晋怀帝被掳至匈奴帝国首都平阳的翌年（公元313年）元月，刘聪在光极殿举行新年宴会。席间，身着青衣的怀帝，捧着酒壶到处走来走去为众人倒酒。青衣是杂役穿的制服。晋朝遗臣庾珉以及王隽见到这般光景，悲从中来，不禁放声大哭。怀帝臣服于匈奴后，被封为会稽公，并没有理由要在宴会席上担任杂役工作；但生性有嗜虐倾向的刘聪，却故意如此侮辱怀帝，用以取悦自己。其后，刘聪将号泣的十余名晋朝遗臣，连同怀帝一并斩杀。从这个时候起，他好像已经控制不住自己了。
怀帝被杀的消息传来后，在长安的司马邺即帝位。司马邺是武帝司马炎的孙子，父亲是吴王司马晏，也就是怀帝的侄儿。洛阳陷落，怀帝被掳至平阳后，司马邺就以皇太子身份坐镇长安。
虽然司马邺才十四岁，却在匆促完成男子成人冠礼仪式后即位，是为愍帝。愍帝以建兴为元号，但是这一代只维持短短四年。在刘曜的领军攻打下，愍帝投降后不久被杀。刘曜即帝位是两年后（公元318年）的事。
晋王朝至此似乎已油尽灯枯，皇族先是于八王之乱期间彼此残杀，后来又遭刘聪所创建的匈奴帝国攻打，司马氏一族好像已全数灭绝了。
事实不然，还有一个皇族活着。
这个人是琅邪王司马睿，他是宣帝司马仲达的曾孙。永安元年（公元304年），他以左将军身份在邺，而他的亲密朋友王导却力劝他回领地琅邪。王导是东海王司马越的参谋，因而能够预测天下大乱即将来到。未料，成都王司马颖却在这个时候对各地关卡发出“贵人一律不得出关”的命令，琅邪王司马睿于是在河阳被关卡官吏拦下。
这时候，从者宋典走了出来，一边用鞭子扫开琅邪王，一边笑道：
“嘿！舍长，官方禁止贵人出关，怎么连你也拦了！哈！哈！哈！连你也算是贵人，这不是笑死人吗？”
舍长就是学生宿舍舍监，地位很低。关卡官吏听到这句话后，说：
“原来你是个舍监，快过去吧！”
“安宅之关”的戏码就是据此而衍生的。
脱险后的琅邪王，先到洛阳，随即带着母亲回琅邪，他后来迁居至建康（南京），与前述王导等人共同致力于开拓南方新天地。直到愍帝被杀的消息延至公元318年三月传来，司马睿才正式即位，是为元帝。
建都洛阳及长安的晋王朝，至愍帝时代已算灭亡，一般称之为“西晋”。相对于此，于南方建康成立的元帝以后的时代，则被称为“东晋”。也就是说，元帝乃东晋的创立者。
这是一个亡命政权。元帝以下的所有东晋干部，全都是由北方流亡到江南的人。
——总有一天，我们一定要光复中原！
这是他们无日或忘的北伐梦。由于一心系念北方，因此，对目前居住的江南之地并无多大关心，这个地方只是过路驿站而已。
原来就居住在此地的人们，对此一心态非常不满。这里是三国时代由孙氏家族开拓的吴地，而自从吴于公元280年被晋攻灭以来，此地出身的人，在政界始终遭到压抑，这是亡国之臣的宿命。
如今，攻灭东吴的晋，于事隔三十多年之后，逃到他们所居住的地方来。
——我们非得向他们清算旧账不可！
作为地主的他们有了这个想法，于是企图逼迫亡命政权偿还多年来所受的不平等待遇。然而此一企图却未能如愿以偿。
无论亡命至何处，也不管被称为西晋或东晋，晋王朝毕竟有其独特体制，也就是说，官职的晋升一定要以门第家世为决定因素。虽是亡命政权，要职还是由北方来的人们占据，地方上的人才依旧只有垫底的份，因此，不满分子遍地皆是。换句话说，亡命的东晋政权，一开始就处在不安定的状态之下。
家世低微的人想发迹，途径只有两条，其一是，不嫌职位卑微，寻觅到皇帝近边伺候的差事，然后期盼得到赏识；其二是，在战场上立下功勋。因此，在东晋朝廷中最充满朝气的，是伺候于天子身边的杂役及下级职员，以及各地屯驻的军人。
在东晋，门第排行第一的是琅邪王氏。辅佐元帝最为有力的王导，就是这一族的人。后来被推崇为“书圣”的王羲之，就是王导的侄子。
王导有一个名叫王敦的堂弟，这个人娶了武帝司马炎的女儿。由于东晋元帝是武帝的侄子，因此，他这位妻子和皇帝为堂兄妹关系。所以，王敦不仅系出名门，与皇室的关系也非常亲近。
王敦于东晋建国的同时，被任命为荆州刺史，并且居住于武昌。西晋时代，王敦也曾以扬州刺史身份掌握过地方军权。东晋遂逐渐产生政治归王导主导、军事归王敦及琅邪王氏兄弟掌管的态势。
对皇帝而言，有力的家臣在即位之前是非常宝贵的，但是即位之后，这些人就有可能成为摇撼皇位的危险分子。
“必须趁早压制琅邪王氏的势力，不然，皇室定有后患。”
元帝亲信刘隗就曾如此进言。
王氏一族中最为危险的，是身在武昌且有能力动员兵力的王敦。在建康精励于政务的王导，虽然是个温和型人物，但朝廷却有鉴于他是王氏族人，因而对他颇为冷淡，只保留其骠骑将军的称号，尽可能地剥夺他的实权。
武昌的王敦敏感地察觉到建康的这个气氛。每次看到地方军政要员异动，与其说是为了应付外敌，用意毋宁在于牵制王敦。
王敦为此怏怏不乐。
东晋创建第四年的永昌元年（公元322年），王敦率领大军，由武昌向建康进击。
——讨伐君侧之奸！
这是他出兵的名目。
元帝近臣由于抵挡不住王敦的军队，因而准许他进入首都。王敦被任命为丞相后，当然立即着手肃清反对派，许多人因此被杀，刘隗则由建康逃出，前往投靠北方羯族的石勒。王敦开始在首都建康呼风唤雨，没想到根据地武昌却在他不在时发生造反情事。他于是立刻赶回武昌，忙着镇压造反军。
新王朝甫建之初，应该上下一体，为巩固国家基础而努力，想不到一切却如此混乱。权臣相争，地方人民不拥护政府——在这个情况下，东晋怎么会有前途呢？元帝遂因忧愤而病倒，于这一年的十一月殁故，享年四十七岁。皇太子司马绍即位，是为东晋明帝。
如前所述，这是中国周边发生民族大迁徙的时期。民族大迁徙的影响及于各个层面，这个现象，在东晋皇室内也能看到。东晋第二代皇帝明帝司马绍的母亲荀氏就是鲜卑族人。明帝的胡子是黄色的，据说，其人颇有鲜卑族特性。虽然如此，明帝是聪敏且富于决断力的明君，可惜在位仅仅三年就去世，这对东晋而言，不可不谓一大憾事。
明帝幼年时期，有一个著名的故事。那时候的他当然身在琅邪。一天，使者从长安来到，父亲元帝于是问年幼的儿子明帝道：
“长安派使者来，长安在很远的地方，你知道长安和太阳哪个远吗？”