穆帝永和三年（公元347年），桓温攻灭蜀之成汉国，并且掳获李势。穆帝这时候才四岁，辅佐人是皇族长老明帝之弟司马昱。穆帝是明帝之孙。
司马昱由于担心桓温的势力过大，为了制衡，于是起用殷浩。殷浩以扬州刺史身份统辖五州军事，并且趁后赵石虎死后北方混乱之际，发动北伐之军。
起先，殷浩的北伐甚为顺利，这是因为他利用了羌族领袖姚襄的兵力。姚襄原本是后赵的大将，石虎死后归降东晋。殷浩是借对北方情势甚为了解的姚襄之力，才有某种程度的战果。
然而殷浩不但对姚襄多所牵制，并企图派出刺客暗杀他。想不到刺客反而把这件事情向姚襄透露。姚襄遂对东晋绝望，准备投靠前秦。原来，在苻坚惨败于淝水之役而返回长安时，向苻坚要求交出传国之玺的姚苌，正是姚襄的胞弟。
姚襄离去后，殷浩自然一筹莫展。北伐得以顺利，完全是靠姚襄羌族军团出的力。此后，殷浩再无任何实绩可言，他的北伐原本就是在勉强状态下成行的，连有书圣之称的王羲之都在给他的信中写道：
——此时与其向外，不如对内使人民获得休息较为重要。
对殷浩的失败最感高兴的，自然非桓温莫属。殷浩是朝廷为了对抗桓温而安插的一颗棋子。现在这颗棋子失去作用了。桓温于是将殷浩的罪状上奏，请求朝廷将他解任。殷浩失败的事实明显摆在眼前，朝廷只有将他解任，降为庶人，流放至信安。这是永和十年（公元354年）的事情。
自此以后，东晋江山内外大权全归桓温掌握。
殷浩失势后，桓温再兴北伐之军。不过他对东晋的实力是颇有自知之明的，即使光复北方，东晋也根本没有统治的军力和财力。
“若只是为了蹂躏，这倒办得到……”
桓温有了这个想法。如果是以此为目的，就应使用另外的战略及战术。他于是率领军队攻到长安附近，却没有一鼓作气攻陷长安，而是突然转变方向，突袭洛阳，暂时占领了这个地方。
桓温为何如此做呢？——目的在于博得人心。
自从四十多年前旧都洛阳被异族夺走以来，东晋人民最热切的心愿就是光复北方。完成这件事情的人一定会成为民族英雄。桓温占领洛阳后，凯旋回归荆州。他已是国内名气红透半边天的人物。不久，他进入首都建康，开始掌管国政。
东晋穆帝不到二十岁就去世，继位的堂弟司马丕（哀帝）也在三年后殁故。在这之后即位的是哀帝之弟司马奕。
桓温这时已成为大司马。
——男儿若不能流芳百世，就应遗臭万年。
据说，桓温嘴边常挂着这句话。
想要以禅让的形态成为天下之主，必须先把自己的力量显示出来。什么是最强大的力量呢？——将天子废立，能够做到这一点的人，当然是名副其实的大实力者。
皇帝司马奕身体虚弱。桓温便制造谣言四处散播：帝有痿疾。
“痿疾”指的是性无能。这样的皇帝当然不可能传下皇统，但司马奕却有三个儿子，这该做何解释？
——那些都是将心腹相龙、计好、朱灵宝等人以侍从身份雇用，使之入宫与田氏、孟氏等女官交媾而生的儿子。
桓温先使这个谣言流传出去后，才废了皇帝司马奕。之后，在他的拥立之下，登基的是多年辅佐穆帝的皇族最大长老司马昱，是为简文帝。这个人虽已年逾五十，而且多年担任国政，但得到的却是“做事慢吞吞，脑筋不灵光”的批评。桓温就是看中这一点才立司马昱为皇帝的——这样的钝才当然守不住东晋社稷。
简文帝即位不久后就病倒。正因为个性温吞，于即位翌年死去的他，对禅让之事并没有做出决定。心急的桓温，意图在简文帝在世期间完成禅让大事。
——国家之事委由大司马（指桓温），如同诸葛武侯、王丞相。
这是简文帝在遗诏中之语。只说“委由国政”，而没有说“让予帝位”。况且语中所提的诸葛武侯（孔明）和王丞相（王导）都是以宰相身份担任国政的人，两个人都没有就帝位。简文帝之子司马曜即位，是为孝武帝。
桓温为之切齿扼腕。
“等着瞧吧！我一定会以自己的实力登上皇帝宝座的！”
不管怎样，他是一手掌握东晋军权的人。由于做事温吞的老头子欠缺决断力，所以禅让之事一时拖延，但这个愿望一定会有实现的一天。
然而这个愿望始终没有实现。因为在简文帝死后翌年，桓温自己也跟着死了。——这是公元373年的事。
而且，桓家于桓温死后，发生围绕着继位问题而起的争执，直到后来桓温之弟桓冲决定让温之末子玄继位，并且由自己担任辅佐事宜，总算才诸事摆平。虽然桓家势力因此得以保存，但想登上皇帝宝座的大计划却倒退许多步了。
这段期间以极快速度伸展势力的，是出身名门的谢安。淝水之役中击败前秦苻坚的，就是谢安的侄子谢玄。
孝武帝在位二十四年，这在东晋历代皇帝中是最长的纪录。尽管治世期间最长，但治绩并不良好，由于他实行的是极端的近臣政治，宫中因而成为佞人之辈的天下。
后宫中最得宠的，是一个叫张贵人的女人，众女官处处得仰赖这个张贵人的鼻息。一天，喝醉酒的孝武帝却对张贵人说：
“你已经年华老去了，应该考虑退休，让年轻人替位吧！”
实际上，孝武帝这句话是闹着玩的。然而张贵人却不做如是想。长久居于后宫的她，精神已经畸形化了。对她而言，权势是比生命还重要的东西，权力一旦被夺，生命便无意义。
结果，张贵人命令婢女，用棉被把皇帝活活闷死。