说唯一有记录这年属火的书是《灭蛮经》时，钦天监的人也没有找到反驳理由。
满人高层为了确认杨光先的说法，专门派人到浙江、福建等地，寻访了一些当时公认的算命方面的高人，这些人都确认了杨光先的五行分析是正确的。同时这些人也听说过《灭蛮经》，印证了杨光先的说法。其中一位还说《灭蛮经》是中国人所编写，而传至外藩，“使彼用而断根绝后”。这就使整个案子急转直下，刑部看完卷宗后，给议政王大臣会议的建议是所有钦天监参与占算的人都以“大逆之罪”论处，而刑部引用的刑律中“大逆之罪”的处罚是“不分首从，俱行凌迟处死”。刑部认为汤若望是当时掌印之官，也难辞其咎，也要凌迟处死。后来，和硕康亲王杰书主持的议政王大臣会议商议后，认可了刑部的谋反认定，同意将参与占算的人全部凌迟处死。52
前面已经提到过，由于北京在该案审判定罪后发生了大地震，很多人相信这个案子有冤情。在孝庄皇太后出面干涉后，汤若望被赦免了。不过还是在赦免的批文中写到，汤若望作为掌印之官，“本当”处死，只是念其“效力多年”，免了死罪。但汤若望属下汉官的死刑还是执行了，只是没有凌迟。
案情之外，有一个细节特别值得注意，就是此案议政王大臣会议审理了八个月才结案。对比之下，三年以后鳌拜被抓，同样是和硕康亲王杰书主持审理，议政王大臣会议用了八天就判了鳌拜三十条大罪。为什么汤若望这个案子会拖那么久？这是因为有满人高层势力在暗中保护传教士，也就是利类思和安文思神父背后的佟家势力，以及豪格的正蓝旗。佟家是康熙母亲的娘家，一直是满人中的大家族，康熙即位以后，佟家作为外戚，势力更超从前，朝廷各个部门都有佟家的人。
前章已经讲过，汤若望与安文思、利类思虽然同属耶稣会，但由于各种私人矛盾，双方一直不和，在北京各有各的教堂，各传各的教，几乎没有往来。历狱一案开始以后，汤若望由于已经中风，所有辩护相关的重任落到了当时汤若望的助手南怀仁神父身上。南怀仁和汤若望不同，他跟安文思和利类思有良好的私交。由于杨光先在历狱开始时还连带打击整个天主教，这样安文思和利类思就走到了南怀仁身边，一起对抗杨光先。安文思和利类思背后的佟家势力，也在杨光先攻击天主教的时候被牵扯进来。当时在江南长期资助天主教的佟国器被召回北京，接受审问。佟国器是封疆大吏，之前在江南几个省都做过巡抚。从审讯记录来看，佟家势力很明显干涉了审讯，佟国器在承认给教堂捐过一点小钱后，很快就被放了出来，审讯也不继续纠缠他和天主教的关系了。53刑部满人尚书尼满也暗中为汤若望开脱，把罪过推到汉官身上。后来显亲王富绶专门密奏，说汤若望其实是“专司天文”的，因而选择错误不应该罚他。54显亲王富绶是豪格的儿子。尽管密奏上只有富绶一个人的名字，但这说明汤若望和传教士并不是在孤军奋战，他后面是有一个满人权贵群体在相助着。
正因为有满人权贵暗中帮助，传教士在整个历狱后，才有可能全身而退。刚开始的时候，杨光先的参劾中还提到天主教是外来的邪教，有谋反的举动。当时满人人京仅二十年，各地反清复明的活动还此起彼伏。谋反的指控在当时是很敏感也很现实的问题。因而各地的传教士被召到了北京，接受审问。大家都很惶恐，不知道最后审问的结果会是什么。他们都很担心半个世纪前（1620年代）日本禁止天主教的历史会重演。传教士最初是被礼部审问的，后来礼部给出的建议是禁止天主教，没收教堂。但满人主导的议政王大臣会议并没有发现这些传教士有谋反行为，因而对于天主教和传教士并没有任何实际的惩处。后来汤若望获罪，完全是因为他钦天监监正的身份：判决和他的职务相关，和他传教士的身份以及天主教都没有关系。在汤若望的死罪赦免以后，北京的另外三个传教士也被允许留下来，汤若望就由他们照顾。之前传言要没收、拆毁北京的教堂，后来也允准全部保留、维护。55被召到北京的传教士，本来是要安排送到澳门。但人到广州后，就得到了当时两广总督的接待，他们也就留在了广州。
小结
历狱本来只是康熙早年辅政大臣时期一件普通的宫廷案例。从清官方记载来看，这个案子并不是什么大案。但它的特别之处是在朝廷以外还留下许多记载。早在参劾汤若望之前五年，杨光先就开始写文章反对天主教和西洋人。他写的文章都是檄文性质的，言辞激烈，总体思路就是天主教是邪教，有违中华传统。其中比较有名的两篇是1659年写的《辟邪论》和后来的《请诛邪教状》。在1664年参劾汤若望的同时，杨光先还把他写的反天主教、反西洋人的文章汇集成书，取名《不得已》出版。面对杨光先的挑战，传教士除了用中文写文章回应以外，还将事件经过细节记录下来，发回欧洲。杨光先和传教士一攻一守的文字往来，为后世留下了很多公开的素材。19世纪后，无论是讲西方入侵、帝国主义，还是中西文明冲突，后世史家都能在这个案子中找到材料。这也是这个案子在中西交往史方面的书籍中经常出现的原因。反而是案子的满文庭审记录，最近几年才陆续出版公开。从庭审记录看，汤若望被定罪并非因为他是洋人，也并非因为他是天主教神父，而是因为他是钦天监监正，是这个朝廷机构的一把手。作为朝廷官员，他在这个案子中受到牵连，这是典型的朝廷争斗，不涉及“中西文明冲突”这些后世才关心的历史大问题。
在鳌拜等辅政大臣当权的朝堂政治中，汤若望被视为汉官势力中的重要一员，而且有特殊能力，被视为类似满人巫师一样的存在。打击汤若望其实就是满人当时打击朝廷汉官势力中的一环。1664年杨光先开始参劾汤若望之时，正是鳌拜等辅政大臣掌朝的第四年。这几年中，打击汉官势力，恢复满人传统，加强满人统治是辅政大臣一直在干的事。尽管看上去，汤若望是被主攻的对象，实际上，辅政大臣的目标是钦天监中的所有汉官。因而在最后的判罚中，虽然汤若望的死罪被赦免，辅政大臣还是处斩了汉官。案子结束后，杨光先被授命负责钦天监的技术部分，而从刑部抽调了一个既不懂天文也不懂占算的马沽到钦天监做监正。马沽能坐上这个位置，唯一的理由大约是他那地道的满人身份。这样马沽也就成了历史上第一个管理钦天监的满人。56杨光先参劾汤若望的案子表面上看起来是一个中国人在参劾一个西洋人，但本质是当时朝堂上的满汉之争。57
尽管历狱本身跟天主教传播没有多大关系，但它的确影响了后来传教士在华传播天主教的方针策略。在历狱之前，北京有两座教堂，一座是汤若望的教堂，一座是利类思和安文思两位神父的东堂。1665年，汤若望被赶出他的教堂，教堂被朝廷征用，杨光先作为钦天监官员入住。58中风的汤若望被迫迁往东堂居住，并在一年后去世（1666年）。这样后来的天主教在康熙时代的传播是从利类思、安文思以及南怀仁一起驻扎的东堂开始的。
历狱给了传教士们一个深刻的教训：算命风水这些领域触碰不得。尽管短期之内可能吸引信众，对传教有利，但算命风水有很多潜在的风险，所以最好避而远之。康熙亲政以后，委派南怀仁掌管钦天监。南怀仁就吸取教训，坚决只做天文观测，不触碰测算部分。
同时，历狱还让当时的传教士们充分认识到，大清已是满人的天下了。自从明中后期入华以来，传教士一直认为士大夫是促成天主教在华传播的关键，因而他们一直在努力融入士大夫圈子。但经过历狱，他们发现跟汉人士大夫的关系在关键时刻不仅没有多大用处，还有可能招来祸事。于是他们开始转向，将满人权贵圈层作为主要的接近目标。后来来华的传教士，特别是驻扎北京的，满语学习也都排在了汉语学习之前。从此以后，传教士和汉人士大夫的往来大大减少。很多史书中都注意到了这一转变，但大都认为这是文人士大夫在清朝以后渐渐对传教士的西方学问失去了兴趣。59其实不然，不是文人士子口味变了，而是传教士不再热衷于结交文人士子了，毕竟传教士是来华传教的，不是来推介西学的。
传教士对权势等各种利害关系看得很清楚。历狱结束后，他们不计前嫌，抓住一切机会结交满人权贵。辅政大臣之一的苏克萨哈当初是支持杨光先的，但安文思神父利用自己的知识，帮苏克萨哈家打井，还帮他制作了方便取水的工具，就这样在历狱结束不到一年时间，已成为了他家的常客。60